# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.5976 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.008 0.002 0.025 0.028 0.055 0.051 0.001 0.001 0.003 0.780 2 N 0.031 0.005 0.003 0.019 0.014 0.037 0.117 0.001 0.001 0.004 0.769 3 T 0.111 0.004 0.002 0.035 0.037 0.043 0.108 0.001 0.001 0.004 0.656 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.988 5 V 0.047 0.009 0.003 0.102 0.133 0.199 0.118 0.001 0.001 0.004 0.384 6 S 0.018 0.011 0.001 0.019 0.018 0.026 0.188 0.001 0.001 0.002 0.717 7 V 0.030 0.032 0.001 0.049 0.031 0.133 0.031 0.001 0.001 0.002 0.692 8 N 0.010 0.109 0.001 0.016 0.019 0.028 0.298 0.001 0.001 0.005 0.514 9 E 0.131 0.087 0.001 0.003 0.003 0.005 0.553 0.001 0.001 0.006 0.209 10 K 0.148 0.715 0.002 0.002 0.001 0.004 0.015 0.003 0.001 0.001 0.108 11 K 0.015 0.739 0.013 0.003 0.003 0.005 0.017 0.002 0.001 0.001 0.203 12 D 0.010 0.724 0.006 0.001 0.004 0.002 0.033 0.002 0.001 0.001 0.218 13 F 0.018 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.065 14 V 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 15 K 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 16 W 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 17 F 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 18 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 19 N 0.018 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 20 N 0.348 0.488 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.093 0.001 0.001 0.054 21 Y 0.244 0.488 0.123 0.006 0.002 0.002 0.016 0.041 0.001 0.001 0.077 22 Q 0.107 0.217 0.182 0.025 0.008 0.009 0.071 0.025 0.001 0.004 0.351 23 L 0.044 0.183 0.077 0.038 0.014 0.018 0.063 0.008 0.001 0.003 0.553 24 K 0.052 0.257 0.013 0.034 0.029 0.040 0.162 0.005 0.001 0.004 0.405 25 Q 0.061 0.224 0.005 0.012 0.013 0.029 0.122 0.005 0.001 0.003 0.527 26 R 0.063 0.257 0.004 0.009 0.012 0.024 0.068 0.003 0.001 0.006 0.553 27 E 0.043 0.150 0.008 0.005 0.006 0.007 0.220 0.002 0.001 0.003 0.555 28 C 0.048 0.545 0.007 0.007 0.011 0.020 0.059 0.002 0.001 0.001 0.299 29 V 0.011 0.859 0.001 0.006 0.010 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.086 30 W 0.003 0.923 0.001 0.002 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.052 31 I 0.004 0.965 0.001 0.002 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 32 L 0.005 0.979 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 33 N 0.018 0.946 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.024 34 Y 0.056 0.897 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.022 35 L 0.070 0.855 0.014 0.003 0.002 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.029 36 M 0.051 0.796 0.031 0.008 0.008 0.004 0.008 0.022 0.001 0.001 0.071 37 S 0.082 0.549 0.070 0.007 0.003 0.005 0.029 0.046 0.001 0.001 0.209 38 H 0.222 0.329 0.033 0.018 0.003 0.012 0.019 0.032 0.001 0.004 0.331 39 D 0.028 0.101 0.023 0.006 0.001 0.003 0.054 0.005 0.001 0.003 0.775 40 Q 0.071 0.064 0.035 0.006 0.001 0.002 0.415 0.002 0.001 0.008 0.396 41 L 0.246 0.415 0.012 0.010 0.003 0.006 0.102 0.006 0.001 0.005 0.195 42 M 0.088 0.724 0.009 0.012 0.005 0.015 0.016 0.007 0.001 0.001 0.123 43 H 0.081 0.613 0.009 0.013 0.021 0.026 0.027 0.014 0.001 0.002 0.193 44 K 0.328 0.295 0.006 0.017 