# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.022 0.028 0.017 0.032 0.081 0.008 0.752 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 3 M 0.030 0.009 0.016 0.010 0.024 0.130 0.004 0.778 4 T 0.315 0.028 0.023 0.011 0.015 0.093 0.011 0.504 5 L 0.298 0.068 0.022 0.009 0.014 0.071 0.013 0.506 6 D 0.198 0.095 0.031 0.013 0.019 0.170 0.013 0.462 7 L 0.238 0.124 0.028 0.008 0.022 0.086 0.022 0.472 8 Q 0.138 0.106 0.021 0.008 0.013 0.180 0.015 0.519 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 10 G 0.021 0.067 0.017 0.006 0.014 0.224 0.004 0.647 11 Q 0.173 0.267 0.020 0.008 0.007 0.105 0.004 0.415 12 R 0.030 0.730 0.006 0.001 0.002 0.029 0.002 0.198 13 L 0.012 0.943 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.031 14 A 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 15 R 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 16 G 0.014 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 17 V 0.009 0.967 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 18 A 0.011 0.946 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 19 R 0.009 0.967 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 20 H 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 21 L 0.011 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 22 R 0.018 0.950 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 23 A 0.061 0.851 0.005 0.003 0.002 0.007 0.028 0.043 24 H 0.188 0.468 0.015 0.002 0.002 0.007 0.240 0.078 25 G 0.592 0.056 0.081 0.006 0.004 0.009 0.165 0.089 26 F 0.018 0.014 0.742 0.024 0.010 0.022 0.004 0.166 27 V 0.021 0.010 0.404 0.164 0.098 0.068 0.003 0.232 28 S 0.028 0.005 0.169 0.033 0.073 0.034 0.002 0.656 29 V 0.013 0.007 0.459 0.105 0.116 0.088 0.001 0.211 30 E 0.006 0.003 0.114 0.057 0.073 0.085 0.002 0.660 31 E 0.031 0.006 0.084 0.049 0.097 0.249 0.006 0.479 32 F 0.151 0.016 0.165 0.072 0.163 0.063 0.015 0.356 33 V 0.057 0.012 0.123 0.079 0.109 0.086 0.006 0.528 34 P 0.002 0.001 0.005 0.005 0.013 0.003 0.001 0.972 35 A 0.038 0.009 0.055 0.052 0.154 0.130 0.006 0.556 36 R 0.090 0.009 0.023 0.025 0.041 0.106 0.013 0.693 37 G 0.315 0.010 0.034 0.015 0.031 0.075 0.047 0.474 38 L 0.255 0.016 0.085 0.063 0.044 0.161 0.018 0.359 39 R 0.030 0.010 0.075 0.093 0.133 0.123 0.006 0.531 40 V 0.030 0.007 0.103 0.197 0.368 0.041 0.003 0.251 41 D 0.007 0.008 0.141 0.341 0.424 0.024 0.001 0.054 42 V 0.013 0.010 0.168 0.313 0.347 0.038 0.002 0.110 43 M 0.003 0.010 0.093 0.418 0.433 0.013 0.001 0.029 44 G 0.009 0.010 0.133 0.269 0.488 0.019 0.003 0.068 45 L 0.014 0.010 0.134 0.258 0.375 0.034 0.005 0.170 46 G 0.009 0.005 0.095 0.251 0.373 0.047 0.005 0.215 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 48 K 0.007 0.001 0.012 0.020 0.046 0.129 0.004 0.782 49 G 0.530 0.001 0.010 0.012 0.016 0.062 0.039 0.332 50 E 0.513 0.002 