# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6928 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.034 0.059 0.060 0.084 0.050 0.013 0.636 2 N 0.079 0.030 0.055 0.054 0.099 0.196 0.019 0.469 3 T 0.113 0.018 0.076 0.086 0.092 0.134 0.009 0.472 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 5 V 0.042 0.008 0.066 0.141 0.182 0.177 0.003 0.381 6 S 0.074 0.013 0.032 0.023 0.038 0.146 0.002 0.672 7 V 0.031 0.030 0.017 0.015 0.035 0.028 0.001 0.842 8 N 0.014 0.048 0.010 0.006 0.015 0.303 0.002 0.602 9 E 0.032 0.029 0.001 0.001 0.001 0.853 0.002 0.082 10 K 0.221 0.674 0.003 0.001 0.006 0.008 0.010 0.077 11 K 0.017 0.914 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.048 12 D 0.015 0.687 0.001 0.001 0.001 0.036 0.008 0.253 13 F 0.050 0.865 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.073 14 V 0.005 0.933 0.006 0.001 0.001 0.011 0.002 0.041 15 K 0.008 0.922 0.003 0.002 0.002 0.011 0.002 0.050 16 W 0.004 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 17 F 0.002 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 L 0.002 0.992 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 N 0.016 0.958 0.003 0.001 0.003 0.001 0.010 0.009 20 N 0.172 0.686 0.003 0.002 0.002 0.002 0.103 0.030 21 Y 0.295 0.366 0.018 0.004 0.004 0.013 0.177 0.121 22 Q 0.100 0.231 0.093 0.027 0.015 0.119 0.044 0.371 23 L 0.062 0.130 0.125 0.051 0.038 0.081 0.011 0.500 24 K 0.085 0.185 0.051 0.051 0.059 0.093 0.008 0.467 25 Q 0.046 0.136 0.026 0.016 0.024 0.064 0.004 0.684 26 R 0.034 0.213 0.020 0.012 0.023 0.084 0.007 0.607 27 E 0.062 0.171 0.009 0.007 0.016 0.166 0.009 0.561 28 C 0.037 0.397 0.016 0.013 0.028 0.050 0.005 0.453 29 V 0.013 0.730 0.022 0.014 0.024 0.055 0.003 0.138 30 W 0.016 0.808 0.015 0.014 0.015 0.023 0.001 0.109 31 I 0.001 0.977 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 32 L 0.002 0.983 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 33 N 0.004 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 34 Y 0.014 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 35 L 0.049 0.920 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 36 M 0.060 0.873 0.005 0.002 0.003 0.007 0.026 0.024 37 S 0.240 0.479 0.018 0.005 0.006 0.019 0.126 0.107 38 H 0.262 0.229 0.028 0.004 0.003 0.064 0.093 0.316 39 D 0.034 0.062 0.016 0.005 0.002 0.081 0.020 0.780 40 Q 0.034 0.048 0.024 0.004 0.003 0.169 0.009 0.709 41 L 0.138 0.219 0.029 0.011 0.007 0.376 0.010 0.209 42 M 0.094 0.647 0.024 0.011 0.019 0.030 0.007 0.168 43 H 0.075 0.627 0.057 0.017 0.024 0.029 0.009 0.162 44 K 0.148 0.358 0.068 0.014 0.020 0.031 0.029 0.332 45 V 0.123 0.247 0.160 0.065 0.088 0.019 0.021 0.276 46 H 0.029 0.138 0.240 0.167 0.131 0.076 0.010 0.207 47 F 0.022 0.053 0.224 0.080 0.093 0.036 0.004 0.487 48 V 0.018 0.097 0.410 0.097 0.157 0.044 0.003 0.174 49 E 0.018 0.087 0.159 0.110 0.142 0.134 0.004 0.346 50 H 0.026 0.074 0.053 0.033 0.093 0.082 0.007 0.632 51 A 0.157 0.214 0.062 0.052 0.112 0.043 0.024 0.336 52 K 0.151 0.193 0.045 0.062 0.073 0.059 0.032 0.386 53 Y 0.216 0.111 0.024 0.022 0.053 0.048 0.037 0.488 54 C 0.215 0.104 0.070 0.059 0.110 0.060 0.027 0.356 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.991 56 R 0.024 0.014 0.061 0.066 0.108 0.084 0.007 0.636 57 G 0.249 0.024 0.176 0.056 0.080 0.063 0.014 0.338 58 L 0.061 0.041 0.296 0.248 0.185 0.035 0.004 0.129 59 V 0.010 0.028 0.378 0.233 0.258 0.023 0.002 