# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6928 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.174 0.057 0.025 0.257 0.027 0.049 0.072 0.062 0.085 0.049 2 N 0.120 0.132 0.079 0.093 0.156 0.058 0.068 0.071 0.074 0.099 0.052 3 T 0.064 0.256 0.232 0.064 0.183 0.023 0.036 0.039 0.035 0.037 0.030 4 P 0.219 0.163 0.040 0.007 0.335 0.008 0.024 0.044 0.037 0.058 0.066 5 V 0.079 0.391 0.089 0.009 0.271 0.018 0.025 0.032 0.021 0.020 0.044 6 S 0.145 0.300 0.102 0.006 0.329 0.005 0.006 0.033 0.012 0.014 0.047 7 V 0.064 0.085 0.015 0.004 0.113 0.008 0.014 0.393 0.235 0.047 0.022 8 N 0.034 0.060 0.030 0.006 0.064 0.012 0.029 0.631 0.096 0.023 0.015 9 E 0.037 0.067 0.015 0.002 0.052 0.003 0.010 0.709 0.063 0.025 0.017 10 K 0.010 0.010 0.004 0.001 0.015 0.002 0.004 0.880 0.062 0.008 0.004 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.036 0.001 0.001 12 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.976 0.017 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.015 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.035 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.017 0.001 0.001 16 W 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.968 0.012 0.001 0.001 17 F 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.924 0.031 0.008 0.001 18 L 0.008 0.011 0.005 0.004 0.013 0.007 0.018 0.777 0.132 0.019 0.006 19 N 0.005 0.019 0.011 0.007 0.012 0.020 0.080 0.629 0.158 0.052 0.007 20 N 0.055 0.084 0.036 0.009 0.098 0.013 0.067 0.343 0.140 0.121 0.033 21 Y 0.097 0.224 0.032 0.009 0.217 0.012 0.047 0.155 0.095 0.072 0.040 22 Q 0.159 0.127 0.043 0.010 0.262 0.013 0.033 0.145 0.055 0.060 0.093 23 L 0.173 0.174 0.040 0.011 0.274 0.011 0.023 0.151 0.047 0.047 0.049 24 K 0.085 0.153 0.075 0.032 0.119 0.045 0.075 0.227 0.075 0.068 0.046 25 Q 0.083 0.129 0.063 0.017 0.140 0.013 0.021 0.360 0.092 0.043 0.038 26 R 0.006 0.014 0.007 0.004 0.010 0.008 0.011 0.783 0.135 0.016 0.005 27 E 0.004 0.008 0.005 0.003 0.006 0.005 0.016 0.834 0.091 0.023 0.005 28 C 0.019 0.013 0.002 0.001 0.028 0.001 0.003 0.868 0.049 0.010 0.006 29 V 0.008 0.007 0.001 0.001 0.025 0.001 0.003 0.934 0.020 0.001 0.001 30 W 0.008 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.957 0.014 0.001 0.001 31 I 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.969 0.008 0.001 0.001 32 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.936 0.038 0.002 0.001 33 N 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.923 0.051 0.003 0.001 34 Y 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 0.882 0.075 0.006 0.001 35 L 0.014 0.009 0.003 0.002 0.013 0.002 0.054 0.751 0.113 0.032 0.006 36 M 0.014 0.028 0.016 0.007 0.025 0.013 0.083 0.613 0.110 0.072 0.019 37 S 0.025 0.166 0.090 0.015 0.051 0.021 0.057 0.272 0.075 0.205 0.023 38 H 0.059 0.122 0.026 0.007 0.130 0.005 0.009 0.349 0.178 0.088 0.026 39 D 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.537 0.417 0.021 0.002 40 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 0.878 0.083 0.014 0.001 41 L 0.008 0.006 0.003 0.001 0.007 0.002 0.006 0.773 0.110 0.081 0.004 42 M 0.013 0.007 0.003 0.003 0.009 0.010 0.012 0.776 0.148 0.015 0.005 43 H 0.003 0.008 0.007 0.006 0.006 0.019 0.051 0.770 0.111 0.017 0.002 44 K 0.050 0.019 0.012 0.005 0.082 