# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.324 0.200 0.019 0.180 0.010 0.016 0.045 0.034 0.037 0.051 2 P 0.062 0.305 0.099 0.022 0.154 0.028 0.056 0.133 0.078 0.033 0.030 3 M 0.076 0.125 0.056 0.018 0.118 0.031 0.076 0.180 0.138 0.136 0.046 4 T 0.114 0.114 0.032 0.010 0.178 0.011 0.027 0.172 0.163 0.136 0.043 5 L 0.074 0.150 0.046 0.017 0.147 0.028 0.045 0.242 0.141 0.076 0.035 6 D 0.091 0.145 0.061 0.015 0.167 0.016 0.039 0.216 0.079 0.112 0.059 7 L 0.080 0.110 0.043 0.016 0.111 0.016 0.034 0.321 0.090 0.128 0.051 8 Q 0.030 0.239 0.151 0.019 0.088 0.017 0.022 0.341 0.052 0.023 0.018 9 P 0.012 0.036 0.014 0.003 0.013 0.005 0.010 0.770 0.095 0.034 0.007 10 G 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.890 0.082 0.011 0.002 11 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.950 0.041 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.022 0.002 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.030 0.007 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.030 0.002 0.001 15 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.969 0.017 0.001 0.001 16 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.046 0.013 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.035 0.005 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.028 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.028 0.002 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.899 0.086 0.010 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.815 0.129 0.029 0.001 23 A 0.006 0.020 0.019 0.004 0.011 0.012 0.211 0.612 0.073 0.027 0.004 24 H 0.009 0.635 0.252 0.021 0.028 0.010 0.019 0.007 0.006 0.007 0.005 25 G 0.033 0.009 0.015 0.039 0.009 0.021 0.014 0.010 0.013 0.447 0.391 26 F 0.225 0.205 0.017 0.003 0.416 0.003 0.007 0.011 0.012 0.045 0.057 27 V 0.100 0.329 0.017 0.002 0.498 0.009 0.013 0.007 0.004 0.004 0.017 28 S 0.204 0.219 0.065 0.003 0.446 0.004 0.004 0.004 0.003 0.004 0.043 29 V 0.300 0.136 0.014 0.009 0.377 0.010 0.007 0.032 0.044 0.029 0.042 30 E 0.123 0.159 0.051 0.025 0.296 0.060 0.068 0.081 0.077 0.030 0.029 31 E 0.243 0.095 0.021 0.004 0.446 0.006 0.019 0.041 0.028 0.046 0.050 32 F 0.188 0.161 0.033 0.008 0.372 0.010 0.028 0.043 0.026 0.066 0.065 33 V 0.062 0.367 0.186 0.015 0.271 0.008 0.010 0.019 0.011 0.011 0.041 34 P 0.089 0.282 0.285 0.027 0.119 0.009 0.020 0.083 0.039 0.016 0.030 35 A 0.028 0.070 0.067 0.036 0.044 0.074 0.151 0.309 0.149 0.051 0.020 36 R 0.015 0.339 0.169 0.103 0.037 0.053 0.109 0.058 0.045 0.056 0.017 37 G 0.038 0.032 0.053 0.073 0.028 0.015 0.010 0.029 0.033 0.475 0.215 38 L 0.045 0.437 0.096 0.016 0.190 0.018 0.030 0.055 0.045 0.042 0.025 39 R 0.216 0.190 0.051 0.009 0.330 0.009 0.014 0.044 0.027 0.043 0.067 40 V 0.168 0.215 0.040 0.019 0.302 0.023 0.022 0.075 0.064 0.035 0.036 41 D 0.139 0.094 0.030 0.017 0.240 0.044 0.078 0.176 0.098 0.050 0.034 42 V 0.272 0.048 0.012 0.009 0.315 0.008 0.014 0.095 0.095 0.084 0.047 43 M 0.150 0.111 0.023 0.021 0.300 0.032 0.066 0.108 0.071 0.078 0.039 44 G 0.200 0.127 0.061 0.005 0.377 0.006 0.021 0.028 0.018 0.038 0.120 45 L 0.117 0.254 0.044 0.037 0.291 0.022 0.034 0.044 0.029 0.088 0.039 46 G 0.028 0.120 0.589 0.163 0.048 0.008 0.006 0.010 0.009 0.008 0.010 47 P 0.030 0.064 0.059 0.050 0.050 0.062 0.173 0.289 0.180 0.030 0.013 48 K 0.023 0.162 0.148 0.156 0.036 0.083 0.183 0.055 0.058 0.074 0.023 49 G 0.029 0.044 0.100 0.230 0.022 0.050 0.022 0.012 0.025 0.334 0.133 50 E 0.172 0.204 0.035 0.007 0.414 0.014 0.039 0.011 0.014 0.046 0.045 51 I 0.346 0.073 0.002 0.001 0.554 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 