# TARGET T0495 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1414 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.146 0.098 0.036 0.090 0.083 0.092 0.126 0.106 0.098 0.075 0.050 2 P 0.252 0.165 0.052 0.115 0.100 0.082 0.086 0.056 0.046 0.030 0.017 3 M 0.316 0.131 0.063 0.116 0.099 0.080 0.076 0.049 0.037 0.022 0.011 4 T 0.291 0.165 0.057 0.141 0.107 0.073 0.071 0.041 0.029 0.017 0.008 5 L 0.095 0.057 0.045 0.100 0.111 0.117 0.147 0.115 0.101 0.071 0.042 6 D 0.140 0.153 0.090 0.164 0.115 0.092 0.104 0.060 0.040 0.026 0.015 7 L 0.033 0.033 0.039 0.071 0.089 0.118 0.184 0.149 0.133 0.092 0.059 8 Q 0.249 0.224 0.113 0.158 0.100 0.060 0.047 0.021 0.014 0.008 0.005 9 P 0.131 0.143 0.092 0.206 0.150 0.103 0.092 0.037 0.026 0.015 0.008 10 G 0.115 0.038 0.035 0.064 0.071 0.090 0.153 0.117 0.135 0.100 0.081 11 Q 0.057 0.046 0.071 0.179 0.162 0.171 0.164 0.069 0.047 0.023 0.012 12 R 0.025 0.045 0.150 0.171 0.158 0.163 0.152 0.068 0.038 0.020 0.010 13 L 0.004 0.008 0.039 0.023 0.021 0.027 0.085 0.121 0.191 0.239 0.242 14 A 0.006 0.014 0.045 0.047 0.064 0.089 0.189 0.165 0.176 0.129 0.076 15 R 0.027 0.050 0.173 0.164 0.130 0.119 0.127 0.068 0.064 0.048 0.030 16 G 0.010 0.020 0.058 0.069 0.098 0.138 0.237 0.146 0.113 0.071 0.040 17 V 0.001 0.004 0.015 0.010 0.007 0.009 0.046 0.089 0.217 0.299 0.303 18 A 0.001 0.002 0.011 0.023 0.046 0.100 0.222 0.155 0.178 0.145 0.117 19 R 0.015 0.028 0.278 0.142 0.103 0.116 0.138 0.069 0.058 0.034 0.020 20 H 0.002 0.005 0.025 0.049 0.071 0.120 0.280 0.184 0.133 0.084 0.048 21 L 0.001 0.001 0.008 0.005 0.003 0.004 0.018 0.052 0.163 0.303 0.442 22 R 0.002 0.006 0.038 0.085 0.149 0.211 0.261 0.118 0.073 0.036 0.020 23 A 0.020 0.044 0.364 0.173 0.121 0.097 0.087 0.040 0.030 0.014 0.010 24 H 0.015 0.023 0.026 0.066 0.097 0.175 0.303 0.145 0.083 0.048 0.018 25 G 0.396 0.181 0.060 0.122 0.067 0.048 0.050 0.029 0.023 0.014 0.008 26 F 0.011 0.025 0.021 0.053 0.063 0.086 0.134 0.143 0.162 0.158 0.145 27 V 0.024 0.043 0.033 0.081 0.109 0.131 0.204 0.141 0.116 0.072 0.046 28 S 0.029 0.044 0.023 0.072 0.081 0.094 0.174 0.148 0.145 0.108 0.084 29 V 0.012 0.010 0.006 0.020 0.024 0.038 0.088 0.123 0.196 0.234 0.250 30 E 0.088 0.086 0.056 0.159 0.165 0.128 0.119 0.077 0.065 0.033 0.023 31 E 0.091 0.062 0.038 0.097 0.083 0.094 0.156 0.120 0.108 0.088 0.065 32 F 0.029 0.038 0.029 0.081 0.085 0.092 0.146 0.132 0.140 0.130 0.097 33 V 0.063 0.070 0.032 0.087 0.091 0.105 0.148 0.117 0.118 0.092 0.077 34 P 0.162 0.106 0.056 0.137 0.108 0.102 0.109 0.072 0.060 0.047 0.040 35 A 0.263 0.114 0.061 0.110 0.095 0.088 0.100 0.059 0.049 0.035 0.024 36 R 0.302 0.200 0.068 0.177 0.098 0.060 0.047 0.021 0.015 0.009 0.005 37 G 0.313 0.122 0.044 0.111 0.086 0.070 0.065 0.050 0.051 0.046 0.045 38 L 0.028 