# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.622 0.169 0.120 0.053 0.027 0.009 0.001 2 P 0.608 0.185 0.120 0.064 0.018 0.005 0.001 3 M 0.763 0.154 0.062 0.015 0.004 0.002 0.001 4 T 0.499 0.229 0.143 0.077 0.038 0.013 0.001 5 L 0.362 0.215 0.155 0.160 0.076 0.029 0.003 6 D 0.514 0.243 0.143 0.062 0.026 0.011 0.002 7 L 0.260 0.180 0.176 0.199 0.126 0.052 0.006 8 Q 0.242 0.218 0.212 0.157 0.103 0.058 0.010 9 P 0.162 0.172 0.170 0.189 0.168 0.112 0.028 10 G 0.133 0.159 0.205 0.222 0.155 0.099 0.028 11 Q 0.110 0.181 0.189 0.212 0.167 0.115 0.025 12 R 0.068 0.154 0.255 0.244 0.172 0.087 0.020 13 L 0.013 0.019 0.031 0.089 0.251 0.425 0.172 14 A 0.027 0.101 0.198 0.263 0.215 0.145 0.051 15 R 0.045 0.157 0.204 0.250 0.188 0.121 0.035 16 G 0.016 0.066 0.153 0.270 0.283 0.165 0.048 17 V 0.003 0.006 0.010 0.028 0.115 0.480 0.358 18 A 0.010 0.036 0.081 0.170 0.267 0.307 0.129 19 R 0.033 0.140 0.195 0.248 0.178 0.143 0.063 20 H 0.015 0.044 0.117 0.232 0.277 0.252 0.063 21 L 0.014 0.021 0.038 0.097 0.271 0.413 0.145 22 R 0.048 0.160 0.220 0.269 0.193 0.090 0.020 23 A 0.151 0.292 0.249 0.163 0.082 0.046 0.017 24 H 0.035 0.101 0.152 0.245 0.228 0.189 0.049 25 G 0.035 0.107 0.157 0.239 0.226 0.182 0.053 26 F 0.012 0.031 0.064 0.139 0.288 0.351 0.116 27 V 0.006 0.011 0.021 0.045 0.118 0.446 0.352 28 S 0.003 0.006 0.011 0.031 0.070 0.313 0.566 29 V 0.003 0.005 0.009 0.026 0.080 0.300 0.576 30 E 0.015 0.047 0.088 0.186 0.202 0.215 0.247 31 E 0.013 0.032 0.063 0.123 0.229 0.349 0.191 32 F 0.014 0.027 0.050 0.113 0.237 0.417 0.142 33 V 0.055 0.117 0.169 0.229 0.228 0.165 0.036 34 P 0.098 0.142 0.179 0.226 0.218 0.114 0.022 35 A 0.198 0.244 0.208 0.182 0.097 0.060 0.013 36 R 0.299 0.255 0.211 0.114 0.065 0.041 0.014 37 G 0.110 0.242 0.249 0.191 0.116 0.068 0.024 38 L 0.012 0.053 0.118 0.231 0.326 0.215 0.045 39 R 0.002 0.012 0.051 0.148 0.338 0.332 0.116 40 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.073 0.491 0.420 41 D 0.001 0.001 0.002 0.007 0.041 0.377 0.572 42 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.196 0.786 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.153 0.838 44 G 0.001 0.001 0.003 0.017 0.056 0.322 0.601 45 L 0.001 0.004 0.017 0.079 0.229 0.429 0.240 46 G 0.029 0.095 0.184 0.235 0.224 0.180 0.053 47 P 0.187 0.246 0.222 0.166 0.111 0.057 0.011 48 K 0.397 0.324 0.143 0.084 0.032 0.017 0.003 49 G 0.139 0.173 0.185 0.207 0.196 0.088 