# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6928 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.003 0.055 0.043 0.057 0.149 0.022 0.649 2 N 0.020 0.003 0.010 0.013 0.024 0.127 0.021 0.782 3 T 0.022 0.026 0.040 0.079 0.072 0.159 0.039 0.563 4 P 0.014 0.014 0.014 0.025 0.039 0.128 0.026 0.739 5 V 0.005 0.059 0.035 0.083 0.048 0.128 0.065 0.577 6 S 0.039 0.798 0.014 0.013 0.021 0.012 0.064 0.038 7 V 0.034 0.857 0.005 0.015 0.006 0.007 0.046 0.031 8 N 0.010 0.868 0.007 0.013 0.006 0.008 0.047 0.040 9 E 0.018 0.886 0.005 0.003 0.008 0.005 0.044 0.030 10 K 0.016 0.897 0.002 0.002 0.002 0.003 0.064 0.014 11 K 0.006 0.865 0.001 0.002 0.001 0.003 0.105 0.015 12 D 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 13 F 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 14 V 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 15 K 0.013 0.509 0.005 0.003 0.003 0.005 0.449 0.013 16 W 0.020 0.320 0.020 0.012 0.008 0.013 0.570 0.038 17 F 0.130 0.421 0.048 0.010 0.009 0.028 0.239 0.115 18 L 0.182 0.259 0.027 0.011 0.008 0.071 0.099 0.344 19 N 0.050 0.164 0.023 0.007 0.011 0.113 0.052 0.579 20 N 0.038 0.122 0.034 0.013 0.019 0.130 0.080 0.564 21 Y 0.066 0.192 0.033 0.034 0.037 0.086 0.114 0.439 22 Q 0.057 0.176 0.048 0.051 0.048 0.104 0.082 0.435 23 L 0.034 0.072 0.062 0.036 0.042 0.115 0.087 0.552 24 K 0.085 0.266 0.041 0.022 0.032 0.075 0.135 0.344 25 Q 0.121 0.478 0.009 0.005 0.006 0.039 0.136 0.206 26 R 0.008 0.795 0.004 0.008 0.006 0.024 0.044 0.112 27 E 0.002 0.972 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.010 28 C 0.001 0.971 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.004 29 V 0.001 0.659 0.006 0.008 0.004 0.001 0.320 0.002 30 W 0.001 0.927 0.004 0.011 0.004 0.001 0.051 0.002 31 I 0.012 0.965 0.003 0.002 0.004 0.001 0.011 0.003 32 L 0.007 0.935 0.004 0.007 0.005 0.003 0.029 0.011 33 N 0.027 0.462 0.025 0.007 0.013 0.013 0.424 0.028 34 Y 0.063 0.318 0.031 0.013 0.012 0.030 0.440 0.093 35 L 0.166 0.178 0.019 0.011 0.008 0.074 0.162 0.382 36 M 0.062 0.236 0.009 0.006 0.004 0.080 0.030 0.573 37 S 0.032 0.361 0.008 0.001 0.002 0.067 0.038 0.490 38 H 0.039 0.750 0.004 0.001 0.001 0.026 0.051 0.129 39 D 0.083 0.502 0.005 0.003 0.002 0.031 0.223 0.152 40 Q 0.064 0.357 0.015 0.010 0.007 0.053 0.122 0.371 41 L 0.163 0.366 0.029 0.005 0.010 0.048 0.070 0.310 42 M 0.197 0.225 0.068 0.011 0.013 0.071 0.132 0.283 43 H 0.014 0.097 0.057 0.010 0.027 0.113 0.101 0.581 44 K 0.004 0.114 0.155 0.055 0.109 0.100 0.102 0.361 45 V 0.006 0.111 0.177 0.129 0.138 0.072 0.074 0.293 46 H 0.005 0.103 0.425 0.188 0.093 0.028 0.099 0.060 47 F 0.065 0.139 0.206 0.083 0.102 0.040 0.113 0.252 48 V 0.134 0.090 0.207 0.119 0.059 0.053 0.102 0.237 49 E 0.174 0.057 0.097 0.026 0.039 0.062 0.031 0.514 50 H 0.302 0.044 0.019 0.013 0.026 0.052 0.028 0.517 51 A 0.265 0.014 0.012 0.012 0.019 0.080 0.050 0.548 52 K 0.014 0.010 0.018 0.020 0.036 0.106 0.025 0.771 53 Y 0.022 0.009 0.016 0.011 0.024 0.103 0.025 0.789 54 C 0.118 0.096 0.022 0.061 0.031 0.107 0.117 0.447 55 P 0.074 0.054 0.038 0.017 0.040 0.107 0.094 0.578 56 R 0.014 0.098 0.167 0.054 0.108 0.091 0.098 0.370 57 G 0.007 0.036 0.220 0.060 0.207 0.076 0.103 0.291 58 L 0.004 0.039 0.286 0.261 0.215 0.034 0.069 0.091 59 V 0.012 0.032 0.253 0.133 0.339 