# TARGET T0495 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.775 0.167 0.046 0.011 0.002 0.001 0.001 2 P 0.693 0.154 0.081 0.050 0.018 0.003 0.001 3 M 0.761 0.129 0.050 0.034 0.017 0.007 0.001 4 T 0.793 0.132 0.045 0.019 0.008 0.003 0.001 5 L 0.622 0.194 0.097 0.060 0.020 0.005 0.002 6 D 0.619 0.210 0.083 0.051 0.025 0.009 0.003 7 L 0.464 0.231 0.157 0.097 0.038 0.011 0.002 8 Q 0.576 0.268 0.091 0.044 0.016 0.004 0.001 9 P 0.520 0.252 0.117 0.071 0.029 0.008 0.001 10 G 0.448 0.172 0.115 0.128 0.087 0.042 0.007 11 Q 0.449 0.250 0.125 0.105 0.054 0.015 0.002 12 R 0.274 0.237 0.207 0.171 0.082 0.024 0.006 13 L 0.121 0.095 0.099 0.148 0.225 0.245 0.068 14 A 0.050 0.074 0.084 0.175 0.247 0.256 0.114 15 R 0.025 0.100 0.166 0.234 0.225 0.172 0.077 16 G 0.024 0.069 0.108 0.225 0.269 0.213 0.092 17 V 0.008 0.013 0.014 0.035 0.081 0.345 0.504 18 A 0.011 0.025 0.051 0.167 0.287 0.346 0.113 19 R 0.024 0.106 0.172 0.286 0.268 0.123 0.021 20 H 0.005 0.015 0.045 0.158 0.305 0.380 0.093 21 L 0.002 0.008 0.017 0.062 0.242 0.520 0.150 22 R 0.018 0.111 0.216 0.331 0.233 0.081 0.010 23 A 0.075 0.248 0.272 0.237 0.122 0.040 0.005 24 H 0.015 0.092 0.219 0.323 0.247 0.095 0.010 25 G 0.026 0.145 0.212 0.259 0.222 0.120 0.015 26 F 0.007 0.017 0.043 0.124 0.291 0.400 0.118 27 V 0.004 0.010 0.022 0.077 0.206 0.429 0.251 28 S 0.003 0.005 0.011 0.030 0.086 0.343 0.522 29 V 0.002 0.003 0.007 0.021 0.060 0.264 0.642 30 E 0.007 0.021 0.041 0.094 0.172 0.300 0.364 31 E 0.009 0.024 0.044 0.085 0.172 0.293 0.372 32 F 0.016 0.031 0.052 0.106 0.181 0.335 0.280 33 V 0.020 0.043 0.073 0.147 0.237 0.325 0.155 34 P 0.034 0.065 0.105 0.192 0.261 0.244 0.099 35 A 0.100 0.128 0.147 0.203 0.208 0.154 0.061 36 R 0.131 0.226 0.210 0.179 0.128 0.090 0.036 37 G 0.050 0.102 0.126 0.195 0.245 0.206 0.076 38 L 0.015 0.059 0.103 0.190 0.275 0.262 0.096 39 R 0.004 0.017 0.043 0.108 0.211 0.382 0.235 40 V 0.002 0.003 0.008 0.031 0.097 0.329 0.529 41 D 0.002 0.007 0.013 0.040 0.104 0.315 0.519 42 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.048 0.309 0.626 43 M 0.001 0.001 0.004 0.016 0.054 0.272 0.652 44 G 0.001 0.003 0.008 0.026 0.078 0.349 0.534 45 L 0.002 0.005 0.014 0.053 0.233 0.512 0.181 46 G 0.011 0.076 0.191 0.352 0.281 0.081 0.008 47 P 0.060 0.231 0.290 0.277 0.109 0.030 0.003 48 K 0.211 0.511 0.200 0.061 0.014 0.002 0.001 49 G 0.005 0.045 0.142 0.363 0.335 0.108 0.003 50 E 0.001 0.017 0.089 0.271 0.383 0.221 0.017 51 I 