0.068 60 M 0.011 0.022 0.334 0.235 0.278 0.020 0.002 0.098 61 S 0.004 0.030 0.173 0.241 0.457 0.024 0.002 0.069 62 A 0.017 0.040 0.147 0.135 0.285 0.045 0.007 0.323 63 N 0.039 0.050 0.098 0.150 0.247 0.125 0.020 0.272 64 C 0.212 0.034 0.033 0.069 0.115 0.096 0.040 0.401 65 V 0.111 0.092 0.084 0.125 0.170 0.077 0.019 0.322 66 K 0.045 0.033 0.028 0.045 0.076 0.078 0.012 0.683 67 D 0.088 0.025 0.018 0.016 0.040 0.061 0.018 0.733 68 T 0.247 0.022 0.038 0.042 0.057 0.116 0.019 0.458 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 70 F 0.015 0.007 0.037 0.117 0.218 0.113 0.002 0.490 71 H 0.178 0.025 0.049 0.118 0.123 0.081 0.004 0.423 72 F 0.063 0.068 0.047 0.176 0.276 0.044 0.003 0.323 73 F 0.044 0.109 0.070 0.177 0.344 0.050 0.005 0.201 74 K 0.042 0.117 0.041 0.183 0.297 0.034 0.007 0.281 75 Q 0.042 0.138 0.044 0.084 0.178 0.069 0.018 0.427 76 N 0.148 0.082 0.035 0.044 0.081 0.106 0.067 0.437 77 V 0.312 0.051 0.074 0.059 0.074 0.054 0.041 0.335 78 M 0.044 0.068 0.154 0.113 0.122 0.134 0.010 0.355 79 T 0.045 0.039 0.098 0.137 0.233 0.070 0.007 0.371 80 T 0.067 0.061 0.116 0.049 0.080 0.142 0.006 0.480 81 D 0.029 0.044 0.041 0.039 0.045 0.186 0.006 0.610 82 A 0.022 0.047 0.030 0.007 0.020 0.143 0.004 0.726 83 E 0.018 0.049 0.004 0.003 0.006 0.713 0.005 0.202 84 K 0.202 0.209 0.007 0.005 0.010 0.283 0.018 0.264 85 S 0.087 0.732 0.022 0.003 0.005 0.027 0.010 0.114 86 F 0.030 0.793 0.036 0.007 0.014 0.011 0.007 0.101 87 H 0.053 0.624 0.019 0.022 0.033 0.044 0.010 0.194 88 D 0.087 0.593 0.013 0.018 0.028 0.023 0.023 0.213 89 I 0.129 0.656 0.048 0.023 0.028 0.011 0.031 0.074 90 R 0.057 0.633 0.041 0.056 0.036 0.039 0.019 0.119 91 L 0.095 0.505 0.057 0.038 0.053 0.043 0.031 0.179 92 N 0.252 0.199 0.050 0.079 0.091 0.042 0.060 0.229 93 R 0.056 0.053 0.035 0.033 0.030 0.065 0.015 0.712 94 D 0.017 0.026 0.019 0.019 0.026 0.479 0.018 0.395 95 E 0.368 0.025 0.014 0.021 0.023 0.155 0.050 0.344 96 D 0.065 0.039 0.028 0.019 0.020 0.454 0.014 0.362 97 I 0.075 0.040 0.056 0.344 0.274 0.068 0.010 0.134 98 Y 0.029 0.061 0.175 0.225 0.374 0.034 0.004 0.099 99 I 0.005 0.010 0.040 0.499 0.401 0.007 0.001 0.038 100 Q 0.003 0.023 0.110 0.218 0.584 0.008 0.001 0.053 101 L 0.007 0.014 0.084 0.372 0.467 0.009 0.001 0.046 102 N 0.007 0.024 0.155 0.217 0.415 0.035 0.004 0.144 103 F 0.024 0.021 0.148 0.163 0.317 0.069 0.007 0.252 104 K 0.019 0.019 0.087 0.057 0.129 0.228 0.009 0.453 105 S 0.035 0.014 0.019 0.014 0.031 0.266 0.010 0.610 106 S 0.158 0.033 0.017 0.008 0.015 0.186 0.026 0.558 107 F 0.218 0.114 0.029 0.013 0.023 0.143 0.022 0.438 108 Q 0.131 0.121 0.019 0.011 0.021 0.271 0.018 0.409 109 N 0.171 0.272 0.021 0.012 0.022 0.107 0.023 0.372 110 A 0.062 0.123 0.013 0.003 0.006 0.036 0.010 0.747 111 N 0.021 0.123 0.009 0.005 0.005 0.497 0.008 0.332 112 Y 0.194 0.329 0.014 0.006 0.009 0.173 0.021 0.254 113 V 0.049 0.769 0.028 0.010 0.015 0.022 0.005 0.104 114 A 0.017 0.775 0.035 0.017 0.016 0.033 0.003 0.104 115 V 0.044 0.769 0.013 0.005 0.011 0.015 0.007 0.136 116 L 0.035 0.894 0.011 0.007 0.019 0.003 0.005 0.026 117 E 0.063 0.767 0.015 0.019 0.026 0.010 0.019 0.081 118 E 0.176 0.462 0.014 0.013 0.021 0.016 0.077 0.222 119 N 0.422 0.207 0.031 0.014 0.014 0.028 0.117 0.166 120 P 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.987 121 Y 0.035 0.024 0.075 0.026 0.045 0.224 0.016 0.555 122 L 0.439 0.012 0.039 0.025 0.018 0.111 0.010 0.348 