# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.5976 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.223 0.082 0.055 0.193 0.036 0.066 0.080 0.056 0.088 0.042 2 N 0.100 0.094 0.078 0.056 0.102 0.032 0.035 0.045 0.055 0.265 0.139 3 T 0.031 0.428 0.251 0.016 0.202 0.009 0.011 0.014 0.012 0.016 0.011 4 P 0.227 0.212 0.038 0.008 0.327 0.008 0.017 0.030 0.028 0.038 0.066 5 V 0.095 0.358 0.096 0.014 0.252 0.021 0.022 0.052 0.030 0.024 0.037 6 S 0.195 0.238 0.068 0.008 0.362 0.007 0.010 0.047 0.012 0.015 0.037 7 V 0.055 0.088 0.021 0.010 0.074 0.017 0.023 0.448 0.185 0.047 0.033 8 N 0.021 0.056 0.033 0.015 0.043 0.023 0.036 0.631 0.081 0.048 0.012 9 E 0.013 0.064 0.025 0.003 0.029 0.003 0.006 0.770 0.056 0.024 0.007 10 K 0.007 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.927 0.042 0.006 0.003 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.033 0.001 0.001 12 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.011 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 16 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.981 0.011 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.931 0.045 0.005 0.001 18 L 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.003 0.017 0.759 0.188 0.011 0.003 19 N 0.003 0.016 0.007 0.006 0.006 0.022 0.199 0.602 0.117 0.018 0.004 20 N 0.029 0.031 0.020 0.008 0.028 0.008 0.075 0.273 0.118 0.346 0.064 21 Y 0.072 0.187 0.047 0.004 0.167 0.008 0.024 0.191 0.121 0.120 0.059 22 Q 0.121 0.108 0.018 0.005 0.160 0.012 0.043 0.234 0.101 0.101 0.094 23 L 0.118 0.210 0.051 0.015 0.199 0.021 0.043 0.152 0.077 0.061 0.052 24 K 0.057 0.341 0.176 0.017 0.134 0.020 0.032 0.136 0.025 0.035 0.027 25 Q 0.054 0.073 0.026 0.005 0.073 0.005 0.010 0.540 0.162 0.034 0.018 26 R 0.005 0.021 0.009 0.002 0.012 0.008 0.015 0.804 0.110 0.010 0.003 27 E 0.010 0.014 0.004 0.001 0.013 0.002 0.008 0.860 0.055 0.029 0.005 28 C 0.008 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.949 0.027 0.002 0.002 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.967 0.027 0.001 0.001 30 W 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.975 0.013 0.001 0.001 31 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.016 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.070 0.001 0.001 33 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.923 0.061 0.002 0.001 34 Y 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.847 0.092 0.009 0.002 35 L 0.016 0.012 0.004 0.002 0.015 0.006 0.055 0.615 0.197 0.061 0.018 36 M 0.010 0.035 0.016 0.006 0.016 0.016 0.116 0.529 0.179 0.065 0.012 37 S 0.028 0.124 0.071 0.022 0.044 0.022 0.107 0.190 0.089 0.253 0.050 38 H 0.060 0.328 0.105 0.007 0.179 0.007 0.011 0.118 0.078 0.078 0.031 39 D 0.008 0.012 0.002 0.001 0.011 0.006 0.022 0.514 0.350 0.068 0.007 40 Q 0.006 0.006 0.003 0.001 0.008 0.003 0.022 0.693 0.203 0.051 0.004 41 L 0.020 0.013 0.003 0.002 0.016 0.003 0.020 0.606 0.150 0.150 0.017 42 M 0.049 0.015 0.005 0.006 0.039 0.013 0.029 0.567 0.172 0.082 0.023 43 H 0.018 0.061 0.032 0.016 0.039 0.052 0.069 0.521 0.120 0.064 0.009 44 K 0.087 0.038 0.015 0.011 0.115 0.014 0.079 0.290 0.083 0.226 0.042 45 V 0.298 0.088 0.015 0.004 0.438 0.007 0.009 0.060 0.018 0.013 0.050 46 H 0.136 0.193 0.029 0.007 0.358 0.039 0.059 0.082 