# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6928 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.158 0.238 0.249 0.123 0.111 0.021 0.052 0.011 0.026 0.009 0.002 2 N 0.129 0.175 0.303 0.193 0.033 0.067 0.059 0.007 0.025 0.004 0.004 3 T 0.044 0.284 0.427 0.016 0.087 0.020 0.014 0.001 0.101 0.005 0.001 4 P 0.314 0.017 0.582 0.015 0.009 0.034 0.004 0.001 0.002 0.004 0.019 5 V 0.223 0.508 0.141 0.052 0.036 0.016 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 6 S 0.120 0.210 0.434 0.020 0.044 0.126 0.010 0.002 0.031 0.002 0.001 7 V 0.745 0.093 0.080 0.048 0.008 0.017 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 8 N 0.792 0.052 0.059 0.052 0.012 0.014 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 9 E 0.853 0.027 0.030 0.069 0.005 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 10 K 0.920 0.007 0.019 0.037 0.006 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 11 K 0.991 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 W 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.989 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.973 0.003 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 N 0.697 0.003 0.005 0.273 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 20 N 0.366 0.011 0.017 0.457 0.008 0.007 0.116 0.013 0.004 0.001 0.001 21 Y 0.344 0.144 0.152 0.230 0.038 0.021 0.052 0.004 0.013 0.001 0.001 22 Q 0.257 0.178 0.355 0.059 0.013 0.078 0.036 0.001 0.021 0.001 0.001 23 L 0.305 0.203 0.299 0.090 0.013 0.061 0.015 0.001 0.011 0.001 0.001 24 K 0.413 0.163 0.179 0.076 0.075 0.049 0.010 0.005 0.020 0.008 0.001 25 Q 0.583 0.058 0.167 0.094 0.023 0.038 0.019 0.001 0.015 0.002 0.001 26 R 0.919 0.011 0.038 0.016 0.005 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 27 E 0.949 0.005 0.005 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 C 0.975 0.007 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.997 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 W 0.997 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.985 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.946 0.007 0.005 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 35 L 0.934 0.009 0.013 0.035 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 M 0.795 0.022 0.033 0.113 0.013 0.006 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 37 S 0.439 0.026 0.076 0.323 0.024 0.036 0.052 0.009 0.009 0.007 0.001 38 H 0.640 0.020 0.067 0.190 0.013 0.022 0.023 0.006 0.015 0.004 0.001 39 D 0.948 0.004 0.017 0.021 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.939 0.010 0.012 0.028 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.938 0.004 0.006 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 M 0.949 0.009 0.008 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 H 0.773 0.016 0.011 0.172 0.007 0.006 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 44 K 0.527 0.096 0.049 0.090 0.017 0.020 0.189 0.003 0.009 0.001 0.001 45 V 0.280 0.333 0.254 0.013 0.004 0.092 0.014 0.001 0.010 0.001 0.001 46 H 0.465 0.230 0.183 0.056 0.017 0.037 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 47 F 0.206 0.341 0.191 0.051 0.083 0.101 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 48 V 0.524 0.345 0.043 0.017 0.015 0.041 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 49 E 0.645 0.161 0.099 0.042 0.016 0.017 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 50 H 0.442 0.074 0.077 0.199 0.074 0.038 0.050 0.012 0.027 0.006 0.001 51 A 0.582 0.101 0.125 0.106 0.033 0.011 0.018 0.004 0.014 0.004 0.001 52 K 0.559 0.155 0.130 0.096 0.009 0.013 0.026 0.001 0.008 0.001 0.002 53 Y 0.263 0.106 0.131 0.371 0.041 0.035 0.028 0.008 0.012 0.003 0.002 54 C 0.025 0.170 0.409 0.012 0.057 0.017 0.012 0.001 0.290 0.006 0.001 55 P 0.485 0.004 0.443 0.021 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 56 R 0.298 0.171 0.137 0.277 0.052 0.009 0.033 0.009 0.014 0.001 0.001 57 G 0.078 0.295 0.204 0.050 0.323 0.010 0.012 0.011 0.013 0.003 0.001 58 L 0.031 0.802 0.104 0.007 0.036 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 59 V 0.016 0.844 0.083 0.002 0.023 0.018 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 60 M 0.020 0.780 0.113 0.006 0.029 0.029 