# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 134 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.018 0.813 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.014 0.096 0.006 0.029 0.008 2 P 0.001 0.016 0.613 0.005 0.054 0.046 0.001 0.001 0.013 0.105 0.106 0.005 0.037 3 M 0.001 0.017 0.248 0.006 0.136 0.062 0.001 0.001 0.007 0.158 0.348 0.012 0.005 4 T 0.001 0.015 0.346 0.004 0.247 0.136 0.001 0.001 0.010 0.115 0.098 0.005 0.023 5 L 0.002 0.023 0.288 0.004 0.185 0.178 0.001 0.001 0.015 0.111 0.156 0.018 0.017 6 D 0.002 0.039 0.322 0.002 0.109 0.184 0.001 0.001 0.017 0.096 0.184 0.013 0.029 7 L 0.002 0.038 0.437 0.002 0.041 0.227 0.001 0.001 0.009 0.130 0.082 0.009 0.023 8 Q 0.001 0.011 0.625 0.001 0.009 0.177 0.001 0.001 0.004 0.128 0.022 0.012 0.008 9 P 0.001 0.003 0.119 0.001 0.029 0.782 0.001 0.001 0.001 0.025 0.033 0.001 0.005 10 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.900 0.001 0.001 0.001 0.007 0.076 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.035 0.001 0.006 0.925 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.002 0.003 18 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.002 0.002 19 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 21 L 0.001 0.002 0.019 0.001 0.022 0.853 0.001 0.001 0.001 0.010 0.089 0.001 0.002 22 R 0.001 0.003 0.060 0.001 0.077 0.722 0.001 0.001 0.001 0.023 0.106 0.003 0.003 23 A 0.001 0.002 0.070 0.003 0.102 0.450 0.001 0.001 0.001 0.059 0.298 0.004 0.008 24 H 0.001 0.001 0.052 0.005 0.063 0.089 0.001 0.001 0.001 0.084 0.699 0.001 0.003 25 G 0.001 0.002 0.110 0.005 0.022 0.018 0.001 0.001 0.009 0.191 0.629 0.009 0.003 26 F 0.007 0.015 0.668 0.005 0.007 0.006 0.002 0.002 0.059 0.099 0.028 0.012 0.090 27 V 0.019 0.019 0.307 0.008 0.001 0.002 0.013 0.015 0.317 0.047 0.004 0.203 0.046 28 S 0.037 0.030 0.137 0.013 0.002 0.003 0.049 0.053 0.342 0.022 0.006 0.028 0.278 29 V 0.048 0.014 0.220 0.072 0.015 0.008 0.027 0.040 0.330 0.022 0.006 0.119 0.078 30 E 0.056 0.005 0.153 0.178 0.070 0.014 0.028 0.022 0.181 0.033 0.035 0.077 0.148 31 E 0.067 0.009 0.136 0.013 0.053 0.014 0.020 0.016 0.197 0.041 0.038 0.264 0.130 32 F 0.086 0.031 0.205 0.008 0.017 0.006 0.019 0.010 0.090 0.036 0.012 0.058 0.422 33 V 0.028 0.037 0.390 0.006 0.006 0.003 0.005 0.003 0.049 0.062 0.010 0.342 0.059 34 P 0.005 0.037 0.524 0.005 0.023 0.008 0.001 0.001 0.013 0.080 0.081 0.014 0.207 35 A 0.001 0.004 0.145 0.014 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 0.138 0.630 0.016 0.007 36 R 0.001 0.002 0.047 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.171 0.754 0.003 0.005 37 G 0.002 0.010 0.226 0.003 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.400 0.310 0.015 0.018 38 L 0.009 0.039 0.523 0.010 0.009 0.004 0.001 0.001 0.007 0.253 0.035 0.072 0.037 39 R 0.025 0.050 0.340 0.010 0.007 0.005 0.010 0.002 