This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA N A 3 3 NATAA T A 4 4 NATRO P A 5 5 NATAA V A 6 6 NATAA S A 7 7 NATAA V A 8 8 NATAA N A 9 9 NATAA E A 10 10 NATAA K A 11 11 NATAA K A 12 12 NATAA D A 13 13 NATAA F A 14 14 NATAA V A 15 15 NATAA K A 16 16 NATAA W A 17 17 NATAA F A 18 18 NATAA L A 19 19 NATAA N A 20 20 NATAA N A 21 21 NATAA Y A 22 22 NATAA Q A 23 23 NATAA L A 24 24 NATAA K A 25 25 NATAA Q A 26 26 NATAA R A 27 27 NATAA E A 28 28 NATRO C A 29 29 NATAA V A 30 30 NATAA W A 31 31 NATAA I A 32 32 NATAA L A 33 33 NATAA N A 34 34 NATAA Y A 35 35 NATAA L A 36 36 NATAA M A 37 37 NATAA S A 38 38 NATAA H A 39 39 NATAA D A 40 40 NATAA Q A 41 41 NATAA L A 42 42 NATAA M A 43 43 NATAA H A 44 44 NATAA K A 45 45 NATAA V A 46 46 NATAA H A 47 47 NATAA F A 48 48 NATAA V A 49 49 NATAA E A 50 50 NATAA H A 51 51 NATAA A A 52 52 NATAA K A 53 53 NATAA Y A 54 54 NATRO C A 55 55 NATRO P A 56 56 NATAA R A 57 57 NATAA G A 58 58 NATAA L A 59 59 NATAA V A 60 60 NATAA M A 61 61 NATAA S A 62 62 NATAA A A 63 63 NATAA N A 64 64 NATRO C A 65 65 NATAA V A 66 66 NATAA K A 67 67 NATAA D A 68 68 NATAA T A 69 69 NATRO P A 70 70 NATAA F A 71 71 NATAA H A 72 72 NATAA F A 73 73 NATAA F A 74 74 NATAA K A 75 75 NATAA Q A 76 76 NATAA N A 77 77 NATAA V A 78 78 NATAA M A 79 79 NATAA T A 80 80 NATAA T A 81 81 NATAA D A 82 82 NATAA A A 83 83 NATAA E A 84 84 NATAA K A 85 85 NATAA S A 86 86 NATAA F A 87 87 NATAA H A 88 88 NATAA D A 89 89 NATAA I A 90 90 NATAA R A 91 91 NATAA L A 92 92 NATAA N A 93 93 NATAA R A 94 94 NATAA D A 95 95 NATAA E A 96 96 NATAA D A 97 97 NATAA I A 98 98 NATAA Y A 99 99 NATAA I A 100 100 NATAA Q A 101 101 NATAA L A 102 102 NATAA N A 103 103 NATAA F A 104 104 NATAA K A 105 105 NATAA S A 106 106 NATAA S A 107 107 NATAA F A 108 108 NATAA Q A 109 109 NATAA N A 110 110 NATAA A A 111 111 NATAA N A 112 112 NATAA Y A 113 113 NATAA V A 114 114 NATAA A A 115 115 NATAA V A 116 116 NATAA L A 117 117 NATAA E A 118 118 NATAA E A 119 119 NATAA N A 120 120 NATRO P A 121 121 NATAA Y A 122 122 NATAA L A 123 123 NATRO P A 124 124 NATAA K A 125 125 NATAA H A 126 126 NATAA I A 127 127 NATAA E A 128 128 NATAA V A 129 129 NATAA N A 130 130 NATAA E A 131 131 NATAA K A 132 132 NATAA D A 133 133 NATAA R A 134 134 NATAA L A 135 135 NATAA L A 136 136 NATAA A A 137 137 NATAA E A 138 138 NATAA R A 139 139 NATAA F A 140 140 NATAA L A 141 141 NATAA E A 142 142 NATAA E A 143 143 NATAA S A 144 144 NATAA V A 145 145 NATAA F A 146 146 NATAA S A 147 147 NATAA F A 148 148 NATAA R A 149 149 NATAA R A 150 150 NATAA E A 151 151 NATAA R A 152 152 NATAA L A 153 153 NATAA L A 154 154 NATAA K A 155 155 NATAA Q A 156 156 NATAA I A 157 157 NATAA D A 158 158 NATAA E A 159 159 NATAA A A 160 160 NATAA L A 161 161 NATAA D A 162 162 NATAA K A 163 163 NATAA Q A 164 164 NATAA D A 165 165 NATAA K A 166 166 NATAA E A 167 167 NATAA A A 168 168 NATAA F A 169 169 NATAA H A 170 170 NATAA R A 171 171 NATAA L A 172 172 NATAA T A 173 173 NATAA A A 174 174 NATAA E A 175 175 NATAA L A 176 176 NATAA K A 177 177 NATAA M A 178 178 NATAA L