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 124 K 0.026 0.012 0.040 0.036 0.072 0.124 0.003 0.686 125 H 0.170 0.019 0.029 0.021 0.034 0.077 0.005 0.645 126 I 0.095 0.075 0.031 0.080 0.129 0.066 0.005 0.517 127 E 0.058 0.119 0.044 0.054 0.099 0.119 0.006 0.503 128 V 0.079 0.164 0.030 0.034 0.069 0.095 0.007 0.521 129 N 0.071 0.360 0.028 0.027 0.063 0.106 0.014 0.331 130 E 0.093 0.263 0.019 0.011 0.019 0.106 0.017 0.472 131 K 0.071 0.258 0.013 0.005 0.008 0.195 0.018 0.431 132 D 0.090 0.413 0.015 0.005 0.008 0.109 0.014 0.346 133 R 0.038 0.631 0.013 0.002 0.004 0.041 0.007 0.265 134 L 0.016 0.648 0.005 0.001 0.002 0.109 0.003 0.216 135 L 0.022 0.785 0.002 0.001 0.001 0.089 0.003 0.098 136 A 0.012 0.966 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 137 E 0.005 0.975 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 138 R 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 139 F 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 140 L 0.007 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 141 E 0.014 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 142 E 0.014 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 143 S 0.035 0.905 0.003 0.001 0.001 0.005 0.013 0.038 144 V 0.021 0.925 0.013 0.001 0.001 0.003 0.006 0.031 145 F 0.020 0.890 0.019 0.001 0.001 0.015 0.006 0.048 146 S 0.028 0.902 0.003 0.001 0.001 0.010 0.005 0.052 147 F 0.019 0.918 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.050 148 R 0.016 0.890 0.006 0.001 0.001 0.023 0.005 0.059 149 R 0.015 0.919 0.005 0.001 0.001 0.009 0.003 0.048 150 E 0.009 0.947 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.032 151 R 0.011 0.955 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.026 152 L 0.009 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 153 L 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 154 K 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.020 155 Q 0.017 0.941 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.029 156 I 0.020 0.944 0.015 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 157 D 0.020 0.926 0.010 0.001 0.001 0.007 0.005 0.031 158 E 0.026 0.950 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 159 A 0.040 0.878 0.004 0.001 0.001 0.011 0.013 0.054 160 L 0.055 0.721 0.001 0.001 0.001 0.114 0.025 0.083 161 D 0.276 0.549 0.013 0.001 0.001 0.020 0.058 0.083 162 K 0.199 0.507 0.090 0.001 0.001 0.013 0.029 0.160 163 Q 0.030 0.214 0.009 0.001 0.001 0.477 0.014 0.255 164 D 0.185 0.362 0.002 0.001 0.001 0.157 0.023 0.268 165 K 0.120 0.632 0.025 0.001 0.001 0.012 0.011 0.198 166 E 0.010 0.252 0.010 0.001 0.001 0.274 0.004 0.449 167 A 0.023 0.325 0.001 0.001 0.001 0.518 0.003 0.129 168 F 0.029 0.932 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.031 169 H 0.016 0.957 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 170 R 0.007 0.956 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 171 L 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.017 172 T 0.012 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 173 A 0.008 0.951 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.026 174 E 0.016 0.911 0.003 0.001 0.001 0.017 0.008 0.044 175 L 0.019 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 176 K 0.012 0.952 0.008 0.001 0.001 0.004 0.005 0.018 177 M 0.085 0.831 0.012 0.002 0.002 0.004 0.022 0.042 178 L 0.105 0.750 0.048 0.003 0.004 0.004 0.024 0.061