# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.5976 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.533 0.215 0.115 0.086 0.040 0.011 0.001 2 N 0.710 0.198 0.065 0.020 0.005 0.001 0.001 3 T 0.561 0.241 0.128 0.057 0.010 0.002 0.001 4 P 0.545 0.298 0.113 0.033 0.009 0.002 0.001 5 V 0.160 0.122 0.201 0.312 0.160 0.042 0.003 6 S 0.428 0.336 0.135 0.058 0.033 0.010 0.001 7 V 0.206 0.278 0.250 0.177 0.070 0.018 0.001 8 N 0.480 0.398 0.084 0.026 0.011 0.001 0.001 9 E 0.075 0.192 0.254 0.270 0.169 0.038 0.003 10 K 0.032 0.062 0.146 0.251 0.326 0.165 0.017 11 K 0.139 0.327 0.291 0.163 0.063 0.016 0.001 12 D 0.204 0.358 0.247 0.146 0.037 0.007 0.001 13 F 0.007 0.022 0.066 0.164 0.299 0.378 0.064 14 V 0.007 0.016 0.039 0.124 0.325 0.403 0.086 15 K 0.045 0.233 0.329 0.240 0.109 0.039 0.003 16 W 0.020 0.090 0.198 0.291 0.271 0.116 0.013 17 F 0.005 0.013 0.033 0.088 0.236 0.530 0.096 18 L 0.017 0.050 0.147 0.344 0.289 0.135 0.018 19 N 0.308 0.446 0.148 0.062 0.027 0.009 0.001 20 N 0.224 0.317 0.217 0.161 0.062 0.018 0.001 21 Y 0.101 0.127 0.185 0.264 0.234 0.086 0.005 22 Q 0.239 0.401 0.205 0.098 0.044 0.012 0.001 23 L 0.111 0.104 0.180 0.262 0.237 0.094 0.012 24 K 0.177 0.233 0.231 0.186 0.122 0.047 0.005 25 Q 0.300 0.271 0.190 0.130 0.074 0.031 0.004 26 R 0.238 0.255 0.215 0.167 0.089 0.031 0.005 27 E 0.090 0.155 0.185 0.219 0.197 0.123 0.030 28 C 0.027 0.037 0.068 0.148 0.284 0.326 0.109 29 V 0.056 0.117 0.198 0.244 0.215 0.140 0.029 30 W 0.036 0.073 0.159 0.218 0.250 0.188 0.077 31 I 0.004 0.007 0.012 0.030 0.088 0.383 0.477 32 L 0.007 0.017 0.038 0.096 0.233 0.389 0.220 33 N 0.042 0.158 0.252 0.253 0.166 0.102 0.028 34 Y 0.016 0.040 0.091 0.234 0.323 0.253 0.042 35 L 0.014 0.025 0.048 0.121 0.260 0.453 0.081 36 M 0.063 0.166 0.288 0.291 0.150 0.039 0.003 37 S 0.298 0.386 0.181 0.086 0.037 0.012 0.001 38 H 0.161 0.188 0.216 0.265 0.127 0.040 0.003 39 D 0.574 0.277 0.091 0.038 0.016 0.004 0.001 40 Q 0.398 0.373 0.144 0.067 0.014 0.003 0.001 41 L 0.078 0.131 0.230 0.265 0.212 0.077 0.007 42 M 0.067 0.088 0.165 0.280 0.263 0.124 0.014 43 H 0.224 0.376 0.188 0.107 0.074 0.028 0.003 44 K 0.050 0.139 0.228 0.293 0.185 0.088 0.018 45 V 0.011 0.018 0.032 0.072 0.237 0.477 0.153 46 H 0.034 0.115 0.181 0.261 0.230 0.142 0.037 47 F 0.016 0.030 0.063 0.150 0.255 0.346 0.140 48 V 0.020 0.050 0.102 0.186 0.296 0.280 0.066 49 E 0.084 0.162 0.206 0.219 0.202 0.109 0.018 50 H 0.131 0.266 0.243 0.197 0.105 0.050 0.008 51 A 0.114 0.150 0.226 0.260 0.176 0.066 0.007 52 K 0.314 0.274 0.196 0.134 0.058 0.022 0.002 53 Y 0.140 0.196 0.215 0.202 0.170 0.069 0.008 54 C 0.102 0.130 0.157 0.241 0.220 0.127 0.023 55 P 0.142 0.213 0.243 0.188 0.133 0.069 0.012 56 R 0.053 0.120 0.240 0.276 0.166 0.117 0.029 57 G 0.017 0.022 0.041 0.090 0.215 0.401 0.214 58 L 0.004 0.005 0.009 0.023 0.080 0.363 0.516 59 V 0.007 0.016 0.034 0.070 0.131 0.302 