0.031 0.121 0.080 60 M 0.011 0.029 0.247 0.278 0.160 0.040 0.110 0.126 61 S 0.074 0.042 0.113 0.122 0.244 0.058 0.087 0.259 62 A 0.075 0.023 0.063 0.145 0.151 0.095 0.055 0.393 63 N 0.035 0.016 0.060 0.070 0.126 0.103 0.070 0.520 64 C 0.123 0.010 0.027 0.046 0.063 0.103 0.061 0.566 65 V 0.233 0.006 0.016 0.029 0.038 0.096 0.084 0.499 66 K 0.016 0.005 0.010 0.014 0.019 0.113 0.016 0.807 67 D 0.040 0.010 0.005 0.010 0.027 0.108 0.020 0.779 68 T 0.042 0.062 0.019 0.094 0.097 0.147 0.088 0.452 69 P 0.041 0.045 0.020 0.061 0.132 0.103 0.061 0.536 70 F 0.025 0.093 0.030 0.176 0.309 0.049 0.079 0.240 71 H 0.016 0.054 0.088 0.205 0.356 0.045 0.078 0.159 72 F 0.008 0.010 0.056 0.330 0.277 0.043 0.112 0.164 73 F 0.071 0.020 0.054 0.261 0.260 0.052 0.078 0.204 74 K 0.424 0.018 0.020 0.045 0.086 0.045 0.039 0.322 75 Q 0.024 0.009 0.026 0.038 0.057 0.111 0.048 0.687 76 N 0.017 0.012 0.063 0.060 0.110 0.144 0.081 0.514 77 V 0.015 0.011 0.098 0.087 0.116 0.106 0.099 0.469 78 M 0.022 0.012 0.093 0.057 0.059 0.108 0.027 0.624 79 T 0.020 0.022 0.034 0.042 0.049 0.157 0.053 0.622 80 T 0.022 0.061 0.080 0.018 0.034 0.127 0.046 0.612 81 D 0.204 0.373 0.016 0.006 0.009 0.036 0.259 0.097 82 A 0.059 0.569 0.011 0.008 0.006 0.051 0.140 0.157 83 E 0.050 0.562 0.015 0.007 0.009 0.034 0.170 0.152 84 K 0.029 0.543 0.015 0.018 0.022 0.047 0.120 0.206 85 S 0.035 0.710 0.019 0.011 0.029 0.031 0.040 0.125 86 F 0.045 0.624 0.020 0.025 0.033 0.039 0.102 0.113 87 H 0.034 0.378 0.023 0.047 0.067 0.057 0.166 0.227 88 D 0.050 0.247 0.064 0.068 0.132 0.052 0.197 0.190 89 I 0.106 0.044 0.071 0.103 0.117 0.083 0.107 0.368 90 R 0.025 0.016 0.088 0.057 0.128 0.133 0.067 0.485 91 L 0.011 0.005 0.044 0.028 0.052 0.112 0.018 0.729 92 N 0.208 0.018 0.036 0.026 0.041 0.108 0.163 0.399 93 R 0.065 0.005 0.009 0.011 0.009 0.106 0.030 0.765 94 D 0.090 0.013 0.013 0.008 0.028 0.111 0.063 0.674 95 E 0.014 0.018 0.058 0.053 0.112 0.177 0.099 0.469 96 D 0.006 0.010 0.045 0.070 0.306 0.125 0.058 0.380 97 I 0.002 0.010 0.088 0.239 0.512 0.038 0.052 0.060 98 Y 0.001 0.004 0.120 0.260 0.395 0.046 0.053 0.121 99 I 0.001 0.005 0.081 0.579 0.241 0.012 0.058 0.024 100 Q 0.002 0.007 0.095 0.288 0.499 0.014 0.032 0.062 101 L 0.001 0.004 0.076 0.707 0.141 0.012 0.037 0.023 102 N 0.007 0.006 0.068 0.201 0.499 0.035 0.047 0.138 103 F 0.064 0.037 0.077 0.312 0.198 0.063 0.092 0.158 104 K 0.226 0.062 0.017 0.050 0.049 0.076 0.077 0.444 105 S 0.096 0.050 0.015 0.020 0.027 0.093 0.068 0.632 106 S 0.142 0.052 0.008 0.012 0.014 0.076 0.037 0.658 107 F 0.140 0.026 0.011 0.007 0.013 0.121 0.117 0.566 108 Q 0.015 0.085 0.007 0.011 0.010 0.109 0.027 0.736 109 N 0.227 0.470 0.002 0.003 0.007 0.039 0.058 0.194 110 A 0.037 0.470 0.005 0.022 0.011 0.067 0.098 0.289 111 N 0.037 0.728 0.009 0.008 0.030 0.023 0.046 0.119 112 Y 0.067 0.660 0.015 0.019 0.031 0.023 0.090 0.096 113 V 0.042 0.466 0.035 0.107 0.067 0.040 0.083 0.160 114 A 0.121 0.450 0.025 0.047 0.148 0.026 0.060 0.123 115 V 0.129 0.221 0.053 0.078 0.124 0.046 0.060 0.290 116 L 0.418 0.016 0.018 0.049 0.080 0.067 0.062 0.291 117 E 0.023 0.021 0.033 0.048 0.100 0.145 0.033 0.596 118 E 0.018 0.010 0.017 0.011 0.022 0.083 0.010 0.829 119 N 0.551 0.032 0.004 0.013 0.007 0.050 0.102 0.242 120 P 0.016 0.009 0.011 0.007 0.007 0.130 