# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6928 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.005 0.001 0.026 0.045 0.078 0.100 0.001 0.001 0.031 0.695 2 N 0.013 0.004 0.001 0.017 0.054 0.068 0.088 0.001 0.001 0.041 0.715 3 T 0.017 0.009 0.001 0.046 0.130 0.150 0.098 0.001 0.001 0.045 0.502 4 P 0.010 0.010 0.001 0.036 0.065 0.119 0.113 0.001 0.001 0.054 0.593 5 V 0.020 0.058 0.001 0.048 0.103 0.109 0.089 0.002 0.001 0.055 0.514 6 S 0.084 0.261 0.002 0.031 0.065 0.086 0.058 0.004 0.001 0.048 0.360 7 V 0.071 0.372 0.001 0.013 0.027 0.040 0.044 0.003 0.001 0.058 0.371 8 N 0.034 0.435 0.003 0.013 0.018 0.025 0.063 0.003 0.001 0.092 0.313 9 E 0.013 0.828 0.003 0.002 0.004 0.005 0.016 0.002 0.001 0.023 0.102 10 K 0.024 0.904 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.019 0.037 11 K 0.008 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.018 12 D 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.013 13 F 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 14 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 15 K 0.007 0.677 0.002 0.002 0.004 0.005 0.004 0.002 0.001 0.276 0.021 16 W 0.006 0.259 0.038 0.004 0.010 0.008 0.011 0.002 0.015 0.617 0.030 17 F 0.136 0.383 0.099 0.009 0.009 0.012 0.028 0.009 0.058 0.186 0.070 18 L 0.348 0.132 0.039 0.011 0.009 0.013 0.024 0.016 0.021 0.062 0.323 19 N 0.087 0.048 0.004 0.010 0.009 0.018 0.084 0.006 0.004 0.027 0.702 20 N 0.034 0.058 0.003 0.011 0.010 0.031 0.114 0.004 0.002 0.034 0.698 21 Y 0.027 0.048 0.005 0.013 0.024 0.016 0.186 0.005 0.002 0.039 0.635 22 Q 0.116 0.083 0.006 0.019 0.021 0.041 0.141 0.013 0.003 0.070 0.486 23 L 0.080 0.064 0.003 0.012 0.013 0.015 0.075 0.004 0.001 0.049 0.684 24 K 0.041 0.264 0.004 0.026 0.019 0.017 0.060 0.004 0.002 0.046 0.516 25 Q 0.020 0.727 0.001 0.005 0.004 0.008 0.026 0.002 0.001 0.030 0.176 26 R 0.006 0.858 0.001 0.002 0.004 0.004 0.008 0.001 0.001 0.053 0.063 27 E 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 28 C 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 29 V 0.001 0.885 0.002 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.091 0.005 30 W 0.001 0.940 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 31 I 0.003 0.955 0.005 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.017 0.006 32 L 0.016 0.856 0.011 0.004 0.009 0.015 0.004 0.004 0.008 0.050 0.024 33 N 0.048 0.282 0.022 0.007 0.015 0.033 0.031 0.011 0.019 0.404 0.127 34 Y 0.066 0.294 0.060 0.017 0.031 0.029 0.059 0.014 0.031 0.196 0.204 35 L 0.218 0.160 0.021 0.021 0.015 0.020 0.084 0.018 0.019 0.091 0.334 36 M 0.068 0.090 0.010 0.015 0.008 0.011 0.094 0.010 0.008 0.043 0.643 37 S 0.054 0.307 0.004 0.005 0.003 0.005 0.070 0.014 0.005 0.023 0.510 38 H 0.131 0.748 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.002 0.011 0.081 39 D 0.187 0.432 0.005 0.003 0.002 0.003 0.042 0.011 0.003 0.153 0.160 40 Q 0.101 0.236 0.049 0.009 0.007 0.011 0.059 0.013 0.012 0.211 0.292 41 L 0.417 0.155 0.026 0.005 0.007 0.012 0.059 0.018 0.010 0.076 0.214 42 M 0.329 0.041 0.008 0.009 0.015 0.025 0.037 0.008 0.003 0.043 0.481 43 H 0.019 0.017 0.001 0.016 0.025 0.028 0.084 0.001 0.001 0.021 0.787 44 K 0.008 0.033 0.001 0.019 0.043 0.120 0.105 0.002 0.001 0.038 0.632 45 V 0.005 0.066 0.001 