# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 134 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.192 0.069 0.032 0.079 0.083 0.098 0.146 0.113 0.088 0.061 0.040 2 P 0.328 0.212 0.065 0.131 0.092 0.051 0.045 0.029 0.023 0.016 0.008 3 M 0.233 0.152 0.059 0.136 0.108 0.083 0.094 0.056 0.040 0.024 0.014 4 T 0.217 0.120 0.050 0.137 0.124 0.092 0.100 0.062 0.049 0.031 0.018 5 L 0.081 0.082 0.041 0.115 0.122 0.148 0.166 0.098 0.079 0.044 0.024 6 D 0.171 0.184 0.104 0.187 0.131 0.075 0.069 0.034 0.023 0.015 0.006 7 L 0.053 0.028 0.029 0.065 0.078 0.108 0.189 0.172 0.127 0.089 0.063 8 Q 0.177 0.186 0.104 0.182 0.124 0.068 0.062 0.038 0.028 0.022 0.009 9 P 0.063 0.102 0.063 0.129 0.118 0.118 0.160 0.093 0.080 0.050 0.023 10 G 0.084 0.054 0.053 0.125 0.143 0.138 0.164 0.093 0.076 0.047 0.024 11 Q 0.068 0.059 0.120 0.207 0.165 0.139 0.127 0.049 0.035 0.023 0.009 12 R 0.009 0.028 0.070 0.159 0.171 0.147 0.205 0.114 0.056 0.027 0.013 13 L 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.010 0.051 0.098 0.230 0.300 0.298 14 A 0.002 0.007 0.086 0.118 0.159 0.144 0.225 0.085 0.088 0.057 0.028 15 R 0.006 0.017 0.260 0.206 0.252 0.109 0.094 0.029 0.017 0.008 0.003 16 G 0.008 0.013 0.051 0.068 0.081 0.219 0.337 0.103 0.069 0.036 0.015 17 V 0.002 0.002 0.007 0.005 0.005 0.008 0.046 0.119 0.249 0.282 0.275 18 A 0.005 0.010 0.047 0.063 0.075 0.122 0.210 0.158 0.147 0.110 0.052 19 R 0.009 0.030 0.271 0.204 0.187 0.098 0.092 0.048 0.033 0.020 0.009 20 H 0.006 0.011 0.036 0.037 0.043 0.113 0.281 0.167 0.157 0.090 0.060 21 L 0.006 0.006 0.017 0.013 0.011 0.021 0.082 0.105 0.204 0.251 0.284 22 R 0.012 0.019 0.096 0.140 0.140 0.182 0.190 0.101 0.060 0.036 0.023 23 A 0.094 0.103 0.259 0.231 0.139 0.075 0.053 0.022 0.012 0.008 0.005 24 H 0.040 0.027 0.034 0.074 0.078 0.135 0.225 0.156 0.108 0.078 0.043 25 G 0.490 0.150 0.039 0.103 0.058 0.050 0.049 0.023 0.021 0.012 0.006 26 F 0.010 0.011 0.015 0.023 0.025 0.046 0.095 0.107 0.203 0.239 0.224 27 V 0.030 0.060 0.032 0.079 0.088 0.134 0.196 0.139 0.120 0.068 0.054 28 S 0.006 0.007 0.008 0.011 0.012 0.017 0.062 0.089 0.164 0.262 0.363 29 V 0.004 0.005 0.006 0.012 0.017 0.028 0.067 0.125 0.178 0.218 0.341 30 E 0.073 0.100 0.076 0.168 0.142 0.093 0.094 0.075 0.064 0.063 0.051 31 E 0.032 0.022 0.018 0.083 0.091 0.101 0.158 0.161 0.137 0.104 0.093 32 F 0.019 0.019 0.016 0.040 0.045 0.066 0.121 0.139 0.201 0.185 0.149 33 V 0.057 0.080 0.041 0.123 0.115 0.138 0.169 0.106 0.080 0.055 0.036 34 P 0.058 0.041 0.034 0.080 0.078 0.117 0.160 0.122 0.123 0.106 0.079 35 A 0.260 0.156 0.061 0.144 0.107 0.064 0.064 0.040 0.040 0.035 0.030 36 R 0.256 0.183 0.037 0.139 0.107 0.073 0.079 0.043 0.038 0.024 0.022 37 G 0.401 0.105 0.035 0.101 0.094 0.067 0.066 0.041 0.037 0.026 0.028 38 L 