# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 134 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.009 0.055 0.025 0.038 0.069 0.007 0.713 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 M 0.012 0.005 0.018 0.017 0.055 0.100 0.003 0.789 4 T 0.233 0.014 0.018 0.009 0.015 0.084 0.007 0.620 5 L 0.167 0.028 0.018 0.011 0.021 0.080 0.006 0.668 6 D 0.211 0.044 0.021 0.010 0.015 0.186 0.013 0.500 7 L 0.309 0.108 0.043 0.011 0.014 0.092 0.025 0.398 8 Q 0.137 0.122 0.024 0.015 0.025 0.146 0.008 0.524 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 10 G 0.018 0.180 0.012 0.012 0.042 0.145 0.004 0.587 11 Q 0.067 0.514 0.009 0.005 0.008 0.061 0.007 0.330 12 R 0.021 0.866 0.002 0.002 0.004 0.014 0.002 0.089 13 L 0.013 0.949 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.028 14 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 15 R 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 16 G 0.059 0.895 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.026 17 V 0.016 0.943 0.010 0.002 0.002 0.004 0.005 0.020 18 A 0.005 0.950 0.006 0.002 0.003 0.006 0.003 0.026 19 R 0.004 0.959 0.005 0.002 0.002 0.004 0.002 0.022 20 H 0.006 0.969 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.015 21 L 0.010 0.963 0.005 0.002 0.003 0.002 0.003 0.012 22 R 0.028 0.913 0.005 0.005 0.006 0.005 0.013 0.024 23 A 0.095 0.779 0.013 0.005 0.006 0.008 0.044 0.050 24 H 0.216 0.472 0.024 0.012 0.006 0.009 0.128 0.133 25 G 0.643 0.023 0.048 0.015 0.006 0.011 0.159 0.095 26 F 0.043 0.007 0.550 0.016 0.019 0.025 0.010 0.330 27 V 0.009 0.003 0.596 0.139 0.117 0.020 0.005 0.111 28 S 0.003 0.001 0.125 0.028 0.040 0.028 0.001 0.774 29 V 0.004 0.002 0.619 0.069 0.152 0.025 0.001 0.128 30 E 0.004 0.002 0.180 0.052 0.075 0.141 0.002 0.545 31 E 0.039 0.004 0.077 0.042 0.114 0.206 0.009 0.508 32 F 0.166 0.014 0.120 0.063 0.100 0.121 0.011 0.405 33 V 0.037 0.015 0.068 0.118 0.115 0.081 0.007 0.559 34 P 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 0.007 0.001 0.968 35 A 0.022 0.014 0.023 0.050 0.141 0.135 0.009 0.606 36 R 0.089 0.015 0.014 0.024 0.023 0.125 0.030 0.680 37 G 0.239 0.029 0.038 0.039 0.029 0.088 0.063 0.475 38 L 0.269 0.011 0.089 0.054 0.055 0.225 0.014 0.282 39 R 0.036 0.004 0.113 0.150 0.148 0.128 0.007 0.413 40 V 0.018 0.003 0.103 0.141 0.269 0.072 0.002 0.393 41 D 0.003 0.001 0.316 0.369 0.275 0.013 0.001 0.021 42 V 0.006 0.002 0.171 0.183 0.507 0.036 0.001 0.095 43 M 0.001 0.002 0.359 0.270 0.356 0.005 0.001 0.006 44 G 0.007 0.003 0.293 0.270 0.303 0.046 0.006 0.073 45 L 0.020 0.002 0.382 0.182 0.263 0.017 0.010 0.125 46 G 0.009 0.001 0.180 0.153 0.322 0.091 0.004 0.239 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 48 K 0.005 0.001 0.008 0.018 0.046 0.168 0.009 0.745 49 G 0.441 0.001 0.011 0.023 0.012 0.062 0.083 0.367 50 E 