# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 134 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.237 0.136 0.028 0.240 0.014 0.016 0.068 0.044 0.063 0.042 2 P 0.079 0.231 0.102 0.022 0.187 0.031 0.040 0.155 0.087 0.038 0.027 3 M 0.060 0.137 0.068 0.018 0.102 0.028 0.071 0.223 0.162 0.101 0.031 4 T 0.093 0.086 0.035 0.011 0.126 0.012 0.029 0.259 0.184 0.114 0.050 5 L 0.040 0.144 0.050 0.015 0.101 0.030 0.056 0.286 0.172 0.080 0.026 6 D 0.072 0.127 0.054 0.013 0.144 0.016 0.059 0.247 0.089 0.137 0.043 7 L 0.062 0.162 0.067 0.014 0.114 0.014 0.033 0.212 0.106 0.169 0.046 8 Q 0.033 0.326 0.291 0.014 0.102 0.010 0.011 0.156 0.026 0.018 0.012 9 P 0.007 0.046 0.015 0.003 0.013 0.005 0.011 0.757 0.124 0.014 0.005 10 G 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.832 0.129 0.020 0.002 11 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.919 0.070 0.003 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.961 0.026 0.003 0.001 13 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.046 0.004 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.066 0.004 0.001 15 R 0.001 0.008 0.003 0.001 0.002 0.002 0.016 0.921 0.044 0.003 0.001 16 G 0.003 0.006 0.005 0.001 0.003 0.002 0.018 0.912 0.029 0.018 0.005 17 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.911 0.067 0.009 0.002 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.066 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.037 0.001 0.001 20 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.937 0.039 0.004 0.001 21 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.011 0.845 0.119 0.009 0.002 22 R 0.003 0.008 0.004 0.001 0.004 0.003 0.033 0.758 0.175 0.009 0.002 23 A 0.011 0.006 0.009 0.004 0.009 0.016 0.201 0.514 0.088 0.115 0.027 24 H 0.014 0.672 0.162 0.015 0.056 0.011 0.036 0.011 0.006 0.012 0.005 25 G 0.035 0.012 0.012 0.054 0.016 0.038 0.020 0.021 0.022 0.423 0.347 26 F 0.167 0.262 0.045 0.016 0.374 0.005 0.011 0.018 0.016 0.034 0.051 27 V 0.149 0.197 0.031 0.005 0.553 0.015 0.009 0.008 0.005 0.006 0.022 28 S 0.283 0.143 0.028 0.007 0.467 0.007 0.010 0.008 0.005 0.008 0.034 29 V 0.406 0.102 0.018 0.007 0.330 0.005 0.004 0.015 0.018 0.013 0.082 30 E 0.098 0.195 0.070 0.028 0.290 0.087 0.063 0.057 0.059 0.026 0.028 31 E 0.238 0.092 0.018 0.006 0.463 0.005 0.018 0.025 0.034 0.054 0.047 32 F 0.180 0.150 0.046 0.014 0.311 0.010 0.018 0.027 0.046 0.106 0.091 33 V 0.062 0.395 0.159 0.008 0.337 0.006 0.008 0.005 0.004 0.006 0.008 34 P 0.086 0.415 0.228 0.013 0.167 0.007 0.013 0.025 0.018 0.008 0.020 35 A 0.029 0.036 0.047 0.050 0.028 0.075 0.229 0.260 0.182 0.040 0.024 36 R 0.016 0.127 0.073 0.146 0.033 0.077 0.233 0.107 0.069 0.099 0.021 37 G 0.048 0.028 0.040 0.166 0.027 0.027 0.009 0.022 0.027 0.437 0.168 38 L 0.042 0.269 0.193 0.036 0.182 0.021 0.019 0.057 0.053 0.095 0.033 39 R 0.308 0.124 0.025 0.008 0.365 0.012 0.028 0.033 0.027 0.026 0.043 40 V 0.290 0.140 0.022 0.009 0.420 0.014 0.012 0.017 0.013 0.012 0.051 41 D 0.172 0.175 0.030 0.009 0.451 0.024 0.054 0.023 0.012 0.018 0.031 42 V 0.469 0.047 0.005 0.001 0.440 0.002 0.002 0.005 0.006 0.004 0.019 43 M 0.163 0.156 0.029 0.013 0.500 0.022 0.026 0.014 0.012 0.020 0.044 44 G 0.301 0.111 0.030 0.007 0.425 0.006 0.016 0.009 0.005 0.021 0.069 45 L 0.105 0.284 0.070 0.055 0.278 0.022 0.020 0.006 0.009 0.086 0.065 46 G 0.034 0.142 0.634 0.107 0.054 0.011 0.004 0.002 0.001 0.004 0.007 47 P 0.014 0.022 0.047 0.060 0.021 0.056 0.158 0.266 0.326 0.016 0.013 48 K 0.031 0.052 0.031 0.117 0.025 0.079 0.185 0.069 0.131 0.255 0.024 49 G 0.032 