# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6928 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.280 0.107 0.053 0.103 0.092 0.062 0.100 0.081 0.058 0.038 0.026 2 N 0.220 0.162 0.077 0.144 0.106 0.082 0.085 0.048 0.037 0.025 0.014 3 T 0.139 0.182 0.087 0.185 0.135 0.088 0.083 0.048 0.028 0.015 0.009 4 P 0.371 0.147 0.054 0.136 0.098 0.059 0.063 0.037 0.019 0.010 0.006 5 V 0.111 0.036 0.032 0.056 0.070 0.082 0.157 0.138 0.136 0.103 0.079 6 S 0.041 0.376 0.131 0.208 0.110 0.058 0.040 0.017 0.010 0.006 0.003 7 V 0.072 0.044 0.045 0.100 0.147 0.131 0.197 0.116 0.080 0.042 0.027 8 N 0.812 0.071 0.054 0.040 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.030 0.111 0.138 0.317 0.190 0.096 0.070 0.027 0.013 0.006 0.002 10 K 0.002 0.008 0.016 0.018 0.038 0.069 0.169 0.181 0.195 0.205 0.099 11 K 0.025 0.048 0.247 0.232 0.179 0.151 0.078 0.024 0.011 0.005 0.002 12 D 0.033 0.065 0.644 0.172 0.054 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 13 F 0.001 0.002 0.010 0.016 0.036 0.046 0.155 0.228 0.216 0.179 0.110 14 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.032 0.128 0.145 0.259 0.291 0.130 15 K 0.003 0.023 0.667 0.193 0.077 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 16 W 0.005 0.004 0.089 0.048 0.093 0.186 0.333 0.154 0.047 0.028 0.011 17 F 0.001 0.002 0.006 0.005 0.007 0.017 0.061 0.097 0.263 0.304 0.237 18 L 0.002 0.001 0.005 0.008 0.022 0.053 0.203 0.174 0.217 0.195 0.119 19 N 0.017 0.066 0.564 0.210 0.086 0.035 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 20 N 0.038 0.068 0.142 0.154 0.168 0.133 0.186 0.073 0.023 0.010 0.005 21 Y 0.062 0.030 0.025 0.037 0.048 0.095 0.199 0.162 0.151 0.121 0.069 22 Q 0.211 0.185 0.137 0.220 0.112 0.058 0.045 0.019 0.009 0.004 0.002 23 L 0.041 0.047 0.140 0.086 0.089 0.095 0.138 0.103 0.102 0.099 0.060 24 K 0.021 0.061 0.075 0.121 0.139 0.149 0.202 0.102 0.070 0.042 0.019 25 Q 0.111 0.136 0.214 0.196 0.105 0.092 0.071 0.034 0.023 0.014 0.005 26 R 0.052 0.053 0.137 0.162 0.139 0.156 0.153 0.076 0.039 0.022 0.011 27 E 0.034 0.068 0.080 0.149 0.136 0.103 0.166 0.128 0.072 0.045 0.020 28 C 0.004 0.005 0.014 0.019 0.032 0.061 0.152 0.160 0.217 0.208 0.127 29 V 0.024 0.043 0.178 0.181 0.156 0.139 0.132 0.062 0.044 0.026 0.014 30 W 0.004 0.012 0.067 0.074 0.095 0.116 0.223 0.161 0.121 0.087 0.039 31 I 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 0.021 0.068 0.111 0.239 0.287 0.251 32 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.014 0.037 0.102 0.134 0.249 0.282 0.169 33 N 0.008 0.021 0.107 0.133 0.138 0.143 0.170 0.104 0.089 0.058 0.030 34 Y 0.003 0.004 0.020 0.027 0.051 0.070 0.198 0.245 0.160 0.133 0.088 35 L 0.002 0.003 0.010 0.013 