0.028 0.791 121 Y 0.024 0.016 0.025 0.004 0.014 0.094 0.037 0.787 122 L 0.114 0.055 0.012 0.018 0.009 0.107 0.086 0.599 123 P 0.090 0.065 0.017 0.010 0.012 0.100 0.046 0.660 124 K 0.067 0.213 0.019 0.009 0.030 0.081 0.061 0.522 125 H 0.071 0.154 0.025 0.019 0.027 0.094 0.170 0.439 126 I 0.039 0.170 0.035 0.070 0.050 0.116 0.111 0.409 127 E 0.105 0.328 0.030 0.022 0.050 0.055 0.142 0.268 128 V 0.056 0.474 0.014 0.018 0.015 0.047 0.107 0.268 129 N 0.090 0.700 0.005 0.006 0.006 0.023 0.045 0.125 130 E 0.032 0.785 0.003 0.004 0.004 0.018 0.031 0.124 131 K 0.014 0.843 0.004 0.002 0.003 0.011 0.053 0.071 132 D 0.007 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.012 133 R 0.009 0.910 0.002 0.002 0.001 0.004 0.059 0.014 134 L 0.008 0.907 0.002 0.001 0.001 0.004 0.048 0.028 135 L 0.007 0.928 0.004 0.001 0.001 0.003 0.042 0.015 136 A 0.010 0.933 0.004 0.001 0.001 0.003 0.035 0.013 137 E 0.030 0.886 0.002 0.001 0.001 0.006 0.040 0.035 138 R 0.036 0.803 0.004 0.001 0.001 0.011 0.059 0.084 139 F 0.024 0.285 0.033 0.002 0.002 0.043 0.504 0.106 140 L 0.018 0.676 0.020 0.003 0.001 0.035 0.163 0.084 141 E 0.081 0.673 0.005 0.001 0.001 0.026 0.046 0.168 142 E 0.029 0.437 0.010 0.002 0.001 0.066 0.184 0.270 143 S 0.005 0.731 0.014 0.001 0.001 0.040 0.084 0.123 144 V 0.014 0.891 0.008 0.001 0.001 0.009 0.044 0.033 145 F 0.007 0.932 0.002 0.001 0.001 0.004 0.036 0.018 146 S 0.007 0.852 0.005 0.001 0.001 0.010 0.078 0.045 147 F 0.008 0.874 0.009 0.001 0.002 0.008 0.062 0.035 148 R 0.008 0.920 0.005 0.001 0.001 0.004 0.044 0.017 149 R 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.014 150 E 0.012 0.921 0.002 0.001 0.001 0.005 0.032 0.027 151 R 0.041 0.686 0.015 0.002 0.002 0.016 0.135 0.103 152 L 0.108 0.687 0.010 0.001 0.001 0.011 0.120 0.061 153 L 0.069 0.568 0.013 0.002 0.002 0.033 0.108 0.206 154 K 0.023 0.585 0.008 0.002 0.002 0.029 0.035 0.316 155 Q 0.026 0.758 0.011 0.001 0.002 0.018 0.061 0.124 156 I 0.018 0.752 0.023 0.002 0.002 0.021 0.101 0.081 157 D 0.045 0.851 0.005 0.001 0.001 0.008 0.055 0.034 158 E 0.168 0.609 0.008 0.002 0.002 0.016 0.073 0.123 159 A 0.065 0.482 0.056 0.003 0.004 0.044 0.144 0.201 160 L 0.141 0.388 0.059 0.002 0.004 0.039 0.197 0.169 161 D 0.496 0.145 0.005 0.002 0.001 0.032 0.059 0.260 162 K 0.031 0.190 0.012 0.002 0.003 0.087 0.042 0.634 163 Q 0.005 0.507 0.007 0.001 0.002 0.037 0.025 0.417 164 D 0.020 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 165 K 0.013 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.015 166 E 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.019 167 A 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 168 F 0.021 0.198 0.016 0.002 0.001 0.008 0.745 0.009 169 H 0.012 0.647 0.010 0.012 0.003 0.021 0.233 0.062 170 R 0.041 0.805 0.008 0.001 0.004 0.011 0.026 0.103 171 L 0.005 0.951 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 0.027 172 T 0.033 0.890 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.022 173 A 0.053 0.801 0.004 0.002 0.001 0.011 0.046 0.083 174 E 0.190 0.506 0.015 0.002 0.004 0.019 0.088 0.176 175 L 0.221 0.184 0.020 0.014 0.007 0.071 0.152 0.331 176 K 0.140 0.114 0.018 0.006 0.015 0.077 0.060 0.571 177 M 0.037 0.034 0.032 0.005 0.012 0.094 0.034 0.753 178 L 0.087 0.079 0.048 0.022 0.020 0.109 0.079 0.556