# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.089 0.042 0.089 0.086 0.073 0.118 0.105 0.101 0.074 0.057 2 P 0.261 0.129 0.054 0.122 0.100 0.076 0.092 0.062 0.049 0.033 0.021 3 M 0.149 0.132 0.079 0.164 0.125 0.093 0.097 0.064 0.049 0.030 0.018 4 T 0.141 0.113 0.058 0.148 0.131 0.103 0.115 0.080 0.055 0.035 0.021 5 L 0.085 0.067 0.043 0.113 0.110 0.111 0.154 0.120 0.095 0.065 0.036 6 D 0.117 0.131 0.095 0.185 0.132 0.097 0.099 0.059 0.044 0.027 0.015 7 L 0.056 0.044 0.054 0.098 0.104 0.115 0.166 0.120 0.109 0.081 0.052 8 Q 0.114 0.131 0.094 0.164 0.135 0.102 0.103 0.064 0.045 0.031 0.017 9 P 0.066 0.092 0.062 0.131 0.133 0.106 0.150 0.110 0.074 0.051 0.026 10 G 0.074 0.050 0.049 0.111 0.125 0.136 0.172 0.112 0.085 0.058 0.027 11 Q 0.126 0.076 0.123 0.179 0.129 0.108 0.125 0.063 0.039 0.021 0.009 12 R 0.021 0.046 0.084 0.169 0.159 0.154 0.168 0.086 0.057 0.034 0.021 13 L 0.001 0.002 0.005 0.005 0.012 0.018 0.059 0.100 0.216 0.254 0.327 14 A 0.005 0.014 0.049 0.083 0.136 0.158 0.209 0.124 0.103 0.082 0.037 15 R 0.011 0.027 0.214 0.189 0.154 0.143 0.122 0.059 0.044 0.026 0.012 16 G 0.019 0.029 0.047 0.104 0.125 0.151 0.237 0.131 0.079 0.049 0.029 17 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.040 0.081 0.221 0.282 0.351 18 A 0.003 0.006 0.019 0.041 0.082 0.130 0.203 0.155 0.154 0.135 0.072 19 R 0.008 0.022 0.167 0.152 0.142 0.153 0.157 0.077 0.062 0.042 0.019 20 H 0.003 0.004 0.015 0.020 0.034 0.087 0.194 0.152 0.196 0.162 0.134 21 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.010 0.021 0.060 0.082 0.227 0.287 0.299 22 R 0.010 0.018 0.044 0.085 0.125 0.175 0.236 0.116 0.096 0.062 0.034 23 A 0.040 0.133 0.238 0.235 0.134 0.090 0.063 0.028 0.019 0.013 0.007 24 H 0.024 0.031 0.027 0.064 0.090 0.133 0.207 0.159 0.121 0.086 0.058 25 G 0.227 0.148 0.042 0.118 0.087 0.075 0.099 0.079 0.058 0.041 0.025 26 F 0.014 0.017 0.021 0.052 0.065 0.122 0.161 0.135 0.156 0.140 0.117 27 V 0.016 0.020 0.029 0.047 0.073 0.096 0.163 0.164 0.161 0.124 0.107 28 S 0.005 0.014 0.022 0.038 0.050 0.045 0.103 0.138 0.200 0.182 0.203 29 V 0.002 0.003 0.006 0.013 0.024 0.036 0.077 0.121 0.220 0.216 0.282 30 E 0.111 0.103 0.074 0.180 0.142 0.106 0.114 0.061 0.058 0.032 0.019 31 E 0.015 0.018 0.029 0.090 0.124 0.102 0.177 0.189 0.112 0.081 0.064 32 F 0.016 0.015 0.015 0.027 0.031 0.049 0.092 0.125 0.197 0.246 0.186 33 V 0.047 0.069 0.043 0.134 0.132 0.119 0.170 0.106 0.089 0.055 0.036 34 P 0.082 0.054 0.059 0.094 0.099 0.098 0.134 0.116 0.114 0.083 0.067 35 A 0.162 0.206 0.079 0.156 0.104 0.081 0.084 0.045 0.037 0.028 0.018 36 R 0.170 0.167 0.047 0.152 0.122 0.091 0.105 0.061 0.042 0.026 0.017 37 G 0.484 0.147 0.037 0.097 0.066 0.049 0.045 0.029 0.022 0.015 0.010 38 L 0.052 0.060 0.044 0.126 0.117 