# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.012 0.843 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.092 0.010 0.008 0.017 2 P 0.001 0.014 0.682 0.003 0.064 0.019 0.001 0.001 0.007 0.111 0.077 0.007 0.014 3 M 0.001 0.019 0.354 0.004 0.199 0.036 0.001 0.001 0.008 0.167 0.188 0.011 0.013 4 T 0.001 0.018 0.341 0.003 0.316 0.057 0.001 0.001 0.007 0.107 0.121 0.005 0.024 5 L 0.001 0.028 0.365 0.004 0.204 0.078 0.001 0.001 0.016 0.133 0.130 0.022 0.019 6 D 0.001 0.037 0.434 0.002 0.108 0.104 0.001 0.001 0.014 0.136 0.118 0.011 0.035 7 L 0.001 0.038 0.397 0.003 0.051 0.225 0.001 0.001 0.009 0.163 0.089 0.010 0.013 8 Q 0.001 0.012 0.527 0.001 0.019 0.214 0.001 0.001 0.004 0.169 0.036 0.010 0.007 9 P 0.001 0.004 0.160 0.001 0.027 0.691 0.001 0.001 0.002 0.046 0.063 0.001 0.006 10 G 0.001 0.001 0.018 0.001 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.068 0.871 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.096 0.702 0.001 0.001 0.003 0.015 0.165 0.001 0.002 24 H 0.001 0.002 0.048 0.002 0.023 0.126 0.001 0.001 0.003 0.069 0.724 0.001 0.002 25 G 0.001 0.002 0.088 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.003 0.168 0.715 0.003 0.001 26 F 0.002 0.013 0.738 0.002 0.007 0.009 0.002 0.004 0.028 0.117 0.047 0.005 0.024 27 V 0.015 0.040 0.332 0.006 0.005 0.008 0.013 0.059 0.301 0.119 0.010 0.064 0.031 28 S 0.014 0.019 0.248 0.010 0.011 0.008 0.025 0.101 0.392 0.026 0.009 0.033 0.103 29 V 0.009 0.014 0.301 0.045 0.057 0.021 0.032 0.073 0.294 0.044 0.024 0.026 0.060 30 E 0.017 0.009 0.248 0.040 0.079 0.030 0.028 0.037 0.268 0.083 0.047 0.069 0.045 31 E 0.020 0.020 0.256 0.013 0.087 0.029 0.019 0.026 0.216 0.105 0.047 0.042 0.121 32 F 0.023 0.056 0.478 0.015 0.024 0.014 0.008 0.007 0.066 0.142 0.033 0.060 0.076 33 V 0.006 0.019 0.687 0.005 0.008 0.004 0.001 0.001 0.028 0.095 0.012 0.087 0.047 34 P 0.002 0.023 0.666 0.003 0.032 0.010 0.001 0.001 0.008 0.095 0.074 0.006 0.080 35 A 0.001 0.011 0.276 0.009 0.086 0.021 0.001 0.001 0.003 0.146 0.420 0.017 0.010 36 R 0.001 0.003 0.032 0.003 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.129 0.788 0.002 0.003 37 G 0.001 0.012 0.148 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.002 0.290 0.509 0.004 0.009 38 L 0.003 0.037 0.665 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.018 0.144 0.009 0.053 0.050 39 R 0.019 0.039 0.284 0.031 0.008 0.006 0.015 0.004 0.163 0.060 0.010 0.133 0.227 40 V 0.045 0.007 0.144 0.209 0.008 0.002 0.038 0.033 0.203 0.016 0.010 0.047 0.237 41 D 0.061 0.002 0.067 0.253 0.004 0.001 0.133 0.075 0.159 0.018 0.003 0.194 0.029 42 V 0.167 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.151 0.321 0.278 0.003 0.001 0.011 0.051 43 M 0.141 