0.035 0.041 0.032 0.185 0.013 0.180 51 I 0.018 0.001 0.111 0.084 0.118 0.051 0.002 0.615 52 W 0.006 0.001 0.154 0.315 0.400 0.030 0.001 0.094 53 V 0.003 0.001 0.319 0.130 0.235 0.017 0.001 0.295 54 I 0.001 0.001 0.447 0.204 0.305 0.010 0.001 0.032 55 E 0.001 0.001 0.631 0.086 0.164 0.024 0.001 0.092 56 C 0.002 0.001 0.465 0.090 0.171 0.019 0.001 0.254 57 K 0.003 0.001 0.286 0.067 0.201 0.065 0.001 0.376 58 S 0.019 0.001 0.161 0.040 0.093 0.166 0.002 0.518 59 S 0.027 0.005 0.047 0.023 0.056 0.262 0.008 0.573 60 R 0.058 0.012 0.025 0.010 0.026 0.128 0.007 0.734 61 A 0.030 0.024 0.012 0.005 0.008 0.300 0.005 0.616 62 D 0.187 0.147 0.020 0.009 0.015 0.177 0.024 0.421 63 F 0.312 0.417 0.032 0.004 0.009 0.041 0.018 0.167 64 Q 0.062 0.530 0.012 0.009 0.016 0.172 0.013 0.185 65 A 0.133 0.515 0.009 0.003 0.007 0.119 0.028 0.186 66 D 0.216 0.452 0.018 0.004 0.006 0.034 0.051 0.219 67 A 0.133 0.307 0.055 0.006 0.004 0.061 0.029 0.404 68 K 0.046 0.270 0.032 0.008 0.007 0.251 0.016 0.370 69 W 0.155 0.433 0.019 0.006 0.011 0.099 0.014 0.263 70 Q 0.081 0.640 0.024 0.004 0.004 0.037 0.012 0.197 71 G 0.121 0.328 0.019 0.003 0.005 0.041 0.024 0.459 72 Y 0.214 0.376 0.025 0.003 0.005 0.065 0.020 0.291 73 L 0.085 0.610 0.020 0.016 0.020 0.030 0.014 0.205 74 E 0.062 0.422 0.015 0.009 0.011 0.083 0.012 0.385 75 W 0.137 0.459 0.016 0.005 0.006 0.070 0.025 0.281 76 C 0.212 0.560 0.046 0.015 0.026 0.011 0.021 0.111 77 D 0.057 0.484 0.064 0.076 0.043 0.034 0.013 0.228 78 R 0.105 0.279 0.057 0.047 0.060 0.060 0.034 0.358 79 Y 0.276 0.196 0.147 0.070 0.093 0.019 0.037 0.163 80 F 0.022 0.103 0.285 0.261 0.193 0.032 0.008 0.095 81 W 0.017 0.026 0.362 0.193 0.189 0.025 0.004 0.185 82 A 0.012 0.014 0.358 0.168 0.264 0.013 0.002 0.169 83 V 0.008 0.007 0.205 0.224 0.290 0.061 0.002 0.204 84 D 0.004 0.003 0.064 0.085 0.127 0.041 0.002 0.675 85 M 0.020 0.006 0.067 0.040 0.110 0.110 0.008 0.640 86 E 0.189 0.005 0.018 0.013 0.030 0.224 0.024 0.497 87 F 0.349 0.013 0.055 0.036 0.051 0.099 0.022 0.375 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 89 A 0.006 0.001 0.007 0.010 0.027 0.028 0.001 0.920 90 E 0.131 0.018 0.032 0.034 0.050 0.164 0.007 0.565 91 L 0.405 0.028 0.014 0.018 0.034 0.062 0.018 0.421 92 L 0.373 0.051 0.074 0.024 0.049 0.076 0.015 0.338 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 94 A 0.006 0.002 0.006 0.005 0.016 0.022 0.001 0.941 95 E 0.183 0.013 0.040 0.021 0.030 0.182 0.015 0.515 96 S 0.531 0.017 0.049 0.042 0.046 0.045 0.038 0.232 97 G 0.139 0.029 0.228 0.178 0.183 0.063 0.014 0.168 98 L 0.021 0.008 0.205 0.315 0.249 0.036 0.002 0.163 99 L 0.006 0.006 0.124 0.397 0.387 0.015 0.001 0.063 100 I 0.003 0.003 0.062 0.297 0.521 0.007 0.001 0.104 101 A 0.005 0.005 0.122 0.262 0.424 0.043 0.001 0.136 102 D 0.005 0.004 0.039 0.368 0.398 0.034 0.003 0.149 