# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 134 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.160 0.016 0.006 0.037 0.029 0.071 0.090 0.002 0.001 0.004 0.585 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.990 3 M 0.009 0.002 0.001 0.006 0.005 0.015 0.146 0.001 0.001 0.001 0.815 4 T 0.335 0.022 0.001 0.017 0.011 0.024 0.090 0.001 0.001 0.007 0.492 5 L 0.118 0.083 0.002 0.024 0.027 0.038 0.091 0.001 0.001 0.009 0.607 6 D 0.116 0.086 0.004 0.020 0.017 0.026 0.122 0.002 0.001 0.008 0.599 7 L 0.254 0.102 0.005 0.019 0.010 0.031 0.071 0.004 0.001 0.006 0.497 8 Q 0.153 0.081 0.011 0.018 0.011 0.016 0.145 0.003 0.001 0.006 0.557 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.991 10 G 0.015 0.080 0.002 0.017 0.009 0.049 0.123 0.001 0.001 0.002 0.701 11 Q 0.063 0.435 0.001 0.007 0.004 0.006 0.070 0.001 0.001 0.003 0.410 12 R 0.023 0.825 0.001 0.002 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.122 13 L 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 14 A 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 15 R 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 16 G 0.037 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.037 17 V 0.015 0.949 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 18 A 0.005 0.960 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 19 R 0.006 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.035 20 H 0.020 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.021 21 L 0.020 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 22 R 0.024 0.920 0.007 0.003 0.005 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.021 23 A 0.103 0.764 0.009 0.005 0.004 0.003 0.010 0.047 0.001 0.001 0.057 24 H 0.321 0.447 0.018 0.006 0.003 0.005 0.017 0.100 0.001 0.003 0.080 25 G 0.455 0.096 0.076 0.033 0.014 0.015 0.021 0.094 0.001 0.031 0.165 26 F 0.028 0.005 0.824 0.018 0.003 0.002 0.029 0.003 0.001 0.001 0.087 27 V 0.038 0.004 0.011 0.478 0.171 0.136 0.056 0.001 0.001 0.005 0.100 28 S 0.005 0.006 0.002 0.141 0.034 0.079 0.095 0.001 0.001 0.001 0.636 29 V 0.008 0.005 0.001 0.724 0.057 0.149 0.010 0.001 0.001 0.004 0.044 30 E 0.008 0.012 0.001 0.183 0.065 0.083 0.195 0.001 0.001 0.006 0.447 31 E 0.031 0.015 0.001 0.116 0.044 0.089 0.117 0.002 0.001 0.006 0.578 32 F 0.070 0.030 0.005 0.092 0.044 0.150 0.114 0.003 0.001 0.006 0.485 33 V 0.085 0.014 0.007 0.054 0.062 0.071 0.091 0.002 0.001 0.006 0.609 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.992 35 A 0.023 0.003 0.001 0.012 0.031 0.103 0.082 0.001 0.001 0.001 0.744 36 R 0.108 0.011 0.001 0.013 0.014 0.017 0.115 0.001 0.001 0.015 0.706 37 G 0.363 0.012 0.005 0.023 0.023 0.029 0.070 0.002 0.001 0.035 0.437 38 L 0.306 0.006 0.015 0.047 0.041 0.030 0.192 0.001 0.001 0.005 0.357 39 R 0.051 0.002 0.001 0.085 0.081 0.098 0.117 0.001 0.001 0.002 0.562 40 V 0.018 0.002 0.003 0.225 0.188 0.288 0.043 0.001 0.001 0.002 0.230 41 D 0.006 0.001 0.001 0.536 0.189 0.207 0.020 0.001 0.001 0.002 0.038 42 V 0.005 0.001 0.001 0.591 0.130 0.164 0.019 0.001 0.001 0.002 0.087 43 M 0.001 0.001 0.001 0.832 0.068 0.089 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 44 G 0.002 0.002 0.001 0.563 0.078 0.167 0.033 0.001 0.001 0.003 0.151 45 L 0.004 0.003 0.001 0.648 0.064 0.162 0.018 0.001 0.001 0.005 0.095 46 G 0.010 0.003 0.001 0.184 0.097 0.160 0.114 0.001 0.001 0.003 0.427 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.979 48 K 0.005 0.001 0.001 0.012 0.018 0.040 0.266 0.001 0.001 0.002 0.656 49 G 0.379 0.004 0.001 0.024 0.056 0.054 0.025 0.001 0.001 0.126 0.331 50 E 0.261 0.007 0.021 0.036 0.097 0.091 0.127 