# TARGET T0495 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.948 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.004 0.006 2 P 0.001 0.036 0.896 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.002 0.014 0.016 0.002 0.010 3 M 0.001 0.052 0.626 0.001 0.022 0.055 0.001 0.001 0.006 0.170 0.049 0.006 0.012 4 T 0.001 0.003 0.208 0.001 0.109 0.317 0.001 0.001 0.002 0.181 0.171 0.002 0.006 5 L 0.001 0.004 0.123 0.001 0.112 0.448 0.001 0.001 0.001 0.082 0.217 0.006 0.005 6 D 0.001 0.009 0.195 0.001 0.063 0.549 0.001 0.001 0.002 0.072 0.091 0.003 0.017 7 L 0.001 0.008 0.238 0.001 0.012 0.617 0.001 0.001 0.001 0.095 0.022 0.001 0.006 8 Q 0.001 0.001 0.032 0.001 0.004 0.926 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.001 0.001 9 P 0.001 0.001 0.019 0.001 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 10 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.880 0.001 0.001 0.001 0.003 0.105 0.001 0.001 24 H 0.001 0.001 0.017 0.001 0.009 0.408 0.001 0.001 0.001 0.030 0.534 0.001 0.001 25 G 0.001 0.001 0.071 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 0.005 0.073 0.826 0.001 0.001 26 F 0.001 0.007 0.744 0.001 0.003 0.013 0.004 0.001 0.101 0.090 0.019 0.002 0.015 27 V 0.001 0.018 0.239 0.011 0.003 0.005 0.013 0.010 0.566 0.068 0.007 0.045 0.015 28 S 0.003 0.013 0.134 0.007 0.006 0.006 0.051 0.085 0.516 0.029 0.005 0.012 0.131 29 V 0.006 0.010 0.196 0.074 0.015 0.011 0.058 0.146 0.352 0.019 0.006 0.081 0.026 30 E 0.004 0.008 0.200 0.040 0.026 0.008 0.028 0.097 0.405 0.067 0.021 0.019 0.077 31 E 0.006 0.011 0.244 0.084 0.027 0.010 0.034 0.042 0.331 0.107 0.028 0.023 0.053 32 F 0.008 0.014 0.370 0.019 0.015 0.008 0.024 0.018 0.197 0.114 0.016 0.139 0.057 33 V 0.003 0.044 0.480 0.010 0.019 0.007 0.009 0.004 0.077 0.108 0.037 0.013 0.188 34 P 0.001 0.017 0.673 0.011 0.036 0.011 0.001 0.001 0.020 0.139 0.057 0.016 0.020 35 A 0.001 0.003 0.089 0.005 0.091 0.036 0.001 0.001 0.002 0.192 0.573 0.004 0.005 36 R 0.001 0.002 0.083 0.002 0.083 0.020 0.001 0.001 0.001 0.143 0.663 0.001 0.002 37 G 0.001 0.010 0.451 0.003 0.046 0.010 0.001 0.001 0.003 0.302 0.151 0.009 0.014 38 L 0.002 0.019 0.612 0.008 0.017 0.009 0.003 0.001 0.021 0.164 0.050 0.026 0.067 39 R 0.011 0.149 0.383 0.019 0.014 0.006 0.017 0.002 0.033 0.112 0.034 0.060 0.159 40 V 0.022 0.015 0.598 0.057 0.007 0.003 0.008 0.001 0.029 0.066 0.016 0.117 0.060 41 D 0.028 0.001 0.240 0.279 0.010 0.001 0.009 0.002 0.015 0.255 0.033 0.033 0.094 42 V 0.301 0.009 0.079 0.004 0.014 0.001 0.156 0.024 0.055 0.015 0.007 0.200 0.135 43 M 0.601 0.001 0.008 0.005 0.004 0.001 0.231 0.020 0.008 0.001 0.001 0.010 0.108 44 G 0.721 