# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.5976 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.214 0.248 0.095 0.112 0.023 0.106 0.027 0.027 0.032 0.001 2 N 0.142 0.104 0.453 0.151 0.024 0.065 0.026 0.005 0.021 0.003 0.008 3 T 0.015 0.424 0.364 0.006 0.080 0.012 0.006 0.001 0.089 0.003 0.001 4 P 0.093 0.009 0.795 0.009 0.002 0.035 0.002 0.001 0.004 0.001 0.049 5 V 0.060 0.620 0.222 0.028 0.035 0.016 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 6 S 0.096 0.176 0.497 0.023 0.064 0.091 0.003 0.001 0.046 0.001 0.002 7 V 0.696 0.071 0.142 0.048 0.015 0.019 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 8 N 0.836 0.030 0.034 0.063 0.013 0.013 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 9 E 0.905 0.021 0.022 0.031 0.010 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 10 K 0.951 0.012 0.017 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.968 0.006 0.011 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 D 0.976 0.001 0.002 0.015 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.971 0.003 0.002 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 W 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.973 0.002 0.002 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.932 0.004 0.006 0.043 0.001 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 19 N 0.677 0.005 0.007 0.291 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 20 N 0.334 0.015 0.020 0.419 0.011 0.010 0.170 0.018 0.004 0.001 0.001 21 Y 0.341 0.150 0.200 0.212 0.019 0.017 0.042 0.003 0.015 0.001 0.001 22 Q 0.358 0.152 0.284 0.072 0.016 0.065 0.024 0.001 0.028 0.001 0.001 23 L 0.284 0.133 0.391 0.095 0.012 0.064 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 24 K 0.422 0.253 0.138 0.106 0.044 0.024 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 25 Q 0.318 0.183 0.248 0.089 0.070 0.039 0.014 0.001 0.034 0.002 0.001 26 R 0.773 0.034 0.101 0.045 0.022 0.010 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 27 E 0.849 0.040 0.043 0.037 0.010 0.014 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 28 C 0.900 0.036 0.023 0.022 0.007 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 29 V 0.957 0.022 0.009 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 W 0.979 0.005 0.003 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 I 0.986 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.988 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.978 0.002 0.002 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.931 0.005 0.007 0.040 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 36 M 0.754 0.006 0.013 0.210 0.001 0.009 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 37 S 0.424 0.016 0.032 0.477 0.017 0.010 0.017 0.002 0.002 0.002 0.001 38 H 0.714 0.022 0.083 0.108 0.016 0.018 0.021 0.001 0.014 0.002 0.001 39 D 0.970 0.001 0.011 0.012 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.972 0.003 0.007 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.965 0.004 0.004 0.022 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 M 0.927 0.009 0.010 0.044 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 43 H 0.835 0.008 0.016 0.117 0.005 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 44 K 0.292 0.035 0.038 0.347 0.010 0.021 0.239 0.012 0.005 0.001 0.001 45 V 0.044 0.117 0.766 0.063 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 46 H 0.352 0.168 0.317 0.019 0.047 0.051 0.020 0.001 0.024 0.001 0.002 47 F 0.278 0.339 0.156 0.035 0.061 0.107 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 48 V 0.519 0.305 0.081 0.023 0.013 0.045 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 49 E 0.593 0.160 0.064 0.075 0.050 0.037 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 50 H 0.334 0.157 0.082 0.163 0.125 0.043 0.059 0.006 0.024 0.006 0.001 51 A 0.593 0.151 0.106 0.073 0.025 0.022 0.012 0.002 0.015 0.001 0.001 52 K 0.569 0.107 0.121 0.109 0.020 0.037 0.022 0.002 0.013 0.001 0.001 53 Y 0.184 0.073 0.090 0.425 0.031 0.072 0.087 0.013 0.021 0.004 0.001 54 C 0.016 0.182 0.409 0.006 0.047 0.011 0.007 0.001 0.318 0.004 0.001 55 P 0.243 0.002 0.693 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 56 R 0.339 0.182 0.156 0.215 0.052 0.014 0.018 0.011 