# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 134 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.066 0.003 0.025 0.042 0.030 0.150 0.011 0.001 0.074 0.505 2 P 0.134 0.108 0.005 0.032 0.019 0.022 0.118 0.013 0.002 0.049 0.497 3 M 0.138 0.104 0.008 0.034 0.017 0.042 0.103 0.013 0.003 0.061 0.477 4 T 0.213 0.072 0.003 0.022 0.016 0.030 0.095 0.011 0.001 0.059 0.478 5 L 0.097 0.042 0.003 0.029 0.027 0.031 0.113 0.004 0.001 0.121 0.532 6 D 0.015 0.089 0.002 0.034 0.012 0.026 0.102 0.002 0.001 0.065 0.652 7 L 0.026 0.251 0.002 0.017 0.014 0.021 0.087 0.004 0.001 0.044 0.534 8 Q 0.034 0.590 0.004 0.008 0.014 0.006 0.055 0.005 0.001 0.058 0.226 9 P 0.013 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.013 0.022 10 G 0.011 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.009 0.011 11 Q 0.008 0.846 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.104 0.026 12 R 0.009 0.695 0.010 0.003 0.002 0.002 0.013 0.002 0.001 0.231 0.032 13 L 0.016 0.883 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.057 0.020 14 A 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.022 0.024 15 R 0.004 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.021 0.036 16 G 0.006 0.871 0.004 0.002 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.079 0.024 17 V 0.010 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.025 0.018 18 A 0.011 0.926 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.015 0.029 19 R 0.030 0.822 0.007 0.004 0.003 0.004 0.012 0.004 0.001 0.027 0.087 20 H 0.079 0.561 0.040 0.009 0.004 0.006 0.036 0.018 0.015 0.123 0.110 21 L 0.111 0.028 0.280 0.009 0.005 0.005 0.052 0.014 0.190 0.200 0.107 22 R 0.558 0.008 0.002 0.006 0.002 0.005 0.051 0.004 0.002 0.020 0.342 23 A 0.022 0.004 0.001 0.017 0.003 0.008 0.068 0.002 0.001 0.013 0.862 24 H 0.012 0.002 0.002 0.024 0.006 0.011 0.154 0.001 0.001 0.022 0.766 25 G 0.008 0.004 0.001 0.061 0.031 0.082 0.116 0.002 0.001 0.073 0.622 26 F 0.008 0.003 0.001 0.071 0.087 0.064 0.078 0.001 0.001 0.042 0.645 27 V 0.002 0.002 0.001 0.570 0.105 0.143 0.028 0.001 0.001 0.025 0.124 28 S 0.013 0.011 0.002 0.277 0.107 0.209 0.044 0.004 0.001 0.081 0.252 29 V 0.063 0.007 0.002 0.347 0.074 0.110 0.049 0.009 0.001 0.091 0.247 30 E 0.038 0.005 0.001 0.137 0.107 0.201 0.079 0.003 0.001 0.084 0.345 31 E 0.012 0.004 0.001 0.060 0.063 0.204 0.117 0.002 0.001 0.044 0.494 32 F 0.006 0.003 0.001 0.084 0.139 0.201 0.095 0.001 0.001 0.060 0.409 33 V 0.059 0.005 0.006 0.026 0.110 0.129 0.100 0.005 0.006 0.137 0.417 34 P 0.185 0.004 0.001 0.015 0.018 0.027 0.089 0.006 0.001 0.053 0.602 35 A 0.366 0.003 0.001 0.004 0.005 0.008 0.063 0.003 0.001 0.034 0.512 36 R 0.013 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.101 0.001 0.001 0.010 0.860 37 G 0.020 