# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.171 0.490 0.012 0.057 0.025 0.012 0.001 0.151 0.011 0.001 2 P 0.619 0.005 0.315 0.021 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 3 M 0.465 0.040 0.078 0.316 0.022 0.022 0.026 0.019 0.008 0.003 0.001 4 T 0.447 0.107 0.145 0.198 0.030 0.020 0.026 0.005 0.020 0.002 0.001 5 L 0.507 0.138 0.171 0.126 0.014 0.013 0.013 0.002 0.013 0.002 0.002 6 D 0.333 0.129 0.229 0.120 0.037 0.070 0.047 0.007 0.020 0.005 0.003 7 L 0.464 0.088 0.239 0.148 0.016 0.024 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 8 Q 0.263 0.132 0.422 0.009 0.021 0.026 0.008 0.001 0.113 0.005 0.001 9 P 0.761 0.002 0.199 0.021 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 10 G 0.919 0.003 0.015 0.032 0.005 0.003 0.003 0.016 0.001 0.004 0.001 11 Q 0.980 0.006 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.988 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.986 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 17 V 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.988 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.959 0.003 0.008 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 L 0.955 0.002 0.008 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 R 0.971 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.920 0.006 0.007 0.060 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.093 0.007 0.021 0.849 0.002 0.002 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 25 G 0.017 0.003 0.010 0.011 0.033 0.002 0.277 0.574 0.002 0.070 0.001 26 F 0.061 0.296 0.447 0.079 0.031 0.038 0.036 0.003 0.006 0.001 0.001 27 V 0.032 0.590 0.257 0.029 0.055 0.024 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 28 S 0.018 0.450 0.322 0.014 0.066 0.091 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 29 V 0.125 0.552 0.195 0.019 0.025 0.064 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 30 E 0.335 0.381 0.170 0.041 0.031 0.021 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 31 E 0.265 0.422 0.112 0.076 0.066 0.013 0.016 0.001 0.027 0.001 0.001 32 F 0.082 0.496 0.207 0.057 0.078 0.029 0.017 0.001 0.031 0.001 0.001 33 V 0.023 0.436 0.336 0.004 0.032 0.028 0.004 0.001 0.136 0.001 0.001 34 P 0.094 0.009 0.810 0.007 0.005 0.035 0.002 0.001 0.006 0.009 0.024 35 A 0.571 0.055 0.179 0.120 0.009 0.019 0.014 0.006 0.016 0.006 0.006 36 R 0.100 0.031 0.089 0.470 0.032 0.009 0.203 0.041 0.011 0.012 0.002 37 G 0.008 0.005 0.020 0.009 0.050 0.003 0.082 0.684 0.002 0.136 0.001 38 L 0.075 0.279 0.477 0.083 0.029 0.030 0.013 0.002 0.010 0.001 0.002 39 R 0.054 0.413 0.350 0.051 0.024 0.075 0.016 0.001 0.015 0.001 0.001 40 V 0.065 0.456 0.313 0.029 0.082 0.039 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 41 D 0.112 0.285 0.342 0.042 0.057 0.124 0.010 0.002 0.023 0.002 0.002 42 V 0.144 0.504 0.190 0.043 0.047 0.049 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 43 M 0.132 0.626 0.100 0.048 0.054 0.013 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 44 G 0.047 0.414 0.196 0.027 0.200 0.036 0.022 0.002 0.051 0.003 0.002 45 L 0.069 0.439 0.240 0.129 0.023 0.037 0.018 0.001 0.040 0.001 0.004 46 G 0.010 0.060 0.357 0.004 0.167 0.020 0.021 0.013 0.128 0.218 0.001 47 P 0.364 0.008 0.526 0.026 0.003 0.009 0.002 0.001 0.004 0.009 0.049 48 K 0.139 0.075 0.178 0.359 0.020 0.013 0.180 0.017 0.013 0.003 0.003 49 G 0.017 0.017 0.053 0.019 0.155 0.005 0.091 0.521 0.003 0.118 0.001 50 E 0.038 0.358 0.416 0.084 