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.097 0.008 0.008 0.001 0.001 0.136 0.018 45 L 0.576 0.005 0.032 0.005 0.001 0.001 0.033 0.001 0.007 0.003 0.002 0.022 0.312 46 G 0.016 0.007 0.613 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.136 0.034 0.081 0.102 47 P 0.001 0.001 0.024 0.002 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.158 0.795 0.001 0.002 48 K 0.001 0.001 0.018 0.002 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.133 0.817 0.005 0.002 49 G 0.004 0.004 0.243 0.005 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.350 0.311 0.017 0.042 50 E 0.040 0.014 0.513 0.015 0.003 0.002 0.010 0.001 0.018 0.156 0.052 0.033 0.142 51 I 0.224 0.018 0.065 0.017 0.001 0.001 0.215 0.043 0.071 0.008 0.001 0.056 0.281 52 W 0.410 0.001 0.007 0.043 0.001 0.001 0.305 0.097 0.029 0.001 0.001 0.048 0.056 53 V 0.315 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.470 0.125 0.028 0.001 0.001 0.027 0.027 54 I 0.351 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.508 0.065 0.020 0.001 0.001 0.007 0.038 55 E 0.350 0.001 0.026 0.007 0.001 0.001 0.319 0.036 0.057 0.005 0.001 0.158 0.037 56 C 0.099 0.003 0.123 0.016 0.002 0.002 0.073 0.027 0.227 0.038 0.013 0.030 0.347 57 K 0.055 0.020 0.265 0.102 0.006 0.006 0.027 0.004 0.092 0.152 0.060 0.092 0.119 58 S 0.006 0.098 0.420 0.003 0.006 0.013 0.002 0.001 0.026 0.324 0.031 0.024 0.047 59 S 0.001 0.033 0.693 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.009 0.203 0.008 0.001 0.018 60 R 0.001 0.002 0.023 0.001 0.060 0.831 0.001 0.001 0.001 0.035 0.048 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.124 0.791 0.001 0.001 0.001 0.018 0.060 0.001 0.001 62 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.206 0.706 0.001 0.001 0.001 0.012 0.063 0.001 0.001 63 F 0.001 0.007 0.040 0.001 0.176 0.653 0.001 0.001 0.001 0.028 0.087 0.001 0.005 64 Q 0.005 0.021 0.048 0.001 0.128 0.479 0.001 0.001 0.001 0.029 0.264 0.015 0.008 65 A 0.009 0.011 0.090 0.001 0.076 0.393 0.001 0.001 0.001 0.079 0.327 0.002 0.011 66 D 0.001 0.006 0.367 0.001 0.061 0.235 0.001 0.001 0.001 0.145 0.174 0.004 0.007 67 A 0.001 0.005 0.104 0.001 0.103 0.271 0.001 0.001 0.001 0.136 0.377 0.001 0.003 68 K 0.001 0.012 0.125 0.001 0.115 0.374 0.001 0.001 0.001 0.117 0.252 0.001 0.003 69 W 0.001 0.006 0.469 0.001 0.076 0.238 0.001 0.001 0.001 0.183 0.023 0.002 0.003 70 Q 0.001 0.005 0.180 0.001 0.175 0.376 0.001 0.001 0.001 0.038 0.220 0.001 0.003 71 G 0.001 0.013 0.074 0.001 0.199 0.273 0.001 0.001 0.001 0.097 0.338 0.001 0.003 72 Y 0.001 0.013 0.197 0.001 0.186 0.315 0.001 0.001 0.004 0.106 0.166 0.004 0.007 73 L 0.001 0.015 0.177 0.002 0.202 0.331 