0.003 0.001 0.011 0.011 0.023 0.123 0.001 0.001 0.035 0.773 38 L 0.018 0.003 0.001 0.050 0.169 0.100 0.134 0.001 0.001 0.059 0.465 39 R 0.006 0.003 0.001 0.117 0.039 0.091 0.106 0.001 0.001 0.058 0.578 40 V 0.007 0.003 0.001 0.174 0.136 0.139 0.076 0.002 0.001 0.100 0.364 41 D 0.005 0.003 0.001 0.359 0.137 0.257 0.035 0.001 0.001 0.076 0.126 42 V 0.007 0.002 0.001 0.329 0.122 0.245 0.036 0.002 0.001 0.088 0.168 43 M 0.003 0.001 0.001 0.487 0.163 0.219 0.018 0.001 0.001 0.038 0.072 44 G 0.003 0.001 0.001 0.234 0.156 0.270 0.049 0.001 0.001 0.058 0.228 45 L 0.005 0.001 0.001 0.245 0.107 0.170 0.108 0.001 0.001 0.043 0.317 46 G 0.588 0.002 0.001 0.021 0.020 0.027 0.060 0.006 0.002 0.078 0.193 47 P 0.210 0.002 0.001 0.007 0.004 0.010 0.111 0.003 0.001 0.035 0.619 48 K 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.094 0.001 0.001 0.008 0.868 49 G 0.008 0.001 0.001 0.017 0.090 0.120 0.133 0.001 0.001 0.023 0.607 50 E 0.002 0.001 0.001 0.022 0.211 0.467 0.047 0.001 0.001 0.022 0.227 51 I 0.002 0.001 0.001 0.030 0.297 0.381 0.028 0.001 0.001 0.034 0.227 52 W 0.001 0.001 0.001 0.048 0.395 0.482 0.009 0.001 0.001 0.017 0.046 53 V 0.003 0.002 0.001 0.082 0.301 0.409 0.016 0.001 0.001 0.051 0.135 54 I 0.001 0.001 0.001 0.092 0.436 0.402 0.007 0.001 0.001 0.019 0.042 55 E 0.002 0.002 0.001 0.054 0.370 0.459 0.010 0.001 0.001 0.052 0.050 56 C 0.007 0.004 0.001 0.104 0.321 0.291 0.037 0.001 0.001 0.052 0.181 57 K 0.016 0.008 0.001 0.120 0.267 0.280 0.057 0.002 0.001 0.016 0.232 58 S 0.034 0.024 0.003 0.043 0.078 0.104 0.084 0.003 0.002 0.019 0.604 59 S 0.196 0.206 0.003 0.021 0.023 0.029 0.067 0.021 0.001 0.033 0.400 60 R 0.279 0.271 0.003 0.011 0.010 0.015 0.055 0.019 0.001 0.023 0.313 61 A 0.109 0.208 0.007 0.014 0.012 0.013 0.075 0.005 0.002 0.027 0.528 62 D 0.179 0.183 0.018 0.017 0.014 0.023 0.066 0.018 0.005 0.032 0.444 63 F 0.285 0.123 0.003 0.016 0.010 0.013 0.063 0.009 0.001 0.022 0.457 64 Q 0.190 0.269 0.006 0.019 0.013 0.014 0.049 0.009 0.001 0.026 0.404 65 A 0.053 0.191 0.001 0.017 0.004 0.007 0.068 0.005 0.001 0.025 0.627 66 D 0.101 0.431 0.004 0.012 0.008 0.012 0.063 0.012 0.001 0.089 0.267 67 A 0.069 0.400 0.004 0.015 0.021 0.015 0.075 0.007 0.001 0.075 0.319 68 K 0.059 0.648 0.005 0.011 0.005 0.007 0.031 0.007 0.001 0.036 0.190 69 W 0.109 0.678 0.002 0.005 0.004 0.007 0.022 0.012 0.001 0.023 0.138 70 Q 0.039 0.651 0.006 0.010 0.010 0.010 0.038 0.004 0.001 0.032 0.200 71 G 0.030 0.653 0.005 0.011 0.009 0.017 0.032 0.005 0.001 0.039 0.200 72 Y 0.066 0.709 0.005 0.006 0.007 0.010 0.029 0.016 0.001 0.040 0.111 73 L 0.120 0.492 0.011 0.013 0.021 0.018 0.046 0.013 0.003 0.082 0.180 74 E 0.123 0.330 0.015 0.019 0.025 0.035 0.058 0.007 0.003 0.073 0.313 75 W 0.092 0.146 0.016 0.032 0.022 0.041 0.105 