# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.5976 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.313 0.093 0.036 0.094 0.087 0.087 0.113 0.076 0.050 0.032 0.020 2 N 0.321 0.237 0.061 0.143 0.093 0.049 0.037 0.023 0.019 0.012 0.006 3 T 0.208 0.193 0.057 0.125 0.115 0.086 0.101 0.050 0.035 0.021 0.011 4 P 0.409 0.147 0.045 0.142 0.111 0.049 0.048 0.024 0.014 0.008 0.004 5 V 0.041 0.033 0.030 0.061 0.067 0.095 0.154 0.146 0.162 0.126 0.085 6 S 0.071 0.391 0.103 0.171 0.102 0.053 0.061 0.022 0.014 0.010 0.003 7 V 0.051 0.063 0.032 0.096 0.120 0.185 0.233 0.122 0.056 0.027 0.015 8 N 0.877 0.042 0.044 0.024 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.113 0.162 0.098 0.270 0.146 0.111 0.068 0.017 0.008 0.004 0.001 10 K 0.005 0.012 0.015 0.024 0.034 0.056 0.162 0.176 0.225 0.164 0.127 11 K 0.029 0.028 0.140 0.191 0.231 0.221 0.116 0.026 0.011 0.006 0.001 12 D 0.043 0.045 0.724 0.136 0.033 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 13 F 0.001 0.003 0.015 0.015 0.024 0.071 0.217 0.201 0.211 0.149 0.093 14 V 0.001 0.001 0.011 0.009 0.013 0.032 0.140 0.143 0.246 0.238 0.165 15 K 0.004 0.012 0.496 0.225 0.183 0.045 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 16 W 0.002 0.012 0.228 0.088 0.110 0.192 0.244 0.070 0.035 0.013 0.005 17 F 0.003 0.005 0.020 0.013 0.011 0.020 0.107 0.100 0.235 0.280 0.206 18 L 0.003 0.005 0.027 0.026 0.030 0.087 0.214 0.198 0.200 0.119 0.090 19 N 0.013 0.044 0.528 0.185 0.138 0.041 0.026 0.014 0.006 0.004 0.001 20 N 0.036 0.065 0.110 0.131 0.138 0.181 0.232 0.060 0.029 0.014 0.004 21 Y 0.061 0.023 0.042 0.046 0.049 0.077 0.182 0.150 0.165 0.133 0.072 22 Q 0.250 0.133 0.189 0.168 0.106 0.054 0.050 0.024 0.014 0.008 0.003 23 L 0.030 0.046 0.170 0.113 0.080 0.116 0.141 0.083 0.101 0.079 0.043 24 K 0.030 0.060 0.092 0.127 0.147 0.132 0.177 0.094 0.076 0.044 0.021 25 Q 0.085 0.083 0.167 0.174 0.184 0.110 0.106 0.044 0.027 0.015 0.006 26 R 0.138 0.073 0.265 0.176 0.143 0.074 0.070 0.028 0.017 0.012 0.004 27 E 0.024 0.042 0.078 0.117 0.130 0.165 0.224 0.101 0.075 0.033 0.013 28 C 0.004 0.003 0.017 0.013 0.016 0.028 0.111 0.122 0.256 0.242 0.188 29 V 0.013 0.025 0.142 0.188 0.231 0.147 0.148 0.047 0.035 0.018 0.007 30 W 0.003 0.019 0.107 0.128 0.168 0.171 0.214 0.105 0.057 0.020 0.008 31 I 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.010 0.057 0.089 0.222 0.288 0.318 32 L 0.002 0.003 0.016 0.020 0.020 0.056 0.183 0.154 0.241 0.169 0.136 33 N 0.003 0.012 0.166 0.201 0.234 0.119 0.125 0.079 0.040 0.016 0.006 34 Y 0.002 0.006 0.026 0.022 0.030 0.106 0.316 0.191 0.155 0.097 0.048 35 L 0.006 0.005 0.026 0.020 0.013 0.021 