52 W 0.112 0.164 0.010 0.001 0.697 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 53 V 0.464 0.016 0.001 0.001 0.501 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 54 I 0.200 0.087 0.002 0.001 0.699 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 55 E 0.217 0.072 0.019 0.001 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 56 C 0.399 0.113 0.007 0.001 0.411 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.059 57 K 0.182 0.229 0.066 0.005 0.398 0.012 0.016 0.005 0.004 0.007 0.076 58 S 0.133 0.300 0.151 0.013 0.215 0.023 0.019 0.015 0.013 0.030 0.087 59 S 0.088 0.432 0.145 0.030 0.178 0.014 0.013 0.028 0.020 0.024 0.028 60 R 0.037 0.059 0.021 0.011 0.053 0.016 0.022 0.244 0.439 0.080 0.018 61 A 0.022 0.092 0.038 0.013 0.047 0.027 0.049 0.408 0.244 0.047 0.012 62 D 0.054 0.054 0.020 0.011 0.075 0.017 0.060 0.422 0.139 0.119 0.028 63 F 0.060 0.063 0.027 0.012 0.091 0.019 0.037 0.361 0.161 0.140 0.029 64 Q 0.063 0.070 0.035 0.019 0.074 0.029 0.055 0.390 0.148 0.082 0.034 65 A 0.035 0.143 0.068 0.019 0.074 0.029 0.079 0.331 0.117 0.079 0.025 66 D 0.097 0.112 0.039 0.012 0.147 0.014 0.023 0.232 0.096 0.171 0.057 67 A 0.058 0.135 0.020 0.006 0.150 0.011 0.029 0.371 0.145 0.052 0.023 68 K 0.079 0.092 0.047 0.009 0.106 0.013 0.052 0.396 0.079 0.091 0.037 69 W 0.072 0.123 0.046 0.015 0.097 0.016 0.027 0.401 0.087 0.080 0.037 70 Q 0.019 0.054 0.030 0.024 0.031 0.038 0.043 0.584 0.124 0.038 0.016 71 G 0.013 0.038 0.026 0.013 0.017 0.014 0.028 0.597 0.125 0.110 0.016 72 Y 0.027 0.031 0.013 0.005 0.039 0.005 0.014 0.575 0.157 0.118 0.016 73 L 0.031 0.054 0.016 0.009 0.062 0.013 0.020 0.589 0.172 0.021 0.011 74 E 0.020 0.033 0.018 0.010 0.025 0.012 0.090 0.639 0.117 0.028 0.009 75 W 0.058 0.016 0.011 0.006 0.036 0.010 0.050 0.315 0.146 0.321 0.032 76 C 0.096 0.248 0.042 0.023 0.195 0.029 0.046 0.165 0.086 0.046 0.025 77 D 0.103 0.054 0.040 0.051 0.101 0.085 0.114 0.201 0.099 0.096 0.055 78 R 0.168 0.120 0.023 0.010 0.412 0.017 0.049 0.065 0.040 0.065 0.031 79 Y 0.332 0.071 0.004 0.002 0.537 0.004 0.008 0.008 0.004 0.010 0.020 80 F 0.211 0.114 0.015 0.002 0.599 0.004 0.005 0.006 0.003 0.003 0.038 81 W 0.232 0.135 0.024 0.003 0.498 0.005 0.006 0.008 0.004 0.008 0.076 82 A 0.256 0.199 0.039 0.007 0.362 0.008 0.014 0.012 0.007 0.023 0.072 83 V 0.064 0.444 0.185 0.014 0.201 0.011 0.013 0.007 0.009 0.014 0.039 84 D 0.150 0.307 0.109 0.017 0.322 0.007 0.008 0.019 0.020 0.011 0.030 85 M 0.018 0.048 0.016 0.008 0.046 0.022 0.075 0.226 0.488 0.042 0.010 86 E 0.051 0.052 0.026 0.009 0.056 0.015 0.132 0.133 0.099 0.382 0.045 87 F 0.040 0.510 0.164 0.012 0.168 0.007 0.010 0.019 0.008 0.036 0.027 88 P 0.138 0.392 0.114 0.013 0.264 0.004 0.003 0.024 0.012 0.008 0.027 89 A 0.009 0.017 0.003 0.002 0.016 0.006 0.013 0.341 0.573 0.016 0.004 90 E 0.009 0.030 0.010 0.005 0.025 0.014 0.085 0.499 0.262 0.054 0.006 91 L 0.046 0.014 0.007 0.003 0.041 0.006 0.038 0.152 0.060 0.606 0.027 92 L 0.036 0.450 0.206 0.027 0.142 0.010 0.017 0.022 0.019 0.042 0.031 93 P 0.035 0.387 0.380 0.038 0.114 0.004 0.004 0.017 0.011 0.003 0.007 94 A 0.011 0.020 0.018 0.006 0.017 0.027 0.188 0.406 0.281 0.019 0.006 95 E 0.065 0.038 0.032 0.014 0.046 0.023 0.127 0.120 0.096 0.386 0.053 96 S 0.150 0.265 0.039 0.025 0.214 0.027 0.045 0.045 0.030 0.095 0.066 97 G 0.143 0.171 0.051 0.038 0.380 0.044 0.026 0.025 0.019 0.043 0.060 98 L 0.261 0.078 0.004 0.001 0.627 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.012 99 L 0.219 0.083 0.006 0.001 0.660 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.018 100 I 0.322 