0.125 0.179 0.111 0.093 0.061 0.035 39 R 0.014 0.044 0.037 0.131 0.150 0.158 0.183 0.106 0.085 0.055 0.035 40 V 0.001 0.002 0.004 0.006 0.011 0.020 0.055 0.101 0.226 0.267 0.307 41 D 0.002 0.009 0.015 0.051 0.083 0.107 0.191 0.169 0.170 0.129 0.076 42 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.010 0.031 0.080 0.191 0.291 0.380 43 M 0.002 0.002 0.006 0.015 0.028 0.048 0.099 0.150 0.213 0.241 0.198 44 G 0.003 0.004 0.009 0.018 0.026 0.036 0.090 0.138 0.235 0.241 0.202 45 L 0.003 0.003 0.007 0.017 0.030 0.047 0.108 0.160 0.224 0.200 0.201 46 G 0.040 0.096 0.069 0.155 0.135 0.122 0.151 0.080 0.073 0.047 0.030 47 P 0.134 0.163 0.064 0.161 0.127 0.107 0.117 0.057 0.036 0.020 0.015 48 K 0.503 0.236 0.035 0.096 0.050 0.030 0.023 0.012 0.007 0.004 0.003 49 G 0.352 0.128 0.032 0.091 0.071 0.062 0.086 0.061 0.052 0.037 0.029 50 E 0.109 0.154 0.053 0.198 0.156 0.120 0.099 0.049 0.029 0.018 0.015 51 I 0.011 0.015 0.023 0.030 0.044 0.076 0.129 0.120 0.203 0.185 0.167 52 W 0.012 0.030 0.046 0.105 0.123 0.139 0.196 0.127 0.107 0.067 0.046 53 V 0.005 0.012 0.029 0.060 0.070 0.078 0.146 0.155 0.189 0.142 0.113 54 I 0.005 0.008 0.017 0.026 0.037 0.049 0.120 0.136 0.221 0.198 0.184 55 E 0.004 0.008 0.021 0.051 0.080 0.059 0.133 0.211 0.169 0.139 0.127 56 C 0.003 0.004 0.012 0.012 0.016 0.024 0.055 0.115 0.210 0.300 0.251 57 K 0.008 0.014 0.031 0.067 0.107 0.099 0.194 0.187 0.137 0.088 0.069 58 S 0.017 0.016 0.042 0.050 0.067 0.057 0.131 0.200 0.176 0.147 0.096 59 S 0.022 0.064 0.106 0.133 0.112 0.108 0.157 0.099 0.097 0.067 0.035 60 R 0.098 0.070 0.093 0.163 0.145 0.119 0.144 0.073 0.053 0.027 0.015 61 A 0.242 0.137 0.152 0.150 0.092 0.070 0.076 0.039 0.023 0.013 0.007 62 D 0.030 0.082 0.118 0.182 0.163 0.124 0.146 0.071 0.045 0.025 0.014 63 F 0.027 0.018 0.037 0.039 0.055 0.079 0.178 0.162 0.158 0.139 0.106 64 Q 0.101 0.140 0.272 0.243 0.129 0.054 0.034 0.014 0.008 0.003 0.002 65 A 0.053 0.062 0.130 0.121 0.119 0.117 0.185 0.102 0.058 0.037 0.017 66 D 0.073 0.064 0.087 0.153 0.140 0.123 0.149 0.088 0.062 0.041 0.019 67 A 0.274 0.160 0.165 0.143 0.082 0.059 0.059 0.029 0.016 0.009 0.004 68 K 0.057 0.112 0.173 0.185 0.140 0.105 0.099 0.058 0.036 0.024 0.010 69 W 0.062 0.107 0.078 0.107 0.100 0.128 0.187 0.101 0.067 0.046 0.018 70 Q 0.316 0.192 0.174 0.174 0.073 0.035 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 71 G 0.362 0.140 0.115 0.139 0.091 0.054 0.050 0.028 0.012 0.006 0.003 72 Y 0.021 0.035 0.035 0.075 0.086 0.100 0.176 0.160 0.143 0.115 0.055 73 L 0.017 0.022 0.034 0.068 0.100 0.177 0.240 0.137 0.105 0.068 0.032 74 E 0.081 0.111 0.342 0.231 0.111 0.055 0.036 0.017 0.009 0.005 0.002 75 W 0.009 0.011 0.028 0.042 0.060 0.103 0.227 0.164 0.161 0.123 0.072 76 C 0.002 0.003 0.005 