# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 134 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.035 0.014 0.027 0.023 0.135 0.087 0.554 2 P 0.181 0.060 0.013 0.012 0.015 0.095 0.069 0.555 3 M 0.114 0.082 0.014 0.011 0.021 0.098 0.070 0.590 4 T 0.110 0.089 0.023 0.012 0.022 0.098 0.060 0.586 5 L 0.090 0.087 0.022 0.020 0.020 0.129 0.098 0.534 6 D 0.024 0.172 0.019 0.008 0.014 0.098 0.088 0.576 7 L 0.039 0.386 0.013 0.006 0.009 0.079 0.074 0.395 8 Q 0.032 0.783 0.009 0.005 0.004 0.023 0.062 0.082 9 P 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.014 10 G 0.008 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 0.010 11 Q 0.004 0.946 0.003 0.002 0.001 0.003 0.031 0.011 12 R 0.014 0.793 0.011 0.003 0.003 0.009 0.145 0.023 13 L 0.016 0.937 0.003 0.001 0.001 0.004 0.029 0.010 14 A 0.016 0.882 0.005 0.001 0.001 0.005 0.062 0.030 15 R 0.006 0.879 0.003 0.001 0.002 0.008 0.045 0.057 16 G 0.010 0.895 0.004 0.002 0.002 0.008 0.050 0.027 17 V 0.010 0.937 0.003 0.001 0.001 0.005 0.029 0.013 18 A 0.009 0.944 0.005 0.001 0.001 0.004 0.017 0.020 19 R 0.020 0.810 0.027 0.007 0.005 0.011 0.052 0.068 20 H 0.068 0.472 0.108 0.019 0.013 0.029 0.196 0.095 21 L 0.240 0.056 0.210 0.012 0.009 0.044 0.275 0.154 22 R 0.651 0.010 0.014 0.004 0.003 0.028 0.029 0.261 23 A 0.069 0.003 0.003 0.001 0.001 0.026 0.009 0.888 24 H 0.002 0.001 0.007 0.002 0.007 0.113 0.007 0.861 25 G 0.013 0.004 0.072 0.039 0.130 0.161 0.067 0.514 26 F 0.013 0.004 0.044 0.082 0.054 0.074 0.038 0.690 27 V 0.003 0.003 0.366 0.184 0.159 0.057 0.029 0.199 28 S 0.010 0.006 0.183 0.072 0.142 0.047 0.099 0.440 29 V 0.213 0.017 0.151 0.185 0.102 0.038 0.115 0.179 30 E 0.078 0.015 0.069 0.071 0.081 0.068 0.043 0.577 31 E 0.009 0.006 0.038 0.052 0.135 0.098 0.016 0.646 32 F 0.011 0.005 0.055 0.094 0.159 0.102 0.045 0.529 33 V 0.040 0.005 0.066 0.175 0.108 0.102 0.095 0.409 34 P 0.409 0.006 0.016 0.020 0.025 0.056 0.037 0.431 35 A 0.422 0.004 0.008 0.010 0.009 0.043 0.043 0.460 36 R 0.026 0.003 0.011 0.007 0.029 0.102 0.011 0.811 37 G 0.005 0.001 0.018 0.011 0.048 0.088 0.023 0.807 38 L 0.006 0.005 0.080 0.276 0.155 0.122 0.034 0.322 39 R 0.012 0.007 0.111 0.072 0.102 0.098 0.044 0.553 40 V 0.014 0.006 0.144 0.140 0.126 0.088 0.099 0.383 41 D 0.011 0.004 0.410 0.130 0.187 0.040 0.108 0.108 42 V 0.015 0.004 0.254 0.100 0.236 0.054 0.074 0.262 43 M 0.011 0.002 0.323 0.224 0.244 0.036 0.024 0.136 44 G 0.004 0.001 0.147 0.206 0.385 0.046 0.051 0.159 45 L 0.005 0.001 0.119 0.111 0.206 0.109 0.080 0.368 46 G 0.557 0.001 0.026 0.033 0.039 0.074 0.114 0.156 47 P 0.488 0.001 0.003 0.004 0.006 0.054 0.023 0.421 48 K 0.015 0.001 0.009 0.003 0.024 0.134 0.009 0.805 49 G 0.004 0.001 0.053 0.027 0.226 0.145 0.032 0.511 50 E 