103 A 0.020 0.006 0.039 0.086 0.188 0.105 0.007 0.550 104 Y 0.017 0.004 0.012 0.023 0.037 0.668 0.009 0.230 105 D 0.210 0.009 0.013 0.020 0.037 0.301 0.055 0.355 106 A 0.090 0.045 0.050 0.085 0.115 0.070 0.014 0.530 107 E 0.019 0.033 0.067 0.222 0.280 0.189 0.004 0.185 108 I 0.025 0.023 0.032 0.232 0.383 0.039 0.002 0.265 109 V 0.006 0.049 0.039 0.280 0.567 0.009 0.001 0.048 110 R 0.018 0.041 0.034 0.346 0.407 0.016 0.003 0.134 111 M 0.028 0.069 0.033 0.135 0.337 0.022 0.008 0.369 112 A 0.056 0.049 0.051 0.112 0.309 0.056 0.012 0.354 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 114 E 0.016 0.008 0.012 0.019 0.053 0.100 0.004 0.787 115 Q 0.414 0.018 0.014 0.014 0.018 0.087 0.010 0.424 116 K 0.454 0.047 0.013 0.008 0.014 0.052 0.014 0.398 117 L 0.214 0.109 0.058 0.013 0.034 0.054 0.013 0.506 118 A 0.075 0.054 0.024 0.010 0.015 0.151 0.007 0.664 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 120 A 0.026 0.038 0.018 0.005 0.012 0.121 0.003 0.777 121 R 0.157 0.162 0.018 0.008 0.009 0.156 0.007 0.483 122 R 0.072 0.462 0.010 0.004 0.010 0.046 0.005 0.391 123 K 0.041 0.684 0.014 0.002 0.004 0.026 0.004 0.225 124 V 0.034 0.735 0.009 0.002 0.003 0.018 0.004 0.194 125 L 0.009 0.937 0.005 0.001 0.002 0.008 0.001 0.037 126 I 0.007 0.960 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.022 127 Q 0.007 0.970 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 128 K 0.007 0.962 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.022 129 F 0.011 0.962 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.018 130 A 0.012 0.969 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 131 T 0.021 0.951 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 132 H 0.027 0.937 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.023 133 A 0.021 0.925 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 0.037 134 A 0.018 0.884 0.006 0.001 0.001 0.010 0.010 0.071 135 R 0.022 0.838 0.012 0.001 0.001 0.025 0.009 0.093 136 R 0.028 0.912 0.010 0.001 0.001 0.008 0.006 0.036 137 L 0.013 0.951 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 138 Q 0.026 0.910 0.011 0.001 0.002 0.006 0.007 0.038 139 A 0.090 0.825 0.008 0.002 0.002 0.005 0.020 0.047 140 L 0.293 0.527 0.018 0.009 0.009 0.005 0.075 0.064 141 R 0.233 0.357 0.037 0.010 0.009 0.045 0.095 0.213 142 D 0.172 0.217 0.057 0.040 0.027 0.129 0.066 0.292 143 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 144 E 0.005 0.005 0.005 0.003 0.002 0.842 0.004 0.135 145 G 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.055 146 H 0.159 0.224 0.094 0.019 0.023 0.094 0.009 0.378 147 G 0.041 0.079 0.062 0.039 0.053 0.152 0.006 0.567 148 I 0.175 0.075 0.024 0.026 0.068 0.066 0.008 0.558 149 F 0.122 0.175 0.036 0.077 0.143 0.083 0.012 0.352 150 E 0.053 0.089 0.031 0.044 0.061 0.097 0.013 0.612