0.439 60 M 0.004 0.007 0.013 0.028 0.106 0.314 0.528 61 S 0.007 0.022 0.031 0.063 0.146 0.387 0.344 62 A 0.022 0.069 0.128 0.186 0.275 0.243 0.077 63 N 0.041 0.155 0.252 0.266 0.168 0.103 0.015 64 C 0.047 0.117 0.210 0.266 0.229 0.120 0.012 65 V 0.056 0.064 0.137 0.269 0.302 0.154 0.017 66 K 0.418 0.377 0.125 0.053 0.021 0.006 0.001 67 D 0.444 0.379 0.114 0.044 0.015 0.004 0.001 68 T 0.099 0.218 0.252 0.285 0.112 0.031 0.003 69 P 0.027 0.097 0.185 0.287 0.252 0.137 0.014 70 F 0.012 0.025 0.049 0.126 0.315 0.396 0.077 71 H 0.022 0.113 0.239 0.301 0.203 0.108 0.014 72 F 0.008 0.021 0.039 0.105 0.258 0.437 0.134 73 F 0.013 0.047 0.115 0.212 0.284 0.270 0.059 74 K 0.048 0.115 0.208 0.282 0.220 0.108 0.019 75 Q 0.200 0.298 0.221 0.153 0.084 0.038 0.006 76 N 0.206 0.223 0.187 0.191 0.127 0.059 0.008 77 V 0.197 0.167 0.191 0.197 0.150 0.085 0.014 78 M 0.258 0.250 0.188 0.147 0.093 0.055 0.009 79 T 0.230 0.182 0.172 0.176 0.141 0.084 0.016 80 T 0.291 0.230 0.174 0.152 0.097 0.046 0.008 81 D 0.247 0.250 0.198 0.139 0.100 0.053 0.013 82 A 0.136 0.124 0.132 0.204 0.210 0.147 0.048 83 E 0.221 0.252 0.205 0.155 0.107 0.050 0.009 84 K 0.148 0.226 0.251 0.213 0.099 0.051 0.013 85 S 0.030 0.042 0.067 0.139 0.261 0.343 0.117 86 F 0.028 0.046 0.086 0.174 0.255 0.307 0.102 87 H 0.081 0.164 0.219 0.216 0.165 0.124 0.032 88 D 0.067 0.128 0.182 0.229 0.218 0.140 0.036 89 I 0.036 0.038 0.052 0.116 0.256 0.403 0.099 90 R 0.125 0.246 0.267 0.184 0.117 0.054 0.006 91 L 0.101 0.187 0.258 0.266 0.130 0.053 0.004 92 N 0.184 0.193 0.240 0.207 0.136 0.038 0.002 93 R 0.476 0.268 0.132 0.083 0.032 0.008 0.001 94 D 0.710 0.234 0.038 0.012 0.005 0.001 0.001 95 E 0.388 0.284 0.170 0.115 0.034 0.008 0.001 96 D 0.269 0.379 0.197 0.091 0.047 0.015 0.002 97 I 0.019 0.039 0.091 0.224 0.346 0.242 0.039 98 Y 0.020 0.052 0.132 0.218 0.283 0.238 0.057 99 I 0.004 0.012 0.023 0.047 0.152 0.517 0.247 100 Q 0.021 0.065 0.153 0.246 0.251 0.189 0.075 101 L 0.007 0.027 0.059 0.101 0.264 0.433 0.107 102 N 0.031 0.130 0.236 0.288 0.201 0.098 0.016 103 F 0.020 0.039 0.099 0.254 0.364 0.208 0.017 104 K 0.280 0.363 0.181 0.110 0.054 0.012 0.001 105 S 0.571 0.308 0.080 0.029 0.010 0.003 0.001 106 S 0.336 0.327 0.212 0.100 0.020 0.004 0.001 107 F 0.181 0.156 0.277 0.245 0.116 0.023 0.001 108 Q 0.411 0.302 0.164 0.082 0.033 0.008 0.001 109 N 0.376 0.307 0.157 0.095 0.047 0.016 0.001 110 A 0.243 0.254 0.214 0.176 0.082 0.028 0.002 111 N 0.218 0.318 0.237 0.142 0.064 0.018 0.002 112 Y 0.032 0.064 0.113 0.191 0.279 0.260 0.063 113 V 0.027 0.057 0.107 0.218 0.319 0.237 0.036 114 A 0.064 0.228 0.262 0.232 0.143 0.065 0.006 115 V 0.023 0.074 0.154 0.280 0.295 0.157 0.017 116 L 0.021 0.040 0.091 0.190 0.310 0.307 0.040 117 E 0.136 0.245 0.242 0.216 0.121 0.036 0.004 118 E 0.404 0.350 0.137 0.071 0.028 0.009 0.001 119 N 0.256 0.251 0.223 0.180 0.070 0.019 0.001 120 P 0.385 0.324 