0.012 50 E 0.094 0.175 0.200 0.239 0.172 0.102 0.018 51 I 0.032 0.059 0.114 0.183 0.274 0.264 0.072 52 W 0.018 0.031 0.054 0.091 0.164 0.380 0.263 53 V 0.011 0.015 0.029 0.062 0.136 0.324 0.423 54 I 0.008 0.009 0.013 0.027 0.071 0.289 0.583 55 E 0.009 0.013 0.023 0.053 0.107 0.263 0.532 56 C 0.006 0.007 0.011 0.026 0.079 0.339 0.532 57 K 0.021 0.046 0.076 0.152 0.222 0.265 0.218 58 S 0.025 0.044 0.061 0.115 0.201 0.329 0.224 59 S 0.044 0.079 0.100 0.164 0.211 0.264 0.137 60 R 0.087 0.125 0.175 0.220 0.182 0.145 0.065 61 A 0.143 0.211 0.213 0.194 0.130 0.085 0.025 62 D 0.104 0.118 0.179 0.203 0.220 0.148 0.029 63 F 0.076 0.062 0.085 0.171 0.274 0.278 0.053 64 Q 0.200 0.231 0.261 0.165 0.093 0.042 0.007 65 A 0.204 0.261 0.212 0.184 0.095 0.039 0.005 66 D 0.201 0.200 0.200 0.207 0.128 0.059 0.006 67 A 0.338 0.261 0.185 0.134 0.055 0.023 0.003 68 K 0.302 0.302 0.211 0.113 0.053 0.017 0.002 69 W 0.125 0.145 0.183 0.276 0.194 0.071 0.005 70 Q 0.344 0.295 0.189 0.122 0.037 0.013 0.001 71 G 0.339 0.307 0.211 0.093 0.037 0.013 0.002 72 Y 0.101 0.121 0.152 0.242 0.236 0.134 0.014 73 L 0.069 0.131 0.191 0.322 0.192 0.086 0.010 74 E 0.229 0.305 0.271 0.114 0.052 0.025 0.005 75 W 0.039 0.083 0.132 0.238 0.236 0.214 0.057 76 C 0.017 0.055 0.083 0.175 0.267 0.289 0.115 77 D 0.038 0.149 0.199 0.253 0.181 0.129 0.051 78 R 0.007 0.025 0.058 0.139 0.264 0.322 0.185 79 Y 0.001 0.004 0.011 0.028 0.109 0.459 0.388 80 F 0.002 0.008 0.022 0.052 0.129 0.389 0.398 81 W 0.004 0.010 0.024 0.056 0.138 0.419 0.348 82 A 0.005 0.010 0.028 0.081 0.236 0.405 0.234 83 V 0.012 0.037 0.093 0.186 0.325 0.277 0.069 84 D 0.065 0.173 0.263 0.270 0.150 0.071 0.008 85 M 0.283 0.334 0.214 0.111 0.041 0.016 0.001 86 E 0.296 0.416 0.177 0.075 0.028 0.008 0.001 87 F 0.049 0.075 0.172 0.381 0.262 0.059 0.002 88 P 0.352 0.384 0.162 0.079 0.019 0.004 0.001 89 A 0.431 0.303 0.165 0.077 0.021 0.003 0.001 90 E 0.593 0.288 0.089 0.024 0.004 0.001 0.001 91 L 0.098 0.208 0.312 0.241 0.118 0.022 0.001 92 L 0.038 0.069 0.154 0.311 0.324 0.099 0.005 93 P 0.122 0.283 0.316 0.184 0.075 0.017 0.002 94 A 0.310 0.413 0.160 0.083 0.025 0.007 0.001 95 E 0.061 0.169 0.286 0.230 0.171 0.073 0.009 96 S 0.005 0.018 0.048 0.142 0.321 0.385 0.081 97 G 0.003 0.012 0.024 0.065 0.185 0.459 0.253 98 L 0.003 0.006 0.014 0.028 0.069 0.318 0.562 99 L 0.002 0.004 0.008 0.020 0.053 0.312 0.602 100 I 0.005 0.011 0.027 0.088 0.233 0.369 0.269 