# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.5976 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.016 0.052 0.027 0.051 0.106 0.022 0.649 2 N 0.175 0.020 0.060 0.026 0.042 0.145 0.033 0.499 3 T 0.206 0.011 0.126 0.065 0.057 0.099 0.013 0.423 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 V 0.030 0.005 0.164 0.066 0.148 0.162 0.003 0.423 6 S 0.027 0.012 0.021 0.029 0.033 0.233 0.002 0.643 7 V 0.016 0.019 0.010 0.010 0.058 0.013 0.001 0.873 8 N 0.017 0.018 0.006 0.005 0.016 0.406 0.002 0.531 9 E 0.071 0.031 0.001 0.001 0.002 0.707 0.004 0.183 10 K 0.041 0.879 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.068 11 K 0.007 0.867 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.106 12 D 0.011 0.892 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.082 13 F 0.025 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.036 14 V 0.005 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 15 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 16 W 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 17 F 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 18 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 19 N 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 20 N 0.157 0.717 0.004 0.002 0.001 0.002 0.079 0.037 21 Y 0.224 0.606 0.022 0.008 0.005 0.007 0.052 0.076 22 Q 0.087 0.351 0.061 0.023 0.030 0.083 0.030 0.336 23 L 0.044 0.229 0.042 0.032 0.036 0.055 0.013 0.548 24 K 0.066 0.331 0.040 0.035 0.037 0.110 0.012 0.369 25 Q 0.046 0.271 0.039 0.019 0.028 0.073 0.011 0.513 26 R 0.031 0.340 0.021 0.014 0.019 0.059 0.008 0.508 27 E 0.063 0.300 0.010 0.009 0.010 0.132 0.012 0.464 28 C 0.079 0.591 0.011 0.009 0.010 0.063 0.011 0.226 29 V 0.018 0.850 0.008 0.007 0.008 0.015 0.002 0.089 30 W 0.003 0.850 0.006 0.005 0.007 0.014 0.001 0.113 31 I 0.001 0.967 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.017 32 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 33 N 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 34 Y 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 35 L 0.019 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 36 M 0.037 0.938 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.009 37 S 0.147 0.748 0.008 0.002 0.002 0.004 0.048 0.041 38 H 0.326 0.312 0.045 0.004 0.007 0.010 0.101 0.197 39 D 0.055 0.239 0.057 0.005 0.009 0.064 0.026 0.545 40 Q 0.047 0.098 0.017 0.004 0.007 0.487 0.018 0.321 41 L 0.173 0.369 0.014 0.004 0.009 0.221 0.015 0.194 42 M 0.090 0.709 0.023 0.006 0.014 0.034 0.008 0.116 43 H 0.073 0.577 0.026 0.020 0.016 0.043 0.025 0.219 44 K 0.322 0.198 0.049 0.024 0.022 0.027 0.110 0.246 45 V 0.252 0.173 0.114 0.064 0.067 0.026 0.044 0.260 46 H 0.020 0.030 0.309 0.180 0.139 0.035 0.010 0.277 47 F 0.002 0.005 0.044 0.034 0.045 0.020 0.001 0.848 48 V 0.011 0.023 0.349 0.129 0.269 0.038 0.003 0.176 49 E 0.017 0.046 0.167 0.127 0.138 0.106 0.005 0.394 50 H 0.033 0.084 0.080 0.084 0.135 0.073 0.010 0.501 51 A 0.154 0.068 0.056 0.042 0.105 0.086 0.014 0.475 52 K 0.148 0.092 0.030 0.065 0.064 0.142 0.040 0.421 53 Y 0.201 0.058 0.027 0.032 0.048 0.060 0.079 0.495 54 C 0.204 0.041 0.038 0.057 0.084 0.078 0.017 0.481 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 R 0.008 0.005 0.031 0.055 0.083 0.106 0.006 0.706 57 G 0.239 0.011 0.099 0.038 0.040 0.067 0.016 0.491 58 L 0.106 0.020 0.348 0.161 0.164 0.057 0.006 0.138 59 V 