0.013 0.020 0.037 0.094 0.123 0.231 0.240 0.230 77 D 0.030 0.048 0.099 0.157 0.158 0.137 0.158 0.089 0.066 0.040 0.019 78 R 0.008 0.015 0.058 0.085 0.111 0.132 0.208 0.149 0.114 0.078 0.041 79 Y 0.002 0.005 0.008 0.016 0.023 0.041 0.106 0.146 0.231 0.242 0.180 80 F 0.006 0.009 0.012 0.030 0.041 0.069 0.140 0.153 0.205 0.195 0.140 81 W 0.009 0.010 0.021 0.035 0.053 0.086 0.151 0.157 0.185 0.167 0.125 82 A 0.005 0.006 0.012 0.019 0.032 0.042 0.095 0.146 0.203 0.238 0.203 83 V 0.009 0.016 0.016 0.044 0.061 0.086 0.185 0.176 0.178 0.149 0.081 84 D 0.086 0.152 0.069 0.178 0.135 0.126 0.106 0.052 0.049 0.030 0.017 85 M 0.253 0.107 0.053 0.145 0.125 0.091 0.105 0.061 0.033 0.016 0.011 86 E 0.359 0.223 0.052 0.142 0.079 0.049 0.047 0.023 0.013 0.008 0.005 87 F 0.011 0.012 0.006 0.012 0.019 0.036 0.074 0.091 0.188 0.222 0.330 88 P 0.191 0.411 0.061 0.165 0.094 0.033 0.021 0.012 0.006 0.004 0.002 89 A 0.196 0.090 0.041 0.124 0.111 0.124 0.123 0.071 0.060 0.039 0.021 90 E 0.564 0.152 0.050 0.114 0.055 0.025 0.018 0.010 0.005 0.003 0.002 91 L 0.047 0.062 0.024 0.124 0.118 0.171 0.186 0.110 0.082 0.051 0.025 92 L 0.006 0.014 0.008 0.015 0.023 0.042 0.086 0.117 0.198 0.225 0.266 93 P 0.091 0.171 0.074 0.210 0.180 0.104 0.084 0.042 0.023 0.015 0.008 94 A 0.355 0.153 0.127 0.186 0.084 0.038 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 95 E 0.129 0.101 0.037 0.185 0.153 0.127 0.138 0.064 0.036 0.019 0.011 96 S 0.002 0.005 0.004 0.012 0.019 0.031 0.071 0.125 0.248 0.241 0.243 97 G 0.007 0.022 0.021 0.072 0.118 0.136 0.203 0.147 0.127 0.083 0.063 98 L 0.001 0.001 0.006 0.007 0.012 0.016 0.043 0.092 0.191 0.264 0.367 99 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.027 0.066 0.117 0.222 0.287 0.260 100 I 0.002 0.003 0.007 0.026 0.039 0.042 0.109 0.170 0.227 0.212 0.164 101 A 0.001 0.001 0.005 0.008 0.016 0.032 0.080 0.128 0.233 0.263 0.232 102 D 0.019 0.046 0.053 0.161 0.168 0.158 0.181 0.087 0.071 0.036 0.020 103 A 0.115 0.145 0.089 0.161 0.114 0.113 0.124 0.059 0.039 0.025 0.015 104 Y 0.089 0.087 0.035 0.102 0.109 0.144 0.178 0.098 0.074 0.049 0.033 105 D 0.377 0.325 0.048 0.117 0.054 0.027 0.025 0.013 0.007 0.004 0.003 106 A 0.054 0.031 0.026 0.057 0.079 0.113 0.169 0.126 0.138 0.109 0.098 107 E 0.170 0.167 0.122 0.215 0.143 0.078 0.053 0.027 0.013 0.008 0.004 108 I 0.011 0.018 0.030 0.065 0.082 0.145 0.216 0.150 0.138 0.094 0.051 109 V 0.009 0.016 0.028 0.049 0.067 0.084 0.140 0.147 0.174 0.160 0.126 110 R 0.019 0.020 0.055 0.092 0.116 0.145 0.210 0.137 0.107 0.071 0.029 111 M 0.051 0.136 0.269 0.261 0.132 0.072 0.044 0.018 0.010 0.005 0.003 112 A 0.024 0.032 0.031 0.047 0.067 0.091 0.184 0.163 0.143 0.120 0.099 113 P 0.351 0.240 0.069 0.133 0.082 0.041 0.039 0.023 0.012 0.007 0.003 