# TARGET T0495 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.207 0.217 0.060 0.180 0.024 0.032 0.075 0.036 0.042 0.037 2 P 0.072 0.248 0.132 0.041 0.142 0.051 0.038 0.080 0.049 0.089 0.058 3 M 0.124 0.182 0.066 0.019 0.271 0.011 0.023 0.104 0.091 0.062 0.045 4 T 0.017 0.037 0.041 0.038 0.025 0.020 0.025 0.254 0.292 0.216 0.035 5 L 0.028 0.089 0.030 0.012 0.060 0.023 0.097 0.374 0.169 0.102 0.016 6 D 0.098 0.161 0.072 0.015 0.129 0.008 0.022 0.226 0.095 0.123 0.051 7 L 0.028 0.258 0.133 0.031 0.069 0.027 0.038 0.284 0.064 0.049 0.019 8 Q 0.028 0.209 0.088 0.008 0.069 0.007 0.015 0.476 0.065 0.021 0.014 9 P 0.005 0.019 0.011 0.001 0.007 0.002 0.007 0.819 0.101 0.023 0.005 10 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.911 0.077 0.003 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.040 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.037 0.003 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.051 0.004 0.001 14 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.931 0.055 0.004 0.001 15 R 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.003 0.013 0.931 0.038 0.004 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.028 0.006 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.054 0.002 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.023 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.033 0.002 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.868 0.107 0.003 0.001 23 A 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.006 0.095 0.790 0.089 0.010 0.001 24 H 0.001 0.725 0.256 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 G 0.035 0.003 0.002 0.007 0.005 0.002 0.004 0.007 0.014 0.469 0.451 26 F 0.059 0.475 0.086 0.008 0.272 0.004 0.005 0.018 0.018 0.037 0.018 27 V 0.139 0.209 0.025 0.007 0.546 0.004 0.006 0.013 0.006 0.009 0.035 28 S 0.241 0.186 0.072 0.008 0.390 0.010 0.011 0.013 0.009 0.021 0.039 29 V 0.174 0.218 0.092 0.029 0.320 0.011 0.011 0.027 0.030 0.032 0.054 30 E 0.079 0.189 0.126 0.037 0.236 0.029 0.055 0.102 0.068 0.048 0.030 31 E 0.182 0.164 0.084 0.006 0.349 0.005 0.019 0.045 0.035 0.069 0.041 32 F 0.092 0.364 0.133 0.007 0.332 0.005 0.006 0.014 0.006 0.018 0.022 33 V 0.034 0.551 0.119 0.007 0.258 0.003 0.003 0.007 0.002 0.005 0.011 34 P 0.049 0.347 0.471 0.010 0.066 0.003 0.004 0.017 0.013 0.006 0.012 35 A 0.022 0.027 0.065 0.033 0.023 0.065 0.125 0.501 0.121 0.009 0.009 36 R 0.007 0.339 0.142 0.198 0.035 0.057 0.082 0.049 0.025 0.057 0.009 37 G 0.008 0.027 0.043 0.199 0.010 0.033 0.009 0.014 0.027 0.531 0.101 38 L 0.049 0.329 0.190 0.021 0.192 0.012 0.026 0.058 0.046 0.061 0.017 39 R 0.124 0.335 0.148 0.009 0.280 0.004 0.019 0.011 0.013 0.017 0.039 40 V 0.312 0.202 0.023 0.003 0.361 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.084 41 D 0.064 0.086 0.024 0.025 0.227 0.326 0.201 0.015 0.009 0.014 0.010 42 V 0.529 0.016 0.001 0.001 0.385 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.060 43 M 0.281 0.082 0.009 0.017 0.495 0.055 0.017 0.006 0.002 0.008 0.026 44 G 0.209 0.138 0.011 0.001 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.060 45 L 0.142 0.230 0.015 0.011 0.456 0.005 0.002 0.003 0.002 0.029 0.106 46 G 0.005 0.113 0.655 0.203 0.007 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 47 P 0.001 0.002 0.014 0.017 0.001 0.028 0.065 0.478 0.390 0.004 0.001 48 K 0.002 0.670 0.220 0.038 0.020 0.006 0.011 0.012 0.016 0.005 0.001 49 G 0.015 0.028 0.013 0.008 0.027 0.002 0.001 0.003 0.014 0.415 0.473 50 E 0.114 0.258 0.015 0.001 0.561 0.004 0.009 