0.030 0.098 0.046 0.199 0.001 0.001 0.070 0.484 46 H 0.011 0.102 0.005 0.254 0.118 0.170 0.078 0.004 0.001 0.109 0.148 47 F 0.021 0.157 0.004 0.118 0.071 0.120 0.065 0.005 0.001 0.073 0.366 48 V 0.147 0.165 0.010 0.183 0.078 0.085 0.031 0.013 0.005 0.080 0.204 49 E 0.136 0.126 0.015 0.105 0.038 0.059 0.057 0.011 0.008 0.052 0.393 50 H 0.198 0.053 0.005 0.023 0.016 0.037 0.040 0.024 0.004 0.037 0.562 51 A 0.270 0.011 0.003 0.015 0.018 0.022 0.074 0.014 0.003 0.041 0.530 52 K 0.016 0.008 0.004 0.019 0.017 0.021 0.123 0.002 0.002 0.018 0.771 53 Y 0.013 0.017 0.004 0.009 0.012 0.013 0.141 0.004 0.002 0.015 0.771 54 C 0.195 0.060 0.005 0.011 0.030 0.036 0.135 0.017 0.002 0.077 0.433 55 P 0.055 0.050 0.003 0.024 0.027 0.024 0.161 0.003 0.001 0.097 0.555 56 R 0.016 0.074 0.003 0.144 0.075 0.160 0.120 0.002 0.001 0.089 0.316 57 G 0.006 0.015 0.002 0.174 0.104 0.308 0.070 0.003 0.001 0.107 0.211 58 L 0.002 0.012 0.001 0.337 0.241 0.252 0.026 0.001 0.001 0.053 0.074 59 V 0.002 0.005 0.001 0.304 0.233 0.311 0.026 0.001 0.001 0.062 0.055 60 M 0.007 0.015 0.005 0.243 0.367 0.179 0.032 0.003 0.001 0.044 0.103 61 S 0.159 0.042 0.003 0.139 0.130 0.211 0.063 0.014 0.002 0.049 0.186 62 A 0.126 0.027 0.004 0.083 0.086 0.113 0.082 0.007 0.002 0.059 0.412 63 N 0.029 0.022 0.006 0.060 0.077 0.097 0.119 0.005 0.002 0.030 0.553 64 C 0.166 0.024 0.004 0.030 0.049 0.115 0.073 0.014 0.002 0.056 0.467 65 V 0.086 0.005 0.003 0.024 0.044 0.035 0.117 0.005 0.001 0.070 0.610 66 K 0.017 0.011 0.002 0.024 0.033 0.035 0.136 0.002 0.001 0.024 0.717 67 D 0.030 0.022 0.001 0.014 0.028 0.035 0.084 0.003 0.001 0.032 0.751 68 T 0.087 0.054 0.003 0.034 0.098 0.095 0.130 0.006 0.001 0.061 0.432 69 P 0.026 0.058 0.002 0.038 0.060 0.183 0.096 0.004 0.001 0.038 0.496 70 F 0.030 0.070 0.002 0.078 0.168 0.248 0.065 0.004 0.001 0.040 0.297 71 H 0.013 0.043 0.002 0.116 0.227 0.271 0.065 0.002 0.001 0.047 0.214 72 F 0.012 0.028 0.006 0.085 0.172 0.237 0.089 0.003 0.001 0.094 0.273 73 F 0.139 0.054 0.007 0.058 0.125 0.159 0.087 0.012 0.003 0.075 0.282 74 K 0.333 0.065 0.002 0.040 0.056 0.069 0.054 0.008 0.001 0.041 0.331 75 Q 0.036 0.017 0.001 0.040 0.039 0.065 0.087 0.002 0.001 0.070 0.643 76 N 0.014 0.012 0.001 0.074 0.052 0.113 0.118 0.002 0.001 0.190 0.423 77 V 0.023 0.013 0.002 0.076 0.075 0.078 0.127 0.003 0.001 0.123 0.480 78 M 0.026 0.009 0.001 0.097 0.065 0.058 0.089 0.002 0.001 0.105 0.547 79 T 0.010 0.032 0.001 0.052 0.028 0.035 0.116 0.001 0.001 0.046 0.678 80 T 0.014 0.329 0.001 0.033 0.021 0.016 0.055 0.002 0.001 0.058 0.472 81 D 0.060 0.283 0.001 0.010 0.006 0.010 0.019 0.008 0.001 0.495 0.107 82 A 0.013 0.879 0.002 0.003 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.041 0.048 83 E 0.035 0.490 0.004 0.007 0.003 0.004 0.015 0.003 0.002 0.339 0.098 84 K 0.028 0.721 0.022 0.004 0.004 0.005 0.018 0.005 0.007 0.127 0.059 85 S 0.033 0.865 0.008 0.002 0.003 0.004 0.015 0.003 0.003 0.019 0.044 86 F 0.073 0.557 0.013 0.009 0.014 0.021 0.031 0.011 0.004 0.101 0.165 87 H 0.048 0.290 0.025 0.029 0.037 0.042 0.079 0.011 0.007 0.199 0.233 88 D 0.055 0.059 0.022 0.034 0.045 0.071 0.083 0.012 0.008 0.203 0.408 89 I 0.067 0.022 0.014 0.072 0.061 0.052 0.113 0.007 0.007 0.100 0.484 90 R 0.021 0.003 0.004 0.059 0.040 0.067 0.125 