0.090 0.106 0.230 0.271 0.213 36 M 0.018 0.019 0.068 0.092 0.127 0.144 0.229 0.159 0.079 0.044 0.023 37 S 0.050 0.246 0.255 0.166 0.100 0.072 0.058 0.025 0.015 0.010 0.004 38 H 0.078 0.073 0.049 0.090 0.099 0.125 0.228 0.128 0.070 0.042 0.017 39 D 0.559 0.103 0.069 0.088 0.051 0.039 0.040 0.023 0.014 0.010 0.004 40 Q 0.147 0.118 0.187 0.250 0.133 0.084 0.050 0.017 0.008 0.005 0.002 41 L 0.009 0.024 0.050 0.065 0.064 0.098 0.203 0.148 0.159 0.099 0.080 42 M 0.003 0.006 0.022 0.032 0.052 0.101 0.203 0.168 0.176 0.124 0.111 43 H 0.025 0.052 0.467 0.231 0.122 0.053 0.029 0.010 0.006 0.004 0.001 44 K 0.010 0.023 0.119 0.148 0.161 0.196 0.193 0.071 0.047 0.022 0.009 45 V 0.002 0.002 0.007 0.006 0.008 0.016 0.068 0.134 0.240 0.291 0.225 46 H 0.017 0.045 0.096 0.147 0.175 0.152 0.175 0.091 0.057 0.034 0.011 47 F 0.006 0.019 0.113 0.044 0.037 0.051 0.123 0.123 0.177 0.192 0.115 48 V 0.013 0.016 0.031 0.049 0.058 0.086 0.220 0.158 0.163 0.122 0.085 49 E 0.089 0.090 0.105 0.127 0.115 0.089 0.126 0.097 0.074 0.057 0.030 50 H 0.115 0.136 0.107 0.225 0.161 0.100 0.079 0.034 0.022 0.014 0.008 51 A 0.059 0.036 0.038 0.080 0.091 0.135 0.202 0.123 0.109 0.071 0.056 52 K 0.299 0.160 0.116 0.179 0.108 0.047 0.044 0.020 0.014 0.009 0.004 53 Y 0.129 0.120 0.113 0.162 0.114 0.113 0.116 0.053 0.040 0.025 0.015 54 C 0.036 0.034 0.042 0.089 0.094 0.128 0.175 0.133 0.119 0.082 0.069 55 P 0.214 0.163 0.107 0.175 0.125 0.077 0.070 0.029 0.021 0.012 0.006 56 R 0.050 0.074 0.077 0.152 0.164 0.151 0.151 0.082 0.057 0.028 0.014 57 G 0.017 0.014 0.021 0.029 0.034 0.056 0.133 0.139 0.204 0.189 0.163 58 L 0.003 0.005 0.010 0.015 0.022 0.039 0.117 0.165 0.219 0.229 0.177 59 V 0.009 0.029 0.077 0.098 0.104 0.103 0.157 0.150 0.121 0.091 0.061 60 M 0.003 0.004 0.013 0.013 0.015 0.027 0.095 0.127 0.205 0.277 0.222 61 S 0.011 0.014 0.023 0.053 0.053 0.077 0.172 0.151 0.176 0.138 0.133 62 A 0.023 0.028 0.038 0.119 0.114 0.163 0.179 0.115 0.110 0.068 0.042 63 N 0.093 0.081 0.091 0.176 0.191 0.130 0.116 0.053 0.035 0.023 0.011 64 C 0.051 0.074 0.053 0.133 0.128 0.105 0.155 0.101 0.088 0.067 0.044 65 V 0.014 0.017 0.012 0.025 0.024 0.048 0.101 0.114 0.191 0.216 0.236 66 K 0.178 0.373 0.119 0.184 0.093 0.023 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 67 D 0.539 0.178 0.056 0.101 0.061 0.026 0.018 0.010 0.006 0.003 0.002 68 T 0.231 0.138 0.043 0.130 0.127 0.106 0.095 0.047 0.039 0.029 0.014 69 P 0.062 0.086 0.042 0.151 0.135 0.137 0.169 0.092 0.068 0.037 0.020 70 F 0.010 0.013 0.028 0.037 0.052 0.079 0.171 0.176 0.188 0.159 0.087 71 H 0.025 0.068 0.118 0.262 0.227 0.110 0.093 0.044 0.030 0.016 0.007 72 F 0.008 