# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6928 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.162 0.035 0.008 0.034 0.037 0.072 0.061 0.003 0.001 0.004 0.583 2 N 0.059 0.012 0.007 0.035 0.024 0.057 0.066 0.002 0.001 0.003 0.734 3 T 0.234 0.005 0.007 0.027 0.044 0.040 0.060 0.001 0.001 0.003 0.579 4 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.987 5 V 0.062 0.004 0.009 0.079 0.101 0.171 0.157 0.001 0.001 0.002 0.414 6 S 0.022 0.005 0.001 0.046 0.022 0.026 0.303 0.001 0.001 0.003 0.572 7 V 0.018 0.020 0.003 0.044 0.037 0.075 0.087 0.001 0.001 0.002 0.715 8 N 0.010 0.024 0.002 0.046 0.021 0.065 0.292 0.001 0.001 0.005 0.535 9 E 0.038 0.022 0.001 0.009 0.006 0.014 0.303 0.001 0.001 0.004 0.603 10 K 0.066 0.334 0.004 0.009 0.006 0.015 0.170 0.001 0.001 0.003 0.392 11 K 0.030 0.692 0.004 0.003 0.003 0.007 0.059 0.002 0.001 0.001 0.199 12 D 0.019 0.764 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.172 13 F 0.034 0.781 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.003 0.001 0.001 0.150 14 V 0.004 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 15 K 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 16 W 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 17 F 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 18 L 0.003 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 19 N 0.024 0.922 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.012 20 N 0.170 0.629 0.029 0.003 0.002 0.002 0.006 0.078 0.001 0.001 0.080 21 Y 0.207 0.376 0.179 0.004 0.007 0.008 0.024 0.039 0.001 0.002 0.155 22 Q 0.038 0.098 0.049 0.010 0.011 0.014 0.152 0.012 0.001 0.001 0.615 23 L 0.067 0.119 0.061 0.019 0.022 0.033 0.083 0.009 0.001 0.004 0.584 24 K 0.056 0.250 0.027 0.018 0.021 0.033 0.151 0.006 0.001 0.006 0.432 25 Q 0.096 0.237 0.014 0.010 0.013 0.024 0.118 0.004 0.001 0.006 0.479 26 R 0.073 0.179 0.008 0.008 0.012 0.024 0.065 0.002 0.001 0.004 0.625 27 E 0.102 0.197 0.007 0.006 0.012 0.021 0.230 0.002 0.001 0.003 0.421 28 C 0.054 0.529 0.008 0.005 0.007 0.010 0.101 0.002 0.001 0.001 0.284 29 V 0.012 0.755 0.005 0.004 0.019 0.029 0.049 0.001 0.001 0.001 0.126 30 W 0.004 0.849 0.001 0.002 0.008 0.012 0.031 0.001 0.001 0.001 0.093 31 I 0.003 0.949 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 32 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 N 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 34 Y 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 35 L 0.014 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.005 36 M 0.026 0.918 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.013 37 S 0.126 0.713 0.026 0.001 0.001 0.002 0.007 0.065 0.001 0.001 0.058 38 H 0.223 0.446 0.054 0.002 0.001 0.002 0.016 0.051 0.001 0.001 0.203 39 D 0.093 0.182 0.044 0.002 0.002 0.005 0.055 0.012 0.001 0.002 0.605 40 Q 0.067 0.084 0.026 0.004 0.001 0.002 0.326 0.004 0.001 0.002 0.484 41 L 0.216 0.330 0.015 0.004 0.002 0.003 0.116 0.007 0.001 0.002 0.304 42 M 0.099 0.632 0.011 0.007 0.005 0.008 0.022 0.008 0.001 0.001 0.207 43 H 0.078 0.568 0.020 0.018 0.012 0.018 0.033 0.014 0.001 0.002 0.237 44 K 0.167 0.390 0.010 0.028 0.016 0.019 0.034 0.020 0.001 0.002 0.315 45 V 0.207 0.335 0.041 0.105 0.034 0.042 