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.189 0.454 0.162 0.001 0.001 0.019 0.016 44 G 0.182 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.138 0.384 0.214 0.002 0.001 0.041 0.017 45 L 0.109 0.010 0.111 0.007 0.001 0.001 0.068 0.221 0.294 0.019 0.003 0.022 0.134 46 G 0.005 0.005 0.758 0.017 0.001 0.001 0.004 0.007 0.062 0.064 0.006 0.045 0.027 47 P 0.001 0.004 0.230 0.011 0.021 0.002 0.001 0.001 0.015 0.283 0.407 0.005 0.021 48 K 0.001 0.001 0.026 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.834 0.002 0.002 49 G 0.003 0.011 0.112 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.643 0.193 0.010 0.009 50 E 0.051 0.018 0.410 0.013 0.005 0.001 0.006 0.001 0.019 0.102 0.025 0.127 0.221 51 I 0.279 0.009 0.060 0.020 0.001 0.001 0.026 0.006 0.039 0.006 0.002 0.048 0.503 52 W 0.410 0.001 0.013 0.055 0.001 0.001 0.035 0.007 0.028 0.002 0.001 0.410 0.039 53 V 0.479 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.100 0.009 0.011 0.001 0.001 0.020 0.364 54 I 0.569 0.001 0.005 0.053 0.001 0.001 0.130 0.017 0.035 0.001 0.001 0.157 0.032 55 E 0.626 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.083 0.019 0.062 0.002 0.001 0.072 0.122 56 C 0.503 0.001 0.022 0.008 0.001 0.001 0.060 0.014 0.062 0.003 0.002 0.045 0.278 57 K 0.147 0.005 0.112 0.033 0.002 0.007 0.057 0.010 0.082 0.023 0.010 0.412 0.101 58 S 0.090 0.019 0.187 0.012 0.008 0.018 0.025 0.007 0.077 0.085 0.023 0.066 0.383 59 S 0.008 0.004 0.729 0.006 0.008 0.029 0.001 0.001 0.015 0.077 0.010 0.062 0.052 60 R 0.002 0.002 0.065 0.004 0.145 0.606 0.001 0.001 0.003 0.036 0.111 0.004 0.022 61 A 0.002 0.003 0.023 0.003 0.156 0.682 0.001 0.001 0.001 0.022 0.097 0.003 0.006 62 D 0.004 0.002 0.051 0.001 0.211 0.648 0.001 0.001 0.001 0.024 0.040 0.004 0.012 63 F 0.002 0.003 0.043 0.002 0.083 0.745 0.001 0.001 0.001 0.012 0.088 0.002 0.018 64 Q 0.001 0.002 0.023 0.001 0.051 0.799 0.001 0.001 0.001 0.014 0.099 0.005 0.003 65 A 0.003 0.006 0.025 0.001 0.046 0.768 0.001 0.001 0.001 0.022 0.113 0.002 0.012 66 D 0.002 0.004 0.204 0.002 0.024 0.546 0.001 0.001 0.002 0.079 0.106 0.011 0.019 67 A 0.001 0.001 0.044 0.001 0.026 0.641 0.001 0.001 0.001 0.023 0.259 0.001 0.004 68 K 0.001 0.004 0.084 0.001 0.047 0.683 0.001 0.001 0.002 0.052 0.119 0.003 0.004 69 W 0.001 0.003 0.097 0.001 0.040 0.775 0.001 0.001 0.001 0.037 0.034 0.002 0.010 70 Q 0.001 0.001 0.037 0.001 0.046 0.833 0.001 0.001 0.001 0.017 0.060 0.001 0.002 71 G 0.001 0.001 0.022 0.001 0.059 0.786 0.001 0.001 0.001 0.018 0.108 0.001 0.002 72 Y 0.001 0.005 0.040 0.001 0.041 0.834 0.001 0.001 0.002 0.016 0.050 0.001 0.010 73 L 0.001 0.003 0.035 0.001 0.032 0.880 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.004 0.004 74 E 0.001 