0.029 0.012 0.401 0.168 0.213 0.036 0.002 0.138 60 M 0.009 0.025 0.352 0.189 0.265 0.029 0.002 0.130 61 S 0.008 0.030 0.219 0.212 0.388 0.043 0.004 0.096 62 A 0.020 0.044 0.090 0.155 0.324 0.045 0.010 0.312 63 N 0.048 0.040 0.085 0.121 0.202 0.126 0.021 0.358 64 C 0.184 0.031 0.029 0.063 0.081 0.175 0.038 0.399 65 V 0.165 0.087 0.056 0.068 0.106 0.100 0.020 0.398 66 K 0.040 0.040 0.023 0.043 0.077 0.111 0.020 0.646 67 D 0.067 0.040 0.021 0.025 0.036 0.065 0.040 0.707 68 T 0.192 0.021 0.023 0.036 0.040 0.106 0.017 0.563 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 70 F 0.010 0.009 0.035 0.139 0.266 0.115 0.004 0.422 71 H 0.157 0.022 0.055 0.116 0.181 0.097 0.006 0.367 72 F 0.069 0.057 0.050 0.224 0.290 0.042 0.005 0.262 73 F 0.098 0.052 0.079 0.193 0.329 0.057 0.006 0.184 74 K 0.041 0.090 0.061 0.197 0.263 0.051 0.010 0.287 75 Q 0.029 0.061 0.041 0.076 0.146 0.065 0.023 0.559 76 N 0.216 0.038 0.031 0.047 0.056 0.102 0.067 0.442 77 V 0.335 0.030 0.096 0.064 0.052 0.086 0.038 0.299 78 M 0.047 0.020 0.220 0.101 0.142 0.131 0.012 0.327 79 T 0.028 0.022 0.183 0.113 0.173 0.069 0.006 0.406 80 T 0.029 0.023 0.202 0.092 0.127 0.092 0.005 0.430 81 D 0.016 0.020 0.042 0.038 0.072 0.206 0.004 0.602 82 A 0.031 0.025 0.028 0.016 0.066 0.084 0.004 0.748 83 E 0.016 0.013 0.005 0.004 0.013 0.728 0.004 0.217 84 K 0.098 0.036 0.002 0.002 0.004 0.710 0.007 0.141 85 S 0.065 0.806 0.002 0.003 0.004 0.022 0.003 0.094 86 F 0.029 0.757 0.011 0.009 0.020 0.026 0.012 0.137 87 H 0.074 0.593 0.019 0.021 0.035 0.039 0.019 0.200 88 D 0.063 0.686 0.011 0.019 0.034 0.015 0.014 0.159 89 I 0.113 0.602 0.032 0.037 0.085 0.027 0.021 0.084 90 R 0.071 0.618 0.041 0.067 0.063 0.037 0.019 0.085 91 L 0.095 0.340 0.097 0.085 0.080 0.045 0.034 0.225 92 N 0.154 0.198 0.068 0.110 0.083 0.066 0.038 0.283 93 R 0.094 0.068 0.075 0.040 0.064 0.070 0.024 0.565 94 D 0.033 0.018 0.022 0.017 0.044 0.462 0.020 0.385 95 E 0.149 0.016 0.018 0.015 0.022 0.280 0.028 0.471 96 D 0.056 0.028 0.020 0.017 0.013 0.342 0.017 0.507 97 I 0.139 0.031 0.125 0.070 0.085 0.297 0.026 0.227 98 Y 0.097 0.028 0.181 0.171 0.318 0.125 0.005 0.076 99 I 0.006 0.017 0.144 0.317 0.436 0.021 0.002 0.056 100 Q 0.004 0.009 0.204 0.254 0.479 0.012 0.001 0.035 101 L 0.003 0.020 0.169 0.400 0.343 0.009 0.002 0.052 102 N 0.008 0.012 0.205 0.233 0.405 0.029 0.006 0.102 103 F 0.019 0.017 0.183 0.181 0.330 0.044 0.007 0.220 104 K 0.020 0.014 0.100 0.049 0.174 0.141 0.008 0.493 105 S 0.036 0.014 0.020 0.016 0.039 0.187 0.012 0.677 106 S 0.167 0.045 0.014 0.008 0.015 0.118 0.019 0.615 107 F 0.234 0.069 0.024 0.013 0.019 0.125 0.024 0.491 108 Q 0.161 0.071 0.028 0.012 0.016 0.306 0.024 0.381 109 N 0.142 0.148 0.020 0.010 0.019 0.151 0.014 0.496 110 A 0.052 0.178 0.016 0.005 0.015 0.042 0.005 0.686 111 N 0.019 0.104 0.006 0.004 0.006 0.429 0.006 0.426 112 Y 0.116 0.307 0.007 0.004 0.010 0.277 0.011 0.268 113 V 0.016 0.933 0.003 0.003 0.006 0.007 0.001 0.030 114 A 0.003 0.945 0.004 0.006 0.007 0.005 0.002 0.028 115 V 0.018 0.883 0.005 0.007 0.010 0.005 0.005 0.065 116 L 0.036 0.895 0.005 0.008 0.016 0.005 0.008 0.027 117 E 0.066 0.776 0.012 0.015 0.022 0.010 0.021 0.077 118 E 0.101 0.561 0.021 0.011 0.015 0.013 0.081 0.196 119 N 0.320 0.202 0.021 0.018 0.015 0.028 0.048 0.349 120 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 121 Y 0.029 0.011 0.019 0.019 0.044 0.364 0.023 0.490 