0.504 0.001 0.060 0.045 0.053 0.178 0.011 0.148 51 I 0.020 0.001 0.042 0.177 0.182 0.066 0.002 0.511 52 W 0.007 0.001 0.066 0.359 0.525 0.017 0.001 0.025 53 V 0.002 0.001 0.046 0.353 0.340 0.014 0.001 0.245 54 I 0.001 0.001 0.082 0.369 0.531 0.005 0.001 0.012 55 E 0.001 0.001 0.046 0.299 0.581 0.013 0.001 0.059 56 C 0.001 0.001 0.057 0.321 0.550 0.009 0.001 0.063 57 K 0.001 0.001 0.115 0.283 0.416 0.020 0.001 0.165 58 S 0.002 0.001 0.063 0.148 0.283 0.058 0.001 0.444 59 S 0.007 0.013 0.046 0.125 0.356 0.099 0.002 0.353 60 R 0.019 0.020 0.023 0.028 0.119 0.073 0.005 0.713 61 A 0.034 0.027 0.009 0.008 0.015 0.432 0.007 0.469 62 D 0.128 0.198 0.004 0.005 0.008 0.439 0.011 0.207 63 F 0.045 0.894 0.003 0.002 0.005 0.008 0.002 0.041 64 Q 0.019 0.832 0.006 0.005 0.011 0.063 0.006 0.059 65 A 0.070 0.759 0.004 0.003 0.005 0.054 0.013 0.091 66 D 0.116 0.835 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.031 67 A 0.098 0.717 0.010 0.004 0.006 0.028 0.021 0.117 68 K 0.114 0.435 0.012 0.004 0.006 0.205 0.032 0.192 69 W 0.108 0.709 0.013 0.004 0.008 0.050 0.010 0.098 70 Q 0.024 0.821 0.007 0.003 0.006 0.024 0.004 0.111 71 G 0.036 0.598 0.009 0.003 0.006 0.042 0.011 0.294 72 Y 0.090 0.688 0.011 0.004 0.010 0.029 0.012 0.155 73 L 0.041 0.795 0.007 0.004 0.009 0.019 0.008 0.117 74 E 0.055 0.712 0.006 0.006 0.008 0.041 0.017 0.157 75 W 0.139 0.664 0.008 0.005 0.006 0.026 0.023 0.129 76 C 0.071 0.765 0.016 0.010 0.011 0.016 0.017 0.093 77 D 0.044 0.587 0.044 0.028 0.025 0.039 0.042 0.191 78 R 0.146 0.343 0.093 0.033 0.043 0.071 0.053 0.218 79 Y 0.132 0.263 0.171 0.089 0.092 0.066 0.034 0.152 80 F 0.044 0.085 0.262 0.245 0.161 0.036 0.020 0.145 81 W 0.014 0.022 0.414 0.176 0.151 0.023 0.007 0.192 82 A 0.012 0.011 0.284 0.230 0.238 0.025 0.004 0.196 83 V 0.013 0.011 0.223 0.213 0.297 0.046 0.004 0.193 84 D 0.006 0.012 0.073 0.086 0.196 0.054 0.003 0.569 85 M 0.020 0.008 0.045 0.030 0.082 0.084 0.010 0.720 86 E 0.182 0.007 0.012 0.009 0.017 0.292 0.043 0.436 87 F 0.632 0.009 0.030 0.033 0.023 0.082 0.021 0.170 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 89 A 0.001 0.001 0.005 0.008 0.044 0.024 0.001 0.917 90 E 0.104 0.015 0.015 0.020 0.040 0.215 0.011 0.581 91 L 0.499 0.035 0.008 0.011 0.020 0.091 0.026 0.311 92 L 0.640 0.039 0.029 0.030 0.026 0.038 0.007 0.191 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 94 A 0.009 0.007 0.014 0.046 0.152 0.117 0.006 0.649 95 E 0.300 0.014 0.020 0.022 0.033 0.106 0.033 0.473 96 S 0.346 0.023 0.070 0.086 0.072 0.121 0.025 0.258 97 G 0.165 0.007 0.343 0.190 0.128 0.058 0.020 0.089 98 L 0.019 0.002 0.556 0.112 0.169 0.030 0.002 0.111 99 L 0.001 0.001 0.435 0.278 0.260 0.007 0.001 0.017 100 I 0.003 0.002 0.343 0.176 0.306 0.016 0.001 0.153 101 A 0.001 0.001 0.595 0.147 0.197 0.012 0.001 0.047 102 D 0.003 0.003 0.115 