0.065 0.082 0.120 0.047 0.041 0.012 0.021 0.035 0.414 0.133 50 E 0.151 0.217 0.034 0.006 0.448 0.007 0.035 0.015 0.016 0.041 0.031 51 I 0.486 0.043 0.003 0.001 0.427 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.028 52 W 0.164 0.124 0.010 0.011 0.581 0.033 0.051 0.003 0.002 0.003 0.017 53 V 0.428 0.020 0.001 0.001 0.539 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 54 I 0.190 0.109 0.008 0.002 0.658 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.026 55 E 0.330 0.046 0.002 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 56 C 0.263 0.137 0.014 0.006 0.459 0.004 0.003 0.002 0.002 0.008 0.102 57 K 0.277 0.143 0.027 0.017 0.378 0.016 0.019 0.009 0.004 0.019 0.091 58 S 0.128 0.284 0.116 0.042 0.249 0.038 0.024 0.021 0.020 0.035 0.044 59 S 0.098 0.348 0.204 0.021 0.254 0.011 0.007 0.021 0.009 0.010 0.016 60 R 0.053 0.045 0.013 0.006 0.065 0.013 0.029 0.410 0.299 0.044 0.023 61 A 0.036 0.088 0.034 0.010 0.078 0.026 0.058 0.479 0.133 0.039 0.019 62 D 0.073 0.065 0.019 0.008 0.108 0.012 0.032 0.424 0.108 0.111 0.041 63 F 0.042 0.040 0.015 0.006 0.057 0.008 0.023 0.542 0.179 0.064 0.024 64 Q 0.022 0.033 0.018 0.010 0.037 0.018 0.037 0.631 0.131 0.049 0.013 65 A 0.029 0.128 0.041 0.016 0.066 0.017 0.058 0.390 0.122 0.116 0.019 66 D 0.074 0.092 0.052 0.012 0.133 0.010 0.020 0.338 0.120 0.099 0.050 67 A 0.011 0.033 0.013 0.002 0.026 0.009 0.035 0.624 0.204 0.037 0.006 68 K 0.025 0.074 0.026 0.004 0.036 0.007 0.053 0.586 0.101 0.076 0.014 69 W 0.045 0.029 0.012 0.009 0.048 0.007 0.016 0.547 0.142 0.104 0.040 70 Q 0.011 0.053 0.029 0.021 0.023 0.031 0.037 0.627 0.134 0.026 0.008 71 G 0.020 0.027 0.019 0.014 0.024 0.014 0.036 0.536 0.094 0.186 0.029 72 Y 0.059 0.047 0.014 0.006 0.070 0.004 0.016 0.533 0.121 0.104 0.025 73 L 0.025 0.034 0.009 0.003 0.062 0.009 0.012 0.627 0.184 0.025 0.009 74 E 0.024 0.023 0.013 0.004 0.037 0.014 0.062 0.658 0.135 0.023 0.007 75 W 0.042 0.027 0.015 0.008 0.046 0.012 0.066 0.521 0.148 0.100 0.016 76 C 0.109 0.068 0.026 0.021 0.124 0.024 0.043 0.305 0.131 0.106 0.043 77 D 0.085 0.076 0.034 0.027 0.108 0.054 0.088 0.251 0.118 0.112 0.047 78 R 0.117 0.134 0.034 0.012 0.233 0.025 0.102 0.123 0.066 0.115 0.038 79 Y 0.238 0.108 0.014 0.004 0.472 0.006 0.016 0.031 0.023 0.024 0.062 80 F 0.195 0.144 0.016 0.003 0.541 0.008 0.015 0.019 0.016 0.015 0.028 81 W 0.217 0.103 0.011 0.003 0.550 0.006 0.013 0.015 0.009 0.016 0.057 82 A 0.254 0.134 0.034 0.014 0.330 0.011 0.017 0.015 0.014 0.077 0.099 83 V 0.041 0.445 0.228 0.029 0.174 0.018 0.013 0.011 0.010 0.017 0.016 84 D 0.094 0.302 0.240 0.017 0.239 0.006 0.006 0.024 0.043 0.014 0.015 85 M 0.005 0.017 0.005 0.003 0.013 0.010 0.080 0.316 0.524 0.024 0.003 86 E 0.035 0.068 0.029 0.007 0.053 0.008 0.047 0.133 0.119 0.460 0.043 87 F 0.060 0.358 0.157 0.007 0.183 0.007 0.012 0.039 0.040 0.104 0.035 88 P 0.083 0.469 0.137 0.003 0.216 0.002 0.005 0.041 0.018 0.008 0.017 89 A 0.018 0.039 0.006 0.002 0.028 0.009 0.025 0.293 0.533 0.035 0.010 90 E 0.015 0.031 0.013 0.007 0.044 0.014 0.113 0.499 0.200 0.056 0.009 91 L 0.041 0.032 0.012 0.005 0.069 0.004 0.023 0.213 0.176 0.396 0.029 92 L 0.055 0.346 0.200 0.014 0.158 0.008 0.013 0.092 0.044 0.050 0.020 93 P 0.082 0.264 0.127 0.012 0.179 0.018 0.025 0.182 0.080 0.019 0.012 94 A 0.008 0.038 0.019 0.004 0.016 0.017 0.115 0.404 0.339 0.035 0.006 95 E 0.075 0.031 0.024 0.009 0.060 0.017 0.115 0.160 0.077 0.351 0.081 96 S 0.092 0.329 0.080 0.028 0.199 0.025 0.040 0.028 0.023 0.093 0.062 97 G 0.081 0.111 0.046 0.123 0.112 0.099 0.112 0.045 0.042 0.125 0.104 