0.017 0.037 0.096 0.121 0.238 0.275 0.188 36 M 0.027 0.022 0.046 0.075 0.107 0.143 0.258 0.127 0.101 0.063 0.032 37 S 0.028 0.189 0.191 0.193 0.125 0.109 0.079 0.036 0.026 0.017 0.008 38 H 0.056 0.109 0.052 0.113 0.123 0.133 0.204 0.099 0.059 0.035 0.017 39 D 0.733 0.097 0.037 0.055 0.027 0.020 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 40 Q 0.255 0.176 0.187 0.210 0.093 0.040 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 41 L 0.008 0.025 0.031 0.046 0.070 0.134 0.217 0.148 0.139 0.115 0.068 42 M 0.006 0.008 0.018 0.039 0.073 0.114 0.210 0.175 0.157 0.123 0.077 43 H 0.035 0.084 0.508 0.191 0.083 0.047 0.029 0.012 0.006 0.003 0.001 44 K 0.007 0.029 0.139 0.254 0.223 0.136 0.116 0.054 0.024 0.012 0.006 45 V 0.002 0.002 0.004 0.004 0.006 0.017 0.054 0.102 0.218 0.311 0.280 46 H 0.018 0.045 0.074 0.178 0.199 0.175 0.153 0.082 0.045 0.021 0.011 47 F 0.007 0.007 0.054 0.023 0.036 0.037 0.102 0.158 0.181 0.187 0.208 48 V 0.007 0.008 0.024 0.042 0.075 0.090 0.188 0.166 0.169 0.127 0.104 49 E 0.109 0.084 0.117 0.140 0.115 0.111 0.155 0.071 0.056 0.029 0.011 50 H 0.059 0.094 0.134 0.235 0.162 0.112 0.102 0.050 0.028 0.015 0.008 51 A 0.034 0.041 0.040 0.069 0.078 0.121 0.208 0.134 0.121 0.100 0.054 52 K 0.267 0.182 0.120 0.176 0.102 0.057 0.048 0.024 0.013 0.008 0.004 53 Y 0.124 0.189 0.147 0.173 0.108 0.095 0.075 0.038 0.024 0.017 0.009 54 C 0.030 0.034 0.031 0.074 0.098 0.124 0.191 0.141 0.119 0.093 0.064 55 P 0.233 0.148 0.102 0.147 0.101 0.083 0.083 0.047 0.029 0.018 0.008 56 R 0.032 0.063 0.088 0.174 0.156 0.152 0.159 0.082 0.052 0.027 0.013 57 G 0.017 0.021 0.023 0.043 0.055 0.059 0.119 0.139 0.186 0.177 0.161 58 L 0.003 0.004 0.006 0.014 0.025 0.046 0.106 0.146 0.230 0.222 0.199 59 V 0.015 0.031 0.060 0.131 0.155 0.140 0.162 0.120 0.087 0.058 0.041 60 M 0.001 0.001 0.005 0.006 0.012 0.014 0.043 0.109 0.198 0.243 0.368 61 S 0.004 0.009 0.014 0.043 0.066 0.073 0.145 0.166 0.191 0.166 0.122 62 A 0.024 0.024 0.035 0.083 0.098 0.125 0.193 0.126 0.143 0.097 0.053 63 N 0.136 0.088 0.101 0.189 0.152 0.119 0.108 0.051 0.031 0.015 0.010 64 C 0.037 0.049 0.036 0.082 0.085 0.097 0.190 0.146 0.123 0.093 0.063 65 V 0.033 0.055 0.025 0.051 0.059 0.070 0.133 0.119 0.154 0.158 0.144 66 K 0.293 0.303 0.101 0.162 0.077 0.030 0.018 0.007 0.005 0.002 0.002 67 D 0.468 0.148 0.068 0.131 0.073 0.044 0.032 0.017 0.010 0.006 0.004 68 T 0.115 0.117 0.043 0.129 0.117 0.127 0.143 0.088 0.062 0.039 0.020 69 P 0.056 0.076 0.035 0.125 0.129 0.135 0.161 0.117 0.083 0.051 0.030 70 F 0.017 0.016 0.029 0.038 0.049 0.090 0.164 0.151 0.183 0.158 0.105 71 H 0.054 0.088 0.120 0.248 0.183 0.113 0.100 0.045 0.028 0.014 0.008 72 F 0.014 0.007 0.021 0.028 