0.017 0.042 0.037 47 F 0.357 0.095 0.010 0.003 0.383 0.003 0.006 0.064 0.014 0.016 0.050 48 V 0.148 0.074 0.015 0.016 0.234 0.023 0.019 0.302 0.083 0.025 0.061 49 E 0.059 0.060 0.030 0.017 0.106 0.071 0.088 0.423 0.101 0.025 0.022 50 H 0.100 0.070 0.029 0.015 0.117 0.012 0.036 0.301 0.141 0.137 0.043 51 A 0.070 0.064 0.026 0.017 0.111 0.018 0.032 0.263 0.230 0.125 0.045 52 K 0.054 0.129 0.054 0.016 0.111 0.034 0.114 0.301 0.129 0.039 0.018 53 Y 0.105 0.078 0.044 0.028 0.096 0.040 0.099 0.080 0.096 0.275 0.060 54 C 0.098 0.255 0.310 0.025 0.227 0.012 0.008 0.016 0.010 0.020 0.019 55 P 0.064 0.074 0.024 0.016 0.081 0.051 0.135 0.249 0.239 0.044 0.024 56 R 0.048 0.068 0.036 0.023 0.065 0.052 0.176 0.109 0.099 0.286 0.038 57 G 0.166 0.164 0.024 0.010 0.309 0.010 0.032 0.067 0.044 0.099 0.076 58 L 0.237 0.058 0.005 0.001 0.647 0.003 0.005 0.016 0.007 0.006 0.015 59 V 0.237 0.091 0.006 0.002 0.581 0.009 0.012 0.021 0.006 0.007 0.027 60 M 0.315 0.107 0.019 0.008 0.388 0.012 0.009 0.015 0.006 0.023 0.097 61 S 0.188 0.176 0.094 0.031 0.350 0.017 0.016 0.031 0.012 0.033 0.051 62 A 0.095 0.096 0.029 0.024 0.149 0.029 0.049 0.186 0.197 0.090 0.055 63 N 0.054 0.132 0.094 0.039 0.102 0.050 0.092 0.177 0.112 0.124 0.025 64 C 0.116 0.127 0.054 0.017 0.154 0.013 0.043 0.169 0.105 0.141 0.060 65 V 0.094 0.116 0.054 0.044 0.129 0.048 0.050 0.159 0.151 0.097 0.057 66 K 0.031 0.096 0.063 0.094 0.053 0.093 0.138 0.219 0.116 0.076 0.021 67 D 0.052 0.042 0.040 0.036 0.057 0.020 0.036 0.069 0.085 0.488 0.076 68 T 0.056 0.394 0.250 0.010 0.195 0.008 0.009 0.032 0.017 0.017 0.012 69 P 0.147 0.141 0.026 0.009 0.166 0.021 0.048 0.185 0.123 0.070 0.064 70 F 0.165 0.148 0.034 0.010 0.271 0.017 0.031 0.122 0.101 0.048 0.053 71 H 0.150 0.127 0.023 0.008 0.364 0.023 0.044 0.132 0.047 0.039 0.042 72 F 0.221 0.139 0.026 0.007 0.391 0.009 0.024 0.076 0.027 0.042 0.040 73 F 0.159 0.171 0.087 0.025 0.258 0.019 0.024 0.110 0.040 0.048 0.060 74 K 0.064 0.118 0.098 0.068 0.116 0.069 0.077 0.225 0.103 0.032 0.029 75 Q 0.025 0.180 0.092 0.089 0.052 0.073 0.142 0.165 0.099 0.066 0.019 76 N 0.076 0.059 0.040 0.025 0.083 0.012 0.019 0.069 0.050 0.377 0.191 77 V 0.094 0.347 0.069 0.004 0.315 0.005 0.012 0.060 0.041 0.028 0.025 78 M 0.163 0.180 0.041 0.010 0.298 0.025 0.037 0.091 0.042 0.035 0.078 79 T 0.208 0.155 0.066 0.029 0.240 0.024 0.033 0.080 0.034 0.058 0.073 80 T 0.044 0.267 0.134 0.059 0.109 0.079 0.063 0.113 0.033 0.067 0.033 81 D 0.132 0.298 0.181 0.017 0.239 0.005 0.005 0.044 0.013 0.032 0.034 82 A 0.005 0.007 0.002 0.001 0.009 0.003 0.008 0.602 0.342 0.019 0.003 83 E 0.005 0.012 0.006 0.003 0.010 0.006 0.017 0.798 0.119 0.021 0.003 84 K 0.012 0.016 0.006 0.002 0.018 0.003 0.011 0.762 0.091 0.071 0.009 85 S 0.019 0.015 0.006 0.002 0.017 0.003 0.011 0.791 0.076 0.047 0.013 86 F 0.010 0.006 0.002 0.001 0.011 0.003 0.005 0.793 0.148 0.015 0.004 87 H 0.005 0.009 0.004 0.002 0.009 0.008 0.027 0.833 0.091 0.010 0.002 88 D 0.024 0.014 0.005 0.002 0.034 0.004 0.044 0.722 0.099 0.043 0.009 89 I 0.061 0.025 0.007 0.003 0.092 0.004 0.018 0.574 0.145 0.043 0.026 90 R 0.053 0.042 0.012 0.004 0.101 0.011 0.049 0.560 0.110 0.042 0.017 91 L 0.057 0.195 0.053 0.016 0.120 0.033 0.111 0.225 0.075 0.083 0.032 92 N 0.137 0.144 0.255 0.039 0.228 