0.001 0.001 0.003 0.019 0.101 0.548 0.329 52 W 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.296 0.664 53 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.186 0.790 54 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.199 0.776 55 E 0.001 0.002 0.012 0.054 0.111 0.298 0.523 56 C 0.001 0.001 0.002 0.013 0.101 0.490 0.392 57 K 0.002 0.018 0.088 0.221 0.300 0.265 0.107 58 S 0.005 0.017 0.035 0.096 0.231 0.427 0.190 59 S 0.018 0.052 0.088 0.167 0.260 0.349 0.066 60 R 0.052 0.099 0.147 0.263 0.271 0.147 0.020 61 A 0.124 0.273 0.279 0.184 0.091 0.040 0.009 62 D 0.060 0.115 0.166 0.264 0.227 0.146 0.022 63 F 0.062 0.063 0.094 0.203 0.311 0.237 0.031 64 Q 0.191 0.284 0.239 0.176 0.081 0.024 0.003 65 A 0.275 0.239 0.199 0.161 0.088 0.034 0.004 66 D 0.188 0.197 0.181 0.208 0.156 0.066 0.005 67 A 0.311 0.271 0.196 0.136 0.065 0.019 0.002 68 K 0.414 0.328 0.163 0.075 0.018 0.003 0.001 69 W 0.308 0.249 0.211 0.148 0.070 0.014 0.001 70 Q 0.502 0.312 0.122 0.049 0.012 0.002 0.001 71 G 0.387 0.352 0.167 0.070 0.021 0.004 0.001 72 Y 0.081 0.111 0.180 0.277 0.254 0.090 0.007 73 L 0.042 0.101 0.152 0.252 0.284 0.156 0.014 74 E 0.075 0.153 0.177 0.245 0.224 0.111 0.015 75 W 0.036 0.071 0.097 0.176 0.266 0.299 0.054 76 C 0.006 0.011 0.026 0.082 0.220 0.467 0.188 77 D 0.005 0.025 0.080 0.187 0.279 0.318 0.106 78 R 0.003 0.013 0.038 0.111 0.255 0.423 0.156 79 Y 0.001 0.002 0.004 0.021 0.086 0.378 0.509 80 F 0.001 0.001 0.003 0.011 0.044 0.293 0.648 81 W 0.002 0.003 0.007 0.020 0.060 0.323 0.585 82 A 0.004 0.008 0.018 0.057 0.167 0.440 0.306 83 V 0.010 0.029 0.065 0.155 0.270 0.356 0.114 84 D 0.061 0.177 0.229 0.248 0.190 0.079 0.016 85 M 0.091 0.250 0.266 0.218 0.119 0.048 0.008 86 E 0.142 0.306 0.254 0.177 0.087 0.031 0.003 87 F 0.022 0.054 0.146 0.329 0.329 0.113 0.007 88 P 0.219 0.349 0.240 0.124 0.051 0.015 0.001 89 A 0.119 0.191 0.214 0.264 0.162 0.045 0.005 90 E 0.278 0.399 0.197 0.088 0.029 0.008 0.001 91 L 0.051 0.172 0.246 0.285 0.181 0.060 0.005 92 L 0.022 0.069 0.147 0.308 0.331 0.117 0.006 93 P 0.122 0.225 0.237 0.238 0.139 0.037 0.002 94 A 0.273 0.408 0.211 0.082 0.021 0.004 0.001 95 E 0.056 0.255 0.305 0.259 0.102 0.022 0.001 96 S 0.002 0.017 0.057 0.207 0.401 0.289 0.027 97 G 0.002 0.012 0.036 0.119 0.273 0.425 0.133 98 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.073 0.394 0.503 99 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.292 0.649 100 I 0.002 0.007 0.018 0.054 