0.069 0.035 0.118 0.130 0.142 0.191 0.119 0.087 0.054 0.029 39 R 0.013 0.027 0.023 0.103 0.144 0.163 0.202 0.126 0.093 0.061 0.045 40 V 0.003 0.002 0.002 0.006 0.009 0.016 0.060 0.130 0.233 0.262 0.276 41 D 0.004 0.008 0.008 0.053 0.078 0.113 0.229 0.188 0.154 0.096 0.069 42 V 0.001 0.002 0.003 0.007 0.007 0.015 0.048 0.100 0.198 0.298 0.320 43 M 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.029 0.100 0.167 0.237 0.237 0.203 44 G 0.002 0.005 0.005 0.017 0.022 0.039 0.127 0.163 0.223 0.219 0.178 45 L 0.001 0.003 0.003 0.019 0.028 0.042 0.104 0.137 0.197 0.227 0.239 46 G 0.017 0.039 0.018 0.125 0.166 0.181 0.198 0.123 0.084 0.033 0.017 47 P 0.279 0.139 0.060 0.163 0.106 0.098 0.077 0.037 0.021 0.013 0.006 48 K 0.467 0.280 0.077 0.121 0.036 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 49 G 0.045 0.055 0.021 0.105 0.117 0.161 0.210 0.124 0.088 0.050 0.024 50 E 0.023 0.114 0.066 0.269 0.250 0.144 0.082 0.027 0.014 0.007 0.005 51 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.030 0.141 0.224 0.265 0.206 0.113 52 W 0.001 0.002 0.002 0.029 0.081 0.137 0.273 0.226 0.139 0.076 0.037 53 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.063 0.137 0.231 0.288 0.252 54 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.018 0.098 0.206 0.293 0.235 0.135 55 E 0.001 0.002 0.002 0.009 0.011 0.024 0.113 0.195 0.260 0.236 0.148 56 C 0.001 0.002 0.004 0.013 0.012 0.019 0.069 0.131 0.238 0.306 0.206 57 K 0.003 0.010 0.011 0.053 0.088 0.122 0.227 0.221 0.159 0.072 0.034 58 S 0.013 0.029 0.020 0.055 0.074 0.091 0.180 0.195 0.172 0.120 0.053 59 S 0.020 0.068 0.047 0.149 0.137 0.122 0.161 0.129 0.092 0.051 0.023 60 R 0.064 0.083 0.052 0.210 0.228 0.159 0.121 0.046 0.024 0.009 0.004 61 A 0.504 0.134 0.107 0.127 0.058 0.032 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 62 D 0.022 0.055 0.037 0.132 0.137 0.163 0.217 0.115 0.077 0.034 0.012 63 F 0.023 0.016 0.025 0.028 0.029 0.053 0.143 0.174 0.211 0.181 0.116 64 Q 0.081 0.100 0.182 0.242 0.179 0.102 0.067 0.025 0.012 0.006 0.003 65 A 0.033 0.073 0.206 0.175 0.140 0.125 0.120 0.057 0.040 0.022 0.010 66 D 0.027 0.036 0.052 0.099 0.097 0.122 0.194 0.132 0.112 0.086 0.043 67 A 0.288 0.162 0.155 0.133 0.090 0.060 0.063 0.025 0.014 0.006 0.003 68 K 0.074 0.120 0.201 0.173 0.119 0.095 0.102 0.053 0.034 0.020 0.009 69 W 0.012 0.021 0.028 0.056 0.092 0.156 0.288 0.145 0.106 0.064 0.033 70 Q 0.178 0.160 0.216 0.240 0.112 0.048 0.028 0.009 0.005 0.002 0.001 71 G 0.098 0.127 0.174 0.237 0.169 0.100 0.064 0.018 0.007 0.003 0.001 72 Y 0.005 0.009 0.022 0.032 0.036 0.059 0.176 0.193 0.220 0.164 0.084 73 L 0.010 0.014 0.037 0.084 0.138 0.215 0.268 0.111 0.073 0.035 0.015 74 E 0.037 0.071 0.413 0.261 0.118 0.055 0.031 0.009 0.004 0.001 0.001 75 W 0.002 0.007 