0.012 0.017 0.020 0.046 0.001 0.003 0.255 45 V 0.227 0.393 0.076 0.030 0.029 0.034 0.021 0.025 0.001 0.001 0.165 46 H 0.043 0.105 0.025 0.279 0.237 0.142 0.034 0.005 0.001 0.004 0.127 47 F 0.010 0.049 0.022 0.179 0.082 0.111 0.053 0.004 0.001 0.001 0.489 48 V 0.023 0.030 0.001 0.549 0.085 0.232 0.012 0.001 0.001 0.002 0.065 49 E 0.011 0.069 0.002 0.137 0.073 0.112 0.181 0.002 0.001 0.003 0.408 50 H 0.015 0.043 0.002 0.105 0.036 0.082 0.184 0.002 0.001 0.004 0.528 51 A 0.089 0.088 0.005 0.087 0.034 0.095 0.093 0.003 0.001 0.006 0.501 52 K 0.124 0.135 0.006 0.032 0.043 0.045 0.124 0.004 0.001 0.012 0.475 53 Y 0.177 0.098 0.010 0.010 0.025 0.047 0.065 0.011 0.001 0.008 0.548 54 C 0.459 0.065 0.012 0.021 0.029 0.062 0.039 0.011 0.001 0.002 0.299 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.995 56 R 0.018 0.006 0.005 0.037 0.072 0.099 0.098 0.001 0.001 0.003 0.662 57 G 0.269 0.018 0.003 0.112 0.057 0.066 0.092 0.001 0.001 0.012 0.371 58 L 0.057 0.025 0.003 0.323 0.244 0.223 0.038 0.001 0.001 0.004 0.084 59 V 0.011 0.016 0.001 0.413 0.175 0.276 0.022 0.001 0.001 0.002 0.085 60 M 0.006 0.018 0.001 0.383 0.211 0.284 0.012 0.001 0.001 0.002 0.082 61 S 0.006 0.019 0.001 0.209 0.279 0.356 0.033 0.001 0.001 0.002 0.095 62 A 0.007 0.027 0.001 0.135 0.174 0.323 0.042 0.001 0.001 0.003 0.286 63 N 0.016 0.023 0.002 0.081 0.134 0.262 0.152 0.001 0.001 0.008 0.321 64 C 0.127 0.023 0.004 0.043 0.061 0.093 0.155 0.003 0.001 0.014 0.477 65 V 0.114 0.093 0.008 0.043 0.099 0.166 0.069 0.003 0.001 0.005 0.400 66 K 0.036 0.037 0.004 0.022 0.059 0.107 0.058 0.002 0.001 0.006 0.668 67 D 0.062 0.018 0.008 0.009 0.020 0.048 0.075 0.003 0.001 0.004 0.754 68 T 0.203 0.014 0.003 0.014 0.043 0.071 0.092 0.002 0.001 0.004 0.555 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.991 70 F 0.022 0.013 0.002 0.033 0.124 0.307 0.086 0.001 0.001 0.002 0.411 71 H 0.153 0.104 0.001 0.062 0.165 0.137 0.063 0.001 0.001 0.005 0.309 72 F 0.044 0.155 0.001 0.040 0.223 0.227 0.034 0.001 0.001 0.002 0.273 73 F 0.047 0.170 0.001 0.086 0.210 0.281 0.031 0.001 0.001 0.002 0.170 74 K 0.029 0.151 0.001 0.050 0.271 0.286 0.039 0.002 0.001 0.002 0.168 75 Q 0.064 0.105 0.004 0.044 0.105 0.190 0.074 0.008 0.001 0.006 0.400 76 N 0.178 0.089 0.013 0.065 0.066 0.119 0.107 0.011 0.001 0.016 0.337 77 V 0.233 0.063 0.044 0.063 0.067 0.086 0.092 0.010 0.001 0.013 0.328 78 M 0.070 0.030 0.031 0.096 0.099 0.105 0.117 0.007 0.001 0.005 0.439 79 T 0.088 0.023 0.013 0.111 0.085 0.162 0.071 0.004 0.001 0.003 0.441 80 T 0.092 0.035 0.009 0.102 0.082 0.165 0.094 0.002 0.001 0.004 0.415 81 D 0.016 0.013 0.003 0.050 0.023 0.047 0.333 0.001 0.001 0.007 0.507 82 A 0.016 0.011 0.003 0.044 0.004 0.022 0.105 0.001 0.001 0.007 0.788 83 E 0.010 0.021 0.001 0.010 0.002 0.007 0.676 0.001 0.001 0.011 0.261 84 K 0.195 0.070 0.001 0.002 0.001 0.002 0.573 0.001 0.001 0.017 0.138 85 S 0.156 0.724 0.004 0.002 0.001 0.003 0.015 0.006 0.001 0.002 0.087 86 F 0.029 0.785 0.048 0.007 0.004 0.009 0.011 0.005 0.001 0.001 0.103 87 H 0.017 0.800 0.007 0.005 0.017 0.012 0.006 0.005 0.001 0.001 0.131 88 D 0.035 0.808 0.001 0.002 0.006 0.010 0.005 0.016 0.001 0.001 0.115 89 I 0.100 0.803 0.003 0.005 0.004 0.006 0.004 0.025 0.001 