0.008 0.046 0.525 0.091 0.148 0.014 45 V 0.348 0.098 0.006 0.002 0.292 0.002 0.021 0.182 0.017 0.013 0.018 46 H 0.092 0.249 0.057 0.002 0.436 0.006 0.012 0.094 0.013 0.004 0.036 47 F 0.320 0.100 0.015 0.005 0.178 0.003 0.013 0.274 0.030 0.022 0.039 48 V 0.065 0.065 0.019 0.012 0.089 0.023 0.042 0.505 0.129 0.030 0.021 49 E 0.024 0.062 0.033 0.010 0.044 0.020 0.093 0.548 0.122 0.028 0.015 50 H 0.061 0.057 0.021 0.007 0.091 0.009 0.025 0.394 0.144 0.151 0.041 51 A 0.038 0.071 0.018 0.009 0.079 0.018 0.043 0.382 0.268 0.056 0.018 52 K 0.046 0.076 0.029 0.016 0.073 0.024 0.134 0.377 0.141 0.064 0.021 53 Y 0.062 0.070 0.050 0.035 0.070 0.025 0.075 0.149 0.086 0.328 0.050 54 C 0.095 0.247 0.208 0.055 0.184 0.014 0.013 0.051 0.042 0.045 0.045 55 P 0.058 0.122 0.055 0.028 0.099 0.038 0.119 0.263 0.169 0.030 0.018 56 R 0.072 0.056 0.043 0.039 0.061 0.070 0.148 0.128 0.103 0.215 0.066 57 G 0.119 0.245 0.029 0.017 0.438 0.013 0.012 0.033 0.019 0.038 0.037 58 L 0.225 0.094 0.005 0.002 0.615 0.003 0.007 0.019 0.008 0.007 0.015 59 V 0.283 0.083 0.010 0.001 0.577 0.001 0.004 0.007 0.002 0.003 0.029 60 M 0.253 0.153 0.034 0.006 0.423 0.008 0.009 0.016 0.006 0.011 0.080 61 S 0.203 0.208 0.069 0.019 0.326 0.016 0.016 0.040 0.022 0.021 0.059 62 A 0.123 0.093 0.037 0.026 0.168 0.044 0.078 0.170 0.130 0.079 0.050 63 N 0.064 0.152 0.098 0.052 0.118 0.043 0.089 0.125 0.085 0.126 0.048 64 C 0.124 0.130 0.083 0.053 0.146 0.022 0.024 0.076 0.066 0.172 0.103 65 V 0.070 0.173 0.075 0.050 0.126 0.051 0.049 0.160 0.134 0.078 0.035 66 K 0.051 0.093 0.058 0.053 0.079 0.069 0.140 0.202 0.121 0.101 0.034 67 D 0.121 0.094 0.073 0.047 0.125 0.027 0.046 0.092 0.072 0.225 0.078 68 T 0.058 0.395 0.194 0.039 0.169 0.017 0.020 0.043 0.024 0.021 0.021 69 P 0.167 0.168 0.056 0.015 0.278 0.017 0.027 0.112 0.069 0.040 0.050 70 F 0.179 0.177 0.015 0.005 0.470 0.007 0.015 0.059 0.035 0.015 0.022 71 H 0.194 0.157 0.036 0.006 0.437 0.009 0.030 0.058 0.018 0.016 0.039 72 F 0.298 0.122 0.031 0.006 0.335 0.005 0.017 0.051 0.017 0.036 0.082 73 F 0.133 0.215 0.063 0.033 0.238 0.035 0.039 0.089 0.044 0.054 0.056 74 K 0.070 0.135 0.128 0.081 0.111 0.066 0.075 0.181 0.075 0.043 0.034 75 Q 0.041 0.086 0.059 0.052 0.054 0.072 0.125 0.216 0.131 0.126 0.039 76 N 0.090 0.137 0.055 0.033 0.170 0.025 0.035 0.080 0.068 0.220 0.086 77 V 0.177 0.168 0.031 0.012 0.297 0.012 0.025 0.083 0.062 0.068 0.063 78 M 0.112 0.227 0.073 0.012 0.313 0.022 0.035 0.073 0.030 0.036 0.066 79 T 0.246 0.135 0.034 0.014 0.259 0.013 0.021 0.082 0.040 0.078 0.078 80 T 0.048 0.151 0.119 0.045 0.106 0.099 0.098 0.121 0.054 0.118 0.041 81 D 0.094 0.441 0.152 0.004 0.215 0.002 0.002 0.036 0.008 0.019 0.027 82 A 0.005 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.493 0.453 0.024 0.004 83 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.793 0.183 0.007 0.001 84 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.885 0.077 0.020 0.001 85 S 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.009 0.835 0.087 0.053 0.001 86 F 0.005 0.005 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.774 0.174 0.017 0.003 87 H 0.004 0.013 0.007 0.004 0.009 0.007 0.035 0.785 0.122 0.012 0.002 88 D 0.033 0.011 0.007 0.003 0.036 0.005 0.042 0.635 0.112 0.107 0.009 89 I 0.114 