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 61 S 0.046 0.520 0.212 0.030 0.099 0.043 0.007 0.001 0.041 0.002 0.001 62 A 0.295 0.280 0.207 0.079 0.076 0.023 0.010 0.002 0.020 0.005 0.003 63 N 0.258 0.146 0.092 0.356 0.062 0.027 0.038 0.003 0.015 0.002 0.001 64 C 0.204 0.166 0.161 0.140 0.090 0.035 0.140 0.023 0.032 0.007 0.001 65 V 0.300 0.297 0.250 0.072 0.022 0.019 0.012 0.001 0.024 0.001 0.001 66 K 0.359 0.170 0.231 0.157 0.014 0.023 0.026 0.002 0.012 0.002 0.004 67 D 0.139 0.166 0.159 0.271 0.059 0.056 0.097 0.028 0.019 0.004 0.002 68 T 0.020 0.412 0.359 0.003 0.057 0.011 0.006 0.001 0.128 0.002 0.001 69 P 0.154 0.009 0.732 0.012 0.005 0.027 0.002 0.001 0.002 0.003 0.053 70 F 0.039 0.501 0.189 0.071 0.145 0.020 0.008 0.004 0.022 0.001 0.001 71 H 0.025 0.682 0.178 0.010 0.061 0.020 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 72 F 0.024 0.551 0.265 0.017 0.037 0.077 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 73 F 0.060 0.518 0.224 0.026 0.046 0.075 0.008 0.001 0.039 0.001 0.001 74 K 0.228 0.307 0.277 0.058 0.050 0.026 0.012 0.001 0.035 0.004 0.003 75 Q 0.219 0.100 0.142 0.276 0.057 0.027 0.134 0.019 0.015 0.008 0.003 76 N 0.079 0.069 0.093 0.194 0.094 0.031 0.288 0.126 0.013 0.011 0.001 77 V 0.069 0.393 0.399 0.050 0.024 0.034 0.016 0.001 0.014 0.001 0.001 78 M 0.090 0.431 0.321 0.064 0.020 0.056 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 79 T 0.062 0.457 0.216 0.083 0.072 0.079 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 80 T 0.096 0.429 0.199 0.078 0.134 0.038 0.005 0.002 0.018 0.002 0.001 81 D 0.063 0.132 0.363 0.027 0.052 0.206 0.033 0.003 0.112 0.007 0.001 82 A 0.896 0.011 0.064 0.016 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 83 E 0.904 0.035 0.026 0.027 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.868 0.054 0.018 0.032 0.014 0.002 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 85 S 0.856 0.035 0.053 0.032 0.008 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 86 F 0.834 0.026 0.029 0.095 0.004 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 87 H 0.817 0.035 0.035 0.075 0.012 0.006 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 88 D 0.694 0.049 0.048 0.148 0.022 0.015 0.014 0.003 0.006 0.001 0.001 89 I 0.481 0.269 0.092 0.104 0.012 0.015 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 90 R 0.233 0.308 0.267 0.031 0.029 0.062 0.041 0.002 0.024 0.001 0.001 91 L 0.191 0.301 0.252 0.142 0.049 0.035 0.008 0.001 0.018 0.002 0.002 92 N 0.044 0.135 0.377 0.054 0.044 0.124 0.063 0.007 0.139 0.012 0.002 93 R 0.645 0.026 0.209 0.077 0.010 0.009 0.008 0.002 0.005 0.005 0.005 94 D 0.173 0.067 0.106 0.441 0.025 0.033 0.122 0.015 0.013 0.003 0.001 95 E 0.214 0.178 0.321 0.185 0.043 0.020 0.023 0.002 0.013 0.001 0.001 96 D 0.221 0.259 0.289 0.150 0.021 0.030 0.019 0.001 0.009 0.001 0.001 97 I 0.092 0.612 0.141 0.083 0.039 0.017 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 98 Y 0.018 0.722 0.108 0.008 0.117 0.009 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 99 I 0.003 0.873 0.074 0.001 0.024 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 100 Q 0.007 0.771 0.126 0.001 0.017 0.063 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 101 L 0.011 0.668 0.199 0.004 0.050 0.053 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 102 N 0.021 0.296 0.326 0.013 0.035 0.245 0.013 0.001 0.046 0.002 0.002 103 F 0.144 0.238 0.348 0.058 0.078 0.077 0.007 0.002 0.039 0.008 0.003 104 K 0.400 0.137 0.222 0.122 0.030 0.037 0.018 0.003 0.021 0.007 0.003 105 S 0.473 0.088 0.129 0.154 0.068 0.020 0.031 0.010 0.016 0.007 0.002 106 S 0.558 0.093 0.125 0.140 0.025 0.015 0.024 0.006 0.010 0.003 0.002 107 F 0.379 0.126 0.158 0.213 0.037 0.027 0.036 0.006 0.014 0.002 0.002 108 Q 0.421 0.155 0.187 0.129 0.040 0.026 0.016 0.003 0.018 0.004 0.001 109 N 0.263 0.083 0.316 0.097 0.042 0.085 0.049 0.008 0.043 0.012 0.002 110 A 0.909 0.008 0.050 0.023 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 N 0.778 0.019 0.023 0.164 0.004 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 112 Y 0.807 0.036 0.033 0.096 0.012 0.007 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 113 V 0.907 0.046 0.022 0.012 