0.001 0.049 90 R 0.050 0.790 0.007 0.014 0.031 0.019 0.018 0.017 0.001 0.001 0.054 91 L 0.134 0.494 0.030 0.026 0.019 0.019 0.026 0.062 0.001 0.001 0.188 92 N 0.309 0.265 0.020 0.038 0.033 0.052 0.033 0.052 0.001 0.003 0.194 93 R 0.146 0.055 0.032 0.043 0.018 0.024 0.055 0.022 0.001 0.013 0.592 94 D 0.019 0.010 0.049 0.018 0.010 0.014 0.444 0.003 0.001 0.004 0.428 95 E 0.157 0.008 0.004 0.044 0.024 0.028 0.232 0.002 0.001 0.064 0.438 96 D 0.049 0.008 0.007 0.022 0.011 0.013 0.226 0.002 0.001 0.005 0.658 97 I 0.080 0.018 0.006 0.116 0.209 0.336 0.137 0.001 0.001 0.009 0.088 98 Y 0.095 0.026 0.006 0.157 0.219 0.307 0.040 0.001 0.001 0.008 0.141 99 I 0.006 0.005 0.001 0.074 0.463 0.423 0.007 0.001 0.001 0.001 0.020 100 Q 0.006 0.004 0.001 0.116 0.298 0.480 0.014 0.001 0.001 0.001 0.080 101 L 0.002 0.004 0.001 0.066 0.372 0.504 0.008 0.001 0.001 0.001 0.042 102 N 0.003 0.006 0.001 0.076 0.270 0.469 0.036 0.001 0.001 0.001 0.138 103 F 0.005 0.007 0.002 0.089 0.209 0.448 0.033 0.001 0.001 0.003 0.205 104 K 0.006 0.006 0.001 0.036 0.042 0.148 0.159 0.001 0.001 0.003 0.597 105 S 0.047 0.007 0.001 0.014 0.014 0.034 0.225 0.001 0.001 0.015 0.642 106 S 0.174 0.050 0.003 0.017 0.017 0.031 0.153 0.003 0.001 0.010 0.543 107 F 0.239 0.107 0.007 0.017 0.027 0.044 0.107 0.005 0.001 0.013 0.437 108 Q 0.232 0.146 0.020 0.015 0.024 0.032 0.175 0.006 0.001 0.008 0.341 109 N 0.143 0.214 0.011 0.014 0.017 0.039 0.140 0.011 0.001 0.007 0.404 110 A 0.052 0.074 0.004 0.009 0.006 0.014 0.019 0.003 0.001 0.012 0.808 111 N 0.016 0.044 0.013 0.005 0.005 0.007 0.582 0.001 0.001 0.006 0.322 112 Y 0.260 0.155 0.008 0.011 0.006 0.013 0.345 0.002 0.001 0.010 0.190 113 V 0.049 0.808 0.004 0.015 0.010 0.018 0.017 0.002 0.001 0.001 0.076 114 A 0.014 0.784 0.005 0.016 0.036 0.028 0.025 0.002 0.001 0.001 0.088 115 V 0.034 0.775 0.003 0.010 0.021 0.023 0.011 0.008 0.001 0.001 0.114 116 L 0.048 0.813 0.002 0.007 0.023 0.041 0.005 0.013 0.001 0.001 0.050 117 E 0.060 0.667 0.004 0.008 0.039 0.039 0.013 0.032 0.001 0.002 0.136 118 E 0.178 0.374 0.024 0.013 0.015 0.030 0.038 0.073 0.001 0.002 0.254 119 N 0.462 0.223 0.033 0.018 0.014 0.022 0.030 0.042 0.001 0.002 0.155 120 P 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.985 121 Y 0.017 0.007 0.081 0.019 0.009 0.022 0.246 0.002 0.001 0.005 0.592 122 L 0.478 0.011 0.003 0.033 0.015 0.023 0.128 0.001 0.001 0.009 0.300 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.992 124 K 0.011 0.007 0.001 0.030 0.025 0.048 0.129 0.001 0.001 0.001 0.748 125 H 0.144 0.022 0.001 0.028 0.014 0.027 0.093 0.001 0.001 0.004 0.666 126 I 0.160 0.095 0.002 0.036 0.061 0.101 0.069 0.001 0.001 0.006 0.469 127 E 0.038 0.155 0.002 0.032 0.039 0.042 0.153 0.001 0.001 0.003 0.534 128 V 0.090 0.271 0.002 0.025 0.052 0.079 0.082 0.002 0.001 0.003 0.394 129 N 0.075 0.444 0.003 0.015 0.029 0.051 0.074 0.005 0.001 0.003 0.302 130 E 0.090 0.343 0.007 0.013 0.017 0.026 0.063 0.006 0.001 0.005 0.430 131 K 0.066 0.318 0.016 0.006 0.006 0.010 0.103 0.006 0.001 0.003 0.468 132 D 0.110 0.417 0.009 0.006 0.004 0.012 0.106 0.005 0.001 0.005 0.326 133 R 0.064 0.702 0.013 0.006 0.002 0.004 0.028 0.003 0.001 0.002 0.175 134 L 0.018 0.730 0.007 0.002 0.002 0.002 0.048 