0.033 0.040 0.019 0.002 0.010 0.001 0.001 51 I 0.009 0.666 0.239 0.013 0.036 0.024 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 52 W 0.011 0.703 0.167 0.011 0.067 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 53 V 0.006 0.818 0.106 0.003 0.024 0.029 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 54 I 0.007 0.828 0.087 0.001 0.042 0.025 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 55 E 0.012 0.650 0.205 0.004 0.039 0.062 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 56 C 0.018 0.590 0.224 0.009 0.050 0.083 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 57 K 0.097 0.407 0.220 0.036 0.141 0.058 0.012 0.003 0.017 0.007 0.003 58 S 0.044 0.477 0.225 0.049 0.107 0.035 0.006 0.001 0.054 0.001 0.001 59 S 0.187 0.217 0.327 0.052 0.046 0.098 0.012 0.002 0.053 0.005 0.003 60 R 0.710 0.047 0.118 0.083 0.009 0.013 0.012 0.001 0.005 0.002 0.002 61 A 0.788 0.060 0.050 0.054 0.022 0.005 0.010 0.004 0.004 0.002 0.001 62 D 0.508 0.056 0.114 0.224 0.023 0.040 0.014 0.002 0.016 0.001 0.001 63 F 0.800 0.027 0.053 0.088 0.008 0.010 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 64 Q 0.821 0.045 0.048 0.055 0.004 0.007 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 65 A 0.762 0.044 0.045 0.105 0.023 0.005 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 66 D 0.506 0.044 0.105 0.259 0.014 0.022 0.025 0.004 0.018 0.002 0.001 67 A 0.728 0.023 0.073 0.126 0.010 0.009 0.018 0.005 0.005 0.002 0.001 68 K 0.635 0.054 0.101 0.140 0.010 0.020 0.027 0.003 0.007 0.002 0.001 69 W 0.504 0.094 0.195 0.121 0.018 0.025 0.010 0.002 0.028 0.002 0.001 70 Q 0.719 0.026 0.153 0.067 0.003 0.006 0.015 0.001 0.005 0.002 0.003 71 G 0.628 0.014 0.044 0.073 0.043 0.010 0.034 0.112 0.004 0.036 0.001 72 Y 0.643 0.052 0.111 0.148 0.010 0.018 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 73 L 0.838 0.044 0.063 0.038 0.003 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 74 E 0.819 0.054 0.055 0.031 0.010 0.007 0.015 0.003 0.004 0.001 0.001 75 W 0.590 0.067 0.073 0.201 0.033 0.016 0.008 0.003 0.009 0.001 0.001 76 C 0.582 0.108 0.135 0.115 0.021 0.012 0.009 0.002 0.014 0.002 0.001 77 D 0.564 0.074 0.106 0.136 0.032 0.020 0.045 0.010 0.006 0.004 0.001 78 R 0.277 0.313 0.095 0.141 0.116 0.013 0.026 0.003 0.015 0.001 0.001 79 Y 0.119 0.571 0.187 0.038 0.049 0.015 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 80 F 0.052 0.672 0.170 0.015 0.037 0.024 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 81 W 0.044 0.719 0.122 0.015 0.054 0.020 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 82 A 0.045 0.485 0.239 0.021 0.089 0.080 0.015 0.001 0.021 0.001 0.001 83 V 0.038 0.625 0.188 0.022 0.062 0.028 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 84 D 0.042 0.126 0.555 0.019 0.027 0.127 0.023 0.002 0.064 0.008 0.007 85 M 0.581 0.065 0.162 0.116 0.024 0.015 0.014 0.004 0.007 0.005 0.006 86 E 0.199 0.124 0.146 0.358 0.019 0.033 0.099 0.009 0.009 0.001 0.002 87 F 0.030 0.377 0.312 0.012 0.139 0.010 0.005 0.001 0.112 0.003 0.001 88 P 0.033 0.004 0.866 0.003 0.002 0.056 0.001 0.001 0.007 0.003 0.026 89 A 0.844 0.011 0.099 0.030 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 90 E 0.795 0.056 0.073 0.054 0.003 0.007 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 91 L 0.296 0.049 0.064 0.561 0.008 0.013 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 92 L 0.040 0.187 0.373 0.006 0.033 0.015 0.007 0.001 0.337 0.003 0.001 93 P 0.128 