0.001 0.001 0.011 0.348 51 I 0.061 0.001 0.002 0.044 0.275 0.281 0.059 0.001 0.001 0.003 0.273 52 W 0.006 0.001 0.001 0.023 0.340 0.573 0.008 0.001 0.001 0.001 0.049 53 V 0.005 0.001 0.001 0.083 0.275 0.491 0.022 0.001 0.001 0.001 0.123 54 I 0.002 0.001 0.001 0.056 0.421 0.488 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 55 E 0.001 0.001 0.001 0.050 0.329 0.572 0.010 0.001 0.001 0.001 0.037 56 C 0.001 0.001 0.001 0.037 0.380 0.489 0.012 0.001 0.001 0.001 0.079 57 K 0.003 0.001 0.001 0.056 0.303 0.580 0.011 0.001 0.001 0.001 0.046 58 S 0.004 0.002 0.001 0.034 0.266 0.305 0.054 0.001 0.001 0.002 0.331 59 S 0.009 0.002 0.001 0.043 0.144 0.339 0.138 0.001 0.001 0.004 0.320 60 R 0.056 0.004 0.001 0.050 0.057 0.158 0.108 0.001 0.001 0.010 0.556 61 A 0.009 0.013 0.001 0.014 0.020 0.037 0.477 0.001 0.001 0.008 0.419 62 D 0.114 0.039 0.001 0.016 0.018 0.035 0.404 0.001 0.001 0.039 0.332 63 F 0.239 0.348 0.006 0.020 0.022 0.035 0.084 0.004 0.001 0.008 0.233 64 Q 0.105 0.403 0.012 0.018 0.062 0.060 0.184 0.004 0.001 0.008 0.144 65 A 0.124 0.460 0.013 0.011 0.021 0.028 0.060 0.013 0.001 0.004 0.265 66 D 0.207 0.420 0.009 0.014 0.018 0.070 0.026 0.023 0.001 0.004 0.208 67 A 0.159 0.338 0.031 0.016 0.019 0.022 0.066 0.019 0.001 0.006 0.325 68 K 0.062 0.123 0.027 0.011 0.009 0.014 0.280 0.012 0.001 0.007 0.455 69 W 0.196 0.278 0.026 0.023 0.008 0.025 0.103 0.012 0.001 0.004 0.326 70 Q 0.056 0.306 0.009 0.018 0.009 0.016 0.061 0.005 0.001 0.006 0.513 71 G 0.034 0.116 0.013 0.009 0.005 0.009 0.135 0.005 0.001 0.003 0.670 72 Y 0.208 0.426 0.017 0.021 0.011 0.027 0.054 0.005 0.001 0.002 0.229 73 L 0.063 0.622 0.005 0.020 0.019 0.024 0.027 0.003 0.001 0.002 0.215 74 E 0.057 0.519 0.006 0.010 0.017 0.019 0.052 0.008 0.001 0.002 0.312 75 W 0.211 0.495 0.005 0.014 0.013 0.023 0.025 0.022 0.001 0.002 0.190 76 C 0.206 0.464 0.014 0.019 0.016 0.037 0.028 0.031 0.001 0.001 0.184 77 D 0.145 0.243 0.040 0.054 0.054 0.059 0.034 0.019 0.001 0.009 0.344 78 R 0.176 0.145 0.043 0.102 0.065 0.068 0.064 0.013 0.001 0.008 0.316 79 Y 0.187 0.100 0.047 0.170 0.079 0.100 0.121 0.009 0.001 0.008 0.179 80 F 0.044 0.031 0.007 0.395 0.197 0.225 0.027 0.002 0.001 0.003 0.068 81 W 0.010 0.018 0.008 0.366 0.139 0.264 0.024 0.002 0.001 0.001 0.169 82 A 0.007 0.010 0.002 0.408 0.193 0.302 0.014 0.001 0.001 0.002 0.062 83 V 0.004 0.018 0.001 0.135 0.183 0.265 0.073 0.001 0.001 0.002 0.317 84 D 0.005 0.011 0.001 0.074 0.105 0.248 0.057 0.001 0.001 0.002 0.496 85 M 0.016 0.004 0.001 0.032 0.027 0.059 0.129 0.001 0.001 0.009 0.723 86 E 0.161 0.004 0.005 0.019 0.005 0.015 0.274 0.001 0.001 0.017 0.499 87 F 0.424 0.017 0.009 0.026 0.027 0.037 0.123 0.001 0.001 0.012 0.324 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.989 89 A 0.005 0.003 0.001 0.007 0.016 0.055 0.029 0.001 0.001 0.001 0.883 90 E 0.067 0.030 0.001 0.009 0.023 0.031 0.145 0.001 0.001 0.005 0.688 91 L 0.554 0.033 0.001 0.005 0.007 0.019 0.085 0.003 0.001 0.006 0.288 92 L 0.552 0.130 0.007 0.026 0.016 0.030 0.042 0.004 0.001 0.003 0.192 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.992 94 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.038 0.001 0.001 0.001 0.947 95 E 0.187 0.006 0.001 0.030 0.028 0.045 0.145 0.002 0.001 0.006 0.551 96 S 0.405 0.015 0.002 0.061 0.062 0.075 0.093 0.002 0.001 0.007 0.278 97 G 0.072 0.007 0.003 0.349 0.202 0.166 0.037 0.001 0.001 0.023 0.139 98 L 0.021 0.002 0.012 0.495 0.141 0.136 0.035 0.001 0.001 0.003 0.153 99 L 0.005 0.001 0.001 0.534 0.182 0.245 0.011 0.001 0.001 0.001 0.021 100 I 0.003 0.001 0.001 0.333 0.159 0.311 0.026 0.001 0.001 0.001 0.166 101 