0.043 0.055 0.128 0.166 0.195 0.177 0.166 73 F 0.016 0.048 0.064 0.125 0.139 0.124 0.159 0.116 0.095 0.069 0.043 74 K 0.020 0.032 0.054 0.095 0.119 0.126 0.195 0.135 0.108 0.076 0.039 75 Q 0.217 0.191 0.179 0.196 0.095 0.053 0.035 0.017 0.010 0.006 0.003 76 N 0.140 0.105 0.086 0.177 0.127 0.103 0.127 0.064 0.039 0.022 0.010 77 V 0.100 0.071 0.057 0.095 0.093 0.105 0.137 0.116 0.097 0.084 0.044 78 M 0.055 0.139 0.111 0.193 0.151 0.128 0.109 0.055 0.033 0.018 0.008 79 T 0.052 0.058 0.095 0.098 0.105 0.115 0.159 0.117 0.089 0.067 0.045 80 T 0.144 0.068 0.087 0.127 0.127 0.104 0.137 0.091 0.059 0.035 0.023 81 D 0.147 0.291 0.122 0.193 0.102 0.054 0.046 0.022 0.013 0.007 0.003 82 A 0.023 0.017 0.019 0.045 0.072 0.076 0.156 0.169 0.174 0.138 0.112 83 E 0.341 0.130 0.110 0.158 0.092 0.065 0.055 0.024 0.013 0.007 0.003 84 K 0.033 0.095 0.207 0.293 0.171 0.096 0.060 0.024 0.012 0.006 0.003 85 S 0.005 0.011 0.018 0.022 0.040 0.068 0.146 0.165 0.189 0.183 0.154 86 F 0.008 0.010 0.016 0.048 0.081 0.123 0.208 0.166 0.157 0.119 0.063 87 H 0.062 0.079 0.337 0.205 0.110 0.078 0.065 0.030 0.020 0.010 0.004 88 D 0.014 0.023 0.062 0.157 0.172 0.150 0.213 0.107 0.056 0.030 0.016 89 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.011 0.035 0.065 0.213 0.305 0.358 90 R 0.021 0.035 0.068 0.171 0.227 0.159 0.160 0.082 0.043 0.024 0.012 91 L 0.014 0.016 0.093 0.066 0.075 0.115 0.190 0.145 0.126 0.110 0.049 92 N 0.019 0.055 0.060 0.097 0.096 0.137 0.192 0.107 0.105 0.084 0.047 93 R 0.186 0.176 0.059 0.136 0.102 0.088 0.117 0.062 0.040 0.022 0.010 94 D 0.376 0.305 0.081 0.123 0.050 0.027 0.017 0.009 0.006 0.004 0.002 95 E 0.167 0.123 0.050 0.143 0.135 0.124 0.137 0.062 0.033 0.017 0.010 96 D 0.352 0.215 0.080 0.161 0.083 0.044 0.032 0.017 0.008 0.005 0.002 97 I 0.004 0.006 0.012 0.018 0.028 0.106 0.199 0.131 0.226 0.180 0.091 98 Y 0.007 0.024 0.044 0.116 0.130 0.139 0.171 0.127 0.111 0.083 0.049 99 I 0.001 0.002 0.010 0.010 0.015 0.043 0.105 0.130 0.256 0.285 0.142 100 Q 0.006 0.017 0.042 0.113 0.166 0.170 0.193 0.132 0.080 0.049 0.032 101 L 0.004 0.002 0.008 0.008 0.014 0.020 0.070 0.183 0.206 0.261 0.224 102 N 0.012 0.025 0.043 0.135 0.175 0.157 0.192 0.124 0.074 0.040 0.022 103 F 0.003 0.005 0.010 0.008 0.014 0.022 0.096 0.143 0.226 0.248 0.225 104 K 0.069 0.168 0.153 0.298 0.168 0.074 0.037 0.015 0.010 0.005 0.003 105 S 0.507 0.182 0.099 0.098 0.046 0.026 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 106 S 0.198 0.131 0.064 0.170 0.136 0.101 0.093 0.051 0.029 0.016 0.011 107 F 0.085 0.082 0.045 0.082 0.089 0.106 0.166 0.124 0.093 0.079 0.050 108 Q 0.078 0.152 0.130 0.186 0.144 0.120 0.090 0.046 0.028 0.018 0.008 109 N 0.088 0.139 0.118 