0.024 0.042 0.030 0.128 0.156 0.181 0.187 0.102 0.075 0.047 0.028 39 R 0.024 0.041 0.039 0.133 0.132 0.168 0.205 0.111 0.082 0.039 0.027 40 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.015 0.061 0.170 0.236 0.254 0.249 41 D 0.003 0.009 0.014 0.028 0.043 0.073 0.164 0.184 0.209 0.163 0.110 42 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.029 0.086 0.199 0.329 0.341 43 M 0.002 0.002 0.006 0.008 0.011 0.020 0.072 0.125 0.221 0.275 0.259 44 G 0.003 0.004 0.006 0.011 0.016 0.024 0.073 0.135 0.214 0.226 0.288 45 L 0.005 0.008 0.009 0.029 0.046 0.072 0.152 0.177 0.182 0.163 0.157 46 G 0.039 0.046 0.031 0.114 0.144 0.131 0.160 0.128 0.089 0.068 0.050 47 P 0.145 0.114 0.040 0.138 0.135 0.126 0.120 0.077 0.048 0.032 0.024 48 K 0.296 0.255 0.045 0.164 0.123 0.045 0.030 0.018 0.011 0.009 0.005 49 G 0.260 0.080 0.030 0.077 0.085 0.066 0.094 0.086 0.085 0.073 0.064 50 E 0.102 0.136 0.051 0.169 0.165 0.115 0.105 0.052 0.049 0.037 0.019 51 I 0.014 0.014 0.019 0.030 0.032 0.055 0.130 0.135 0.217 0.192 0.163 52 W 0.015 0.022 0.027 0.059 0.089 0.123 0.204 0.148 0.143 0.102 0.068 53 V 0.010 0.018 0.034 0.050 0.059 0.080 0.130 0.132 0.186 0.174 0.128 54 I 0.005 0.007 0.019 0.026 0.045 0.059 0.140 0.212 0.203 0.164 0.120 55 E 0.008 0.015 0.042 0.052 0.060 0.072 0.143 0.167 0.187 0.159 0.095 56 C 0.005 0.006 0.025 0.022 0.024 0.040 0.097 0.120 0.214 0.255 0.191 57 K 0.015 0.024 0.069 0.109 0.133 0.119 0.178 0.132 0.108 0.069 0.043 58 S 0.015 0.021 0.045 0.049 0.059 0.084 0.165 0.163 0.175 0.148 0.075 59 S 0.061 0.096 0.107 0.150 0.136 0.104 0.134 0.075 0.063 0.051 0.023 60 R 0.113 0.074 0.071 0.141 0.138 0.122 0.142 0.086 0.059 0.036 0.017 61 A 0.218 0.108 0.114 0.157 0.127 0.082 0.079 0.044 0.035 0.026 0.010 62 D 0.062 0.085 0.078 0.159 0.150 0.122 0.149 0.077 0.063 0.037 0.018 63 F 0.023 0.019 0.029 0.036 0.036 0.057 0.133 0.133 0.204 0.185 0.147 64 Q 0.065 0.102 0.146 0.222 0.203 0.095 0.083 0.038 0.025 0.015 0.006 65 A 0.064 0.107 0.120 0.144 0.118 0.112 0.142 0.077 0.061 0.038 0.018 66 D 0.101 0.062 0.061 0.139 0.146 0.128 0.164 0.081 0.062 0.038 0.019 67 A 0.379 0.139 0.125 0.123 0.076 0.044 0.050 0.028 0.019 0.012 0.005 68 K 0.045 0.099 0.103 0.175 0.131 0.135 0.143 0.064 0.052 0.036 0.016 69 W 0.013 0.026 0.030 0.069 0.088 0.144 0.231 0.166 0.119 0.069 0.044 70 Q 0.359 0.149 0.203 0.152 0.070 0.028 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 71 G 0.215 0.134 0.170 0.224 0.119 0.071 0.041 0.014 0.007 0.004 0.001 72 Y 0.010 0.009 0.015 0.024 0.024 0.049 0.131 0.121 0.228 0.203 0.186 73 L 0.008 0.015 0.034 0.091 0.129 0.227 0.252 0.103 0.078 0.041 0.022 74 E 0.048 0.100 0.490 0.197 0.091 0.035 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 75 W 0.011 0.018 0.048 0.069 0.085 0.143 0.233 0.170 