# TARGET T0495 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1414 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.240 0.401 0.007 0.020 0.031 0.019 0.001 0.223 0.001 0.001 2 P 0.367 0.007 0.536 0.026 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 3 M 0.274 0.100 0.212 0.252 0.043 0.050 0.035 0.011 0.016 0.006 0.001 4 T 0.302 0.171 0.214 0.173 0.061 0.024 0.019 0.009 0.020 0.005 0.001 5 L 0.580 0.087 0.155 0.094 0.025 0.012 0.017 0.008 0.014 0.006 0.001 6 D 0.459 0.068 0.193 0.161 0.012 0.057 0.025 0.005 0.018 0.002 0.001 7 L 0.378 0.095 0.293 0.153 0.012 0.041 0.011 0.002 0.013 0.001 0.002 8 Q 0.251 0.182 0.373 0.005 0.042 0.011 0.019 0.002 0.102 0.012 0.001 9 P 0.635 0.002 0.304 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 10 G 0.820 0.012 0.033 0.040 0.013 0.002 0.012 0.058 0.001 0.008 0.001 11 Q 0.919 0.019 0.031 0.020 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.921 0.029 0.023 0.011 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 L 0.922 0.033 0.011 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 A 0.938 0.022 0.019 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 R 0.910 0.011 0.014 0.053 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.881 0.002 0.006 0.014 0.005 0.002 0.017 0.062 0.001 0.010 0.001 17 V 0.969 0.005 0.004 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.990 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 R 0.988 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.952 0.004 0.004 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.129 0.006 0.010 0.845 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 25 G 0.008 0.001 0.004 0.010 0.006 0.001 0.388 0.542 0.001 0.039 0.001 26 F 0.052 0.389 0.365 0.060 0.076 0.036 0.008 0.002 0.007 0.005 0.001 27 V 0.024 0.638 0.173 0.025 0.080 0.028 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 28 S 0.018 0.432 0.445 0.006 0.032 0.054 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 29 V 0.031 0.707 0.108 0.012 0.056 0.026 0.002 0.001 0.057 0.001 0.001 30 E 0.188 0.279 0.404 0.024 0.066 0.021 0.004 0.002 0.008 0.005 0.001 31 E 0.179 0.435 0.210 0.056 0.066 0.028 0.005 0.002 0.017 0.001 0.001 32 F 0.110 0.422 0.230 0.072 0.066 0.039 0.014 0.003 0.039 0.004 0.001 33 V 0.032 0.364 0.381 0.004 0.023 0.031 0.009 0.001 0.154 0.001 0.001 34 P 0.036 0.006 0.912 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 35 A 0.869 0.010 0.058 0.045 0.003 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 36 R 0.169 0.021 0.065 0.678 0.010 0.004 0.040 0.005 0.006 0.002 0.001 37 G 0.019 0.002 0.044 0.014 0.029 0.001 0.087 0.674 0.002 0.128 0.001 38 L 0.113 0.239 0.499 0.054 0.039 0.036 0.005 0.002 0.008 0.002 0.002 39 R 0.055 0.409 0.369 0.043 0.024 0.052 0.009 0.002 0.035 0.002 0.001 40 V 0.033 0.454 0.382 0.010 0.057 0.037 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 41 D 0.231 0.255 0.247 0.065 0.022 0.134 0.008 0.001 0.035 0.001 0.002 42 V 0.026 0.789 0.084 0.013 0.047 0.017 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 43 M 0.029 0.765 0.116 0.011 0.031 0.020 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 44 G 0.022 0.570 0.126 0.014 0.172 0.037 0.013 0.005 0.038 0.003 0.001 45 L 0.046 0.502 0.169 0.120 0.070 0.050 0.008 0.001 0.031 0.002 0.001 46 G 0.020 0.079 0.438 0.004 0.198 0.023 0.023 0.006 0.054 0.153 0.001 47 P 0.820 0.003 0.058 0.062 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 48 K 0.131 0.063 0.180 0.504 0.018 0.009 0.074 0.006 0.012 0.002 0.001 49 G 0.004 0.004 0.016 0.010 0.038 0.001 0.124 0.741 0.001 0.061 0.001 