0.141 0.231 0.105 0.002 0.402 103 A 0.009 0.002 0.051 0.027 0.141 0.079 0.005 0.685 104 Y 0.024 0.002 0.013 0.013 0.025 0.423 0.007 0.492 105 D 0.169 0.005 0.009 0.017 0.013 0.292 0.035 0.459 106 A 0.143 0.033 0.037 0.029 0.041 0.138 0.007 0.572 107 E 0.050 0.075 0.090 0.204 0.279 0.148 0.005 0.148 108 I 0.032 0.099 0.042 0.121 0.193 0.057 0.005 0.452 109 V 0.029 0.185 0.123 0.185 0.314 0.028 0.008 0.127 110 R 0.022 0.277 0.073 0.180 0.201 0.030 0.009 0.208 111 M 0.022 0.206 0.057 0.052 0.155 0.024 0.037 0.447 112 A 0.135 0.074 0.050 0.064 0.090 0.082 0.023 0.483 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 114 E 0.018 0.009 0.015 0.021 0.053 0.129 0.005 0.750 115 Q 0.416 0.036 0.037 0.021 0.020 0.087 0.017 0.367 116 K 0.142 0.049 0.017 0.015 0.018 0.041 0.012 0.706 117 L 0.252 0.064 0.094 0.021 0.043 0.065 0.015 0.447 118 A 0.073 0.035 0.032 0.018 0.028 0.137 0.006 0.670 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 120 A 0.028 0.035 0.007 0.010 0.024 0.149 0.005 0.743 121 R 0.309 0.094 0.010 0.005 0.006 0.120 0.017 0.439 122 R 0.131 0.409 0.016 0.008 0.014 0.056 0.008 0.359 123 K 0.044 0.639 0.013 0.005 0.007 0.041 0.004 0.246 124 V 0.054 0.713 0.011 0.005 0.005 0.041 0.006 0.164 125 L 0.025 0.889 0.006 0.004 0.005 0.014 0.004 0.053 126 I 0.008 0.938 0.006 0.002 0.005 0.005 0.002 0.034 127 Q 0.002 0.975 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 128 K 0.005 0.964 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.023 129 F 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 130 A 0.011 0.961 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 131 T 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.023 132 H 0.011 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 133 A 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.018 134 A 0.014 0.956 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.019 135 R 0.013 0.960 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 136 R 0.021 0.953 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 137 L 0.010 0.966 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 138 Q 0.017 0.931 0.005 0.003 0.003 0.005 0.007 0.029 139 A 0.037 0.870 0.013 0.004 0.004 0.008 0.015 0.050 140 L 0.138 0.727 0.024 0.008 0.009 0.009 0.026 0.058 141 R 0.210 0.446 0.048 0.016 0.017 0.030 0.081 0.152 142 D 0.180 0.282 0.092 0.048 0.048 0.049 0.034 0.267 143 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 144 E 0.015 0.007 0.008 0.009 0.022 0.637 0.009 0.293 145 G 0.734 0.008 0.007 0.003 0.003 0.055 0.024 0.167 146 H 0.287 0.080 0.064 0.018 0.025 0.128 0.007 0.391 147 G 0.043 0.042 0.041 0.035 0.051 0.106 0.006 0.676 148 I 0.129 0.050 0.046 0.041 0.112 0.121 0.009 0.492 149 F 0.117 0.072 0.036 0.084 0.175 0.096 0.012 0.408 150 E 0.075 0.069 0.035 0.067 0.116 0.106 0.014 0.518