0.021 0.021 0.059 0.026 0.041 0.030 93 R 0.015 0.020 0.006 0.005 0.018 0.016 0.074 0.475 0.332 0.031 0.009 94 D 0.078 0.058 0.044 0.016 0.089 0.024 0.048 0.127 0.105 0.358 0.052 95 E 0.105 0.213 0.070 0.010 0.209 0.019 0.049 0.129 0.079 0.076 0.041 96 D 0.210 0.116 0.015 0.005 0.309 0.015 0.070 0.069 0.048 0.081 0.063 97 I 0.254 0.058 0.003 0.002 0.614 0.007 0.024 0.012 0.006 0.007 0.014 98 Y 0.298 0.041 0.001 0.001 0.616 0.004 0.014 0.005 0.002 0.002 0.016 99 I 0.194 0.042 0.003 0.001 0.750 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 100 Q 0.313 0.025 0.001 0.001 0.632 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 101 L 0.284 0.101 0.008 0.002 0.527 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 102 N 0.297 0.126 0.026 0.015 0.364 0.017 0.023 0.005 0.003 0.025 0.099 103 F 0.189 0.217 0.075 0.043 0.255 0.018 0.012 0.026 0.029 0.046 0.090 104 K 0.044 0.082 0.046 0.097 0.071 0.141 0.107 0.155 0.131 0.094 0.029 105 S 0.041 0.081 0.075 0.036 0.086 0.029 0.054 0.195 0.222 0.155 0.027 106 S 0.071 0.125 0.053 0.013 0.099 0.019 0.040 0.237 0.154 0.139 0.051 107 F 0.073 0.107 0.051 0.015 0.117 0.020 0.051 0.249 0.126 0.139 0.050 108 Q 0.050 0.262 0.101 0.041 0.081 0.048 0.062 0.131 0.081 0.107 0.037 109 N 0.101 0.178 0.130 0.024 0.212 0.014 0.011 0.135 0.057 0.088 0.049 110 A 0.007 0.017 0.006 0.002 0.013 0.008 0.026 0.646 0.244 0.028 0.004 111 N 0.009 0.026 0.012 0.002 0.016 0.004 0.018 0.759 0.085 0.064 0.006 112 Y 0.019 0.009 0.002 0.001 0.018 0.001 0.003 0.817 0.090 0.032 0.009 113 V 0.007 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.003 0.862 0.101 0.005 0.002 114 A 0.006 0.006 0.002 0.001 0.014 0.002 0.009 0.905 0.049 0.005 0.001 115 V 0.013 0.007 0.002 0.001 0.015 0.002 0.028 0.849 0.069 0.011 0.003 116 L 0.015 0.010 0.005 0.003 0.022 0.005 0.015 0.679 0.213 0.025 0.008 117 E 0.008 0.018 0.007 0.004 0.019 0.012 0.092 0.688 0.132 0.015 0.004 118 E 0.028 0.072 0.035 0.012 0.041 0.019 0.146 0.199 0.163 0.252 0.033 119 N 0.104 0.218 0.169 0.009 0.262 0.008 0.013 0.053 0.053 0.068 0.044 120 P 0.025 0.058 0.011 0.004 0.044 0.014 0.088 0.320 0.303 0.113 0.020 121 Y 0.041 0.098 0.045 0.012 0.081 0.013 0.065 0.146 0.147 0.312 0.041 122 L 0.067 0.342 0.194 0.012 0.198 0.006 0.010 0.060 0.033 0.045 0.031 123 P 0.063 0.303 0.124 0.007 0.160 0.008 0.018 0.181 0.094 0.023 0.018 124 K 0.021 0.161 0.043 0.007 0.064 0.023 0.066 0.392 0.173 0.038 0.011 125 H 0.118 0.074 0.024 0.008 0.137 0.008 0.028 0.302 0.109 0.127 0.065 126 I 0.047 0.114 0.033 0.006 0.118 0.011 0.020 0.434 0.139 0.055 0.024 127 E 0.079 0.092 0.029 0.006 0.148 0.010 0.032 0.469 0.065 0.041 0.027 128 V 0.045 0.080 0.020 0.008 0.075 0.013 0.033 0.537 0.115 0.051 0.022 129 N 0.028 0.061 0.036 0.015 0.054 0.016 0.033 0.593 0.091 0.052 0.021 130 E 0.009 0.029 0.014 0.003 0.018 0.005 0.015 0.764 0.101 0.033 0.008 131 K 0.007 0.026 0.010 0.002 0.012 0.004 0.011 0.818 0.077 0.027 0.005 132 D 0.004 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 0.884 0.076 0.014 0.003 133 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.053 0.002 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.024 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.024 0.003 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.057 