0.024 0.036 0.052 0.106 0.293 0.194 0.155 0.095 0.033 76 C 0.003 0.003 0.010 0.013 0.014 0.021 0.094 0.153 0.251 0.257 0.182 77 D 0.006 0.014 0.078 0.146 0.186 0.188 0.180 0.099 0.058 0.031 0.014 78 R 0.002 0.007 0.066 0.060 0.090 0.149 0.264 0.171 0.114 0.059 0.019 79 Y 0.001 0.002 0.009 0.007 0.006 0.011 0.059 0.138 0.255 0.299 0.212 80 F 0.001 0.002 0.007 0.012 0.018 0.045 0.164 0.209 0.231 0.195 0.117 81 W 0.002 0.006 0.048 0.030 0.030 0.039 0.120 0.181 0.236 0.191 0.117 82 A 0.001 0.002 0.009 0.010 0.011 0.024 0.090 0.144 0.244 0.258 0.205 83 V 0.004 0.009 0.015 0.042 0.054 0.076 0.184 0.185 0.198 0.139 0.093 84 D 0.041 0.072 0.050 0.134 0.175 0.166 0.180 0.092 0.059 0.023 0.009 85 M 0.099 0.061 0.060 0.131 0.129 0.137 0.160 0.098 0.066 0.040 0.018 86 E 0.258 0.227 0.084 0.182 0.117 0.056 0.045 0.016 0.010 0.004 0.002 87 F 0.001 0.003 0.002 0.008 0.016 0.035 0.107 0.162 0.222 0.227 0.218 88 P 0.158 0.428 0.086 0.157 0.085 0.042 0.025 0.009 0.006 0.003 0.003 89 A 0.080 0.044 0.027 0.107 0.149 0.170 0.198 0.098 0.071 0.036 0.019 90 E 0.640 0.156 0.047 0.084 0.038 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 91 L 0.017 0.054 0.030 0.124 0.152 0.177 0.199 0.100 0.079 0.040 0.028 92 L 0.003 0.006 0.003 0.012 0.021 0.050 0.118 0.144 0.175 0.202 0.267 93 P 0.083 0.131 0.077 0.137 0.141 0.131 0.148 0.062 0.042 0.027 0.023 94 A 0.543 0.148 0.106 0.124 0.047 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 95 E 0.248 0.195 0.069 0.225 0.128 0.072 0.040 0.012 0.006 0.003 0.002 96 S 0.001 0.004 0.004 0.023 0.045 0.096 0.188 0.192 0.202 0.145 0.100 97 G 0.008 0.021 0.016 0.063 0.103 0.178 0.261 0.151 0.101 0.059 0.038 98 L 0.001 0.002 0.003 0.010 0.017 0.040 0.134 0.182 0.214 0.211 0.184 99 L 0.002 0.002 0.003 0.009 0.012 0.022 0.080 0.139 0.207 0.254 0.271 100 I 0.003 0.007 0.006 0.038 0.045 0.059 0.131 0.151 0.188 0.185 0.185 101 A 0.004 0.007 0.009 0.028 0.037 0.051 0.113 0.154 0.230 0.206 0.160 102 D 0.029 0.057 0.037 0.167 0.166 0.157 0.165 0.100 0.065 0.036 0.021 103 A 0.088 0.085 0.057 0.137 0.133 0.114 0.139 0.093 0.072 0.049 0.034 104 Y 0.068 0.075 0.051 0.146 0.147 0.149 0.163 0.089 0.057 0.035 0.020 105 D 0.268 0.242 0.101 0.186 0.102 0.053 0.028 0.009 0.006 0.003 0.002 106 A 0.013 0.009 0.007 0.018 0.019 0.031 0.091 0.129 0.218 0.240 0.226 107 E 0.066 0.117 0.091 0.227 0.178 0.138 0.101 0.038 0.024 0.012 0.008 108 I 0.008 0.010 0.014 0.020 0.022 0.030 0.094 0.137 0.216 0.214 0.235 109 V 0.018 0.023 0.026 0.092 0.115 0.138 0.191 0.130 0.112 0.085 0.070 110 R 0.029 0.048 0.061 0.112 0.121 0.130 0.177 0.116 0.105 0.065 0.036 111 M 0.129 0.139 0.121 0.218 0.147 0.093 0.074 0.033 0.024 0.014 0.008 112 A 0.026 0.030 0.020 0.036 0.047 0.062 0.138 0.146 0.184 0.177 0.134 113 P 0.210 0.239 