0.006 0.007 0.011 0.014 51 I 0.373 0.022 0.001 0.001 0.576 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 52 W 0.223 0.032 0.002 0.006 0.665 0.014 0.024 0.009 0.002 0.003 0.020 53 V 0.256 0.035 0.002 0.002 0.663 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.029 54 I 0.174 0.051 0.006 0.002 0.719 0.001 0.003 0.004 0.001 0.005 0.034 55 E 0.241 0.089 0.008 0.001 0.575 0.004 0.008 0.005 0.004 0.022 0.042 56 C 0.179 0.158 0.043 0.006 0.475 0.006 0.010 0.012 0.008 0.021 0.080 57 K 0.177 0.073 0.023 0.010 0.203 0.026 0.063 0.030 0.036 0.219 0.139 58 S 0.055 0.268 0.228 0.075 0.171 0.032 0.031 0.017 0.020 0.070 0.034 59 S 0.003 0.565 0.379 0.013 0.027 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 60 R 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.012 0.469 0.486 0.012 0.002 61 A 0.001 0.004 0.005 0.005 0.001 0.017 0.040 0.675 0.233 0.018 0.002 62 D 0.039 0.017 0.003 0.001 0.070 0.004 0.039 0.526 0.174 0.107 0.019 63 F 0.012 0.014 0.007 0.003 0.016 0.006 0.009 0.474 0.326 0.124 0.008 64 Q 0.016 0.044 0.014 0.008 0.034 0.008 0.063 0.563 0.189 0.049 0.013 65 A 0.020 0.098 0.037 0.016 0.039 0.016 0.038 0.344 0.157 0.214 0.020 66 D 0.051 0.155 0.062 0.013 0.132 0.010 0.082 0.252 0.143 0.071 0.028 67 A 0.035 0.031 0.022 0.015 0.045 0.013 0.041 0.303 0.292 0.149 0.055 68 K 0.021 0.141 0.074 0.017 0.065 0.016 0.078 0.323 0.140 0.111 0.015 69 W 0.060 0.086 0.035 0.010 0.109 0.011 0.021 0.330 0.203 0.104 0.032 70 Q 0.005 0.033 0.021 0.011 0.017 0.028 0.076 0.604 0.188 0.013 0.004 71 G 0.026 0.019 0.010 0.006 0.027 0.008 0.043 0.463 0.187 0.181 0.030 72 Y 0.026 0.059 0.042 0.016 0.035 0.009 0.018 0.380 0.177 0.211 0.026 73 L 0.018 0.057 0.013 0.008 0.048 0.009 0.019 0.552 0.224 0.043 0.008 74 E 0.005 0.012 0.009 0.013 0.008 0.013 0.078 0.689 0.146 0.022 0.004 75 W 0.012 0.010 0.010 0.011 0.016 0.015 0.064 0.505 0.142 0.199 0.017 76 C 0.059 0.055 0.009 0.005 0.074 0.005 0.025 0.478 0.205 0.057 0.029 77 D 0.011 0.012 0.007 0.008 0.018 0.019 0.083 0.522 0.243 0.069 0.009 78 R 0.027 0.043 0.009 0.006 0.059 0.015 0.137 0.456 0.154 0.080 0.013 79 Y 0.172 0.068 0.015 0.009 0.307 0.011 0.033 0.157 0.088 0.089 0.052 80 F 0.165 0.080 0.023 0.028 0.236 0.040 0.085 0.149 0.069 0.065 0.060 81 W 0.124 0.171 0.034 0.015 0.312 0.017 0.040 0.097 0.061 0.080 0.049 82 A 0.159 0.138 0.054 0.029 0.205 0.012 0.021 0.030 0.037 0.203 0.112 83 V 0.012 0.309 0.530 0.055 0.067 0.004 0.003 0.005 0.003 0.007 0.005 84 D 0.018 0.406 0.254 0.036 0.093 0.011 0.015 0.082 0.062 0.016 0.007 85 M 0.004 0.014 0.014 0.011 0.011 0.029 0.150 0.441 0.293 0.029 0.004 86 E 0.026 0.032 0.023 0.005 0.038 0.009 0.051 0.117 0.144 0.524 0.030 87 F 0.054 0.491 0.121 0.004 0.242 0.004 0.009 0.019 0.014 0.026 0.017 88 P 0.102 0.389 0.113 0.009 0.257 0.005 0.007 0.024 0.018 0.033 0.045 89 A 0.043 0.049 0.014 0.005 0.163 0.005 0.015 0.207 0.430 0.051 0.017 90 E 0.017 0.037 0.022 0.005 0.032 0.005 0.043 0.461 0.316 0.053 0.010 91 L 0.028 0.075 0.027 0.006 0.048 0.010 0.133 0.225 0.102 0.324 0.022 92 L 0.041 0.428 0.191 0.036 0.104 0.014 0.025 0.072 0.025 0.039 0.023 93 P 0.021 0.166 0.125 0.060 0.089 0.029 0.026 0.218 0.207 0.042 0.017 94 A 0.009 0.039 0.048 0.011 0.022 0.028 0.156 0.399 0.243 0.041 0.005 95 E 0.032 0.020 0.011 0.005 0.029 0.014 0.165 0.249 0.164 0.278 0.034 96 S 0.089 0.392 0.044 0.010 0.282 0.005 0.008 0.022 0.024 0.066 0.057 97 G 0.067 0.058 0.088 0.254 0.138 0.066 0.027 0.031 0.026 0.171 0.073 98 L 0.180 0.162 0.015 0.001 0.613 0.001 0.002 0.008 0.003 0.004 0.012 99 