0.053 0.007 0.004 0.139 0.007 0.065 0.449 0.106 0.041 0.015 90 R 0.139 0.072 0.020 0.007 0.213 0.012 0.111 0.286 0.064 0.038 0.039 91 L 0.115 0.101 0.050 0.026 0.156 0.039 0.085 0.135 0.068 0.155 0.069 92 N 0.150 0.164 0.126 0.057 0.290 0.020 0.013 0.034 0.033 0.044 0.070 93 R 0.023 0.052 0.025 0.017 0.044 0.030 0.122 0.246 0.370 0.060 0.013 94 D 0.112 0.048 0.028 0.013 0.084 0.018 0.034 0.063 0.135 0.356 0.108 95 E 0.051 0.328 0.038 0.021 0.210 0.025 0.054 0.083 0.103 0.059 0.029 96 D 0.312 0.047 0.012 0.008 0.247 0.015 0.029 0.035 0.029 0.147 0.120 97 I 0.129 0.169 0.003 0.001 0.670 0.003 0.003 0.005 0.003 0.004 0.011 98 Y 0.208 0.034 0.002 0.001 0.737 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 99 I 0.329 0.031 0.002 0.001 0.619 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 100 Q 0.257 0.042 0.004 0.002 0.658 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.024 101 L 0.305 0.080 0.011 0.002 0.532 0.002 0.004 0.006 0.002 0.004 0.052 102 N 0.289 0.134 0.036 0.012 0.282 0.015 0.027 0.028 0.012 0.031 0.135 103 F 0.109 0.238 0.114 0.034 0.198 0.035 0.031 0.061 0.041 0.053 0.087 104 K 0.051 0.168 0.074 0.064 0.080 0.060 0.080 0.186 0.125 0.080 0.031 105 S 0.041 0.093 0.071 0.036 0.073 0.037 0.066 0.212 0.184 0.145 0.042 106 S 0.054 0.152 0.034 0.010 0.135 0.014 0.046 0.245 0.178 0.097 0.035 107 F 0.080 0.087 0.026 0.009 0.111 0.015 0.045 0.285 0.144 0.145 0.053 108 Q 0.032 0.207 0.093 0.027 0.075 0.040 0.061 0.177 0.081 0.176 0.030 109 N 0.175 0.159 0.045 0.010 0.328 0.005 0.008 0.135 0.034 0.054 0.046 110 A 0.005 0.013 0.004 0.001 0.012 0.005 0.008 0.569 0.361 0.017 0.003 111 N 0.005 0.013 0.005 0.002 0.006 0.005 0.029 0.782 0.110 0.039 0.004 112 Y 0.016 0.009 0.003 0.001 0.018 0.002 0.003 0.701 0.131 0.108 0.007 113 V 0.013 0.016 0.006 0.004 0.017 0.008 0.014 0.803 0.104 0.010 0.006 114 A 0.012 0.035 0.014 0.002 0.021 0.003 0.031 0.804 0.059 0.013 0.006 115 V 0.019 0.010 0.004 0.002 0.015 0.002 0.020 0.808 0.074 0.042 0.005 116 L 0.023 0.029 0.008 0.005 0.033 0.012 0.024 0.641 0.182 0.032 0.011 117 E 0.013 0.023 0.009 0.006 0.022 0.013 0.080 0.641 0.145 0.039 0.008 118 E 0.026 0.060 0.046 0.012 0.049 0.024 0.088 0.194 0.108 0.371 0.023 119 N 0.138 0.270 0.055 0.008 0.364 0.006 0.010 0.042 0.032 0.029 0.045 120 P 0.029 0.038 0.011 0.006 0.043 0.011 0.030 0.311 0.435 0.070 0.017 121 Y 0.028 0.043 0.032 0.016 0.039 0.022 0.105 0.244 0.183 0.266 0.023 122 L 0.056 0.306 0.209 0.039 0.133 0.014 0.025 0.081 0.041 0.068 0.027 123 P 0.091 0.185 0.120 0.034 0.128 0.022 0.040 0.203 0.099 0.042 0.037 124 K 0.025 0.152 0.045 0.013 0.082 0.036 0.120 0.311 0.150 0.047 0.017 125 H 0.143 0.088 0.032 0.009 0.203 0.010 0.022 0.178 0.076 0.170 0.069 126 I 0.106 0.186 0.026 0.007 0.250 0.012 0.025 0.234 0.083 0.040 0.032 127 E 0.121 0.153 0.060 0.008 0.211 0.013 0.034 0.252 0.052 0.041 0.054 128 V 0.078 0.093 0.024 0.010 0.097 0.013 0.032 0.410 0.107 0.097 0.039 129 N 0.031 0.078 0.042 0.015 0.058 0.021 0.037 0.544 0.096 0.055 0.024 130 E 0.013 0.035 0.015 0.005 0.019 0.009 0.021 0.703 0.116 0.051 0.012 131 K 0.011 0.044 0.019 0.004 0.017 0.007 0.015 0.701 0.108 0.066 0.009 132 D 0.004 0.015 0.005 0.001 0.007 0.002 0.003 0.871 0.069 0.019 0.003 133 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.031 