0.012 0.003 0.085 0.446 76 C 0.098 0.052 0.016 0.043 0.030 0.053 0.172 0.010 0.003 0.123 0.399 77 D 0.028 0.033 0.004 0.061 0.045 0.110 0.126 0.005 0.001 0.074 0.513 78 R 0.012 0.019 0.002 0.113 0.070 0.213 0.092 0.003 0.001 0.072 0.404 79 Y 0.008 0.012 0.001 0.184 0.140 0.301 0.052 0.002 0.001 0.077 0.222 80 F 0.006 0.007 0.001 0.180 0.214 0.283 0.040 0.002 0.001 0.071 0.196 81 W 0.005 0.004 0.001 0.279 0.225 0.232 0.034 0.001 0.001 0.045 0.174 82 A 0.007 0.005 0.005 0.208 0.160 0.246 0.059 0.002 0.002 0.059 0.247 83 V 0.097 0.014 0.002 0.099 0.076 0.114 0.098 0.010 0.002 0.049 0.440 84 D 0.486 0.009 0.001 0.018 0.013 0.022 0.060 0.010 0.001 0.079 0.300 85 M 0.021 0.007 0.001 0.025 0.010 0.022 0.116 0.001 0.001 0.024 0.773 86 E 0.015 0.015 0.001 0.019 0.009 0.024 0.109 0.001 0.001 0.013 0.795 87 F 0.050 0.025 0.011 0.026 0.082 0.027 0.114 0.008 0.004 0.027 0.625 88 P 0.677 0.073 0.002 0.009 0.006 0.010 0.028 0.030 0.001 0.020 0.146 89 A 0.416 0.021 0.001 0.007 0.008 0.019 0.054 0.009 0.001 0.050 0.414 90 E 0.015 0.011 0.001 0.032 0.016 0.036 0.092 0.001 0.001 0.038 0.757 91 L 0.015 0.010 0.001 0.022 0.025 0.044 0.102 0.002 0.001 0.051 0.728 92 L 0.091 0.015 0.004 0.023 0.072 0.032 0.128 0.004 0.002 0.093 0.536 93 P 0.321 0.019 0.004 0.022 0.019 0.023 0.084 0.009 0.004 0.154 0.341 94 A 0.119 0.010 0.001 0.019 0.006 0.021 0.131 0.004 0.001 0.036 0.653 95 E 0.019 0.009 0.001 0.037 0.025 0.089 0.156 0.003 0.001 0.054 0.607 96 S 0.005 0.006 0.001 0.095 0.083 0.146 0.128 0.002 0.001 0.071 0.463 97 G 0.002 0.003 0.001 0.148 0.148 0.480 0.032 0.001 0.001 0.066 0.119 98 L 0.004 0.003 0.001 0.130 0.316 0.252 0.025 0.001 0.001 0.066 0.203 99 L 0.001 0.001 0.001 0.288 0.282 0.346 0.011 0.001 0.001 0.019 0.052 100 I 0.006 0.005 0.001 0.196 0.185 0.311 0.037 0.001 0.001 0.057 0.200 101 A 0.019 0.007 0.004 0.160 0.200 0.222 0.062 0.003 0.003 0.046 0.275 102 D 0.360 0.040 0.002 0.029 0.036 0.048 0.061 0.011 0.002 0.057 0.354 103 A 0.120 0.044 0.001 0.017 0.011 0.026 0.111 0.006 0.001 0.027 0.636 104 Y 0.025 0.045 0.002 0.015 0.020 0.030 0.100 0.002 0.001 0.032 0.730 105 D 0.037 0.145 0.001 0.032 0.065 0.137 0.097 0.006 0.001 0.062 0.417 106 A 0.041 0.184 0.003 0.030 0.112 0.169 0.076 0.010 0.001 0.058 0.316 107 E 0.036 0.127 0.006 0.045 0.165 0.265 0.034 0.005 0.002 0.045 0.270 108 I 0.068 0.069 0.004 0.044 0.140 0.254 0.047 0.006 0.001 0.057 0.309 109 V 0.072 0.020 0.004 0.054 0.138 0.151 0.071 0.004 0.001 0.082 0.402 110 R 0.017 0.019 0.003 0.058 0.112 0.180 0.081 0.002 0.001 0.029 0.497 111 M 0.031 0.072 0.002 0.023 0.035 0.056 0.072 0.005 0.001 0.017 0.686 112 A 0.421 0.068 0.013 0.009 0.031 0.016 0.058 0.021 0.006 0.041 0.316 113 P 0.318 0.056 0.006 0.009 0.011 0.014 0.060 0.018 0.003 0.025 0.481 114 E 0.169 0.027 