0.002 0.001 0.001 0.188 135 L 0.027 0.845 0.003 0.001 0.001 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.091 136 A 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 137 E 0.005 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 138 R 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.031 139 F 0.027 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.023 140 L 0.017 0.956 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 141 E 0.007 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.030 142 E 0.014 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.062 143 S 0.033 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.033 144 V 0.022 0.936 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.027 145 F 0.010 0.939 0.007 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.034 146 S 0.022 0.886 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.074 147 F 0.039 0.847 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.094 148 R 0.021 0.885 0.011 0.001 0.001 0.002 0.015 0.004 0.001 0.001 0.060 149 R 0.013 0.868 0.007 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.097 150 E 0.006 0.898 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.084 151 R 0.023 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.063 152 L 0.011 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 153 L 0.005 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 154 K 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.028 155 Q 0.044 0.905 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.031 156 I 0.028 0.922 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.023 157 D 0.008 0.941 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 158 E 0.008 0.907 0.010 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.062 159 A 0.088 0.845 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.037 160 L 0.193 0.737 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 0.034 161 D 0.227 0.540 0.051 0.004 0.001 0.002 0.011 0.080 0.001 0.001 0.084 162 K 0.142 0.458 0.167 0.015 0.004 0.003 0.018 0.053 0.001 0.002 0.139 163 Q 0.119 0.244 0.122 0.012 0.003 0.004 0.087 0.039 0.001 0.004 0.367 164 D 0.123 0.255 0.046 0.013 0.002 0.009 0.195 0.016 0.001 0.006 0.335 165 K 0.038 0.120 0.014 0.019 0.001 0.003 0.036 0.003 0.001 0.024 0.741 166 E 0.005 0.034 0.009 0.001 0.001 0.001 0.571 0.001 0.001 0.002 0.378 167 A 0.093 0.154 0.002 0.001 0.001 0.001 0.653 0.001 0.001 0.003 0.093 168 F 0.026 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 169 H 0.002 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 170 R 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 171 L 0.018 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.021 172 T 0.013 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 173 A 0.006 0.936 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.047 174 E 0.014 0.923 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.045 175 L 0.033 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.029 176 K 0.016 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 177 M 0.029 0.925 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.023 178 L 0.074 0.855 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.036