# TARGET T0496 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0496.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6928 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.670 0.157 0.110 0.041 0.017 0.005 0.001 2 N 0.697 0.163 0.092 0.038 0.009 0.002 0.001 3 T 0.809 0.126 0.049 0.012 0.003 0.001 0.001 4 P 0.688 0.198 0.086 0.019 0.007 0.002 0.001 5 V 0.343 0.218 0.196 0.161 0.063 0.018 0.001 6 S 0.476 0.334 0.125 0.044 0.018 0.003 0.001 7 V 0.346 0.293 0.142 0.163 0.048 0.007 0.001 8 N 0.770 0.169 0.045 0.012 0.003 0.001 0.001 9 E 0.228 0.358 0.218 0.136 0.050 0.009 0.001 10 K 0.054 0.117 0.216 0.300 0.257 0.055 0.002 11 K 0.157 0.380 0.206 0.209 0.041 0.007 0.001 12 D 0.256 0.368 0.220 0.110 0.038 0.008 0.001 13 F 0.028 0.062 0.149 0.263 0.337 0.153 0.008 14 V 0.014 0.044 0.118 0.325 0.297 0.186 0.014 15 K 0.158 0.360 0.345 0.100 0.027 0.009 0.001 16 W 0.062 0.165 0.236 0.294 0.158 0.078 0.008 17 F 0.057 0.088 0.118 0.211 0.307 0.198 0.021 18 L 0.112 0.130 0.172 0.278 0.208 0.090 0.010 19 N 0.525 0.256 0.146 0.052 0.016 0.005 0.001 20 N 0.345 0.303 0.213 0.087 0.035 0.014 0.002 21 Y 0.185 0.195 0.185 0.239 0.135 0.056 0.005 22 Q 0.341 0.295 0.202 0.097 0.044 0.019 0.002 23 L 0.139 0.119 0.152 0.243 0.221 0.114 0.011 24 K 0.198 0.223 0.228 0.190 0.110 0.045 0.006 25 Q 0.249 0.244 0.198 0.166 0.089 0.047 0.008 26 R 0.231 0.207 0.191 0.184 0.114 0.060 0.013 27 E 0.152 0.194 0.216 0.181 0.125 0.099 0.034 28 C 0.053 0.083 0.098 0.183 0.226 0.255 0.101 29 V 0.068 0.124 0.163 0.213 0.201 0.172 0.059 30 W 0.043 0.085 0.119 0.186 0.220 0.233 0.113 31 I 0.019 0.024 0.027 0.057 0.127 0.373 0.372 32 L 0.016 0.022 0.040 0.092 0.198 0.357 0.275 33 N 0.048 0.128 0.166 0.222 0.186 0.162 0.089 34 Y 0.032 0.074 0.159 0.246 0.262 0.188 0.039 35 L 0.031 0.035 0.057 0.127 0.326 0.360 0.064 36 M 0.138 0.208 0.266 0.245 0.109 0.031 0.003 37 S 0.490 0.315 0.129 0.047 0.015 0.004 0.001 38 H 0.375 0.264 0.200 0.109 0.041 0.011 0.001 39 D 0.654 0.231 0.079 0.028 0.006 0.001 0.001 40 Q 0.462 0.353 0.106 0.055 0.018 0.004 0.001 41 L 0.110 0.170 0.243 0.252 0.181 0.042 0.001 42 M 0.059 0.108 0.204 0.283 0.228 0.111 0.008 43 H 0.159 0.290 0.248 0.187 0.086 0.027 0.004 44 K 0.058 0.178 0.279 0.275 0.137 0.061 0.012 45 V 0.012 0.028 0.056 0.144 0.314 0.395 0.049 46 H 0.031 0.117 0.211 0.292 0.210 0.113 0.025 47 F 0.020 0.038 0.068 0.135 0.284 0.378 0.076 48 V 0.031 0.056 0.106 0.256 0.329 0.194 0.029 49 E 0.164 0.259 0.265 0.197 0.076 0.034 0.004 50 H 0.366 0.295 0.209 0.080 0.036 0.014 0.002 51 A 0.178 0.195 0.197 0.243 0.132 0.051 0.005 52 K 0.464 0.322 0.129 0.058 0.018 0.007 0.001 53 Y 0.235 0.257 0.198 0.166 0.106 0.033 0.003 54 C 0.123 0.164 0.224 0.264 0.144 0.070 0.010 55 P 0.133 0.210 0.256 0.186 0.129 0.075 0.011 56 R 0.034 0.080 0.138 0.222 0.277 0.195 0.055 57 G 0.007 0.014 0.030 0.061 0.150 0.392 0.346 58 L 0.003 0.005 0.010 