L 0.221 0.107 0.008 0.002 0.628 0.002 0.002 0.006 0.001 0.002 0.022 100 I 0.308 0.060 0.007 0.001 0.540 0.002 0.005 0.012 0.001 0.008 0.055 101 A 0.107 0.273 0.039 0.021 0.388 0.021 0.019 0.033 0.009 0.043 0.047 102 D 0.119 0.174 0.315 0.123 0.140 0.027 0.012 0.035 0.013 0.013 0.030 103 A 0.005 0.007 0.010 0.022 0.006 0.048 0.076 0.516 0.266 0.038 0.006 104 Y 0.009 0.295 0.214 0.105 0.044 0.033 0.086 0.109 0.051 0.049 0.005 105 D 0.052 0.063 0.051 0.050 0.058 0.021 0.024 0.038 0.051 0.364 0.230 106 A 0.184 0.265 0.038 0.004 0.414 0.002 0.002 0.008 0.008 0.021 0.053 107 E 0.088 0.302 0.041 0.003 0.529 0.004 0.008 0.008 0.003 0.003 0.008 108 I 0.467 0.043 0.003 0.001 0.460 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.017 109 V 0.262 0.085 0.025 0.043 0.345 0.079 0.043 0.021 0.009 0.019 0.069 110 R 0.116 0.256 0.206 0.031 0.267 0.009 0.011 0.024 0.010 0.023 0.047 111 M 0.056 0.292 0.278 0.031 0.123 0.011 0.015 0.038 0.035 0.076 0.043 112 A 0.048 0.365 0.263 0.036 0.138 0.021 0.027 0.045 0.026 0.015 0.016 113 P 0.067 0.288 0.116 0.017 0.175 0.013 0.035 0.136 0.085 0.042 0.025 114 E 0.065 0.062 0.023 0.017 0.076 0.030 0.101 0.251 0.224 0.113 0.038 115 Q 0.043 0.254 0.111 0.027 0.132 0.021 0.041 0.184 0.101 0.061 0.024 116 K 0.049 0.139 0.058 0.016 0.073 0.015 0.054 0.291 0.128 0.135 0.041 117 L 0.054 0.198 0.191 0.038 0.075 0.018 0.020 0.206 0.068 0.093 0.039 118 A 0.022 0.160 0.113 0.044 0.043 0.031 0.032 0.420 0.091 0.024 0.019 119 P 0.017 0.067 0.060 0.019 0.032 0.015 0.017 0.597 0.112 0.048 0.015 120 A 0.014 0.032 0.018 0.008 0.022 0.011 0.018 0.739 0.090 0.039 0.009 121 R 0.006 0.035 0.014 0.004 0.012 0.006 0.013 0.794 0.083 0.030 0.005 122 R 0.005 0.016 0.007 0.002 0.007 0.003 0.005 0.850 0.073 0.029 0.005 123 K 0.002 0.008 0.004 0.002 0.003 0.003 0.006 0.913 0.052 0.006 0.002 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.052 0.004 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.052 0.002 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.043 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.027 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.030 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.960 0.027 0.003 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.050 0.004 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.925 0.060 0.006 0.001 135 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.921 0.054 0.009 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.899 0.063 0.012 0.001 137 L 0.009 0.009 0.002 0.001 0.015 0.002 0.023 0.798 0.108 0.025 0.008 138 Q 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.007 0.043 0.743 0.136 0.051 0.003 139 A 0.008 0.030 0.004 0.002 0.031 0.004 0.039 0.663 0.161 0.052 0.007 140 L 0.011 0.020 0.005 0.005 0.031 0.008 0.167 0.588 0.104 0.056 0.005 141 R 0.025 0.096 0.036 0.006 0.106 0.028 0.182 0.247 0.107 0.144 0.022 142 D 0.440 0.046 0.012 0.003 0.227 0.002 0.006 0.052 0.034 0.037 0.141 143 P 0.007 0.065 0.027 0.011 0.031 0.026 0.056 0.333 0.393 0.048 0.004 144 E 0.019 0.054 0.030 0.019 0.030 0.020 0.105 0.207 0.182 0.308 0.025 145 G 0.072 0.102 0.109 0.043 0.086 0.022 0.024 0.073 0.080 0.315 0.074 146 H 0.061 0.288 0.120 0.031 0.175 0.015 0.028 0.123 0.072 0.048 0.037 147 G 0.092 0.124 0.105 0.031 0.147 0.030 0.042 0.170 0.115 0.097 0.047 148 I 0.075 0.102 0.059 0.033 0.138 0.031 0.068 0.206 0.122 0.124 0.042 149 F 0.056 0.095 0.087 0.058 0.104 0.032 0.035 0.179 0.126 0.173 0.054 150 E 0.048 0.121 0.105 0.046 0.097 0.031 0.060 0.206 0.109 0.139 0.038