0.036 0.073 0.048 0.044 0.350 40 V 0.081 0.024 0.377 0.110 0.007 0.003 0.027 0.008 0.055 0.039 0.015 0.098 0.154 41 D 0.085 0.008 0.130 0.194 0.003 0.002 0.024 0.011 0.056 0.047 0.006 0.372 0.061 42 V 0.286 0.002 0.017 0.007 0.003 0.002 0.082 0.042 0.106 0.005 0.003 0.052 0.394 43 M 0.511 0.001 0.008 0.080 0.004 0.002 0.144 0.059 0.042 0.003 0.002 0.081 0.063 44 G 0.546 0.002 0.005 0.003 0.002 0.001 0.129 0.043 0.049 0.001 0.001 0.143 0.076 45 L 0.339 0.030 0.062 0.008 0.003 0.002 0.058 0.055 0.040 0.012 0.005 0.045 0.342 46 G 0.021 0.008 0.635 0.008 0.002 0.001 0.004 0.003 0.039 0.048 0.004 0.171 0.057 47 P 0.001 0.001 0.117 0.009 0.036 0.002 0.001 0.001 0.006 0.155 0.611 0.007 0.053 48 K 0.001 0.001 0.019 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.863 0.003 0.001 49 G 0.002 0.002 0.113 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.674 0.162 0.022 0.005 50 E 0.080 0.025 0.386 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.009 0.105 0.020 0.060 0.296 51 I 0.362 0.009 0.048 0.019 0.001 0.001 0.111 0.016 0.048 0.008 0.003 0.089 0.283 52 W 0.362 0.002 0.008 0.188 0.001 0.001 0.098 0.021 0.022 0.004 0.001 0.239 0.055 53 V 0.552 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.157 0.023 0.025 0.001 0.001 0.046 0.177 54 I 0.400 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 0.332 0.090 0.047 0.001 0.001 0.052 0.033 55 E 0.402 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.257 0.117 0.069 0.002 0.001 0.074 0.061 56 C 0.328 0.001 0.032 0.008 0.001 0.001 0.138 0.052 0.182 0.005 0.002 0.086 0.163 57 K 0.147 0.013 0.162 0.036 0.003 0.005 0.051 0.022 0.272 0.034 0.015 0.162 0.077 58 S 0.025 0.033 0.454 0.004 0.004 0.006 0.012 0.006 0.174 0.096 0.009 0.036 0.142 59 S 0.003 0.010 0.763 0.006 0.004 0.012 0.001 0.001 0.034 0.080 0.008 0.020 0.057 60 R 0.002 0.005 0.070 0.003 0.117 0.590 0.001 0.001 0.004 0.054 0.139 0.003 0.011 61 A 0.001 0.004 0.043 0.003 0.260 0.514 0.001 0.001 0.002 0.024 0.143 0.003 0.003 62 D 0.001 0.003 0.094 0.001 0.267 0.527 0.001 0.001 0.002 0.038 0.052 0.005 0.008 63 F 0.002 0.005 0.092 0.001 0.087 0.685 0.001 0.001 0.002 0.034 0.083 0.002 0.008 64 Q 0.002 0.007 0.064 0.001 0.100 0.672 0.001 0.001 0.001 0.023 0.123 0.005 0.003 65 A 0.001 0.008 0.076 0.001 0.090 0.671 0.001 0.001 0.001 0.034 0.104 0.002 0.010 66 D 0.001 0.004 0.152 0.001 0.052 0.627 0.001 0.001 0.001 0.058 0.092 0.004 0.006 67 A 0.001 0.003 0.089 0.001 0.041 0.593 0.001 0.001 0.001 0.039 0.225 0.002 0.004 68 K 0.001 0.008 0.125 0.001 0.049 0.555 0.001 0.001 0.001 0.042 0.208 0.006 0.005 69 W 0.001 0.004 0.071 0.001 0.040 0.788 0.001 0.001 0.002 0.035 0.050 0.002 0.007 70 Q 0.001 0.004 0.062 0.002 0.038 0.750 0.001 0.001 0.001 0.039 0.097 0.003 0.004 71 G 0.001 0.005 0.083 0.002 0.074 0.555 0.001 0.001 0.001 0.046 0.218 0.004 0.009 72 Y 0.002 0.005 