0.152 0.086 0.040 0.012 0.001 121 Y 0.150 0.156 0.217 0.243 0.169 0.059 0.005 122 L 0.204 0.201 0.221 0.195 0.132 0.044 0.003 123 P 0.395 0.298 0.179 0.088 0.031 0.009 0.001 124 K 0.473 0.294 0.130 0.069 0.026 0.007 0.001 125 H 0.310 0.256 0.185 0.145 0.077 0.024 0.002 126 I 0.163 0.155 0.220 0.243 0.163 0.053 0.003 127 E 0.367 0.347 0.168 0.077 0.031 0.009 0.001 128 V 0.184 0.180 0.221 0.231 0.138 0.044 0.003 129 N 0.291 0.258 0.214 0.147 0.071 0.018 0.001 130 E 0.510 0.286 0.122 0.056 0.021 0.005 0.001 131 K 0.457 0.284 0.153 0.075 0.024 0.006 0.001 132 D 0.244 0.198 0.216 0.203 0.107 0.029 0.002 133 R 0.375 0.338 0.176 0.075 0.028 0.008 0.001 134 L 0.277 0.295 0.228 0.146 0.041 0.011 0.001 135 L 0.090 0.174 0.265 0.250 0.163 0.053 0.004 136 A 0.057 0.076 0.110 0.215 0.296 0.220 0.026 137 E 0.167 0.317 0.242 0.160 0.087 0.026 0.002 138 R 0.167 0.363 0.250 0.156 0.049 0.014 0.001 139 F 0.024 0.059 0.139 0.254 0.323 0.184 0.018 140 L 0.033 0.063 0.135 0.280 0.317 0.158 0.014 141 E 0.255 0.381 0.206 0.098 0.047 0.012 0.001 142 E 0.301 0.353 0.195 0.108 0.036 0.008 0.001 143 S 0.173 0.229 0.204 0.219 0.134 0.039 0.002 144 V 0.145 0.190 0.265 0.234 0.127 0.037 0.002 145 F 0.252 0.262 0.243 0.156 0.070 0.016 0.001 146 S 0.447 0.379 0.122 0.037 0.013 0.003 0.001 147 F 0.116 0.134 0.232 0.324 0.161 0.032 0.002 148 R 0.359 0.308 0.194 0.088 0.041 0.010 0.001 149 R 0.255 0.266 0.240 0.170 0.054 0.014 0.001 150 E 0.578 0.326 0.070 0.019 0.006 0.001 0.001 151 R 0.109 0.310 0.306 0.215 0.051 0.009 0.001 152 L 0.023 0.040 0.077 0.171 0.401 0.265 0.023 153 L 0.015 0.085 0.237 0.391 0.206 0.065 0.002 154 K 0.251 0.451 0.179 0.077 0.034 0.008 0.001 155 Q 0.056 0.173 0.287 0.302 0.152 0.027 0.002 156 I 0.011 0.024 0.037 0.091 0.326 0.453 0.058 157 D 0.060 0.180 0.331 0.267 0.131 0.030 0.002 158 E 0.253 0.442 0.218 0.073 0.011 0.003 0.001 159 A 0.093 0.146 0.245 0.273 0.192 0.050 0.002 160 L 0.060 0.075 0.172 0.297 0.296 0.097 0.003 161 D 0.392 0.404 0.145 0.040 0.017 0.002 0.001 162 K 0.633 0.316 0.041 0.008 0.002 0.001 0.001 163 Q 0.581 0.301 0.082 0.030 0.006 0.001 0.001 164 D 0.383 0.232 0.224 0.120 0.037 0.004 0.001 165 K 0.616 0.289 0.071 0.019 0.005 0.001 0.001 166 E 0.746 0.239 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 167 A 0.101 0.264 0.324 0.247 0.056 0.008 0.001 168 F 0.060 0.079 0.187 0.258 0.324 0.089 0.002 169 H 0.177 0.381 0.297 0.111 0.032 0.003 0.001 170 R 0.342 0.441 0.160 0.046 0.010 0.001 0.001 171 L 0.032 0.065 0.173 0.340 0.292 0.095 0.003 172 T 0.119 0.197 0.282 0.279 0.108 0.015 0.001 173 A 0.678 0.285 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 174 E 0.446 0.369 0.127 0.048 0.008 0.001 0.001 175 L 0.162 0.111 0.226 0.283 0.183 0.034 0.001 176 K 0.618 0.277 0.077 0.021 0.006 0.001 0.001 177 M 0.734 0.211 0.042 0.010 0.002 0.001 0.001 178 L 0.408 0.168 0.163 0.159 0.077 0.023 0.002