0.002 0.009 0.005 0.013 0.055 0.007 0.001 0.019 0.693 115 Q 0.112 0.012 0.002 0.025 0.019 0.017 0.083 0.002 0.001 0.036 0.692 116 K 0.012 0.014 0.001 0.027 0.008 0.018 0.113 0.001 0.001 0.030 0.775 117 L 0.018 0.047 0.001 0.015 0.012 0.009 0.085 0.003 0.001 0.030 0.778 118 A 0.207 0.464 0.003 0.009 0.009 0.006 0.045 0.017 0.001 0.054 0.184 119 P 0.083 0.655 0.001 0.005 0.002 0.003 0.031 0.007 0.001 0.041 0.172 120 A 0.018 0.836 0.002 0.004 0.002 0.002 0.017 0.002 0.001 0.022 0.095 121 R 0.008 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.011 0.024 122 R 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.011 123 K 0.003 0.947 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.024 0.016 124 V 0.003 0.936 0.002 0.008 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.021 0.021 125 L 0.004 0.943 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.029 0.010 126 I 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.007 127 Q 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.946 0.006 128 K 0.002 0.667 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.288 0.023 129 F 0.008 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.011 0.011 130 A 0.004 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.021 0.019 131 T 0.005 0.891 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.061 0.030 132 H 0.008 0.867 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.071 0.032 133 A 0.011 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.013 0.010 134 A 0.018 0.893 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.037 0.028 135 R 0.017 0.846 0.012 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.002 0.034 0.069 136 R 0.105 0.758 0.013 0.004 0.001 0.003 0.014 0.022 0.002 0.021 0.057 137 L 0.231 0.415 0.036 0.007 0.003 0.005 0.039 0.029 0.014 0.051 0.171 138 Q 0.208 0.108 0.053 0.014 0.010 0.020 0.071 0.025 0.015 0.061 0.414 139 A 0.158 0.010 0.001 0.012 0.005 0.013 0.073 0.003 0.001 0.030 0.696 140 L 0.013 0.005 0.002 0.028 0.015 0.029 0.152 0.001 0.001 0.038 0.716 141 R 0.004 0.009 0.001 0.030 0.009 0.013 0.105 0.001 0.001 0.011 0.818 142 D 0.740 0.040 0.001 0.004 0.003 0.003 0.026 0.017 0.001 0.052 0.113 143 P 0.225 0.065 0.001 0.009 0.007 0.007 0.078 0.013 0.001 0.040 0.554 144 E 0.058 0.055 0.002 0.011 0.003 0.008 0.068 0.003 0.001 0.024 0.768 145 G 0.098 0.055 0.003 0.034 0.026 0.034 0.103 0.010 0.001 0.052 0.585 146 H 0.090 0.027 0.005 0.028 0.026 0.033 0.113 0.008 0.002 0.071 0.597 147 G 0.067 0.011 0.002 0.032 0.052 0.063 0.087 0.003 0.001 0.043 0.639 148 I 0.031 0.009 0.001 0.048 0.021 0.044 0.109 0.002 0.001 0.037 0.697 149 F 0.061 0.015 0.002 0.047 0.028 0.040 0.132 0.005 0.001 0.052 0.619 150 E 0.059 0.020 0.002 0.033 0.025 0.033 0.133 0.004 0.001 0.055 0.635