0.103 0.152 0.102 0.067 0.058 0.028 0.021 0.012 0.008 114 E 0.333 0.152 0.085 0.141 0.120 0.074 0.054 0.020 0.013 0.006 0.003 115 Q 0.362 0.159 0.118 0.146 0.084 0.055 0.040 0.017 0.010 0.005 0.003 116 K 0.312 0.150 0.102 0.165 0.104 0.073 0.052 0.020 0.013 0.006 0.003 117 L 0.035 0.028 0.019 0.032 0.037 0.062 0.138 0.162 0.179 0.177 0.131 118 A 0.156 0.215 0.121 0.127 0.098 0.089 0.089 0.045 0.031 0.020 0.010 119 P 0.324 0.129 0.135 0.162 0.095 0.067 0.048 0.018 0.013 0.007 0.003 120 A 0.235 0.077 0.093 0.079 0.065 0.067 0.113 0.077 0.080 0.064 0.049 121 R 0.071 0.090 0.153 0.201 0.132 0.100 0.097 0.059 0.050 0.030 0.018 122 R 0.028 0.045 0.067 0.072 0.080 0.121 0.197 0.148 0.124 0.082 0.036 123 K 0.034 0.042 0.220 0.163 0.159 0.165 0.130 0.046 0.026 0.011 0.005 124 V 0.104 0.064 0.217 0.164 0.125 0.103 0.118 0.047 0.032 0.017 0.008 125 L 0.005 0.017 0.069 0.099 0.091 0.106 0.184 0.145 0.138 0.092 0.054 126 I 0.001 0.004 0.049 0.014 0.017 0.030 0.121 0.169 0.236 0.204 0.155 127 Q 0.006 0.012 0.285 0.153 0.166 0.158 0.131 0.045 0.026 0.012 0.005 128 K 0.007 0.028 0.288 0.217 0.194 0.133 0.090 0.025 0.011 0.004 0.002 129 F 0.001 0.002 0.016 0.011 0.012 0.021 0.092 0.139 0.240 0.245 0.221 130 A 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.012 0.088 0.152 0.257 0.259 0.217 131 T 0.003 0.006 0.256 0.172 0.190 0.184 0.122 0.035 0.019 0.009 0.004 132 H 0.001 0.005 0.064 0.078 0.137 0.229 0.308 0.102 0.045 0.021 0.008 133 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.035 0.080 0.219 0.308 0.349 134 A 0.002 0.001 0.016 0.009 0.010 0.029 0.140 0.155 0.214 0.229 0.194 135 R 0.002 0.009 0.288 0.244 0.194 0.128 0.081 0.031 0.014 0.007 0.003 136 R 0.001 0.004 0.051 0.027 0.040 0.087 0.234 0.158 0.162 0.133 0.101 137 L 0.001 0.001 0.009 0.006 0.006 0.012 0.060 0.106 0.234 0.293 0.272 138 Q 0.004 0.008 0.094 0.072 0.096 0.158 0.262 0.141 0.092 0.050 0.024 139 A 0.005 0.021 0.177 0.107 0.127 0.160 0.195 0.095 0.059 0.036 0.018 140 L 0.013 0.018 0.039 0.042 0.048 0.071 0.183 0.152 0.177 0.159 0.097 141 R 0.128 0.097 0.093 0.119 0.105 0.103 0.129 0.083 0.071 0.045 0.028 142 D 0.071 0.120 0.092 0.125 0.112 0.110 0.133 0.091 0.072 0.048 0.025 143 P 0.239 0.148 0.069 0.112 0.103 0.089 0.092 0.057 0.046 0.030 0.016 144 E 0.525 0.181 0.055 0.089 0.058 0.032 0.029 0.014 0.009 0.005 0.003 145 G 0.322 0.116 0.048 0.099 0.074 0.065 0.087 0.061 0.057 0.042 0.028 146 H 0.123 0.121 0.061 0.152 0.126 0.113 0.117 0.073 0.057 0.037 0.020 147 G 0.286 0.223 0.096 0.137 0.083 0.059 0.049 0.029 0.020 0.012 0.007 148 I 0.185 0.089 0.062 0.108 0.093 0.096 0.118 0.089 0.074 0.055 0.031 149 F 0.183 0.117 0.058 0.112 0.109 0.097 0.117 0.074 0.066 0.043 0.025 150 E 0.297 0.212 0.088 0.159 0.091 0.051 0.039 0.024 0.020 0.012 0.007