# TARGET T0495 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.011 0.921 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.048 0.004 0.004 0.004 2 P 0.001 0.018 0.801 0.002 0.025 0.025 0.001 0.001 0.001 0.044 0.071 0.002 0.011 3 M 0.001 0.021 0.472 0.003 0.093 0.050 0.001 0.001 0.002 0.155 0.191 0.007 0.007 4 T 0.001 0.013 0.372 0.002 0.161 0.084 0.001 0.001 0.004 0.180 0.168 0.004 0.011 5 L 0.001 0.018 0.422 0.001 0.094 0.100 0.001 0.001 0.005 0.191 0.144 0.012 0.012 6 D 0.001 0.016 0.515 0.001 0.044 0.125 0.001 0.001 0.006 0.131 0.134 0.008 0.019 7 L 0.001 0.018 0.480 0.001 0.020 0.234 0.001 0.001 0.006 0.166 0.058 0.004 0.012 8 Q 0.001 0.011 0.440 0.001 0.008 0.279 0.001 0.001 0.002 0.229 0.023 0.006 0.002 9 P 0.001 0.008 0.267 0.001 0.011 0.606 0.001 0.001 0.002 0.053 0.046 0.001 0.006 10 G 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 0.869 0.001 0.001 0.001 0.004 0.101 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.024 0.001 0.028 0.580 0.001 0.001 0.001 0.014 0.352 0.001 0.001 24 H 0.001 0.001 0.046 0.001 0.018 0.094 0.001 0.001 0.001 0.058 0.781 0.001 0.001 25 G 0.001 0.001 0.097 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.003 0.069 0.815 0.001 0.001 26 F 0.002 0.018 0.633 0.005 0.011 0.004 0.004 0.007 0.111 0.107 0.036 0.009 0.054 27 V 0.013 0.033 0.224 0.008 0.004 0.003 0.024 0.026 0.355 0.069 0.010 0.190 0.041 28 S 0.018 0.035 0.260 0.009 0.004 0.004 0.038 0.051 0.296 0.017 0.010 0.039 0.218 29 V 0.018 0.020 0.405 0.057 0.024 0.017 0.023 0.041 0.203 0.041 0.023 0.054 0.075 30 E 0.013 0.004 0.262 0.054 0.077 0.040 0.012 0.021 0.155 0.156 0.083 0.075 0.046 31 E 0.014 0.014 0.243 0.022 0.078 0.062 0.011 0.012 0.143 0.125 0.091 0.025 0.161 32 F 0.019 0.078 0.296 0.020 0.039 0.081 0.013 0.008 0.088 0.109 0.032 0.085 0.133 33 V 0.007 0.077 0.423 0.012 0.016 0.058 0.003 0.005 0.082 0.112 0.033 0.084 0.088 34 P 0.002 0.025 0.552 0.007 0.037 0.098 0.001 0.001 0.016 0.072 0.101 0.010 0.077 35 A 0.001 0.017 0.133 0.004 0.085 0.060 0.001 0.001 0.002 0.106 0.573 0.009 0.009 36 R 0.001 0.005 0.070 0.001 0.058 0.023 0.001 0.001 0.001 0.092 0.745 0.002 0.003 37 G 0.001 0.008 0.201 0.001 0.029 0.013 0.001 0.001 0.001 0.434 0.305 0.005 0.004 38 L 0.005 0.019 0.491 0.004 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.346 0.063 0.007 0.046 39 R 0.027 0.065 0.489 0.006 0.017 0.013 0.007 0.001 0.011 0.118 0.048 0.126 0.072 40 V 0.037 0.012 0.654 0.011 0.005 0.004 0.016 0.001 0.018 0.042 0.005 0.022 0.173 41 D 0.046 0.002 0.251 0.252 0.012 0.002 0.010 0.001 0.004 0.283 0.005 0.113 0.019 42 V 0.462 0.003 0.033 0.012 0.011 0.003 