0.153 0.117 0.112 0.128 0.066 0.042 0.025 0.011 110 A 0.207 0.073 0.074 0.153 0.121 0.107 0.119 0.068 0.042 0.023 0.012 111 N 0.210 0.181 0.116 0.203 0.118 0.069 0.056 0.026 0.013 0.006 0.003 112 Y 0.004 0.007 0.015 0.026 0.044 0.057 0.127 0.170 0.212 0.190 0.147 113 V 0.006 0.009 0.018 0.039 0.072 0.125 0.231 0.169 0.152 0.120 0.059 114 A 0.028 0.074 0.383 0.258 0.127 0.062 0.037 0.015 0.010 0.005 0.002 115 V 0.012 0.011 0.046 0.057 0.084 0.150 0.243 0.156 0.114 0.082 0.045 116 L 0.005 0.008 0.013 0.021 0.026 0.049 0.119 0.134 0.230 0.237 0.159 117 E 0.033 0.047 0.075 0.127 0.144 0.140 0.190 0.109 0.073 0.044 0.019 118 E 0.114 0.146 0.253 0.197 0.103 0.072 0.057 0.026 0.017 0.011 0.005 119 N 0.110 0.090 0.070 0.130 0.121 0.132 0.166 0.085 0.051 0.029 0.016 120 P 0.422 0.150 0.055 0.104 0.074 0.052 0.058 0.041 0.023 0.014 0.008 121 Y 0.081 0.087 0.054 0.088 0.088 0.120 0.157 0.109 0.097 0.075 0.042 122 L 0.067 0.117 0.071 0.142 0.128 0.114 0.146 0.090 0.062 0.041 0.023 123 P 0.413 0.177 0.091 0.126 0.072 0.044 0.037 0.019 0.011 0.006 0.003 124 K 0.307 0.166 0.098 0.170 0.103 0.059 0.050 0.026 0.012 0.006 0.003 125 H 0.089 0.090 0.057 0.146 0.133 0.112 0.149 0.103 0.061 0.040 0.019 126 I 0.044 0.034 0.042 0.077 0.098 0.147 0.225 0.134 0.102 0.066 0.032 127 E 0.117 0.178 0.291 0.217 0.102 0.044 0.028 0.012 0.006 0.003 0.001 128 V 0.043 0.041 0.084 0.110 0.118 0.139 0.213 0.116 0.072 0.045 0.018 129 N 0.115 0.132 0.138 0.163 0.115 0.100 0.118 0.056 0.035 0.021 0.008 130 E 0.140 0.138 0.242 0.196 0.114 0.074 0.056 0.023 0.011 0.005 0.002 131 K 0.171 0.199 0.220 0.193 0.105 0.046 0.034 0.018 0.007 0.004 0.002 132 D 0.041 0.060 0.060 0.090 0.106 0.138 0.239 0.136 0.073 0.043 0.013 133 R 0.124 0.106 0.254 0.202 0.130 0.089 0.060 0.021 0.009 0.004 0.001 134 L 0.063 0.041 0.418 0.184 0.115 0.077 0.064 0.024 0.008 0.004 0.001 135 L 0.005 0.017 0.077 0.077 0.098 0.195 0.264 0.121 0.082 0.050 0.014 136 A 0.001 0.002 0.012 0.010 0.021 0.044 0.165 0.178 0.248 0.222 0.096 137 E 0.005 0.014 0.331 0.157 0.156 0.161 0.115 0.035 0.017 0.008 0.002 138 R 0.013 0.028 0.673 0.155 0.075 0.031 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 139 F 0.002 0.003 0.021 0.014 0.029 0.080 0.227 0.202 0.189 0.152 0.081 140 L 0.002 0.003 0.009 0.010 0.020 0.049 0.193 0.180 0.235 0.205 0.094 141 E 0.017 0.050 0.669 0.160 0.062 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 142 E 0.035 0.043 0.539 0.160 0.111 0.059 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 143 S 0.055 0.051 0.089 0.075 0.088 0.125 0.241 0.147 0.071 0.042 0.017 144 V 0.035 0.053 0.093 0.107 0.114 0.129 0.210 0.129 0.072 0.044 0.014 145 F 0.034 0.044 0.395 0.140 0.107 0.114 