50 E 0.020 0.419 0.433 0.023 0.054 0.030 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 51 I 0.002 0.766 0.191 0.001 0.017 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 52 W 0.006 0.718 0.227 0.004 0.013 0.021 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 53 V 0.001 0.806 0.150 0.001 0.024 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 54 I 0.001 0.868 0.072 0.001 0.015 0.019 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 55 E 0.004 0.642 0.269 0.001 0.013 0.043 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 56 C 0.028 0.548 0.306 0.008 0.022 0.060 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 57 K 0.045 0.458 0.295 0.017 0.082 0.056 0.015 0.002 0.026 0.003 0.001 58 S 0.115 0.239 0.305 0.051 0.213 0.027 0.016 0.008 0.013 0.013 0.001 59 S 0.186 0.201 0.259 0.050 0.218 0.038 0.005 0.008 0.017 0.017 0.001 60 R 0.860 0.026 0.023 0.067 0.006 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 61 A 0.876 0.014 0.025 0.061 0.006 0.004 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 62 D 0.680 0.013 0.028 0.219 0.005 0.020 0.020 0.002 0.013 0.001 0.001 63 F 0.796 0.022 0.043 0.100 0.005 0.012 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 64 Q 0.854 0.026 0.038 0.066 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 65 A 0.813 0.018 0.031 0.105 0.007 0.007 0.008 0.004 0.005 0.003 0.001 66 D 0.757 0.023 0.057 0.108 0.006 0.018 0.018 0.001 0.010 0.001 0.001 67 A 0.831 0.013 0.036 0.074 0.006 0.010 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 68 K 0.714 0.033 0.058 0.165 0.005 0.010 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 69 W 0.564 0.058 0.225 0.074 0.011 0.028 0.016 0.003 0.016 0.005 0.001 70 Q 0.788 0.013 0.105 0.066 0.007 0.006 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 71 G 0.638 0.005 0.028 0.051 0.028 0.002 0.021 0.169 0.002 0.057 0.001 72 Y 0.863 0.009 0.029 0.080 0.003 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 73 L 0.865 0.028 0.041 0.043 0.002 0.009 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 74 E 0.802 0.019 0.066 0.087 0.008 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 75 W 0.630 0.012 0.025 0.204 0.017 0.009 0.046 0.040 0.009 0.007 0.001 76 C 0.399 0.114 0.294 0.083 0.023 0.056 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 77 D 0.785 0.014 0.018 0.158 0.004 0.009 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 78 R 0.134 0.501 0.059 0.108 0.170 0.009 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 79 Y 0.097 0.656 0.116 0.032 0.034 0.024 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 80 F 0.076 0.691 0.089 0.014 0.041 0.033 0.003 0.001 0.053 0.001 0.001 81 W 0.108 0.513 0.163 0.042 0.040 0.072 0.008 0.001 0.052 0.001 0.001 82 A 0.106 0.339 0.238 0.070 0.087 0.066 0.021 0.005 0.060 0.006 0.002 83 V 0.174 0.313 0.287 0.086 0.066 0.041 0.009 0.001 0.018 0.004 0.002 84 D 0.053 0.108 0.535 0.038 0.072 0.120 0.019 0.003 0.044 0.006 0.002 85 M 0.766 0.023 0.050 0.122 0.009 0.009 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 86 E 0.307 0.037 0.057 0.535 0.005 0.016 0.020 0.006 0.015 0.001 0.001 87 F 0.014 0.273 0.433 0.006 0.018 0.028 0.012 0.001 0.216 0.001 0.001 88 P 0.036 0.005 0.878 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 89 A 0.647 0.040 0.174 0.082 0.018 0.011 0.007 0.012 0.004 0.004 0.001 90 E 0.609 0.067 0.164 0.102 0.018 0.014 0.012 0.004 0.007 0.002 0.001 91 L 0.308 0.054 0.256 0.327 0.006 0.031 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 92 L 0.027 0.244 0.508 0.004 0.029 0.025 0.015 0.001 0.145 