# TARGET T0495 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.008 0.008 0.015 0.187 0.764 2 P 0.021 0.015 0.056 0.052 0.317 0.539 3 M 0.020 0.015 0.075 0.045 0.397 0.448 4 T 0.024 0.022 0.198 0.065 0.432 0.259 5 L 0.037 0.023 0.141 0.095 0.334 0.371 6 D 0.036 0.018 0.082 0.098 0.311 0.455 7 L 0.020 0.021 0.022 0.149 0.203 0.586 8 Q 0.015 0.014 0.007 0.173 0.156 0.635 9 P 0.003 0.002 0.011 0.809 0.054 0.120 10 G 0.001 0.001 0.005 0.971 0.010 0.012 11 Q 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 12 R 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.002 13 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 14 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 16 G 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 17 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 18 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 19 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 20 H 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 22 R 0.001 0.001 0.010 0.978 0.008 0.003 23 A 0.001 0.001 0.012 0.959 0.015 0.013 24 H 0.002 0.002 0.019 0.659 0.105 0.214 25 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.943 26 F 0.165 0.012 0.002 0.001 0.062 0.758 27 V 0.865 0.012 0.001 0.001 0.021 0.101 28 S 0.915 0.010 0.001 0.001 0.015 0.058 29 V 0.781 0.006 0.004 0.001 0.044 0.164 30 E 0.537 0.002 0.012 0.001 0.145 0.303 31 E 0.530 0.010 0.024 0.003 0.172 0.261 32 F 0.476 0.036 0.029 0.004 0.160 0.295 33 V 0.450 0.059 0.017 0.005 0.154 0.316 34 P 0.190 0.058 0.021 0.005 0.524 0.202 35 A 0.023 0.011 0.030 0.007 0.874 0.056 36 R 0.011 0.003 0.021 0.005 0.919 0.041 37 G 0.017 0.004 0.012 0.002 0.881 0.085 38 L 0.255 0.039 0.013 0.007 0.414 0.272 39 R 0.677 0.058 0.003 0.003 0.070 0.189 40 V 0.768 0.007 0.004 0.001 0.090 0.130 41 D 0.849 0.001 0.002 0.001 0.041 0.106 42 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 43 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 44 G 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 45 L 0.944 0.007 0.001 0.001 0.006 0.042 46 G 0.467 0.009 0.004 0.001 0.465 0.054 47 P 0.037 0.001 0.014 0.001 0.927 0.019 48 K 0.006 0.001 0.021 0.001 0.959 0.013 49 G 0.088 0.007 0.009 0.001 0.878 0.017 50 E 0.685 0.018 0.001 0.001 0.090 0.206 51 I 0.954 0.006 0.001 0.001 0.006 0.033 52 W 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 53 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 54 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 55 E 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 56 C 0.893 0.001 0.001 0.001 0.010 0.095 57 K 0.432 0.004 0.001 0.001 0.053 0.509 58 S 0.102 0.011 0.002 0.006 0.109 0.770 59 S 0.029 0.013 0.004 0.024 0.194 0.736 60 R 0.002 0.001 0.120 0.764 0.085 0.028 61 A 0.004 0.001 0.163 0.730 0.084 0.017 62 D 0.003 0.002 0.222 0.687 0.076 0.012 63 F 0.006 0.006 0.073 0.805 0.066 0.044 64 Q 0.009 0.011 0.083 0.676 0.123 0.098 65 A 0.012 0.007 0.094 0.598 0.160 0.129 66 D 0.011 0.008 0.074 0.400 0.271 0.236 67 A 0.011 0.014 0.111 0.228 0.317 0.318 68 K 0.018 0.019 0.105 0.240 0.310 0.308 69 W 0.020 0.008 0.143 0.382 0.286 0.161 70 Q 0.011 0.005 0.181 0.416 0.262 0.125 71 G 0.020 0.010 0.172 0.369 0.263 0.167 72 Y 0.034 0.015 0.183 0.389 0.238 