0.002 0.001 0.076 0.279 0.410 0.050 0.033 0.150 51 I 0.001 0.001 0.145 0.300 0.272 0.019 0.030 0.232 52 W 0.001 0.001 0.199 0.369 0.381 0.007 0.014 0.029 53 V 0.001 0.001 0.263 0.252 0.368 0.007 0.024 0.084 54 I 0.001 0.001 0.296 0.417 0.253 0.005 0.008 0.021 55 E 0.001 0.001 0.257 0.206 0.441 0.011 0.025 0.057 56 C 0.005 0.005 0.188 0.283 0.324 0.031 0.036 0.129 57 K 0.020 0.017 0.194 0.258 0.277 0.049 0.034 0.151 58 S 0.032 0.040 0.118 0.082 0.104 0.102 0.068 0.454 59 S 0.131 0.443 0.044 0.033 0.039 0.051 0.052 0.207 60 R 0.172 0.379 0.045 0.013 0.017 0.052 0.069 0.253 61 A 0.073 0.391 0.024 0.018 0.017 0.061 0.070 0.345 62 D 0.097 0.369 0.038 0.015 0.019 0.054 0.152 0.256 63 F 0.191 0.432 0.014 0.008 0.011 0.064 0.052 0.228 64 Q 0.142 0.273 0.021 0.015 0.020 0.064 0.090 0.376 65 A 0.026 0.308 0.006 0.006 0.009 0.051 0.072 0.522 66 D 0.069 0.674 0.006 0.004 0.006 0.026 0.062 0.153 67 A 0.058 0.465 0.018 0.019 0.012 0.062 0.111 0.255 68 K 0.049 0.640 0.009 0.005 0.006 0.039 0.049 0.203 69 W 0.119 0.664 0.007 0.002 0.003 0.023 0.058 0.125 70 Q 0.039 0.663 0.011 0.007 0.006 0.036 0.064 0.174 71 G 0.034 0.576 0.013 0.006 0.010 0.031 0.103 0.227 72 Y 0.073 0.477 0.019 0.013 0.012 0.046 0.203 0.157 73 L 0.105 0.210 0.048 0.042 0.033 0.058 0.239 0.265 74 E 0.129 0.073 0.020 0.019 0.031 0.082 0.089 0.555 75 W 0.103 0.028 0.031 0.015 0.025 0.105 0.109 0.584 76 C 0.089 0.015 0.031 0.018 0.035 0.148 0.056 0.610 77 D 0.031 0.009 0.022 0.020 0.049 0.106 0.049 0.715 78 R 0.004 0.004 0.062 0.062 0.150 0.133 0.039 0.545 79 Y 0.004 0.002 0.162 0.179 0.410 0.050 0.042 0.152 80 F 0.003 0.002 0.159 0.297 0.333 0.024 0.029 0.152 81 W 0.002 0.002 0.297 0.254 0.275 0.025 0.018 0.127 82 A 0.002 0.001 0.321 0.257 0.226 0.029 0.031 0.132 83 V 0.123 0.010 0.114 0.151 0.121 0.069 0.056 0.356 84 D 0.446 0.007 0.039 0.029 0.031 0.053 0.087 0.308 85 M 0.029 0.011 0.024 0.015 0.029 0.128 0.025 0.739 86 E 0.012 0.008 0.008 0.004 0.011 0.063 0.009 0.883 87 F 0.032 0.013 0.047 0.056 0.022 0.134 0.037 0.657 88 P 0.370 0.106 0.012 0.015 0.018 0.058 0.045 0.376 89 A 0.667 0.022 0.008 0.004 0.005 0.033 0.032 0.227 90 E 0.027 0.018 0.023 0.024 0.024 0.105 0.029 0.749 91 L 0.008 0.005 0.009 0.005 0.012 0.054 0.012 0.895 92 L 0.080 0.006 0.043 0.027 0.023 0.177 0.103 0.541 93 P 0.310 0.012 0.031 0.009 0.010 0.100 0.147 0.379 94 A 0.178 0.008 0.010 0.003 0.006 0.097 0.026 0.673 95 E 0.008 0.003 0.037 0.006 0.022 0.208 0.022 0.694 96 S 0.003 0.003 0.180 0.036 0.155 0.126 0.084 0.413 97 G 0.005 0.002 0.371 0.131 0.221 0.045 0.089 0.136 98 L 0.003 0.002 0.433 0.169 0.182 0.023 0.041 0.147 99 L 0.004 0.002 0.445 0.240 0.198 0.018 0.019 0.075 100 I 0.006 0.003 0.368 0.147 0.220 0.049 0.049 0.158 101 A 0.019 0.005 0.209 