0.005 0.002 0.048 0.627 91 L 0.018 0.004 0.003 0.030 0.026 0.023 0.066 0.004 0.002 0.024 0.801 92 N 0.231 0.011 0.005 0.032 0.023 0.032 0.114 0.010 0.005 0.083 0.454 93 R 0.025 0.009 0.002 0.014 0.006 0.007 0.125 0.001 0.001 0.030 0.779 94 D 0.042 0.015 0.002 0.029 0.009 0.019 0.197 0.002 0.001 0.140 0.545 95 E 0.015 0.017 0.002 0.045 0.041 0.062 0.169 0.001 0.001 0.114 0.536 96 D 0.003 0.012 0.001 0.123 0.099 0.158 0.114 0.001 0.001 0.084 0.406 97 I 0.002 0.002 0.001 0.107 0.138 0.656 0.018 0.001 0.001 0.037 0.040 98 Y 0.001 0.001 0.001 0.116 0.359 0.356 0.019 0.001 0.001 0.056 0.092 99 I 0.001 0.002 0.001 0.155 0.438 0.341 0.011 0.001 0.001 0.021 0.030 100 Q 0.001 0.002 0.001 0.106 0.316 0.436 0.019 0.001 0.001 0.045 0.073 101 L 0.003 0.004 0.001 0.082 0.371 0.385 0.019 0.001 0.001 0.055 0.080 102 N 0.009 0.007 0.001 0.089 0.237 0.369 0.057 0.001 0.001 0.077 0.153 103 F 0.053 0.062 0.003 0.066 0.130 0.180 0.090 0.003 0.001 0.093 0.320 104 K 0.153 0.092 0.002 0.036 0.048 0.062 0.100 0.007 0.001 0.073 0.425 105 S 0.114 0.129 0.003 0.017 0.023 0.037 0.080 0.007 0.001 0.088 0.502 106 S 0.122 0.119 0.002 0.013 0.017 0.025 0.081 0.006 0.001 0.080 0.532 107 F 0.074 0.069 0.005 0.017 0.018 0.023 0.115 0.006 0.002 0.196 0.475 108 Q 0.029 0.223 0.006 0.008 0.013 0.011 0.104 0.005 0.002 0.059 0.540 109 N 0.056 0.788 0.001 0.002 0.005 0.005 0.014 0.006 0.001 0.020 0.101 110 A 0.038 0.779 0.002 0.003 0.009 0.007 0.015 0.004 0.001 0.042 0.099 111 N 0.007 0.899 0.003 0.003 0.004 0.007 0.010 0.002 0.001 0.025 0.041 112 Y 0.016 0.875 0.007 0.003 0.005 0.009 0.010 0.006 0.002 0.028 0.041 113 V 0.035 0.814 0.011 0.006 0.016 0.014 0.011 0.005 0.004 0.037 0.048 114 A 0.063 0.387 0.026 0.021 0.043 0.063 0.035 0.013 0.009 0.162 0.179 115 V 0.122 0.077 0.031 0.028 0.053 0.063 0.063 0.022 0.012 0.186 0.343 116 L 0.246 0.015 0.013 0.042 0.025 0.042 0.067 0.009 0.013 0.098 0.430 117 E 0.025 0.004 0.004 0.019 0.011 0.014 0.122 0.002 0.002 0.015 0.782 118 E 0.021 0.008 0.001 0.007 0.006 0.009 0.075 0.004 0.001 0.008 0.859 119 N 0.498 0.008 0.001 0.010 0.009 0.014 0.083 0.011 0.001 0.045 0.321 120 P 0.028 0.008 0.001 0.021 0.008 0.009 0.145 0.001 0.001 0.017 0.761 121 Y 0.015 0.024 0.001 0.020 0.006 0.011 0.121 0.002 0.001 0.017 0.783 122 L 0.195 0.092 0.003 0.025 0.021 0.030 0.090 0.015 0.001 0.050 0.478 123 P 0.128 0.123 0.001 0.019 0.017 0.020 0.076 0.006 0.001 0.054 0.556 124 K 0.051 0.238 0.002 0.031 0.027 0.031 0.066 0.004 0.001 0.044 0.506 125 H 0.057 0.146 0.002 0.031 0.031 0.055 0.082 0.010 0.001 0.139 0.446 126 I 0.058 0.247 0.008 0.033 0.038 0.039 0.071 0.009 0.003 0.107 0.386 127 E 0.069 0.345 0.006 0.024 0.033 0.033 0.056 0.009 0.003 0.057 0.366 128 V 0.082 0.363 0.007 0.014 0.026 0.026 0.046 0.014 0.003 0.060 0.360 129 N 0.085 0.483 0.005 0.009 0.014 0.016 0.050 0.010 0.004 0.051 0.272 130 E 0.052 0.699 0.003 0.004 0.005 0.007 0.027 0.006 0.002 0.028 0.168 131 K 0.018 0.833 0.003 0.002 0.003 0.002 0.011 0.005 0.001 0.017 0.106 132 D 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.010 0.036 133 R 0.007 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 0.021 134 L 0.010 0.891 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.002 0.052 0.031 135 L 0.005 