0.021 0.066 0.449 0.446 59 V 0.011 0.026 0.058 0.171 0.229 0.238 0.267 60 M 0.002 0.003 0.005 0.014 0.061 0.324 0.592 61 S 0.004 0.010 0.022 0.063 0.184 0.453 0.265 62 A 0.014 0.059 0.121 0.247 0.249 0.232 0.078 63 N 0.045 0.160 0.241 0.251 0.168 0.113 0.021 64 C 0.034 0.067 0.149 0.267 0.289 0.177 0.018 65 V 0.049 0.102 0.165 0.308 0.258 0.108 0.009 66 K 0.538 0.277 0.142 0.032 0.009 0.002 0.001 67 D 0.459 0.351 0.123 0.049 0.013 0.004 0.001 68 T 0.134 0.205 0.226 0.216 0.152 0.062 0.005 69 P 0.069 0.150 0.209 0.261 0.196 0.098 0.017 70 F 0.035 0.075 0.136 0.206 0.265 0.243 0.039 71 H 0.046 0.153 0.242 0.294 0.177 0.075 0.013 72 F 0.016 0.026 0.055 0.123 0.305 0.395 0.080 73 F 0.046 0.082 0.148 0.222 0.288 0.179 0.036 74 K 0.100 0.186 0.220 0.251 0.153 0.074 0.016 75 Q 0.280 0.290 0.205 0.135 0.061 0.024 0.004 76 N 0.300 0.267 0.193 0.137 0.066 0.033 0.004 77 V 0.240 0.209 0.196 0.181 0.118 0.050 0.006 78 M 0.256 0.265 0.209 0.153 0.080 0.033 0.003 79 T 0.213 0.179 0.188 0.208 0.140 0.066 0.005 80 T 0.354 0.259 0.184 0.127 0.055 0.019 0.002 81 D 0.368 0.311 0.182 0.087 0.035 0.014 0.002 82 A 0.114 0.121 0.152 0.233 0.229 0.135 0.017 83 E 0.196 0.287 0.213 0.196 0.075 0.030 0.004 84 K 0.124 0.241 0.272 0.201 0.109 0.045 0.008 85 S 0.025 0.040 0.073 0.164 0.258 0.363 0.078 86 F 0.025 0.052 0.103 0.204 0.282 0.252 0.082 87 H 0.083 0.196 0.229 0.238 0.142 0.086 0.028 88 D 0.064 0.124 0.191 0.237 0.226 0.126 0.031 89 I 0.025 0.033 0.055 0.131 0.270 0.413 0.073 90 R 0.113 0.225 0.291 0.196 0.116 0.052 0.007 91 L 0.106 0.189 0.227 0.272 0.144 0.058 0.004 92 N 0.239 0.255 0.230 0.163 0.086 0.026 0.002 93 R 0.390 0.293 0.171 0.108 0.030 0.008 0.001 94 D 0.667 0.236 0.074 0.017 0.005 0.001 0.001 95 E 0.303 0.327 0.198 0.117 0.043 0.011 0.001 96 D 0.214 0.326 0.237 0.155 0.050 0.017 0.002 97 I 0.010 0.030 0.079 0.217 0.404 0.243 0.017 98 Y 0.015 0.042 0.124 0.199 0.267 0.276 0.076 99 I 0.003 0.008 0.016 0.039 0.134 0.535 0.263 100 Q 0.018 0.062 0.155 0.277 0.245 0.177 0.067 101 L 0.012 0.031 0.045 0.102 0.223 0.414 0.173 102 N 0.033 0.097 0.213 0.262 0.227 0.139 0.030 103 F 0.029 0.045 0.082 0.213 0.377 0.224 0.031 104 K 0.182 0.273 0.263 0.194 0.064 0.021 0.002 105 S 0.673 0.209 0.089 0.020 0.006 0.002 0.001 106 S 0.400 0.316 0.160 0.085 0.030 0.009 0.001 107 F 0.250 0.190 0.196 0.195 0.124 0.041 0.003 108 Q 0.355 0.277 0.172 0.124 0.051 0.018 0.002 109 N 0.404 0.248 0.161 0.108 0.053 0.024 0.003 110 A 0.256 0.202 0.207 0.175 0.112 0.043 0.006 111 N 0.219 0.255 0.240 0.159 0.083 0.037 0.007 112 Y 0.094 0.097 0.117 0.192 0.234 0.220 0.045 113 V 0.077 0.093 0.145 0.230 0.256 0.166 0.034 114 A 0.153 0.296 0.274 0.167 0.068 0.035 0.007 115 V 0.069 0.108 0.197 0.273 0.225 0.117 0.011 116 L 0.073 0.080 0.119 0.205 0.283 0.211 0.029 117 E 0.187 0.272 0.248 0.179 0.081 0.029 0.004 118 E 0.343 0.302 0.177 0.112 0.051 0.014 0.001 119 N 