0.141 73 L 0.036 0.008 0.187 0.315 0.272 0.182 74 E 0.049 0.007 0.223 0.273 0.304 0.143 75 W 0.066 0.016 0.317 0.244 0.244 0.113 76 C 0.117 0.016 0.187 0.134 0.376 0.169 77 D 0.119 0.002 0.102 0.060 0.421 0.295 78 R 0.532 0.005 0.026 0.036 0.181 0.219 79 Y 0.939 0.004 0.002 0.005 0.019 0.031 80 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 81 W 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 82 A 0.941 0.002 0.001 0.001 0.009 0.045 83 V 0.595 0.009 0.005 0.002 0.067 0.322 84 D 0.079 0.011 0.019 0.002 0.793 0.096 85 M 0.008 0.004 0.095 0.005 0.843 0.044 86 E 0.006 0.005 0.077 0.009 0.848 0.056 87 F 0.014 0.046 0.029 0.004 0.827 0.081 88 P 0.011 0.020 0.046 0.008 0.357 0.557 89 A 0.002 0.007 0.766 0.022 0.166 0.037 90 E 0.005 0.004 0.758 0.024 0.175 0.035 91 L 0.017 0.010 0.715 0.034 0.173 0.052 92 L 0.033 0.050 0.035 0.013 0.311 0.558 93 P 0.015 0.021 0.021 0.005 0.866 0.073 94 A 0.005 0.004 0.078 0.004 0.881 0.028 95 E 0.007 0.002 0.044 0.002 0.914 0.032 96 S 0.141 0.013 0.023 0.001 0.759 0.064 97 G 0.660 0.008 0.002 0.001 0.068 0.262 98 L 0.970 0.007 0.001 0.001 0.006 0.017 99 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 100 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 101 A 0.894 0.005 0.001 0.001 0.017 0.083 102 D 0.591 0.012 0.002 0.001 0.217 0.177 103 A 0.115 0.006 0.014 0.007 0.809 0.048 104 Y 0.033 0.002 0.028 0.009 0.896 0.032 105 D 0.058 0.005 0.025 0.019 0.862 0.032 106 A 0.368 0.010 0.011 0.034 0.424 0.153 107 E 0.775 0.009 0.006 0.056 0.053 0.102 108 I 0.900 0.003 0.004 0.060 0.016 0.018 109 V 0.908 0.002 0.002 0.058 0.009 0.020 110 R 0.863 0.003 0.002 0.062 0.018 0.052 111 M 0.498 0.007 0.003 0.070 0.101 0.320 112 A 0.124 0.009 0.010 0.036 0.254 0.567 113 P 0.077 0.016 0.034 0.042 0.350 0.481 114 E 0.064 0.019 0.217 0.100 0.335 0.265 115 Q 0.065 0.016 0.225 0.089 0.322 0.284 116 K 0.037 0.011 0.189 0.141 0.259 0.363 117 L 0.012 0.010 0.020 0.066 0.149 0.743 118 A 0.006 0.005 0.005 0.047 0.114 0.822 119 P 0.002 0.002 0.027 0.669 0.094 0.205 120 A 0.001 0.001 0.030 0.915 0.028 0.024 121 R 0.001 0.001 0.023 0.938 0.019 0.017 122 R 0.001 0.001 0.004 0.980 0.004 0.009 123 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 124 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 131 T 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 132 H 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 133 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 134 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 135 R 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.003 136 R 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.006 137 L 0.001 0.001 0.006 0.980 0.005 0.008 138 Q 0.001 0.001 0.017 0.941 0.017 0.023 139 A 0.002 0.001 0.055 0.816 0.064 0.063 140 L 0.005 0.009 0.055 0.530 0.190 0.211 141 R 0.006 0.018 0.029 0.393 0.222 0.332 142 D 0.003 0.007 0.006 0.021 0.753 0.210 143 P 0.001 0.001 0.127 0.041 0.780 0.051 144 E 0.002 0.002 0.128 0.025 0.813 0.031 145 G 0.011 0.014 0.175 0.043 0.718 0.039 146 H 0.033 0.024 0.113 0.082 0.442 0.307 147 G 0.090 0.065 0.085 0.081 0.336 0.344 148 I 0.076 0.039 0.056 0.084 0.310 0.433 149 F 0.065 0.036 0.010 0.044 0.166 0.678 150 E 0.029 0.006 0.002 0.017 0.082 0.864