0.012 0.027 0.031 0.031 0.053 0.131 0.139 0.214 0.196 0.160 73 F 0.022 0.032 0.047 0.112 0.115 0.113 0.176 0.111 0.120 0.087 0.064 74 K 0.014 0.025 0.051 0.081 0.083 0.127 0.179 0.148 0.135 0.096 0.061 75 Q 0.111 0.114 0.163 0.258 0.174 0.072 0.054 0.025 0.015 0.010 0.004 76 N 0.132 0.077 0.068 0.143 0.125 0.118 0.150 0.081 0.057 0.035 0.016 77 V 0.084 0.067 0.053 0.109 0.095 0.105 0.140 0.097 0.113 0.091 0.045 78 M 0.066 0.115 0.096 0.150 0.130 0.123 0.146 0.072 0.054 0.033 0.015 79 T 0.046 0.068 0.080 0.132 0.118 0.112 0.157 0.104 0.087 0.061 0.036 80 T 0.177 0.090 0.073 0.107 0.110 0.095 0.131 0.078 0.064 0.046 0.028 81 D 0.182 0.352 0.105 0.180 0.093 0.036 0.027 0.011 0.007 0.004 0.002 82 A 0.035 0.024 0.021 0.052 0.061 0.099 0.180 0.150 0.158 0.113 0.106 83 E 0.198 0.113 0.107 0.217 0.166 0.084 0.060 0.024 0.015 0.010 0.004 84 K 0.095 0.133 0.190 0.289 0.162 0.067 0.038 0.013 0.007 0.003 0.001 85 S 0.004 0.009 0.019 0.022 0.028 0.053 0.141 0.188 0.212 0.181 0.142 86 F 0.006 0.012 0.027 0.050 0.066 0.122 0.219 0.167 0.147 0.121 0.062 87 H 0.053 0.076 0.427 0.192 0.099 0.055 0.043 0.023 0.016 0.012 0.004 88 D 0.015 0.030 0.082 0.149 0.150 0.184 0.221 0.079 0.052 0.025 0.011 89 I 0.004 0.003 0.006 0.008 0.008 0.017 0.074 0.099 0.263 0.260 0.256 90 R 0.023 0.045 0.095 0.202 0.224 0.146 0.139 0.057 0.041 0.021 0.009 91 L 0.011 0.040 0.175 0.134 0.123 0.125 0.155 0.083 0.077 0.049 0.030 92 N 0.023 0.039 0.037 0.068 0.082 0.108 0.228 0.144 0.120 0.091 0.060 93 R 0.167 0.282 0.090 0.157 0.108 0.059 0.066 0.035 0.018 0.011 0.005 94 D 0.603 0.208 0.053 0.076 0.035 0.010 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 95 E 0.175 0.114 0.046 0.145 0.151 0.141 0.125 0.052 0.029 0.016 0.007 96 D 0.193 0.158 0.073 0.231 0.159 0.081 0.060 0.023 0.014 0.006 0.003 97 I 0.002 0.004 0.012 0.019 0.031 0.080 0.190 0.197 0.205 0.151 0.108 98 Y 0.006 0.024 0.078 0.116 0.147 0.131 0.163 0.118 0.104 0.077 0.037 99 I 0.001 0.003 0.016 0.013 0.019 0.036 0.103 0.181 0.227 0.236 0.165 100 Q 0.005 0.017 0.082 0.145 0.154 0.120 0.151 0.098 0.103 0.085 0.041 101 L 0.002 0.004 0.015 0.011 0.015 0.028 0.094 0.161 0.229 0.245 0.195 102 N 0.013 0.044 0.087 0.176 0.186 0.119 0.153 0.085 0.067 0.052 0.020 103 F 0.005 0.009 0.020 0.025 0.025 0.065 0.151 0.163 0.206 0.196 0.135 104 K 0.081 0.137 0.113 0.287 0.214 0.069 0.053 0.024 0.012 0.008 0.002 105 S 0.436 0.158 0.091 0.110 0.075 0.041 0.042 0.022 0.013 0.008 0.003 106 S 0.254 0.170 0.073 0.163 0.119 0.084 0.066 0.026 0.022 0.015 0.007 107 F 0.088 0.053 0.042 0.077 0.069 0.104 0.188 0.128 0.119 0.079 0.052 108 Q 0.098 0.162 0.139 0.185 0.135 0.097 0.087 