0.110 0.032 0.014 0.007 0.002 146 S 0.049 0.072 0.629 0.153 0.057 0.021 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 147 F 0.026 0.015 0.086 0.052 0.081 0.152 0.291 0.151 0.076 0.052 0.018 148 R 0.020 0.100 0.250 0.188 0.133 0.097 0.105 0.058 0.027 0.018 0.004 149 R 0.004 0.012 0.141 0.089 0.121 0.221 0.255 0.090 0.040 0.022 0.004 150 E 0.032 0.031 0.740 0.112 0.046 0.022 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 151 R 0.018 0.033 0.331 0.196 0.151 0.116 0.112 0.031 0.008 0.003 0.001 152 L 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.014 0.063 0.108 0.235 0.311 0.254 153 L 0.002 0.008 0.082 0.072 0.136 0.181 0.283 0.115 0.067 0.042 0.011 154 K 0.004 0.012 0.837 0.087 0.032 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.013 0.026 0.198 0.145 0.174 0.179 0.186 0.058 0.014 0.005 0.003 156 I 0.001 0.002 0.005 0.003 0.006 0.013 0.060 0.117 0.258 0.301 0.234 157 D 0.007 0.014 0.048 0.075 0.134 0.184 0.279 0.129 0.073 0.040 0.016 158 E 0.057 0.056 0.700 0.126 0.040 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.034 0.019 0.102 0.078 0.126 0.145 0.290 0.127 0.044 0.021 0.013 160 L 0.004 0.007 0.013 0.015 0.022 0.053 0.167 0.172 0.246 0.212 0.090 161 D 0.019 0.056 0.164 0.162 0.151 0.143 0.188 0.063 0.032 0.017 0.005 162 K 0.037 0.063 0.692 0.139 0.045 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 163 Q 0.256 0.140 0.188 0.169 0.110 0.056 0.050 0.022 0.005 0.003 0.001 164 D 0.024 0.140 0.068 0.075 0.069 0.119 0.210 0.134 0.085 0.059 0.017 165 K 0.098 0.072 0.165 0.166 0.195 0.148 0.109 0.031 0.011 0.004 0.002 166 E 0.454 0.046 0.436 0.048 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 A 0.004 0.022 0.088 0.114 0.125 0.249 0.296 0.064 0.027 0.010 0.001 168 F 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.024 0.125 0.174 0.264 0.277 0.114 169 H 0.003 0.014 0.673 0.161 0.079 0.046 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 170 R 0.002 0.019 0.798 0.115 0.048 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 171 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.015 0.084 0.192 0.202 0.246 0.250 172 T 0.023 0.030 0.072 0.111 0.170 0.175 0.230 0.102 0.054 0.024 0.009 173 A 0.215 0.038 0.669 0.060 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 E 0.029 0.051 0.259 0.237 0.194 0.103 0.100 0.020 0.005 0.001 0.001 175 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.016 0.096 0.149 0.260 0.267 0.198 176 K 0.019 0.055 0.478 0.221 0.133 0.057 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 177 M 0.005 0.029 0.718 0.138 0.062 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 178 L 0.014 0.010 0.037 0.029 0.051 0.092 0.221 0.199 0.153 0.122 0.073