0.084 0.003 0.127 0.626 0.001 0.001 0.003 0.035 0.094 0.006 0.014 73 L 0.005 0.006 0.070 0.005 0.178 0.578 0.001 0.001 0.003 0.039 0.076 0.015 0.024 74 E 0.009 0.012 0.107 0.009 0.147 0.325 0.001 0.001 0.004 0.056 0.265 0.026 0.038 75 W 0.011 0.015 0.144 0.017 0.086 0.205 0.002 0.001 0.010 0.086 0.364 0.016 0.042 76 C 0.010 0.008 0.367 0.050 0.058 0.076 0.003 0.001 0.022 0.159 0.191 0.023 0.031 77 D 0.022 0.005 0.205 0.115 0.046 0.039 0.004 0.005 0.029 0.222 0.199 0.054 0.054 78 R 0.122 0.005 0.076 0.039 0.012 0.028 0.046 0.067 0.181 0.115 0.067 0.104 0.137 79 Y 0.165 0.002 0.018 0.019 0.002 0.010 0.159 0.306 0.169 0.013 0.008 0.041 0.089 80 F 0.249 0.001 0.007 0.014 0.001 0.004 0.173 0.287 0.154 0.002 0.002 0.072 0.034 81 W 0.297 0.003 0.013 0.023 0.002 0.004 0.165 0.216 0.142 0.004 0.002 0.046 0.083 82 A 0.283 0.013 0.057 0.020 0.004 0.004 0.094 0.057 0.185 0.016 0.007 0.161 0.099 83 V 0.048 0.018 0.334 0.013 0.006 0.004 0.024 0.015 0.175 0.063 0.020 0.041 0.238 84 D 0.006 0.006 0.635 0.022 0.024 0.005 0.003 0.001 0.021 0.149 0.058 0.026 0.045 85 M 0.001 0.002 0.111 0.004 0.078 0.010 0.001 0.001 0.004 0.197 0.570 0.015 0.006 86 E 0.002 0.028 0.170 0.002 0.132 0.013 0.001 0.001 0.003 0.160 0.466 0.003 0.021 87 F 0.001 0.050 0.318 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.006 0.510 0.042 0.050 0.006 88 P 0.001 0.031 0.873 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.047 0.004 0.001 0.032 89 A 0.001 0.019 0.134 0.005 0.678 0.056 0.001 0.001 0.002 0.034 0.062 0.004 0.005 90 E 0.001 0.004 0.034 0.002 0.768 0.035 0.001 0.001 0.002 0.014 0.135 0.003 0.004 91 L 0.001 0.017 0.071 0.001 0.616 0.042 0.001 0.001 0.002 0.055 0.177 0.004 0.013 92 L 0.001 0.046 0.413 0.002 0.033 0.015 0.001 0.001 0.007 0.370 0.075 0.025 0.012 93 P 0.001 0.027 0.731 0.002 0.051 0.017 0.001 0.001 0.003 0.101 0.042 0.005 0.021 94 A 0.001 0.007 0.054 0.010 0.413 0.029 0.001 0.001 0.002 0.048 0.428 0.004 0.005 95 E 0.004 0.005 0.070 0.017 0.328 0.021 0.001 0.001 0.005 0.092 0.424 0.010 0.023 96 S 0.046 0.010 0.251 0.050 0.074 0.017 0.008 0.003 0.029 0.202 0.129 0.053 0.128 97 G 0.167 0.011 0.120 0.035 0.005 0.008 0.040 0.021 0.097 0.086 0.027 0.271 0.112 98 L 0.391 0.006 0.043 0.010 0.001 0.005 0.070 0.064 0.062 0.009 0.004 0.102 0.233 99 L 0.531 0.002 0.009 0.007 0.001 0.003 0.127 0.042 0.065 0.002 0.001 0.125 0.085 100 I 0.530 0.005 0.025 0.012 0.002 0.004 0.097 0.027 0.040 0.004 0.004 0.094 0.157 101 A 0.256 0.014 0.124 0.020 0.004 0.003 0.039 0.012 0.041 0.033 0.017 0.229 0.206 102 D 0.036 0.009 0.423 0.014 0.004 0.004 0.004 0.001 0.016 0.148 0.037 0.073 0.232 103 A 0.008 0.005 0.134 0.011 0.056 0.020 0.001 0.001 0.002 0.168 0.532 0.016 0.047 104 Y 0.005 0.005 0.075 0.015 0.091 0.027 0.001 0.001 0.001 0.141 0.607 0.021 0.010 105 D 0.015 0.015 0.244 0.009 0.091 0.082 0.002 0.001 0.004 