0.044 0.030 0.017 0.007 109 N 0.114 0.157 0.120 0.164 0.140 0.096 0.099 0.050 0.033 0.018 0.008 110 A 0.149 0.069 0.066 0.119 0.126 0.132 0.147 0.077 0.057 0.038 0.020 111 N 0.069 0.084 0.094 0.232 0.182 0.143 0.112 0.043 0.024 0.012 0.005 112 Y 0.003 0.009 0.026 0.036 0.036 0.057 0.149 0.157 0.214 0.178 0.133 113 V 0.003 0.006 0.022 0.039 0.055 0.095 0.205 0.180 0.186 0.126 0.084 114 A 0.019 0.048 0.280 0.257 0.173 0.091 0.065 0.030 0.020 0.013 0.004 115 V 0.004 0.011 0.049 0.060 0.067 0.136 0.232 0.147 0.135 0.097 0.062 116 L 0.005 0.006 0.018 0.018 0.020 0.031 0.106 0.167 0.216 0.234 0.179 117 E 0.034 0.062 0.184 0.204 0.183 0.103 0.102 0.061 0.032 0.026 0.008 118 E 0.071 0.092 0.222 0.200 0.140 0.099 0.087 0.039 0.026 0.017 0.007 119 N 0.097 0.059 0.050 0.096 0.107 0.139 0.205 0.102 0.077 0.049 0.020 120 P 0.481 0.156 0.066 0.096 0.056 0.043 0.046 0.024 0.018 0.011 0.004 121 Y 0.113 0.094 0.076 0.102 0.087 0.107 0.138 0.095 0.086 0.065 0.038 122 L 0.057 0.094 0.056 0.104 0.108 0.119 0.171 0.115 0.084 0.058 0.034 123 P 0.286 0.193 0.093 0.134 0.095 0.067 0.060 0.035 0.020 0.012 0.006 124 K 0.484 0.172 0.102 0.109 0.057 0.032 0.022 0.011 0.006 0.004 0.002 125 H 0.126 0.106 0.056 0.145 0.137 0.128 0.141 0.067 0.049 0.031 0.014 126 I 0.039 0.033 0.037 0.081 0.100 0.131 0.212 0.149 0.112 0.069 0.036 127 E 0.132 0.152 0.278 0.202 0.108 0.053 0.040 0.017 0.010 0.006 0.002 128 V 0.020 0.046 0.094 0.094 0.098 0.128 0.216 0.129 0.090 0.060 0.026 129 N 0.069 0.081 0.099 0.140 0.141 0.119 0.165 0.083 0.053 0.036 0.013 130 E 0.290 0.113 0.244 0.141 0.075 0.053 0.048 0.020 0.009 0.006 0.002 131 K 0.157 0.135 0.252 0.184 0.098 0.071 0.061 0.022 0.011 0.006 0.002 132 D 0.027 0.035 0.053 0.059 0.071 0.135 0.281 0.150 0.103 0.061 0.025 133 R 0.127 0.064 0.279 0.183 0.123 0.096 0.077 0.028 0.013 0.007 0.002 134 L 0.107 0.043 0.509 0.141 0.063 0.066 0.044 0.015 0.007 0.004 0.001 135 L 0.008 0.025 0.131 0.095 0.103 0.158 0.250 0.101 0.069 0.042 0.017 136 A 0.002 0.005 0.034 0.018 0.032 0.066 0.220 0.195 0.199 0.140 0.090 137 E 0.011 0.013 0.460 0.150 0.157 0.095 0.070 0.023 0.012 0.009 0.002 138 R 0.012 0.018 0.543 0.177 0.133 0.061 0.041 0.009 0.003 0.002 0.001 139 F 0.002 0.007 0.033 0.019 0.020 0.062 0.243 0.171 0.188 0.165 0.090 140 L 0.002 0.004 0.019 0.014 0.022 0.060 0.233 0.244 0.196 0.126 0.080 141 E 0.029 0.029 0.738 0.113 0.048 0.019 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 142 E 0.028 0.031 0.322 0.184 0.181 0.120 0.100 0.020 0.008 0.004 0.001 143 S 0.047 0.037 0.073 0.052 0.056 0.091 0.245 0.151 0.122 0.088 0.038 144 V 0.036 0.058 0.121 0.080 0.079 0.138 0.243 0.105 