0.114 0.064 0.046 76 C 0.006 0.004 0.010 0.012 0.014 0.029 0.100 0.132 0.225 0.236 0.231 77 D 0.015 0.041 0.125 0.209 0.195 0.174 0.130 0.049 0.034 0.020 0.008 78 R 0.005 0.014 0.076 0.078 0.091 0.157 0.196 0.139 0.128 0.072 0.044 79 Y 0.002 0.003 0.010 0.015 0.020 0.038 0.108 0.161 0.245 0.250 0.149 80 F 0.002 0.006 0.013 0.023 0.030 0.060 0.146 0.218 0.214 0.173 0.116 81 W 0.002 0.011 0.039 0.039 0.040 0.060 0.116 0.159 0.192 0.212 0.131 82 A 0.001 0.003 0.009 0.008 0.008 0.018 0.067 0.131 0.197 0.310 0.249 83 V 0.006 0.013 0.021 0.052 0.048 0.089 0.195 0.179 0.162 0.136 0.100 84 D 0.040 0.123 0.057 0.184 0.162 0.134 0.119 0.072 0.054 0.036 0.020 85 M 0.393 0.159 0.046 0.111 0.112 0.064 0.060 0.024 0.015 0.011 0.005 86 E 0.322 0.190 0.040 0.189 0.129 0.050 0.038 0.018 0.012 0.008 0.004 87 F 0.010 0.012 0.007 0.021 0.019 0.034 0.081 0.124 0.208 0.221 0.263 88 P 0.071 0.532 0.059 0.164 0.101 0.028 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 89 A 0.145 0.154 0.039 0.125 0.126 0.137 0.127 0.073 0.042 0.019 0.013 90 E 0.752 0.106 0.037 0.065 0.018 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 91 L 0.029 0.047 0.023 0.154 0.158 0.169 0.199 0.119 0.058 0.027 0.017 92 L 0.005 0.013 0.013 0.027 0.035 0.038 0.098 0.161 0.194 0.198 0.218 93 P 0.025 0.095 0.110 0.199 0.230 0.137 0.115 0.041 0.022 0.016 0.011 94 A 0.273 0.225 0.216 0.178 0.059 0.022 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 95 E 0.249 0.108 0.036 0.168 0.149 0.125 0.093 0.031 0.023 0.012 0.006 96 S 0.010 0.014 0.008 0.032 0.054 0.072 0.156 0.206 0.197 0.144 0.106 97 G 0.009 0.026 0.018 0.066 0.104 0.155 0.245 0.156 0.118 0.064 0.038 98 L 0.001 0.002 0.007 0.007 0.008 0.012 0.051 0.107 0.218 0.323 0.264 99 L 0.001 0.002 0.006 0.008 0.009 0.019 0.078 0.144 0.225 0.236 0.272 100 I 0.002 0.004 0.009 0.023 0.023 0.039 0.103 0.136 0.188 0.210 0.263 101 A 0.003 0.006 0.008 0.022 0.027 0.057 0.122 0.153 0.205 0.181 0.214 102 D 0.032 0.053 0.041 0.120 0.141 0.156 0.179 0.108 0.080 0.056 0.034 103 A 0.202 0.136 0.055 0.175 0.132 0.095 0.090 0.051 0.030 0.022 0.012 104 Y 0.086 0.064 0.029 0.105 0.117 0.147 0.150 0.107 0.084 0.070 0.042 105 D 0.166 0.362 0.074 0.185 0.110 0.037 0.028 0.013 0.012 0.009 0.004 106 A 0.016 0.013 0.011 0.036 0.047 0.097 0.168 0.164 0.172 0.146 0.130 107 E 0.092 0.120 0.136 0.281 0.169 0.086 0.055 0.025 0.018 0.014 0.005 108 I 0.003 0.013 0.026 0.059 0.060 0.084 0.177 0.197 0.171 0.126 0.084 109 V 0.002 0.006 0.017 0.024 0.026 0.039 0.119 0.139 0.217 0.229 0.180 110 R 0.008 0.017 0.090 0.148 0.189 0.165 0.179 0.081 0.060 0.046 0.018 111 M 0.057 0.094 0.276 0.255 0.158 0.073 0.050 0.017 0.010 0.007 0.003 112 A 0.011 0.014 0.014 0.027 0.031 0.076 0.186 0.187 0.186 0.163 0.103 113 P 0.204 0.260 0.072 0.132 