0.018 0.012 0.001 0.001 0.204 46 H 0.018 0.103 0.010 0.309 0.178 0.177 0.046 0.007 0.001 0.001 0.151 47 F 0.010 0.052 0.011 0.238 0.153 0.192 0.046 0.004 0.001 0.002 0.292 48 V 0.007 0.043 0.006 0.605 0.057 0.130 0.023 0.001 0.001 0.001 0.126 49 E 0.009 0.040 0.002 0.328 0.043 0.110 0.075 0.001 0.001 0.002 0.389 50 H 0.027 0.041 0.004 0.277 0.036 0.096 0.079 0.002 0.001 0.004 0.433 51 A 0.143 0.089 0.005 0.195 0.027 0.071 0.057 0.006 0.001 0.005 0.402 52 K 0.126 0.107 0.008 0.050 0.016 0.036 0.084 0.010 0.001 0.004 0.559 53 Y 0.250 0.096 0.044 0.027 0.013 0.029 0.075 0.024 0.001 0.008 0.435 54 C 0.294 0.072 0.038 0.010 0.033 0.032 0.063 0.010 0.001 0.005 0.442 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 56 R 0.025 0.009 0.006 0.033 0.050 0.094 0.180 0.001 0.001 0.002 0.601 57 G 0.318 0.044 0.005 0.050 0.042 0.054 0.146 0.001 0.001 0.011 0.329 58 L 0.055 0.141 0.008 0.229 0.194 0.187 0.055 0.001 0.001 0.002 0.128 59 V 0.007 0.066 0.006 0.239 0.230 0.325 0.032 0.001 0.001 0.001 0.092 60 M 0.005 0.062 0.001 0.284 0.223 0.307 0.015 0.001 0.001 0.001 0.102 61 S 0.009 0.073 0.002 0.182 0.250 0.379 0.016 0.002 0.001 0.001 0.087 62 A 0.011 0.069 0.003 0.125 0.140 0.371 0.025 0.002 0.001 0.001 0.253 63 N 0.020 0.063 0.005 0.073 0.137 0.255 0.118 0.005 0.001 0.004 0.320 64 C 0.079 0.049 0.014 0.037 0.089 0.155 0.104 0.009 0.001 0.010 0.454 65 V 0.083 0.123 0.037 0.028 0.068 0.111 0.135 0.009 0.001 0.009 0.395 66 K 0.039 0.032 0.010 0.016 0.022 0.041 0.147 0.004 0.001 0.005 0.685 67 D 0.173 0.020 0.015 0.015 0.017 0.027 0.053 0.005 0.001 0.012 0.663 68 T 0.246 0.030 0.019 0.013 0.048 0.030 0.078 0.003 0.001 0.008 0.525 69 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.979 70 F 0.021 0.011 0.003 0.043 0.125 0.288 0.089 0.001 0.001 0.002 0.418 71 H 0.059 0.028 0.002 0.063 0.119 0.177 0.112 0.001 0.001 0.005 0.435 72 F 0.049 0.077 0.004 0.068 0.193 0.247 0.060 0.001 0.001 0.002 0.298 73 F 0.029 0.054 0.007 0.092 0.207 0.367 0.040 0.002 0.001 0.002 0.200 74 K 0.030 0.068 0.003 0.072 0.192 0.342 0.047 0.002 0.001 0.003 0.242 75 Q 0.049 0.059 0.003 0.068 0.129 0.230 0.062 0.003 0.001 0.005 0.393 76 N 0.179 0.042 0.006 0.067 0.110 0.182 0.066 0.004 0.001 0.010 0.332 77 V 0.274 0.052 0.027 0.051 0.085 0.108 0.087 0.004 0.001 0.007 0.305 78 M 0.064 0.037 0.010 0.074 0.095 0.136 0.135 0.003 0.001 0.004 0.441 79 T 0.082 0.029 0.012 0.066 0.145 0.238 0.067 0.005 0.001 0.007 0.348 80 T 0.126 0.049 0.006 0.085 0.075 0.120 0.123 0.007 0.001 0.008 0.402 81 D 0.053 0.030 0.008 0.049 0.046 0.056 0.380 0.003 0.001 0.011 0.364 82 A 0.011 0.032 0.003 0.011 0.005 0.009 0.256 0.001 0.001 0.009 0.664 83 E 0.004 0.017 0.001 0.002 0.002 0.010 0.780 0.001 0.001 0.035 0.149 84 K 0.261 0.046 0.003 0.003 0.002 0.003 0.526 0.001 0.001 0.030 0.125 85 S 0.067 0.862 0.008 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.031 86 F 0.013 0.889 0.004 0.004 0.003 0.004 0.009 0.003 0.001 0.001 0.070 87 H 0.024 0.785 0.003 0.015 0.014 0.023 0.011 0.008 0.001 0.001 0.117 88 D 0.044 0.716 0.002 0.013 0.021 0.022 0.017 0.015 0.001 0.001 0.149 89 I 0.085 0.736 0.017 0.014 0.015 0.025 0.012 0.018 0.001 0.001 0.079 90 R 0.049 0.680 0.031 0.027 0.025 0.045 0.015 0.032 