A 0.002 0.002 0.001 0.572 0.123 0.209 0.019 0.001 0.001 0.003 0.070 102 D 0.005 0.002 0.001 0.139 0.116 0.161 0.129 0.001 0.001 0.004 0.443 103 A 0.012 0.002 0.001 0.068 0.033 0.080 0.154 0.001 0.001 0.007 0.643 104 Y 0.014 0.002 0.001 0.012 0.015 0.022 0.585 0.001 0.001 0.010 0.339 105 D 0.249 0.004 0.001 0.024 0.039 0.052 0.199 0.001 0.001 0.075 0.356 106 A 0.104 0.015 0.012 0.025 0.043 0.062 0.120 0.001 0.001 0.009 0.610 107 E 0.031 0.009 0.002 0.066 0.363 0.312 0.121 0.001 0.001 0.007 0.088 108 I 0.022 0.020 0.001 0.037 0.171 0.188 0.074 0.001 0.001 0.002 0.484 109 V 0.015 0.036 0.001 0.160 0.225 0.505 0.008 0.001 0.001 0.002 0.048 110 R 0.021 0.050 0.001 0.114 0.273 0.337 0.034 0.001 0.001 0.002 0.166 111 M 0.012 0.034 0.003 0.048 0.074 0.185 0.047 0.003 0.001 0.002 0.593 112 A 0.049 0.021 0.003 0.083 0.107 0.327 0.066 0.001 0.001 0.003 0.340 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.990 114 E 0.022 0.011 0.001 0.008 0.021 0.066 0.151 0.001 0.001 0.004 0.715 115 Q 0.395 0.100 0.001 0.009 0.011 0.015 0.077 0.002 0.001 0.009 0.381 116 K 0.261 0.116 0.004 0.007 0.006 0.012 0.023 0.007 0.001 0.006 0.557 117 L 0.223 0.162 0.041 0.022 0.011 0.027 0.062 0.005 0.001 0.005 0.443 118 A 0.120 0.085 0.008 0.020 0.014 0.020 0.058 0.003 0.001 0.004 0.667 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.993 120 A 0.029 0.025 0.003 0.009 0.005 0.012 0.172 0.001 0.001 0.002 0.743 121 R 0.152 0.113 0.002 0.013 0.004 0.008 0.174 0.001 0.001 0.006 0.526 122 R 0.085 0.373 0.004 0.012 0.005 0.014 0.055 0.002 0.001 0.003 0.448 123 K 0.029 0.455 0.003 0.009 0.003 0.004 0.047 0.001 0.001 0.002 0.449 124 V 0.028 0.681 0.002 0.004 0.004 0.004 0.033 0.001 0.001 0.001 0.242 125 L 0.014 0.920 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.049 126 I 0.007 0.955 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 127 Q 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 128 K 0.017 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.038 129 F 0.023 0.929 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.035 130 A 0.014 0.932 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.037 131 T 0.010 0.911 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.066 132 H 0.019 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.052 133 A 0.013 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 134 A 0.014 0.939 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.037 135 R 0.019 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.032 136 R 0.046 0.899 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.034 137 L 0.042 0.902 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.027 138 Q 0.039 0.868 0.016 0.003 0.005 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.048 139 A 0.091 0.633 0.015 0.006 0.007 0.007 0.007 0.066 0.001 0.001 0.167 140 L 0.222 0.522 0.018 0.011 0.014 0.020 0.014 0.068 0.001 0.001 0.109 141 R 0.236 0.320 0.040 0.020 0.016 0.023 0.072 0.069 0.001 0.002 0.201 142 D 0.122 0.194 0.045 0.034 0.041 0.052 0.095 0.049 0.001 0.006 0.361 143 P 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.002 0.975 144 E 0.005 0.002 0.008 0.005 0.001 0.002 0.822 0.001 0.001 0.006 0.148 145 G 0.548 0.010 0.002 0.010 0.003 0.006 0.177 0.002 0.001 0.124 0.118 146 H 0.266 0.147 0.041 0.049 0.011 0.016 0.147 0.004 0.001 0.015 0.304 147 G 0.036 0.031 0.013 0.070 0.024 0.025 0.154 0.003 0.001 0.015 0.628 148 I 0.112 0.047 0.013 0.070 0.054 0.101 0.127 0.003 0.001 0.006 0.468 149 F 0.119 0.077 0.003 0.061 0.057 0.135 0.102 0.004 0.001 0.007 0.435 150 E 0.055 0.061 0.004 0.048 0.041 0.067 0.127 0.005 0.001 0.005 0.586