0.078 0.017 0.001 0.493 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.080 101 A 0.141 0.183 0.052 0.056 0.268 0.076 0.036 0.024 0.022 0.058 0.086 102 D 0.110 0.172 0.308 0.072 0.197 0.018 0.016 0.021 0.020 0.022 0.046 103 A 0.067 0.037 0.020 0.016 0.057 0.026 0.039 0.181 0.361 0.157 0.038 104 Y 0.010 0.270 0.172 0.094 0.034 0.082 0.145 0.074 0.063 0.045 0.011 105 D 0.106 0.036 0.024 0.026 0.067 0.015 0.015 0.050 0.043 0.413 0.206 106 A 0.085 0.346 0.015 0.003 0.449 0.006 0.007 0.038 0.024 0.013 0.015 107 E 0.209 0.150 0.017 0.004 0.456 0.010 0.024 0.069 0.020 0.013 0.028 108 I 0.334 0.094 0.013 0.005 0.415 0.004 0.007 0.038 0.018 0.022 0.051 109 V 0.197 0.126 0.020 0.014 0.352 0.033 0.032 0.099 0.046 0.035 0.044 110 R 0.125 0.193 0.090 0.012 0.282 0.018 0.044 0.098 0.038 0.041 0.059 111 M 0.104 0.208 0.073 0.024 0.155 0.017 0.046 0.098 0.053 0.157 0.067 112 A 0.041 0.357 0.302 0.035 0.122 0.010 0.012 0.049 0.030 0.018 0.024 113 P 0.037 0.245 0.102 0.013 0.086 0.014 0.052 0.259 0.151 0.022 0.018 114 E 0.053 0.072 0.025 0.008 0.062 0.018 0.094 0.258 0.219 0.152 0.039 115 Q 0.054 0.271 0.056 0.019 0.160 0.026 0.045 0.127 0.114 0.095 0.034 116 K 0.080 0.090 0.040 0.016 0.107 0.023 0.081 0.176 0.131 0.200 0.056 117 L 0.053 0.198 0.129 0.036 0.100 0.018 0.047 0.104 0.093 0.184 0.039 118 A 0.018 0.313 0.416 0.067 0.049 0.009 0.012 0.052 0.029 0.024 0.012 119 P 0.017 0.172 0.130 0.015 0.040 0.008 0.028 0.441 0.120 0.019 0.010 120 A 0.005 0.033 0.016 0.003 0.012 0.007 0.025 0.701 0.160 0.032 0.007 121 R 0.009 0.028 0.009 0.002 0.015 0.003 0.010 0.796 0.093 0.030 0.006 122 R 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.892 0.079 0.010 0.002 123 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.025 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.013 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.014 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.017 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.984 0.010 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.036 0.006 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.043 0.002 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.019 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.016 0.002 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.044 0.005 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.053 0.002 0.001 135 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.958 0.031 0.003 0.001 136 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.928 0.039 0.010 0.001 137 L 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.010 0.819 0.132 0.021 0.002 138 Q 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.005 0.028 0.743 0.188 0.021 0.002 139 A 0.010 0.011 0.005 0.002 0.016 0.008 0.066 0.630 0.170 0.077 0.005 140 L 0.045 0.042 0.011 0.002 0.062 0.005 0.062 0.476 0.148 0.127 0.019 141 R 0.043 0.130 0.058 0.012 0.137 0.034 0.091 0.220 0.077 0.168 0.032 142 D 0.197 0.161 0.125 0.004 0.411 0.002 0.004 0.046 0.011 0.008 0.031 143 P 0.005 0.007 0.003 0.001 0.007 0.003 0.011 0.494 0.446 0.020 0.004 144 E 0.007 0.117 0.032 0.008 0.015 0.025 0.112 0.472 0.156 0.049 0.007 145 G 0.045 0.069 0.026 0.016 0.055 0.013 0.018 0.165 0.084 0.427 0.082 146 H 0.071 0.133 0.067 0.050 0.103 0.030 0.052 0.208 0.108 0.119 0.058 147 G 0.056 0.186 0.139 0.047 0.119 0.030 0.039 0.160 0.114 0.075 0.037 148 I 0.104 0.119 0.047 0.016 0.158 0.024 0.062 0.192 0.124 0.113 0.043 149 F 0.105 0.219 0.085 0.025 0.192 0.025 0.029 0.133 0.077 0.072 0.039 150 E 0.085 0.137 0.061 0.025 0.153 0.030 0.051 0.227 0.106 0.080 0.048