0.001 0.001 0.096 91 L 0.119 0.423 0.025 0.031 0.039 0.075 0.025 0.056 0.001 0.004 0.203 92 N 0.220 0.183 0.064 0.066 0.073 0.101 0.038 0.073 0.001 0.009 0.173 93 R 0.094 0.038 0.030 0.010 0.016 0.020 0.053 0.009 0.001 0.005 0.724 94 D 0.012 0.005 0.032 0.026 0.009 0.016 0.488 0.001 0.001 0.013 0.398 95 E 0.385 0.008 0.025 0.011 0.045 0.038 0.130 0.001 0.001 0.082 0.276 96 D 0.088 0.011 0.007 0.029 0.047 0.041 0.269 0.001 0.001 0.012 0.495 97 I 0.073 0.009 0.009 0.069 0.280 0.277 0.054 0.001 0.001 0.003 0.226 98 Y 0.003 0.006 0.001 0.090 0.295 0.523 0.030 0.001 0.001 0.001 0.051 99 I 0.001 0.002 0.001 0.047 0.507 0.429 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 100 Q 0.001 0.003 0.001 0.056 0.348 0.564 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 101 L 0.001 0.003 0.001 0.053 0.433 0.493 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 102 N 0.001 0.003 0.001 0.025 0.366 0.524 0.013 0.001 0.001 0.001 0.066 103 F 0.002 0.004 0.001 0.031 0.205 0.644 0.017 0.001 0.001 0.001 0.096 104 K 0.014 0.013 0.002 0.033 0.107 0.402 0.115 0.001 0.001 0.003 0.311 105 S 0.046 0.013 0.001 0.026 0.026 0.072 0.153 0.001 0.001 0.006 0.655 106 S 0.240 0.039 0.004 0.009 0.013 0.023 0.109 0.002 0.001 0.008 0.553 107 F 0.273 0.078 0.009 0.011 0.010 0.021 0.095 0.005 0.001 0.007 0.491 108 Q 0.234 0.183 0.020 0.011 0.010 0.021 0.154 0.009 0.001 0.006 0.352 109 N 0.169 0.170 0.008 0.009 0.010 0.014 0.116 0.008 0.001 0.003 0.494 110 A 0.039 0.092 0.006 0.004 0.004 0.006 0.029 0.002 0.001 0.001 0.817 111 N 0.022 0.096 0.005 0.004 0.006 0.012 0.397 0.001 0.001 0.004 0.453 112 Y 0.137 0.224 0.007 0.008 0.005 0.007 0.328 0.002 0.001 0.003 0.279 113 V 0.015 0.839 0.006 0.009 0.009 0.013 0.023 0.002 0.001 0.001 0.083 114 A 0.006 0.877 0.003 0.010 0.011 0.015 0.016 0.002 0.001 0.001 0.061 115 V 0.013 0.874 0.001 0.011 0.010 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.062 116 L 0.026 0.902 0.002 0.005 0.011 0.019 0.002 0.010 0.001 0.001 0.022 117 E 0.032 0.833 0.008 0.009 0.014 0.032 0.003 0.024 0.001 0.001 0.044 118 E 0.155 0.531 0.031 0.015 0.013 0.029 0.013 0.079 0.001 0.002 0.133 119 N 0.330 0.246 0.052 0.014 0.047 0.045 0.018 0.084 0.001 0.003 0.161 120 P 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.980 121 Y 0.022 0.008 0.050 0.022 0.012 0.037 0.322 0.002 0.001 0.006 0.519 122 L 0.393 0.014 0.012 0.008 0.016 0.013 0.094 0.002 0.001 0.015 0.432 123 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.986 124 K 0.014 0.005 0.002 0.023 0.016 0.036 0.135 0.001 0.001 0.001 0.768 125 H 0.176 0.029 0.002 0.019 0.017 0.025 0.164 0.001 0.001 0.009 0.558 126 I 0.145 0.132 0.004 0.039 0.039 0.052 0.102 0.002 0.001 0.004 0.482 127 E 0.045 0.123 0.008 0.029 0.036 0.059 0.194 0.002 0.001 0.004 0.500 128 V 0.069 0.215 0.006 0.022 0.039 0.068 0.121 0.004 0.001 0.004 0.451 129 N 0.058 0.364 0.005 0.015 0.037 0.059 0.107 0.006 0.001 0.003 0.346 130 E 0.055 0.339 0.009 0.006 0.012 0.024 0.084 0.004 0.001 0.003 0.464 131 K 0.040 0.316 0.006 0.003 0.004 0.009 0.179 0.003 0.001 0.003 0.436 132 D 0.088 0.434 0.006 0.002 0.003 0.006 0.170 0.004 0.001 0.003 0.284 133 R 0.044 0.737 0.006 0.001 0.002 0.003 0.051 0.003 0.001 0.001 0.153 134 L 0.013 0.820 