0.002 0.017 0.001 0.051 0.799 0.001 0.001 0.001 0.012 0.107 0.002 0.007 75 W 0.003 0.004 0.031 0.004 0.062 0.749 0.001 0.001 0.002 0.020 0.111 0.005 0.009 76 C 0.015 0.008 0.135 0.019 0.063 0.453 0.001 0.001 0.006 0.054 0.182 0.016 0.046 77 D 0.017 0.003 0.124 0.036 0.064 0.297 0.001 0.001 0.013 0.101 0.283 0.028 0.030 78 R 0.042 0.006 0.110 0.029 0.049 0.231 0.007 0.010 0.050 0.062 0.295 0.036 0.074 79 Y 0.166 0.010 0.133 0.023 0.013 0.113 0.064 0.043 0.066 0.054 0.074 0.062 0.177 80 F 0.287 0.011 0.080 0.021 0.012 0.048 0.094 0.067 0.087 0.021 0.024 0.164 0.086 81 W 0.226 0.008 0.074 0.014 0.007 0.034 0.118 0.067 0.113 0.022 0.022 0.124 0.169 82 A 0.216 0.017 0.125 0.035 0.007 0.027 0.052 0.059 0.157 0.048 0.019 0.088 0.150 83 V 0.043 0.015 0.369 0.021 0.014 0.025 0.016 0.013 0.133 0.126 0.026 0.102 0.097 84 D 0.007 0.006 0.561 0.010 0.095 0.015 0.003 0.001 0.029 0.096 0.062 0.021 0.093 85 M 0.002 0.007 0.166 0.007 0.221 0.037 0.001 0.001 0.015 0.104 0.401 0.018 0.020 86 E 0.003 0.029 0.305 0.004 0.087 0.021 0.001 0.001 0.018 0.208 0.274 0.012 0.038 87 F 0.001 0.041 0.610 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.007 0.287 0.007 0.025 0.010 88 P 0.001 0.003 0.935 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.027 0.002 0.002 0.019 89 A 0.001 0.004 0.045 0.003 0.663 0.158 0.001 0.001 0.002 0.012 0.110 0.001 0.003 90 E 0.001 0.002 0.061 0.002 0.761 0.088 0.001 0.001 0.002 0.017 0.063 0.002 0.003 91 L 0.001 0.012 0.129 0.002 0.617 0.117 0.001 0.001 0.006 0.045 0.045 0.004 0.021 92 L 0.001 0.036 0.644 0.001 0.020 0.022 0.001 0.001 0.016 0.173 0.040 0.026 0.020 93 P 0.001 0.005 0.822 0.001 0.024 0.009 0.001 0.001 0.004 0.069 0.037 0.009 0.020 94 A 0.001 0.007 0.177 0.011 0.136 0.034 0.001 0.001 0.004 0.100 0.512 0.008 0.011 95 E 0.009 0.007 0.207 0.023 0.105 0.019 0.001 0.001 0.008 0.214 0.345 0.021 0.041 96 S 0.041 0.010 0.342 0.045 0.052 0.013 0.007 0.004 0.025 0.156 0.127 0.045 0.134 97 G 0.209 0.009 0.118 0.027 0.007 0.008 0.066 0.017 0.088 0.034 0.027 0.270 0.119 98 L 0.692 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.053 0.027 0.041 0.002 0.002 0.036 0.126 99 L 0.607 0.002 0.006 0.009 0.001 0.001 0.124 0.024 0.016 0.001 0.001 0.152 0.057 100 I 0.500 0.004 0.009 0.008 0.001 0.002 0.110 0.017 0.022 0.002 0.001 0.087 0.237 101 A 0.319 0.009 0.059 0.028 0.003 0.007 0.040 0.011 0.037 0.021 0.008 0.237 0.221 102 D 0.038 0.008 0.394 0.029 0.008 0.009 0.004 0.001 0.019 0.110 0.049 0.102 0.227 103 A 0.006 0.003 0.115 0.013 0.050 0.033 0.001 0.001 0.002 0.166 0.559 0.015 0.037 104 Y 0.004 0.004 0.038 0.010 0.026 0.016 0.001 0.001 0.001 0.177 0.704 0.013 0.007 105 D 0.014 0.015 0.180 0.011 0.046 0.040 0.001 0.001 0.002 0.367 0.261 0.021 