0.001 0.001 0.007 0.074 0.178 0.003 0.009 74 E 0.001 0.003 0.102 0.002 0.157 0.355 0.001 0.001 0.003 0.089 0.280 0.003 0.005 75 W 0.001 0.012 0.087 0.001 0.167 0.316 0.001 0.001 0.004 0.082 0.314 0.003 0.009 76 C 0.008 0.043 0.262 0.004 0.108 0.264 0.002 0.004 0.019 0.133 0.108 0.007 0.038 77 D 0.010 0.014 0.201 0.123 0.075 0.199 0.005 0.009 0.022 0.187 0.115 0.020 0.020 78 R 0.058 0.020 0.273 0.016 0.057 0.155 0.017 0.018 0.106 0.083 0.076 0.043 0.078 79 Y 0.104 0.015 0.124 0.015 0.069 0.189 0.067 0.041 0.067 0.063 0.097 0.019 0.129 80 F 0.271 0.014 0.095 0.004 0.024 0.086 0.110 0.087 0.065 0.027 0.073 0.108 0.036 81 W 0.202 0.013 0.148 0.008 0.016 0.061 0.087 0.045 0.076 0.059 0.064 0.035 0.186 82 A 0.034 0.028 0.407 0.008 0.009 0.040 0.029 0.020 0.124 0.141 0.044 0.062 0.055 83 V 0.004 0.023 0.643 0.002 0.005 0.017 0.003 0.004 0.046 0.154 0.024 0.034 0.042 84 D 0.001 0.012 0.870 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.008 0.055 0.019 0.002 0.015 85 M 0.001 0.011 0.134 0.002 0.137 0.041 0.001 0.001 0.001 0.142 0.527 0.001 0.002 86 E 0.001 0.011 0.130 0.002 0.193 0.042 0.001 0.001 0.003 0.175 0.438 0.001 0.005 87 F 0.001 0.007 0.466 0.001 0.060 0.025 0.001 0.001 0.003 0.397 0.013 0.022 0.004 88 P 0.001 0.073 0.537 0.003 0.180 0.038 0.001 0.001 0.010 0.062 0.047 0.001 0.049 89 A 0.001 0.002 0.022 0.001 0.832 0.019 0.001 0.001 0.001 0.017 0.105 0.001 0.001 90 E 0.001 0.003 0.022 0.001 0.770 0.016 0.001 0.001 0.002 0.018 0.160 0.002 0.003 91 L 0.002 0.012 0.075 0.001 0.725 0.013 0.001 0.001 0.004 0.037 0.113 0.004 0.013 92 L 0.002 0.037 0.493 0.001 0.043 0.009 0.001 0.001 0.013 0.288 0.062 0.019 0.033 93 P 0.001 0.015 0.799 0.002 0.021 0.008 0.001 0.001 0.004 0.090 0.032 0.004 0.026 94 A 0.001 0.003 0.049 0.006 0.126 0.060 0.001 0.001 0.001 0.107 0.641 0.003 0.003 95 E 0.002 0.005 0.088 0.005 0.114 0.053 0.001 0.001 0.003 0.107 0.603 0.006 0.012 96 S 0.009 0.012 0.412 0.052 0.036 0.042 0.003 0.004 0.045 0.178 0.105 0.017 0.083 97 G 0.044 0.010 0.379 0.066 0.008 0.023 0.026 0.038 0.109 0.040 0.053 0.059 0.145 98 L 0.299 0.023 0.050 0.003 0.003 0.013 0.111 0.142 0.068 0.011 0.003 0.127 0.149 99 L 0.406 0.012 0.026 0.018 0.004 0.013 0.103 0.110 0.034 0.002 0.002 0.028 0.240 100 I 0.340 0.004 0.040 0.053 0.003 0.008 0.110 0.055 0.047 0.009 0.007 0.255 0.069 101 A 0.214 0.011 0.098 0.021 0.005 0.004 0.072 0.013 0.027 0.056 0.028 0.074 0.376 102 D 0.015 0.012 0.497 0.009 0.010 0.006 0.003 0.002 0.019 0.144 0.054 0.068 0.162 103 A 0.003 0.008 0.196 0.008 0.045 0.032 0.001 0.001 0.001 0.269 0.388 0.011 0.039 104 Y 0.001 0.005 0.058 0.015 0.049 0.060 0.001 0.001 0.001 0.162 0.638 0.005 0.006 