0.004 0.001 0.001 0.001 0.041 0.002 0.001 0.001 0.118 135 L 0.011 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.051 136 A 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.021 137 E 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 138 R 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.022 139 F 0.019 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.015 140 L 0.008 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 141 E 0.009 0.955 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.021 142 E 0.022 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.028 143 S 0.028 0.919 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.032 144 V 0.017 0.898 0.016 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.053 145 F 0.015 0.880 0.010 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.073 146 S 0.027 0.841 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.106 147 F 0.020 0.882 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.077 148 R 0.014 0.887 0.008 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.065 149 R 0.011 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.044 150 E 0.011 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.043 151 R 0.017 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.050 152 L 0.019 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.034 153 L 0.010 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.036 154 K 0.014 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.045 155 Q 0.017 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.019 156 I 0.007 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 157 D 0.005 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.020 158 E 0.010 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.041 159 A 0.053 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.041 160 L 0.044 0.914 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.014 161 D 0.041 0.887 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.024 162 K 0.060 0.832 0.025 0.002 0.001 0.001 0.004 0.029 0.001 0.001 0.048 163 Q 0.074 0.717 0.008 0.002 0.001 0.002 0.024 0.032 0.001 0.001 0.139 164 D 0.111 0.401 0.029 0.002 0.001 0.002 0.133 0.016 0.001 0.002 0.303 165 K 0.045 0.362 0.022 0.002 0.001 0.002 0.062 0.004 0.001 0.002 0.499 166 E 0.008 0.193 0.005 0.001 0.001 0.001 0.258 0.001 0.001 0.001 0.533 167 A 0.078 0.537 0.002 0.001 0.001 0.001 0.223 0.002 0.001 0.001 0.157 168 F 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.017 169 H 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 170 R 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 171 L 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 172 T 0.004 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 173 A 0.002 0.973 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 174 E 0.019 0.914 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.046 175 L 0.065 0.898 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.017 176 K 0.022 0.918 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.029 177 M 0.043 0.831 0.034 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.001 0.001 0.057 178 L 0.130 0.750 0.013 0.003 0.002 0.003 0.004 0.029 0.001 0.001 0.066