98 L 0.270 0.055 0.006 0.003 0.637 0.001 0.003 0.004 0.004 0.005 0.011 99 L 0.153 0.085 0.004 0.001 0.729 0.003 0.003 0.005 0.002 0.002 0.013 100 I 0.369 0.082 0.012 0.002 0.424 0.003 0.005 0.007 0.003 0.008 0.084 101 A 0.144 0.207 0.078 0.043 0.246 0.054 0.038 0.026 0.020 0.062 0.083 102 D 0.103 0.343 0.243 0.042 0.172 0.013 0.015 0.014 0.007 0.023 0.026 103 A 0.031 0.024 0.021 0.024 0.042 0.030 0.052 0.283 0.346 0.102 0.044 104 Y 0.019 0.302 0.201 0.054 0.056 0.054 0.074 0.116 0.065 0.050 0.009 105 D 0.072 0.045 0.022 0.016 0.065 0.013 0.019 0.084 0.057 0.443 0.165 106 A 0.150 0.196 0.029 0.006 0.294 0.007 0.019 0.151 0.080 0.031 0.036 107 E 0.121 0.123 0.017 0.004 0.402 0.024 0.044 0.181 0.055 0.015 0.014 108 I 0.304 0.076 0.008 0.003 0.442 0.004 0.014 0.089 0.030 0.011 0.019 109 V 0.165 0.085 0.019 0.013 0.290 0.023 0.034 0.165 0.071 0.059 0.076 110 R 0.107 0.161 0.066 0.014 0.298 0.016 0.034 0.147 0.062 0.059 0.035 111 M 0.060 0.171 0.071 0.016 0.119 0.014 0.057 0.103 0.125 0.225 0.040 112 A 0.059 0.383 0.226 0.010 0.208 0.006 0.013 0.036 0.024 0.021 0.014 113 P 0.050 0.265 0.053 0.006 0.119 0.011 0.038 0.226 0.174 0.036 0.022 114 E 0.049 0.056 0.016 0.006 0.069 0.010 0.043 0.319 0.288 0.100 0.043 115 Q 0.041 0.150 0.054 0.011 0.101 0.025 0.061 0.281 0.167 0.083 0.027 116 K 0.064 0.091 0.040 0.010 0.099 0.013 0.056 0.274 0.116 0.189 0.047 117 L 0.055 0.143 0.058 0.014 0.115 0.012 0.027 0.193 0.165 0.182 0.034 118 A 0.033 0.290 0.190 0.019 0.120 0.015 0.023 0.194 0.074 0.028 0.014 119 P 0.014 0.065 0.026 0.005 0.031 0.008 0.041 0.548 0.206 0.048 0.009 120 A 0.008 0.040 0.016 0.002 0.017 0.004 0.025 0.690 0.134 0.057 0.008 121 R 0.010 0.028 0.011 0.001 0.014 0.001 0.003 0.788 0.095 0.039 0.009 122 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.926 0.062 0.002 0.001 123 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.033 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.022 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.971 0.020 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.032 0.005 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.046 0.002 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.035 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.026 0.002 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.036 0.004 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.052 0.002 0.001 135 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.049 0.002 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.938 0.040 0.005 0.001 137 L 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.864 0.082 0.017 0.004 138 Q 0.007 0.007 0.003 0.001 0.010 0.003 0.018 0.774 0.155 0.018 0.005 139 A 0.013 0.014 0.006 0.002 0.021 0.006 0.054 0.667 0.159 0.048 0.010 140 L 0.040 0.053 0.020 0.005 0.067 0.008 0.068 0.534 0.125 0.063 0.018 141 R 0.053 0.074 0.031 0.014 0.090 0.036 0.094 0.195 0.103 0.261 0.048 142 D 0.103 0.309 0.168 0.006 0.320 0.003 0.005 0.035 0.013 0.017 0.020 143 P 0.013 0.019 0.007 0.004 0.019 0.017 0.062 0.460 0.337 0.050 0.012 144 E 0.019 0.082 0.064 0.023 0.038 0.030 0.154 0.351 0.124 0.102 0.013 145 G 0.059 0.053 0.023 0.017 0.061 0.012 0.020 0.146 0.085 0.418 0.107 146 H 0.070 0.128 0.060 0.032 0.121 0.025 0.032 0.196 0.130 0.153 0.055 147 G 0.050 0.118 0.073 0.032 0.102 0.050 0.065 0.243 0.117 0.117 0.034 148 I 0.112 0.098 0.044 0.025 0.152 0.019 0.049 0.166 0.096 0.187 0.053 149 F 0.097 0.179 0.092 0.032 0.209 0.025 0.028 0.125 0.077 0.090 0.045 150 E 0.076 0.169 0.120 0.035 0.152 0.035 0.049 0.185 0.081 0.065 0.033