105 D 0.009 0.005 0.192 0.033 0.058 0.058 0.002 0.001 0.003 0.283 0.276 0.027 0.053 106 A 0.075 0.017 0.372 0.005 0.015 0.051 0.029 0.001 0.024 0.046 0.011 0.028 0.327 107 E 0.174 0.027 0.075 0.020 0.004 0.023 0.095 0.006 0.076 0.016 0.002 0.371 0.111 108 I 0.105 0.020 0.056 0.016 0.009 0.026 0.100 0.013 0.071 0.009 0.005 0.042 0.528 109 V 0.075 0.016 0.173 0.284 0.022 0.043 0.058 0.008 0.052 0.033 0.018 0.106 0.112 110 R 0.031 0.015 0.214 0.043 0.038 0.073 0.027 0.002 0.031 0.142 0.044 0.136 0.205 111 M 0.006 0.016 0.425 0.017 0.050 0.082 0.006 0.001 0.012 0.157 0.043 0.027 0.158 112 A 0.001 0.009 0.680 0.007 0.030 0.045 0.001 0.001 0.006 0.149 0.018 0.033 0.022 113 P 0.001 0.016 0.258 0.005 0.163 0.108 0.001 0.001 0.003 0.122 0.284 0.003 0.035 114 E 0.001 0.012 0.175 0.003 0.245 0.095 0.001 0.001 0.003 0.137 0.315 0.005 0.007 115 Q 0.002 0.014 0.318 0.001 0.195 0.072 0.001 0.001 0.010 0.230 0.123 0.022 0.012 116 K 0.001 0.019 0.501 0.001 0.110 0.079 0.001 0.001 0.007 0.100 0.158 0.002 0.023 117 L 0.001 0.008 0.491 0.001 0.057 0.172 0.001 0.001 0.002 0.168 0.095 0.002 0.003 118 A 0.001 0.003 0.090 0.001 0.055 0.630 0.001 0.001 0.001 0.081 0.139 0.001 0.001 119 P 0.001 0.001 0.034 0.001 0.037 0.789 0.001 0.001 0.001 0.045 0.093 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.013 0.936 0.001 0.001 0.001 0.014 0.018 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 123 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 135 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.001 0.001 138 Q 0.001 0.001 0.017 0.001 0.014 0.876 0.001 0.001 0.001 0.009 0.080 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.033 0.001 0.031 0.826 0.001 0.001 0.001 0.026 0.080 0.001 0.002 140 L 0.001 0.006 0.054 0.001 0.031 0.678 0.001 0.001 0.001 0.067 0.156 0.002 0.004 141 R 0.001 0.027 0.160 0.001 0.028 0.456 0.001 0.001 0.002 0.108 0.210 0.002 0.005 142 D 0.001 0.009 0.623 0.001 0.020 0.083 0.001 0.001 0.002 0.214 0.043 0.002 0.004 143 P 0.001 0.001 0.052 0.001 0.131 0.096 0.001 0.001 0.001 0.055 0.662 0.001 0.001 144 E 0.001 0.002 0.034 0.001 0.103 0.047 0.001 0.001 0.001 0.080 0.731 0.001 0.001 145 G 0.001 0.015 0.347 0.001 0.153 0.104 0.001 0.001 0.002 0.236 0.126 0.004 0.011 146 H 0.002 0.019 0.403 0.002 0.050 0.136 0.001 0.001 0.007 0.301 0.051 0.012 0.015 147 G 0.003 0.031 0.447 0.003 0.065 0.159 0.001 0.001 0.009 0.131 0.102 0.013 0.037 148 I 0.003 0.028 0.571 0.001 0.054 0.096 0.001 0.001 0.006 0.093 0.111 0.010 0.026 149 F 0.001 0.021 0.767 0.001 0.020 0.048 0.001 0.001 0.009 0.037 0.072 0.009 0.015 150 E 0.001 0.003 0.953 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.001 0.006