0.044 106 A 0.057 0.018 0.317 0.023 0.022 0.113 0.004 0.001 0.010 0.064 0.071 0.045 0.254 107 E 0.197 0.034 0.055 0.031 0.019 0.171 0.031 0.008 0.039 0.025 0.017 0.187 0.188 108 I 0.365 0.009 0.015 0.009 0.011 0.109 0.079 0.011 0.014 0.004 0.008 0.149 0.216 109 V 0.593 0.006 0.016 0.022 0.009 0.039 0.042 0.012 0.016 0.004 0.006 0.100 0.136 110 R 0.217 0.010 0.061 0.037 0.018 0.086 0.029 0.004 0.021 0.021 0.035 0.305 0.157 111 M 0.085 0.020 0.185 0.026 0.026 0.100 0.008 0.003 0.054 0.069 0.096 0.056 0.272 112 A 0.009 0.012 0.576 0.011 0.014 0.025 0.001 0.001 0.010 0.152 0.030 0.123 0.037 113 P 0.001 0.006 0.606 0.004 0.056 0.042 0.001 0.001 0.004 0.102 0.112 0.010 0.056 114 E 0.001 0.013 0.205 0.004 0.306 0.110 0.001 0.001 0.003 0.100 0.236 0.010 0.011 115 Q 0.001 0.013 0.312 0.002 0.307 0.055 0.001 0.001 0.007 0.162 0.109 0.015 0.018 116 K 0.001 0.018 0.460 0.001 0.169 0.065 0.001 0.001 0.008 0.097 0.137 0.006 0.038 117 L 0.001 0.037 0.526 0.002 0.087 0.074 0.001 0.001 0.009 0.160 0.086 0.008 0.010 118 A 0.001 0.010 0.593 0.001 0.056 0.083 0.001 0.001 0.005 0.192 0.047 0.007 0.006 119 P 0.001 0.012 0.289 0.001 0.155 0.259 0.001 0.001 0.004 0.129 0.143 0.002 0.007 120 A 0.001 0.015 0.153 0.001 0.114 0.573 0.001 0.001 0.002 0.056 0.078 0.002 0.004 121 R 0.001 0.006 0.140 0.001 0.038 0.731 0.001 0.001 0.002 0.033 0.040 0.002 0.006 122 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.015 0.940 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 123 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 135 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 138 Q 0.001 0.001 0.010 0.001 0.039 0.890 0.001 0.001 0.001 0.006 0.050 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.015 0.001 0.103 0.778 0.001 0.001 0.003 0.009 0.083 0.001 0.006 140 L 0.001 0.003 0.046 0.002 0.058 0.654 0.001 0.001 0.006 0.031 0.184 0.006 0.008 141 R 0.003 0.033 0.218 0.002 0.042 0.342 0.001 0.002 0.015 0.138 0.171 0.014 0.019 142 D 0.001 0.006 0.808 0.001 0.013 0.039 0.001 0.001 0.003 0.088 0.021 0.009 0.011 143 P 0.001 0.003 0.087 0.002 0.157 0.211 0.001 0.001 0.002 0.047 0.486 0.001 0.003 144 E 0.001 0.002 0.038 0.002 0.107 0.076 0.001 0.001 0.002 0.070 0.698 0.002 0.001 145 G 0.002 0.015 0.272 0.002 0.228 0.126 0.001 0.001 0.006 0.178 0.151 0.004 0.015 146 H 0.003 0.034 0.415 0.004 0.086 0.125 0.002 0.001 0.017 0.167 0.097 0.021 0.029 147 G 0.008 0.044 0.263 0.007 0.110 0.138 0.004 0.003 0.037 0.121 0.166 0.042 0.057 148 I 0.013 0.046 0.346 0.009 0.067 0.117 0.005 0.006 0.027 0.114 0.131 0.034 0.084 149 F 0.014 0.042 0.498 0.010 0.025 0.054 0.003 0.003 0.023 0.181 0.048 0.046 0.054 150 E 0.002 0.007 0.722 0.004 0.019 0.032 0.001 0.001 0.009 0.120 0.033 0.020 0.031