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 114 A 0.848 0.070 0.039 0.014 0.016 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 115 V 0.843 0.059 0.044 0.024 0.002 0.019 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 116 L 0.823 0.051 0.062 0.040 0.004 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 117 E 0.788 0.038 0.055 0.089 0.006 0.009 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 118 E 0.442 0.040 0.053 0.417 0.012 0.011 0.014 0.002 0.007 0.001 0.001 119 N 0.032 0.074 0.286 0.012 0.031 0.015 0.029 0.002 0.509 0.009 0.001 120 P 0.791 0.001 0.145 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 121 Y 0.194 0.089 0.140 0.487 0.020 0.019 0.029 0.009 0.011 0.001 0.001 122 L 0.033 0.219 0.523 0.012 0.038 0.020 0.006 0.001 0.146 0.002 0.001 123 P 0.233 0.006 0.675 0.011 0.002 0.026 0.002 0.001 0.002 0.004 0.039 124 K 0.600 0.125 0.140 0.080 0.018 0.014 0.010 0.005 0.007 0.001 0.001 125 H 0.258 0.116 0.218 0.224 0.040 0.079 0.033 0.009 0.020 0.002 0.001 126 I 0.379 0.285 0.203 0.066 0.026 0.017 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 127 E 0.350 0.244 0.252 0.047 0.019 0.060 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 128 V 0.524 0.178 0.123 0.118 0.023 0.017 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 129 N 0.538 0.097 0.204 0.060 0.025 0.031 0.019 0.006 0.014 0.005 0.001 130 E 0.794 0.022 0.047 0.105 0.009 0.010 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 131 K 0.870 0.021 0.031 0.060 0.005 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 132 D 0.819 0.021 0.055 0.078 0.005 0.012 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 133 R 0.977 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 L 0.991 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.986 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.968 0.002 0.007 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.976 0.003 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.985 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 E 0.940 0.004 0.003 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 S 0.913 0.009 0.023 0.043 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 144 V 0.964 0.008 0.008 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 F 0.977 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 S 0.967 0.004 0.005 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 F 0.949 0.004 0.007 0.033 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 R 0.985 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 R 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.984 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 I 0.988 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.981 0.003 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 E 0.972 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.958 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.359 0.003 0.003 0.629 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 161 D 0.557 0.020 0.039 0.159 0.013 0.013 0.172 0.013 0.008 0.004 0.001 162 K 0.512 0.019 0.036 0.396 0.006 0.005 0.020 0.002 0.003 0.001 0.001 163 Q 0.457 0.032 0.095 0.298 0.011 0.014 0.067 0.014 0.010 0.003 0.001 164 D 0.363 0.048 0.268 0.106 0.030 0.069 0.052 0.005 0.050 0.007 0.001 165 K 0.976 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 E 0.985 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 A 0.973 0.003 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 F 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 H 0.989 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 170 R 0.991 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 L 0.976 0.002 0.007 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 T 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 E 0.950 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 L 0.880 0.004 0.008 0.101 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 176 K 0.922 0.012 0.015 0.014 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 177 M 0.825 0.044 0.036 0.068 0.005 0.010 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 178 L 0.617 0.054 0.172 0.119 0.005 0.015 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001