0.009 0.002 0.001 57 G 0.084 0.386 0.156 0.039 0.292 0.013 0.010 0.006 0.010 0.004 0.001 58 L 0.026 0.680 0.173 0.011 0.057 0.031 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 59 V 0.011 0.848 0.082 0.003 0.020 0.021 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 60 M 0.026 0.675 0.154 0.020 0.038 0.068 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 61 S 0.043 0.608 0.134 0.024 0.129 0.034 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 62 A 0.410 0.211 0.104 0.053 0.151 0.030 0.015 0.003 0.015 0.007 0.001 63 N 0.268 0.118 0.151 0.245 0.060 0.038 0.077 0.010 0.026 0.006 0.001 64 C 0.246 0.102 0.155 0.132 0.090 0.051 0.125 0.056 0.017 0.026 0.001 65 V 0.392 0.210 0.211 0.112 0.025 0.021 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 66 K 0.323 0.103 0.169 0.224 0.052 0.035 0.062 0.008 0.014 0.008 0.001 67 D 0.122 0.089 0.138 0.337 0.049 0.076 0.130 0.026 0.026 0.007 0.001 68 T 0.040 0.297 0.458 0.006 0.046 0.012 0.004 0.001 0.132 0.003 0.001 69 P 0.392 0.005 0.526 0.020 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 70 F 0.216 0.294 0.158 0.124 0.108 0.028 0.032 0.018 0.020 0.003 0.001 71 H 0.147 0.566 0.175 0.025 0.039 0.023 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 72 F 0.142 0.455 0.246 0.032 0.043 0.053 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 73 F 0.111 0.550 0.162 0.046 0.051 0.058 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 74 K 0.216 0.333 0.242 0.061 0.042 0.061 0.008 0.001 0.035 0.001 0.001 75 Q 0.352 0.100 0.123 0.167 0.083 0.031 0.095 0.020 0.017 0.011 0.001 76 N 0.088 0.097 0.095 0.237 0.068 0.046 0.288 0.036 0.038 0.005 0.001 77 V 0.108 0.493 0.261 0.056 0.034 0.027 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 78 M 0.146 0.433 0.259 0.043 0.029 0.072 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 79 T 0.104 0.434 0.202 0.079 0.097 0.048 0.006 0.001 0.026 0.002 0.001 80 T 0.160 0.386 0.145 0.102 0.142 0.031 0.011 0.002 0.017 0.004 0.001 81 D 0.061 0.109 0.348 0.078 0.077 0.175 0.044 0.003 0.097 0.007 0.001 82 A 0.957 0.004 0.020 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.965 0.005 0.005 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.951 0.007 0.007 0.027 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.952 0.006 0.008 0.027 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 F 0.907 0.012 0.015 0.047 0.004 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 87 H 0.884 0.010 0.017 0.052 0.006 0.007 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 88 D 0.783 0.029 0.031 0.111 0.008 0.020 0.011 0.002 0.005 0.001 0.001 89 I 0.707 0.118 0.091 0.057 0.006 0.014 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 90 R 0.640 0.129 0.073 0.059 0.018 0.053 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 91 L 0.278 0.139 0.108 0.394 0.018 0.033 0.013 0.001 0.015 0.001 0.001 92 N 0.050 0.122 0.291 0.183 0.051 0.063 0.065 0.004 0.165 0.005 0.001 93 R 0.749 0.019 0.151 0.046 0.006 0.009 0.008 0.003 0.002 0.003 0.004 94 D 0.279 0.057 0.096 0.440 0.019 0.023 0.055 0.011 0.014 0.004 0.002 95 E 0.314 0.114 0.240 0.185 0.038 0.016 0.050 0.016 0.019 0.006 0.003 96 D 0.192 0.107 0.414 0.125 0.017 0.034 0.082 0.007 0.016 0.001 0.006 97 I 0.065 0.528 0.301 0.058 0.025 0.009 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 98 Y 0.019 0.762 0.130 0.008 0.055 0.011 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 99 I 0.007 0.866 0.079 0.003 0.024 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 100 Q 0.008 0.838 0.087 0.003 0.021 0.024 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 101 L 0.013 0.765 0.100 0.006 0.067 0.026 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 102 N 0.040 0.395 0.256 0.022 0.071 0.121 0.014 0.001 0.079 0.001 0.001 103 F 0.164 0.231 0.314 0.058 0.071 0.091 0.018 0.005 0.043 0.005 0.001 104 K 0.417 0.123 0.199 0.148 0.035 0.042 0.013 0.002 0.017 0.003 0.002 105 S 0.390 0.091 0.140 0.216 0.070 0.032 0.030 0.007 0.014 0.010 0.001 106 S 0.515 0.083 0.116 0.173 0.048 0.019 0.024 0.006 0.007 0.008 0.001 107 F 0.404 0.113 0.162 0.175 0.045 0.037 0.036 0.005 0.016 0.006 0.001 108 Q 0.395 0.145 0.181 0.187 0.024 0.033 0.015 0.002 0.014 0.002 0.001 109 N 0.149 0.094 