0.002 0.808 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 0.004 0.003 0.028 94 A 0.644 0.016 0.234 0.078 0.004 0.006 0.004 0.004 0.003 0.002 0.003 95 E 0.253 0.102 0.148 0.405 0.023 0.021 0.018 0.010 0.017 0.002 0.001 96 S 0.053 0.319 0.208 0.252 0.078 0.006 0.052 0.002 0.028 0.001 0.001 97 G 0.013 0.072 0.112 0.015 0.421 0.013 0.060 0.208 0.005 0.079 0.002 98 L 0.003 0.741 0.137 0.005 0.100 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 99 L 0.002 0.796 0.146 0.001 0.025 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 100 I 0.005 0.792 0.119 0.002 0.013 0.049 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 101 A 0.030 0.585 0.211 0.018 0.096 0.033 0.003 0.001 0.019 0.003 0.001 102 D 0.042 0.215 0.392 0.029 0.084 0.111 0.036 0.005 0.063 0.018 0.005 103 A 0.405 0.159 0.206 0.101 0.054 0.021 0.017 0.005 0.018 0.008 0.006 104 Y 0.232 0.124 0.104 0.439 0.044 0.011 0.026 0.004 0.011 0.003 0.001 105 D 0.050 0.054 0.064 0.130 0.058 0.017 0.550 0.054 0.015 0.006 0.001 106 A 0.063 0.242 0.503 0.036 0.080 0.026 0.030 0.008 0.009 0.003 0.001 107 E 0.169 0.387 0.318 0.048 0.013 0.049 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 108 I 0.061 0.606 0.227 0.023 0.018 0.046 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 109 V 0.149 0.597 0.134 0.036 0.021 0.045 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 110 R 0.172 0.462 0.189 0.036 0.063 0.034 0.013 0.001 0.027 0.001 0.001 111 M 0.166 0.337 0.285 0.063 0.028 0.055 0.023 0.001 0.038 0.001 0.003 112 A 0.021 0.133 0.466 0.005 0.137 0.019 0.005 0.001 0.194 0.019 0.001 113 P 0.453 0.003 0.471 0.015 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.039 114 E 0.513 0.086 0.129 0.199 0.013 0.023 0.019 0.007 0.009 0.001 0.001 115 Q 0.262 0.212 0.184 0.223 0.058 0.016 0.014 0.005 0.022 0.003 0.001 116 K 0.259 0.127 0.325 0.099 0.017 0.070 0.055 0.006 0.030 0.004 0.010 117 L 0.234 0.184 0.389 0.087 0.020 0.037 0.017 0.002 0.025 0.002 0.003 118 A 0.097 0.073 0.665 0.010 0.025 0.029 0.006 0.001 0.078 0.014 0.002 119 P 0.570 0.003 0.375 0.025 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 120 A 0.734 0.027 0.115 0.070 0.014 0.016 0.007 0.008 0.005 0.003 0.001 121 R 0.808 0.018 0.085 0.055 0.009 0.012 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 122 R 0.980 0.002 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 K 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.972 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.973 0.003 0.007 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.927 0.007 0.011 0.047 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.613 0.013 0.035 0.320 0.003 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 141 R 0.451 0.085 0.105 0.293 0.017 0.013 0.013 0.002 0.019 0.001 0.001 142 D 0.030 0.066 0.522 0.007 0.016 0.043 0.023 0.001 0.284 0.007 0.001 143 P 0.885 0.001 0.085 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 144 E 0.442 0.032 0.081 0.379 0.005 0.005 0.041 0.006 0.007 0.001 0.001 145 G 0.185 0.014 0.070 0.082 0.080 0.011 0.072 0.363 0.008 0.113 0.001 146 H 0.293 0.147 0.302 0.162 0.022 0.014 0.029 0.004 0.019 0.004 0.004 147 G 0.358 0.084 0.240 0.044 0.087 0.035 0.028 0.053 0.012 0.054 0.005 148 I 0.363 0.195 0.207 0.171 0.019 0.023 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 149 F 0.203 0.242 0.242 0.162 0.069 0.026 0.019 0.005 0.028 0.004 0.002 150 E 0.243 0.210 0.292 0.071 0.061 0.030 0.042 0.010 0.028 0.009 0.003