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.010 136 A 0.010 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.013 137 E 0.012 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.024 138 R 0.013 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.026 139 F 0.029 0.190 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.005 0.659 0.086 140 L 0.030 0.736 0.018 0.002 0.001 0.001 0.016 0.004 0.016 0.104 0.073 141 E 0.030 0.860 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.016 0.082 142 E 0.034 0.402 0.003 0.003 0.001 0.002 0.022 0.006 0.002 0.326 0.199 143 S 0.016 0.722 0.006 0.002 0.001 0.001 0.027 0.002 0.004 0.128 0.090 144 V 0.019 0.899 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.021 0.044 145 F 0.018 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.018 0.054 146 S 0.008 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.025 0.047 147 F 0.009 0.895 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.038 0.039 148 R 0.007 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.013 149 R 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 150 E 0.008 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.014 151 R 0.012 0.920 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.033 0.022 152 L 0.011 0.954 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.014 153 L 0.021 0.933 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.013 0.019 154 K 0.012 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.034 155 Q 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.026 156 I 0.017 0.690 0.013 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.010 0.182 0.061 157 D 0.030 0.885 0.015 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.030 0.017 158 E 0.150 0.753 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.017 0.054 159 A 0.099 0.450 0.022 0.004 0.001 0.001 0.036 0.012 0.015 0.102 0.258 160 L 0.165 0.242 0.049 0.007 0.001 0.003 0.059 0.027 0.037 0.096 0.313 161 D 0.311 0.215 0.006 0.004 0.001 0.001 0.044 0.018 0.007 0.027 0.367 162 K 0.062 0.278 0.002 0.006 0.001 0.001 0.056 0.008 0.002 0.028 0.556 163 Q 0.007 0.409 0.002 0.004 0.002 0.001 0.065 0.004 0.002 0.046 0.457 164 D 0.014 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.009 0.012 165 K 0.025 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 0.013 166 E 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 167 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 168 F 0.026 0.503 0.005 0.002 0.002 0.002 0.007 0.009 0.005 0.383 0.057 169 H 0.006 0.916 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.036 0.023 170 R 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 171 L 0.006 0.945 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.019 0.018 172 T 0.019 0.932 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.021 0.011 173 A 0.063 0.812 0.020 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.009 0.034 0.046 174 E 0.128 0.441 0.036 0.004 0.003 0.005 0.033 0.016 0.020 0.102 0.212 175 L 0.288 0.096 0.034 0.007 0.005 0.011 0.045 0.019 0.027 0.116 0.352 176 K 0.124 0.035 0.009 0.009 0.008 0.011 0.089 0.006 0.006 0.036 0.667 177 M 0.023 0.015 0.002 0.007 0.007 0.012 0.080 0.003 0.001 0.020 0.830 178 L 0.030 0.016 0.002 0.013 0.015 0.018 0.146 0.004 0.001 0.045 0.710