122 L 0.582 0.009 0.026 0.014 0.014 0.086 0.011 0.258 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 124 K 0.009 0.007 0.025 0.022 0.044 0.146 0.002 0.746 125 H 0.242 0.026 0.021 0.015 0.023 0.089 0.007 0.578 126 I 0.182 0.082 0.032 0.046 0.100 0.077 0.006 0.475 127 E 0.094 0.144 0.037 0.071 0.099 0.134 0.006 0.417 128 V 0.097 0.206 0.034 0.029 0.056 0.073 0.008 0.497 129 N 0.066 0.452 0.018 0.030 0.054 0.095 0.011 0.275 130 E 0.137 0.330 0.016 0.015 0.027 0.064 0.020 0.390 131 K 0.080 0.335 0.011 0.007 0.011 0.168 0.013 0.375 132 D 0.111 0.455 0.008 0.004 0.009 0.101 0.016 0.296 133 R 0.033 0.754 0.007 0.002 0.004 0.040 0.005 0.154 134 L 0.016 0.769 0.004 0.002 0.003 0.075 0.004 0.127 135 L 0.019 0.901 0.001 0.001 0.002 0.023 0.002 0.050 136 A 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 137 E 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 138 R 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 139 F 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 140 L 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 141 E 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 142 E 0.010 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 143 S 0.009 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 144 V 0.010 0.925 0.006 0.002 0.003 0.005 0.004 0.046 145 F 0.009 0.919 0.005 0.002 0.003 0.008 0.003 0.051 146 S 0.008 0.944 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.034 147 F 0.010 0.952 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.028 148 R 0.013 0.932 0.003 0.002 0.002 0.008 0.003 0.036 149 R 0.014 0.900 0.005 0.002 0.003 0.010 0.004 0.063 150 E 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 151 R 0.009 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.038 152 L 0.011 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.028 153 L 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 154 K 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 155 Q 0.028 0.944 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 156 I 0.017 0.958 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 157 D 0.007 0.948 0.006 0.001 0.002 0.003 0.003 0.030 158 E 0.007 0.960 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.017 159 A 0.041 0.908 0.004 0.001 0.001 0.014 0.012 0.019 160 L 0.213 0.714 0.005 0.001 0.001 0.009 0.023 0.034 161 D 0.322 0.553 0.011 0.001 0.001 0.013 0.043 0.056 162 K 0.429 0.295 0.089 0.004 0.004 0.022 0.058 0.099 163 Q 0.269 0.129 0.032 0.004 0.005 0.229 0.053 0.281 164 D 0.242 0.122 0.059 0.006 0.011 0.126 0.023 0.412 165 K 0.013 0.093 0.023 0.001 0.006 0.063 0.002 0.798 166 E 0.006 0.063 0.005 0.001 0.002 0.519 0.002 0.403 167 A 0.034 0.319 0.002 0.001 0.001 0.465 0.003 0.175 168 F 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 169 H 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 170 R 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 171 L 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 172 T 0.005 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 173 A 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.025 174 E 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.019 175 L 0.017 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 176 K 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 177 M 0.061 0.839 0.008 0.002 0.002 0.004 0.025 0.058 178 L 0.092 0.790 0.022 0.006 0.007 0.005 0.021 0.058