0.058 0.061 0.103 0.048 0.497 102 D 0.511 0.041 0.025 0.023 0.025 0.056 0.044 0.276 103 A 0.107 0.067 0.012 0.008 0.015 0.092 0.034 0.667 104 Y 0.014 0.076 0.022 0.020 0.068 0.120 0.036 0.644 105 D 0.035 0.278 0.016 0.054 0.101 0.058 0.182 0.276 106 A 0.023 0.252 0.021 0.113 0.095 0.049 0.155 0.291 107 E 0.016 0.140 0.086 0.212 0.290 0.032 0.082 0.143 108 I 0.057 0.102 0.052 0.169 0.282 0.044 0.076 0.217 109 V 0.120 0.074 0.118 0.126 0.144 0.059 0.085 0.274 110 R 0.025 0.068 0.042 0.113 0.147 0.072 0.048 0.485 111 M 0.025 0.068 0.015 0.016 0.026 0.074 0.027 0.748 112 A 0.241 0.158 0.033 0.053 0.030 0.081 0.100 0.306 113 P 0.162 0.130 0.025 0.025 0.023 0.073 0.090 0.472 114 E 0.238 0.078 0.010 0.006 0.011 0.044 0.042 0.571 115 Q 0.149 0.059 0.020 0.019 0.015 0.095 0.062 0.581 116 K 0.027 0.054 0.008 0.007 0.009 0.093 0.021 0.781 117 L 0.061 0.130 0.014 0.005 0.007 0.077 0.032 0.674 118 A 0.109 0.436 0.012 0.009 0.007 0.065 0.057 0.306 119 P 0.078 0.612 0.009 0.003 0.003 0.032 0.035 0.228 120 A 0.034 0.803 0.004 0.003 0.003 0.019 0.024 0.111 121 R 0.015 0.902 0.003 0.001 0.002 0.007 0.029 0.041 122 R 0.006 0.932 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.019 123 K 0.003 0.858 0.006 0.002 0.002 0.006 0.103 0.020 124 V 0.004 0.944 0.003 0.002 0.001 0.003 0.033 0.010 125 L 0.009 0.954 0.007 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 126 I 0.034 0.918 0.003 0.001 0.001 0.004 0.026 0.015 127 Q 0.005 0.038 0.003 0.001 0.001 0.002 0.938 0.013 128 K 0.007 0.501 0.003 0.001 0.001 0.013 0.425 0.049 129 F 0.034 0.850 0.003 0.001 0.001 0.010 0.056 0.047 130 A 0.012 0.911 0.002 0.001 0.001 0.006 0.028 0.039 131 T 0.022 0.856 0.002 0.001 0.001 0.007 0.066 0.045 132 H 0.017 0.917 0.002 0.001 0.001 0.005 0.041 0.018 133 A 0.014 0.957 0.003 0.001 0.001 0.003 0.013 0.010 134 A 0.029 0.802 0.015 0.001 0.001 0.010 0.104 0.039 135 R 0.010 0.894 0.021 0.001 0.001 0.007 0.039 0.029 136 R 0.045 0.772 0.070 0.001 0.001 0.010 0.051 0.049 137 L 0.234 0.380 0.088 0.004 0.003 0.040 0.090 0.161 138 Q 0.130 0.179 0.085 0.006 0.007 0.061 0.115 0.418 139 A 0.105 0.105 0.025 0.002 0.002 0.076 0.028 0.658 140 L 0.029 0.041 0.078 0.010 0.009 0.156 0.068 0.609 141 R 0.022 0.015 0.017 0.003 0.002 0.095 0.025 0.820 142 D 0.791 0.057 0.005 0.001 0.001 0.021 0.036 0.088 143 P 0.170 0.052 0.012 0.003 0.003 0.107 0.034 0.620 144 E 0.033 0.027 0.014 0.003 0.009 0.094 0.026 0.794 145 G 0.066 0.040 0.023 0.012 0.020 0.114 0.079 0.645 146 H 0.061 0.036 0.045 0.047 0.053 0.154 0.070 0.535 147 G 0.064 0.020 0.064 0.031 0.062 0.102 0.057 0.600 148 I 0.046 0.014 0.037 0.058 0.078 0.116 0.072 0.580 149 F 0.033 0.013 0.042 0.037 0.061 0.100 0.064 0.651 150 E 0.060 0.021 0.026 0.057 0.089 0.105 0.066 0.577