0.094 0.064 0.076 0.045 0.027 0.019 0.008 114 E 0.491 0.209 0.095 0.117 0.047 0.017 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 115 Q 0.272 0.106 0.071 0.114 0.107 0.108 0.097 0.051 0.036 0.023 0.013 116 K 0.217 0.277 0.064 0.173 0.116 0.053 0.055 0.021 0.014 0.008 0.003 117 L 0.026 0.036 0.030 0.060 0.060 0.115 0.187 0.149 0.153 0.104 0.081 118 A 0.135 0.167 0.154 0.189 0.143 0.089 0.066 0.027 0.015 0.010 0.004 119 P 0.351 0.200 0.124 0.183 0.072 0.033 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 120 A 0.057 0.023 0.025 0.053 0.065 0.100 0.174 0.152 0.143 0.111 0.096 121 R 0.049 0.143 0.089 0.200 0.166 0.110 0.117 0.048 0.041 0.027 0.011 122 R 0.012 0.021 0.060 0.075 0.094 0.130 0.202 0.147 0.130 0.081 0.049 123 K 0.120 0.079 0.237 0.236 0.143 0.085 0.055 0.019 0.014 0.009 0.003 124 V 0.016 0.030 0.068 0.147 0.150 0.175 0.212 0.099 0.058 0.031 0.014 125 L 0.002 0.005 0.017 0.020 0.026 0.040 0.120 0.171 0.225 0.215 0.160 126 I 0.002 0.004 0.032 0.027 0.038 0.073 0.190 0.168 0.200 0.169 0.098 127 Q 0.006 0.016 0.324 0.190 0.180 0.096 0.091 0.042 0.029 0.020 0.006 128 K 0.005 0.012 0.086 0.104 0.142 0.174 0.276 0.102 0.059 0.028 0.011 129 F 0.002 0.003 0.016 0.010 0.010 0.022 0.100 0.126 0.248 0.268 0.195 130 A 0.005 0.007 0.041 0.041 0.050 0.100 0.251 0.171 0.167 0.107 0.059 131 T 0.015 0.028 0.333 0.187 0.155 0.098 0.091 0.045 0.026 0.015 0.006 132 H 0.011 0.018 0.092 0.084 0.095 0.174 0.291 0.105 0.072 0.042 0.017 133 A 0.011 0.010 0.036 0.029 0.027 0.050 0.162 0.143 0.223 0.179 0.130 134 A 0.010 0.012 0.073 0.064 0.076 0.127 0.218 0.145 0.134 0.088 0.054 135 R 0.010 0.024 0.281 0.175 0.181 0.115 0.108 0.049 0.031 0.019 0.008 136 R 0.006 0.014 0.073 0.058 0.067 0.124 0.253 0.153 0.126 0.083 0.042 137 L 0.007 0.009 0.038 0.036 0.039 0.062 0.166 0.171 0.195 0.168 0.109 138 Q 0.018 0.026 0.149 0.118 0.125 0.109 0.166 0.113 0.088 0.062 0.027 139 A 0.022 0.041 0.171 0.167 0.155 0.124 0.149 0.069 0.054 0.033 0.015 140 L 0.016 0.016 0.037 0.041 0.043 0.082 0.198 0.157 0.183 0.139 0.087 141 R 0.062 0.068 0.090 0.134 0.133 0.110 0.162 0.099 0.072 0.047 0.023 142 D 0.093 0.119 0.122 0.146 0.125 0.104 0.119 0.070 0.050 0.033 0.019 143 P 0.241 0.147 0.080 0.123 0.104 0.088 0.093 0.054 0.035 0.023 0.013 144 E 0.492 0.207 0.058 0.098 0.056 0.030 0.026 0.016 0.009 0.006 0.002 145 G 0.257 0.119 0.049 0.112 0.093 0.089 0.101 0.072 0.052 0.036 0.021 146 H 0.141 0.130 0.064 0.146 0.133 0.109 0.113 0.067 0.049 0.031 0.016 147 G 0.264 0.142 0.087 0.124 0.092 0.082 0.088 0.051 0.037 0.022 0.011 148 I 0.101 0.104 0.073 0.128 0.114 0.115 0.138 0.079 0.069 0.052 0.028 149 F 0.060 0.049 0.036 0.086 0.089 0.132 0.172 0.131 0.113 0.076 0.056 150 E 0.384 0.182 0.110 0.143 0.078 0.038 0.028 0.015 0.011 0.007 0.003