0.076 0.048 0.017 145 F 0.033 0.043 0.489 0.114 0.088 0.082 0.079 0.039 0.018 0.011 0.004 146 S 0.243 0.076 0.411 0.131 0.055 0.036 0.032 0.010 0.005 0.003 0.001 147 F 0.049 0.030 0.108 0.094 0.099 0.164 0.249 0.107 0.053 0.032 0.015 148 R 0.018 0.059 0.193 0.078 0.062 0.101 0.187 0.093 0.100 0.076 0.034 149 R 0.005 0.010 0.134 0.085 0.170 0.199 0.250 0.089 0.036 0.015 0.006 150 E 0.137 0.031 0.694 0.080 0.025 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 151 R 0.009 0.016 0.132 0.191 0.234 0.187 0.176 0.036 0.012 0.004 0.001 152 L 0.001 0.001 0.010 0.003 0.004 0.009 0.059 0.101 0.243 0.276 0.294 153 L 0.001 0.004 0.092 0.072 0.153 0.190 0.292 0.080 0.065 0.034 0.016 154 K 0.006 0.011 0.802 0.086 0.060 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 155 Q 0.003 0.009 0.063 0.070 0.115 0.274 0.358 0.068 0.025 0.010 0.003 156 I 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.030 0.100 0.224 0.340 0.293 157 D 0.004 0.010 0.068 0.086 0.168 0.203 0.247 0.111 0.055 0.036 0.011 158 E 0.034 0.043 0.708 0.133 0.048 0.016 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 159 A 0.009 0.012 0.045 0.045 0.061 0.160 0.356 0.151 0.087 0.052 0.021 160 L 0.006 0.011 0.020 0.012 0.014 0.020 0.106 0.197 0.241 0.227 0.146 161 D 0.011 0.052 0.246 0.138 0.153 0.153 0.142 0.056 0.026 0.020 0.005 162 K 0.157 0.065 0.547 0.112 0.052 0.031 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 163 Q 0.476 0.116 0.166 0.097 0.042 0.039 0.038 0.014 0.006 0.004 0.001 164 D 0.055 0.082 0.057 0.057 0.051 0.115 0.246 0.125 0.108 0.075 0.030 165 K 0.040 0.049 0.175 0.151 0.157 0.183 0.155 0.057 0.021 0.010 0.003 166 E 0.279 0.038 0.606 0.052 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 167 A 0.006 0.024 0.155 0.139 0.149 0.219 0.231 0.046 0.021 0.008 0.002 168 F 0.001 0.003 0.020 0.009 0.016 0.040 0.163 0.136 0.239 0.198 0.173 169 H 0.007 0.008 0.370 0.172 0.258 0.102 0.065 0.011 0.004 0.003 0.001 170 R 0.004 0.012 0.773 0.108 0.075 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 171 L 0.001 0.004 0.018 0.006 0.008 0.038 0.221 0.206 0.216 0.182 0.099 172 T 0.007 0.011 0.051 0.055 0.072 0.144 0.351 0.172 0.080 0.042 0.015 173 A 0.164 0.028 0.740 0.046 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 174 E 0.017 0.052 0.198 0.252 0.244 0.144 0.079 0.009 0.004 0.001 0.001 175 L 0.002 0.002 0.006 0.004 0.004 0.017 0.079 0.107 0.255 0.261 0.265 176 K 0.050 0.043 0.348 0.229 0.210 0.066 0.037 0.010 0.004 0.002 0.001 177 M 0.014 0.047 0.746 0.103 0.055 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 178 L 0.017 0.016 0.047 0.038 0.050 0.136 0.278 0.129 0.137 0.093 0.058