0.219 0.228 0.034 0.055 106 A 0.066 0.026 0.344 0.014 0.061 0.177 0.005 0.002 0.012 0.072 0.039 0.044 0.138 107 E 0.155 0.021 0.089 0.053 0.038 0.167 0.019 0.004 0.019 0.031 0.024 0.281 0.099 108 I 0.183 0.009 0.036 0.015 0.031 0.093 0.030 0.008 0.028 0.009 0.019 0.053 0.486 109 V 0.221 0.009 0.072 0.128 0.072 0.126 0.034 0.005 0.023 0.017 0.035 0.153 0.105 110 R 0.117 0.014 0.126 0.020 0.074 0.122 0.016 0.003 0.026 0.047 0.100 0.171 0.162 111 M 0.030 0.027 0.286 0.011 0.044 0.118 0.005 0.002 0.020 0.125 0.095 0.044 0.192 112 A 0.003 0.008 0.682 0.007 0.013 0.038 0.001 0.001 0.008 0.155 0.031 0.035 0.020 113 P 0.001 0.009 0.345 0.005 0.132 0.135 0.001 0.001 0.006 0.093 0.248 0.008 0.018 114 E 0.001 0.014 0.186 0.003 0.217 0.189 0.001 0.001 0.004 0.075 0.297 0.005 0.009 115 Q 0.001 0.013 0.338 0.002 0.176 0.210 0.001 0.001 0.008 0.140 0.091 0.010 0.011 116 K 0.001 0.029 0.414 0.001 0.076 0.188 0.001 0.001 0.009 0.111 0.144 0.005 0.020 117 L 0.001 0.036 0.381 0.003 0.100 0.221 0.001 0.001 0.008 0.154 0.073 0.009 0.013 118 A 0.001 0.013 0.443 0.002 0.057 0.253 0.001 0.001 0.006 0.144 0.069 0.006 0.007 119 P 0.001 0.006 0.132 0.001 0.125 0.559 0.001 0.001 0.002 0.034 0.136 0.002 0.004 120 A 0.001 0.004 0.072 0.001 0.053 0.725 0.001 0.001 0.001 0.023 0.117 0.001 0.002 121 R 0.001 0.004 0.102 0.001 0.039 0.774 0.001 0.001 0.001 0.024 0.050 0.001 0.003 122 R 0.001 0.002 0.038 0.001 0.018 0.915 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.002 123 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.002 124 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 125 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 135 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.002 138 Q 0.001 0.001 0.025 0.001 0.044 0.805 0.001 0.001 0.001 0.012 0.103 0.003 0.004 139 A 0.001 0.002 0.050 0.001 0.059 0.666 0.001 0.001 0.002 0.022 0.187 0.002 0.005 140 L 0.001 0.007 0.132 0.001 0.047 0.460 0.001 0.001 0.004 0.058 0.277 0.007 0.006 141 R 0.001 0.031 0.175 0.002 0.052 0.248 0.001 0.001 0.005 0.227 0.234 0.006 0.017 142 D 0.001 0.006 0.723 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 0.002 0.201 0.027 0.004 0.004 143 P 0.001 0.003 0.092 0.003 0.350 0.103 0.001 0.001 0.001 0.041 0.404 0.001 0.002 144 E 0.001 0.004 0.037 0.001 0.157 0.036 0.001 0.001 0.001 0.041 0.721 0.001 0.001 145 G 0.001 0.012 0.326 0.003 0.226 0.059 0.001 0.001 0.008 0.206 0.138 0.006 0.014 146 H 0.006 0.045 0.475 0.008 0.076 0.074 0.002 0.002 0.030 0.155 0.063 0.029 0.035 147 G 0.016 0.065 0.325 0.011 0.083 0.076 0.006 0.005 0.045 0.126 0.106 0.049 0.087 148 I 0.015 0.062 0.334 0.013 0.071 0.072 0.006 0.006 0.059 0.102 0.139 0.038 0.082 149 F 0.013 0.036 0.486 0.012 0.043 0.057 0.005 0.003 0.036 0.128 0.070 0.045 0.065 150 E 0.005 0.017 0.608 0.008 0.023 0.035 0.002 0.001 0.019 0.139 0.058 0.045 0.041