114 E 0.510 0.183 0.082 0.121 0.049 0.023 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 115 Q 0.214 0.109 0.081 0.135 0.113 0.108 0.109 0.059 0.036 0.024 0.012 116 K 0.156 0.275 0.093 0.201 0.118 0.064 0.048 0.025 0.011 0.005 0.003 117 L 0.042 0.053 0.044 0.062 0.079 0.123 0.176 0.146 0.119 0.097 0.059 118 A 0.143 0.180 0.133 0.192 0.128 0.082 0.073 0.036 0.020 0.010 0.005 119 P 0.467 0.167 0.093 0.146 0.063 0.027 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 120 A 0.161 0.049 0.049 0.075 0.088 0.090 0.149 0.117 0.097 0.070 0.054 121 R 0.055 0.148 0.081 0.211 0.166 0.105 0.103 0.064 0.035 0.021 0.009 122 R 0.013 0.029 0.059 0.094 0.118 0.164 0.207 0.133 0.093 0.063 0.027 123 K 0.101 0.114 0.275 0.230 0.128 0.072 0.046 0.019 0.009 0.004 0.002 124 V 0.042 0.039 0.104 0.168 0.150 0.135 0.173 0.097 0.048 0.029 0.014 125 L 0.004 0.009 0.024 0.031 0.047 0.077 0.154 0.150 0.201 0.191 0.112 126 I 0.002 0.005 0.022 0.032 0.059 0.099 0.206 0.164 0.184 0.149 0.078 127 Q 0.013 0.027 0.292 0.168 0.137 0.125 0.112 0.053 0.038 0.024 0.011 128 K 0.009 0.018 0.092 0.110 0.134 0.169 0.245 0.111 0.061 0.034 0.018 129 F 0.001 0.002 0.007 0.008 0.014 0.026 0.085 0.136 0.236 0.260 0.226 130 A 0.002 0.004 0.014 0.024 0.049 0.089 0.194 0.168 0.192 0.166 0.099 131 T 0.014 0.027 0.254 0.174 0.151 0.127 0.122 0.056 0.040 0.024 0.012 132 H 0.008 0.017 0.075 0.087 0.120 0.164 0.263 0.126 0.073 0.043 0.025 133 A 0.001 0.003 0.008 0.009 0.015 0.028 0.086 0.116 0.240 0.255 0.239 134 A 0.006 0.007 0.025 0.045 0.083 0.128 0.243 0.157 0.144 0.105 0.057 135 R 0.014 0.038 0.306 0.192 0.141 0.117 0.100 0.040 0.028 0.017 0.007 136 R 0.003 0.009 0.047 0.052 0.079 0.147 0.258 0.153 0.122 0.086 0.045 137 L 0.003 0.004 0.013 0.017 0.026 0.064 0.153 0.147 0.223 0.224 0.127 138 Q 0.016 0.035 0.147 0.146 0.139 0.149 0.167 0.083 0.061 0.040 0.017 139 A 0.017 0.030 0.145 0.126 0.124 0.156 0.181 0.093 0.063 0.046 0.020 140 L 0.021 0.021 0.048 0.055 0.067 0.120 0.210 0.145 0.141 0.117 0.056 141 R 0.061 0.083 0.088 0.128 0.116 0.135 0.168 0.097 0.064 0.041 0.019 142 D 0.052 0.119 0.130 0.142 0.116 0.114 0.125 0.077 0.057 0.043 0.026 143 P 0.211 0.137 0.078 0.121 0.110 0.095 0.110 0.063 0.039 0.023 0.015 144 E 0.608 0.187 0.049 0.078 0.034 0.016 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 145 G 0.175 0.105 0.044 0.101 0.094 0.094 0.129 0.093 0.074 0.054 0.037 146 H 0.133 0.123 0.053 0.145 0.137 0.113 0.117 0.078 0.050 0.032 0.019 147 G 0.215 0.150 0.103 0.163 0.115 0.088 0.077 0.045 0.025 0.014 0.007 148 I 0.081 0.097 0.078 0.141 0.122 0.117 0.142 0.094 0.062 0.040 0.024 149 F 0.078 0.084 0.048 0.114 0.110 0.110 0.157 0.113 0.090 0.061 0.036 150 E 0.334 0.201 0.097 0.160 0.090 0.044 0.035 0.019 0.011 0.006 0.003