0.001 0.001 137 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.056 0.001 0.001 138 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.959 0.031 0.002 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.928 0.046 0.014 0.001 140 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.874 0.107 0.009 0.001 141 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.921 0.067 0.002 0.001 142 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.910 0.061 0.007 0.001 143 S 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.895 0.065 0.016 0.003 144 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.889 0.086 0.010 0.002 145 F 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.906 0.066 0.005 0.001 146 S 0.003 0.006 0.003 0.001 0.005 0.002 0.014 0.899 0.053 0.013 0.002 147 F 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 0.916 0.047 0.010 0.002 148 R 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.919 0.053 0.009 0.002 149 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.048 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.035 0.001 0.001 151 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.022 0.002 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.028 0.004 0.001 153 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.081 0.001 0.001 154 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.948 0.045 0.001 0.001 155 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.952 0.030 0.007 0.001 156 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.865 0.087 0.027 0.004 157 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.884 0.106 0.002 0.001 158 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.875 0.119 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.919 0.055 0.007 0.001 160 L 0.007 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.017 0.708 0.169 0.067 0.008 161 D 0.011 0.015 0.011 0.002 0.014 0.003 0.017 0.705 0.115 0.079 0.028 162 K 0.004 0.097 0.030 0.001 0.021 0.005 0.065 0.626 0.124 0.024 0.003 163 Q 0.018 0.083 0.045 0.014 0.024 0.030 0.155 0.359 0.075 0.160 0.036 164 D 0.077 0.134 0.042 0.009 0.099 0.004 0.005 0.333 0.077 0.158 0.062 165 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.858 0.127 0.007 0.001 166 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.046 0.002 0.001 167 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.035 0.013 0.001 168 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.032 0.001 0.001 169 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.056 0.001 0.001 170 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.014 0.001 0.001 171 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.934 0.030 0.011 0.002 172 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.898 0.093 0.002 0.001 173 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.059 0.001 0.001 174 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.937 0.039 0.007 0.001 175 L 0.009 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.841 0.093 0.026 0.008 176 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.834 0.133 0.017 0.002 177 M 0.004 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.030 0.783 0.107 0.053 0.003 178 L 0.054 0.093 0.036 0.008 0.100 0.014 0.079 0.443 0.106 0.047 0.020