0.002 0.001 93 P 0.047 0.003 0.891 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 94 A 0.656 0.020 0.188 0.083 0.016 0.009 0.005 0.014 0.002 0.005 0.003 95 E 0.351 0.133 0.167 0.183 0.086 0.020 0.026 0.014 0.014 0.005 0.001 96 S 0.110 0.251 0.219 0.293 0.093 0.009 0.008 0.003 0.010 0.002 0.001 97 G 0.020 0.038 0.072 0.013 0.349 0.002 0.029 0.117 0.004 0.355 0.001 98 L 0.013 0.550 0.318 0.006 0.074 0.022 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 99 L 0.011 0.726 0.173 0.003 0.012 0.050 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 100 I 0.011 0.740 0.142 0.010 0.023 0.040 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 101 A 0.059 0.515 0.206 0.018 0.101 0.054 0.004 0.001 0.040 0.002 0.001 102 D 0.083 0.172 0.254 0.069 0.161 0.127 0.044 0.003 0.073 0.011 0.002 103 A 0.533 0.034 0.057 0.266 0.033 0.013 0.026 0.021 0.007 0.008 0.002 104 Y 0.341 0.143 0.144 0.280 0.042 0.010 0.018 0.005 0.013 0.004 0.001 105 D 0.174 0.043 0.084 0.255 0.041 0.028 0.284 0.061 0.016 0.014 0.001 106 A 0.106 0.232 0.331 0.052 0.181 0.010 0.023 0.029 0.009 0.027 0.001 107 E 0.098 0.505 0.261 0.025 0.060 0.026 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 108 I 0.098 0.493 0.331 0.008 0.016 0.039 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 109 V 0.153 0.579 0.087 0.078 0.044 0.029 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 110 R 0.069 0.546 0.265 0.009 0.063 0.024 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 111 M 0.097 0.141 0.556 0.043 0.016 0.069 0.015 0.002 0.055 0.001 0.005 112 A 0.083 0.047 0.675 0.001 0.048 0.007 0.007 0.007 0.027 0.094 0.002 113 P 0.575 0.006 0.304 0.020 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 114 E 0.743 0.025 0.053 0.145 0.008 0.009 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 115 Q 0.565 0.069 0.118 0.163 0.029 0.010 0.024 0.006 0.012 0.004 0.001 116 K 0.642 0.022 0.112 0.115 0.006 0.041 0.041 0.004 0.013 0.002 0.002 117 L 0.370 0.084 0.335 0.121 0.014 0.042 0.011 0.002 0.018 0.001 0.002 118 A 0.479 0.032 0.423 0.006 0.016 0.006 0.005 0.003 0.010 0.018 0.002 119 P 0.719 0.003 0.206 0.029 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 120 A 0.844 0.009 0.093 0.030 0.003 0.005 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 121 R 0.955 0.005 0.013 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.969 0.004 0.007 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 K 0.987 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.974 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.959 0.003 0.005 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.834 0.010 0.018 0.120 0.005 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 140 L 0.578 0.047 0.106 0.222 0.009 0.018 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 141 R 0.271 0.142 0.139 0.351 0.021 0.043 0.011 0.003 0.017 0.002 0.001 142 D 0.010 0.108 0.491 0.005 0.036 0.075 0.015 0.001 0.257 0.003 0.001 143 P 0.930 0.001 0.026 0.033 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 144 E 0.452 0.009 0.038 0.469 0.004 0.006 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 145 G 0.241 0.027 0.132 0.266 0.045 0.013 0.074 0.160 0.009 0.032 0.001 146 H 0.288 0.139 0.274 0.217 0.027 0.011 0.021 0.005 0.013 0.004 0.001 147 G 0.155 0.048 0.267 0.042 0.128 0.010 0.043 0.137 0.005 0.162 0.001 148 I 0.267 0.330 0.222 0.114 0.030 0.021 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 149 F 0.141 0.250 0.344 0.093 0.054 0.061 0.014 0.004 0.034 0.006 0.001 150 E 0.301 0.219 0.214 0.084 0.083 0.026 0.025 0.011 0.021 0.014 0.001