0.001 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.001 0.001 135 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.002 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.002 0.001 137 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.014 0.001 0.001 138 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.981 0.011 0.001 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.047 0.006 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.903 0.087 0.004 0.001 141 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.919 0.059 0.007 0.001 142 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.026 0.924 0.035 0.006 0.001 143 S 0.005 0.010 0.003 0.001 0.006 0.001 0.009 0.882 0.064 0.016 0.003 144 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.917 0.063 0.006 0.001 145 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.944 0.042 0.003 0.001 146 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.976 0.014 0.001 0.001 147 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.017 0.001 0.001 148 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.018 0.002 0.001 149 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.008 0.001 0.001 151 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.028 0.004 0.001 153 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.045 0.001 0.001 154 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.964 0.026 0.001 0.001 155 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.938 0.015 0.011 0.001 156 I 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.863 0.082 0.035 0.002 157 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.901 0.090 0.002 0.001 158 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.873 0.101 0.009 0.001 159 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.016 0.804 0.119 0.044 0.002 160 L 0.003 0.009 0.003 0.002 0.008 0.012 0.039 0.590 0.233 0.096 0.005 161 D 0.020 0.014 0.006 0.002 0.029 0.008 0.088 0.563 0.131 0.124 0.013 162 K 0.007 0.033 0.017 0.002 0.021 0.004 0.021 0.596 0.194 0.099 0.007 163 Q 0.018 0.085 0.045 0.010 0.020 0.036 0.055 0.342 0.115 0.255 0.018 164 D 0.162 0.151 0.024 0.003 0.208 0.002 0.005 0.300 0.031 0.088 0.027 165 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.812 0.178 0.005 0.001 166 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.035 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.051 0.025 0.001 168 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.030 0.004 0.001 169 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.052 0.001 0.001 170 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.972 0.010 0.002 0.001 171 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.029 0.016 0.001 172 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.059 0.002 0.001 173 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.025 0.001 0.001 174 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.945 0.043 0.006 0.001 175 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.875 0.107 0.008 0.001 176 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.834 0.134 0.009 0.001 177 M 0.006 0.007 0.004 0.001 0.006 0.002 0.074 0.796 0.059 0.042 0.001 178 L 0.045 0.064 0.020 0.005 0.064 0.008 0.060 0.529 0.114 0.076 0.015