0.130 0.356 0.432 101 A 0.003 0.008 0.017 0.046 0.157 0.430 0.337 102 D 0.009 0.053 0.132 0.246 0.276 0.223 0.060 103 A 0.020 0.083 0.161 0.257 0.282 0.166 0.032 104 Y 0.030 0.130 0.209 0.268 0.229 0.112 0.022 105 D 0.051 0.143 0.222 0.256 0.192 0.116 0.022 106 A 0.009 0.019 0.041 0.107 0.231 0.434 0.159 107 E 0.018 0.043 0.082 0.173 0.260 0.309 0.115 108 I 0.010 0.012 0.025 0.056 0.145 0.443 0.309 109 V 0.020 0.032 0.062 0.137 0.242 0.354 0.154 110 R 0.035 0.076 0.107 0.187 0.263 0.261 0.072 111 M 0.121 0.216 0.278 0.239 0.107 0.034 0.005 112 A 0.233 0.238 0.191 0.174 0.117 0.041 0.006 113 P 0.413 0.287 0.160 0.093 0.033 0.011 0.002 114 E 0.361 0.210 0.154 0.152 0.089 0.030 0.003 115 Q 0.634 0.239 0.087 0.029 0.009 0.002 0.001 116 K 0.595 0.217 0.098 0.057 0.024 0.008 0.001 117 L 0.476 0.180 0.133 0.105 0.070 0.032 0.004 118 A 0.528 0.208 0.125 0.091 0.036 0.010 0.001 119 P 0.611 0.227 0.090 0.047 0.018 0.005 0.001 120 A 0.495 0.223 0.146 0.087 0.037 0.011 0.001 121 R 0.338 0.207 0.141 0.144 0.110 0.052 0.007 122 R 0.248 0.200 0.191 0.187 0.117 0.049 0.008 123 K 0.232 0.280 0.196 0.154 0.096 0.036 0.006 124 V 0.225 0.271 0.209 0.177 0.092 0.024 0.002 125 L 0.039 0.071 0.128 0.251 0.294 0.185 0.033 126 I 0.022 0.027 0.034 0.086 0.223 0.449 0.159 127 Q 0.027 0.066 0.111 0.253 0.347 0.176 0.019 128 K 0.008 0.050 0.130 0.278 0.329 0.179 0.026 129 F 0.001 0.002 0.005 0.028 0.142 0.469 0.353 130 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.300 0.653 131 T 0.006 0.034 0.086 0.259 0.289 0.266 0.059 132 H 0.005 0.025 0.068 0.239 0.332 0.253 0.077 133 A 0.001 0.002 0.004 0.012 0.044 0.289 0.648 134 A 0.002 0.005 0.013 0.063 0.186 0.471 0.260 135 R 0.005 0.047 0.110 0.288 0.377 0.150 0.024 136 R 0.005 0.026 0.088 0.256 0.346 0.218 0.060 137 L 0.003 0.014 0.034 0.080 0.208 0.473 0.189 138 Q 0.040 0.123 0.171 0.284 0.265 0.106 0.011 139 A 0.145 0.279 0.253 0.202 0.094 0.023 0.004 140 L 0.343 0.237 0.161 0.126 0.080 0.043 0.009 141 R 0.378 0.256 0.170 0.123 0.056 0.015 0.001 142 D 0.455 0.248 0.165 0.094 0.032 0.005 0.001 143 P 0.615 0.195 0.097 0.062 0.025 0.004 0.001 144 E 0.656 0.198 0.081 0.040 0.018 0.006 0.001 145 G 0.485 0.243 0.147 0.081 0.032 0.010 0.002 146 H 0.520 0.260 0.122 0.064 0.024 0.007 0.002 147 G 0.607 0.225 0.088 0.051 0.021 0.006 0.001 148 I 0.700 0.177 0.069 0.037 0.013 0.003 0.001 149 F 0.654 0.201 0.086 0.044 0.012 0.002 0.001 150 E 0.752 0.182 0.046 0.016 0.003 0.001 0.001