0.270 0.125 0.049 0.106 0.083 0.004 0.113 0.006 0.001 110 A 0.921 0.004 0.052 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 N 0.931 0.007 0.013 0.035 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 Y 0.916 0.015 0.013 0.045 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 V 0.978 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 A 0.979 0.002 0.006 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 V 0.954 0.010 0.009 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 116 L 0.932 0.013 0.014 0.029 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 117 E 0.887 0.011 0.017 0.060 0.006 0.007 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 118 E 0.672 0.027 0.021 0.253 0.004 0.008 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 119 N 0.020 0.040 0.073 0.010 0.008 0.027 0.017 0.001 0.804 0.001 0.001 120 P 0.817 0.001 0.138 0.026 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 121 Y 0.264 0.037 0.048 0.598 0.007 0.014 0.015 0.009 0.007 0.001 0.001 122 L 0.043 0.163 0.501 0.012 0.021 0.016 0.005 0.001 0.237 0.001 0.001 123 P 0.291 0.004 0.636 0.015 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.031 124 K 0.533 0.120 0.162 0.132 0.024 0.014 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 125 H 0.303 0.121 0.235 0.139 0.053 0.065 0.022 0.005 0.054 0.003 0.001 126 I 0.527 0.171 0.188 0.049 0.023 0.026 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 127 E 0.583 0.122 0.135 0.065 0.018 0.057 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 128 V 0.581 0.176 0.091 0.096 0.026 0.016 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 129 N 0.589 0.054 0.116 0.101 0.033 0.052 0.031 0.002 0.020 0.002 0.001 130 E 0.870 0.012 0.031 0.060 0.006 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 131 K 0.888 0.017 0.018 0.054 0.005 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 132 D 0.910 0.007 0.015 0.037 0.005 0.012 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 133 R 0.990 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 L 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.981 0.001 0.002 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 E 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 S 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 F 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 S 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 F 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 K 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.968 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 I 0.969 0.005 0.008 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 157 D 0.970 0.001 0.006 0.006 0.001 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 158 E 0.938 0.001 0.002 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.932 0.002 0.003 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.955 0.004 0.013 0.020 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 161 D 0.923 0.004 0.015 0.045 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 162 K 0.754 0.011 0.022 0.203 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 163 Q 0.508 0.028 0.106 0.293 0.008 0.019 0.021 0.004 0.012 0.001 0.001 164 D 0.394 0.049 0.249 0.050 0.025 0.071 0.062 0.004 0.093 0.003 0.001 165 K 0.985 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 E 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 A 0.980 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 F 0.986 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 H 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 R 0.989 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 L 0.962 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 T 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 A 0.993 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 E 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 L 0.950 0.003 0.007 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 176 K 0.952 0.002 0.008 0.026 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 177 M 0.836 0.022 0.020 0.099 0.003 0.011 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 178 L 0.615 0.030 0.098 0.223 0.004 0.014 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001