101 A 0.007 0.011 0.031 0.079 0.263 0.406 0.203 102 D 0.038 0.131 0.224 0.255 0.192 0.133 0.027 103 A 0.127 0.271 0.215 0.196 0.116 0.067 0.009 104 Y 0.085 0.143 0.204 0.286 0.200 0.073 0.008 105 D 0.433 0.330 0.144 0.060 0.018 0.012 0.003 106 A 0.060 0.121 0.173 0.283 0.253 0.100 0.010 107 E 0.129 0.229 0.272 0.213 0.105 0.046 0.006 108 I 0.031 0.060 0.121 0.219 0.308 0.229 0.031 109 V 0.048 0.063 0.129 0.170 0.251 0.290 0.049 110 R 0.051 0.113 0.169 0.262 0.242 0.142 0.020 111 M 0.112 0.257 0.284 0.206 0.102 0.035 0.004 112 A 0.093 0.116 0.174 0.286 0.219 0.103 0.008 113 P 0.348 0.289 0.203 0.106 0.040 0.013 0.001 114 E 0.473 0.306 0.132 0.065 0.018 0.005 0.001 115 Q 0.503 0.245 0.145 0.074 0.027 0.005 0.001 116 K 0.483 0.321 0.130 0.050 0.012 0.003 0.001 117 L 0.194 0.150 0.188 0.246 0.177 0.043 0.002 118 A 0.386 0.277 0.182 0.113 0.033 0.009 0.001 119 P 0.505 0.269 0.147 0.055 0.019 0.006 0.001 120 A 0.218 0.202 0.216 0.196 0.121 0.043 0.004 121 R 0.171 0.204 0.212 0.192 0.134 0.075 0.011 122 R 0.149 0.171 0.185 0.220 0.167 0.091 0.017 123 K 0.208 0.242 0.224 0.176 0.093 0.047 0.010 124 V 0.093 0.158 0.197 0.214 0.190 0.122 0.028 125 L 0.048 0.069 0.098 0.160 0.236 0.278 0.111 126 I 0.039 0.060 0.095 0.168 0.225 0.277 0.136 127 Q 0.067 0.127 0.157 0.197 0.191 0.180 0.082 128 K 0.050 0.104 0.168 0.224 0.208 0.165 0.081 129 F 0.017 0.021 0.029 0.065 0.170 0.396 0.302 130 A 0.034 0.062 0.094 0.159 0.220 0.268 0.164 131 T 0.060 0.120 0.149 0.205 0.192 0.178 0.096 132 H 0.053 0.095 0.150 0.206 0.208 0.194 0.094 133 A 0.032 0.045 0.062 0.114 0.210 0.338 0.199 134 A 0.054 0.087 0.118 0.168 0.220 0.234 0.119 135 R 0.097 0.142 0.170 0.203 0.174 0.150 0.064 136 R 0.075 0.118 0.169 0.211 0.207 0.163 0.057 137 L 0.061 0.063 0.100 0.164 0.240 0.275 0.096 138 Q 0.120 0.159 0.177 0.193 0.182 0.134 0.034 139 A 0.139 0.215 0.218 0.206 0.133 0.077 0.013 140 L 0.125 0.140 0.172 0.230 0.195 0.120 0.017 141 R 0.249 0.227 0.217 0.168 0.090 0.042 0.007 142 D 0.349 0.226 0.174 0.146 0.075 0.026 0.003 143 P 0.552 0.218 0.132 0.068 0.023 0.006 0.001 144 E 0.689 0.215 0.071 0.020 0.004 0.002 0.001 145 G 0.378 0.237 0.182 0.113 0.071 0.018 0.001 146 H 0.374 0.317 0.138 0.124 0.036 0.010 0.001 147 G 0.512 0.265 0.127 0.065 0.026 0.006 0.001 148 I 0.405 0.247 0.172 0.121 0.044 0.009 0.001 149 F 0.361 0.259 0.193 0.130 0.049 0.008 0.001 150 E 0.753 0.191 0.040 0.013 0.002 0.001 0.001