0.336 0.304 0.178 0.130 0.038 0.013 0.001 120 P 0.470 0.294 0.152 0.058 0.019 0.007 0.001 121 Y 0.143 0.172 0.213 0.256 0.165 0.049 0.003 122 L 0.170 0.178 0.218 0.244 0.144 0.043 0.003 123 P 0.504 0.271 0.144 0.060 0.016 0.004 0.001 124 K 0.520 0.263 0.136 0.054 0.020 0.006 0.001 125 H 0.270 0.247 0.214 0.150 0.085 0.032 0.002 126 I 0.213 0.193 0.204 0.225 0.124 0.039 0.003 127 E 0.377 0.338 0.165 0.084 0.027 0.008 0.001 128 V 0.184 0.189 0.206 0.222 0.152 0.046 0.002 129 N 0.351 0.275 0.193 0.124 0.045 0.012 0.001 130 E 0.536 0.274 0.108 0.060 0.018 0.004 0.001 131 K 0.513 0.278 0.125 0.059 0.020 0.005 0.001 132 D 0.249 0.194 0.207 0.205 0.108 0.034 0.002 133 R 0.469 0.278 0.169 0.065 0.015 0.004 0.001 134 L 0.271 0.299 0.213 0.134 0.064 0.018 0.001 135 L 0.086 0.153 0.241 0.246 0.195 0.072 0.006 136 A 0.050 0.069 0.095 0.187 0.273 0.287 0.039 137 E 0.121 0.218 0.274 0.228 0.119 0.036 0.005 138 R 0.113 0.316 0.254 0.204 0.080 0.028 0.004 139 F 0.045 0.063 0.132 0.245 0.309 0.189 0.017 140 L 0.060 0.090 0.142 0.251 0.285 0.152 0.019 141 E 0.270 0.368 0.215 0.105 0.032 0.009 0.001 142 E 0.335 0.317 0.174 0.119 0.044 0.010 0.001 143 S 0.233 0.241 0.219 0.175 0.093 0.037 0.002 144 V 0.232 0.234 0.219 0.192 0.094 0.027 0.002 145 F 0.371 0.256 0.195 0.127 0.041 0.009 0.001 146 S 0.573 0.291 0.101 0.026 0.007 0.002 0.001 147 F 0.167 0.180 0.243 0.256 0.119 0.034 0.001 148 R 0.366 0.278 0.198 0.099 0.044 0.013 0.001 149 R 0.331 0.301 0.180 0.140 0.039 0.008 0.001 150 E 0.596 0.273 0.092 0.030 0.007 0.002 0.001 151 R 0.169 0.277 0.290 0.169 0.075 0.019 0.001 152 L 0.033 0.047 0.093 0.228 0.390 0.193 0.016 153 L 0.063 0.198 0.283 0.292 0.122 0.039 0.003 154 K 0.308 0.344 0.212 0.091 0.035 0.010 0.001 155 Q 0.073 0.218 0.298 0.240 0.131 0.036 0.004 156 I 0.015 0.022 0.046 0.122 0.325 0.413 0.057 157 D 0.045 0.158 0.260 0.299 0.178 0.056 0.005 158 E 0.127 0.373 0.284 0.152 0.047 0.015 0.001 159 A 0.045 0.106 0.210 0.291 0.263 0.081 0.003 160 L 0.042 0.075 0.152 0.289 0.321 0.118 0.005 161 D 0.325 0.401 0.199 0.061 0.012 0.002 0.001 162 K 0.658 0.258 0.065 0.015 0.003 0.001 0.001 163 Q 0.650 0.280 0.054 0.014 0.002 0.001 0.001 164 D 0.359 0.293 0.208 0.103 0.034 0.003 0.001 165 K 0.589 0.288 0.095 0.026 0.003 0.001 0.001 166 E 0.624 0.284 0.064 0.023 0.004 0.001 0.001 167 A 0.225 0.299 0.282 0.141 0.048 0.005 0.001 168 F 0.055 0.080 0.181 0.280 0.326 0.076 0.001 169 H 0.207 0.333 0.277 0.150 0.028 0.004 0.001 170 R 0.372 0.416 0.163 0.036 0.011 0.002 0.001 171 L 0.047 0.082 0.179 0.377 0.245 0.069 0.001 172 T 0.187 0.242 0.298 0.198 0.062 0.011 0.001 173 A 0.701 0.235 0.050 0.012 0.002 0.001 0.001 174 E 0.487 0.301 0.166 0.034 0.010 0.001 0.001 175 L 0.085 0.099 0.181 0.364 0.224 0.046 0.001 176 K 0.595 0.261 0.110 0.030 0.004 0.001 0.001 177 M 0.729 0.218 0.044 0.007 0.002 0.001 0.001 178 L 0.203 0.178 0.224 0.262 0.114 0.019 0.001