0.049 0.021 0.037 0.008 0.006 0.067 0.286 43 M 0.553 0.003 0.020 0.036 0.012 0.011 0.167 0.040 0.020 0.007 0.028 0.038 0.066 44 G 0.645 0.001 0.024 0.002 0.001 0.003 0.116 0.042 0.016 0.003 0.004 0.101 0.043 45 L 0.382 0.016 0.048 0.003 0.001 0.001 0.074 0.037 0.074 0.017 0.002 0.041 0.306 46 G 0.012 0.013 0.637 0.012 0.002 0.003 0.004 0.002 0.041 0.060 0.014 0.120 0.081 47 P 0.002 0.002 0.100 0.010 0.015 0.009 0.001 0.001 0.003 0.167 0.663 0.006 0.024 48 K 0.001 0.001 0.030 0.003 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.090 0.845 0.003 0.004 49 G 0.007 0.008 0.138 0.016 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.436 0.304 0.040 0.021 50 E 0.019 0.014 0.505 0.010 0.011 0.001 0.008 0.001 0.013 0.194 0.073 0.031 0.120 51 I 0.087 0.028 0.200 0.008 0.002 0.001 0.064 0.004 0.035 0.026 0.002 0.101 0.444 52 W 0.205 0.005 0.105 0.191 0.001 0.001 0.116 0.008 0.031 0.017 0.001 0.209 0.111 53 V 0.366 0.001 0.016 0.020 0.001 0.001 0.249 0.058 0.063 0.004 0.001 0.061 0.160 54 I 0.452 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.310 0.077 0.035 0.001 0.001 0.060 0.043 55 E 0.444 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.307 0.055 0.056 0.002 0.001 0.048 0.068 56 C 0.281 0.001 0.108 0.026 0.001 0.002 0.170 0.045 0.121 0.009 0.002 0.061 0.172 57 K 0.079 0.006 0.344 0.016 0.004 0.006 0.042 0.016 0.156 0.052 0.014 0.143 0.122 58 S 0.025 0.019 0.455 0.023 0.005 0.013 0.008 0.003 0.062 0.191 0.025 0.032 0.139 59 S 0.006 0.024 0.539 0.004 0.011 0.062 0.001 0.001 0.027 0.189 0.033 0.043 0.059 60 R 0.001 0.002 0.027 0.001 0.077 0.766 0.001 0.001 0.001 0.022 0.097 0.002 0.004 61 A 0.002 0.005 0.033 0.002 0.080 0.715 0.001 0.001 0.003 0.037 0.109 0.005 0.007 62 D 0.003 0.005 0.068 0.003 0.103 0.652 0.001 0.001 0.002 0.064 0.083 0.005 0.011 63 F 0.001 0.008 0.023 0.001 0.046 0.849 0.001 0.001 0.001 0.010 0.054 0.001 0.005 64 Q 0.001 0.006 0.025 0.001 0.058 0.827 0.001 0.001 0.001 0.008 0.067 0.002 0.003 65 A 0.002 0.004 0.057 0.001 0.070 0.735 0.001 0.001 0.001 0.021 0.101 0.001 0.006 66 D 0.001 0.007 0.162 0.001 0.059 0.545 0.001 0.001 0.001 0.091 0.124 0.003 0.005 67 A 0.001 0.012 0.152 0.001 0.047 0.313 0.001 0.001 0.001 0.171 0.299 0.002 0.002 68 K 0.001 0.010 0.343 0.001 0.033 0.206 0.001 0.001 0.001 0.200 0.200 0.002 0.004 69 W 0.001 0.009 0.295 0.001 0.068 0.410 0.001 0.001 0.001 0.099 0.112 0.001 0.003 70 Q 0.001 0.004 0.079 0.001 0.169 0.503 0.001 0.001 0.001 0.050 0.191 0.001 0.001 71 G 0.001 0.008 0.066 0.001 0.205 0.446 0.001 0.001 0.001 0.039 0.231 0.001 0.002 72 Y 0.002 0.010 0.110 0.001 0.205 0.436 0.001 0.001 0.002 0.033 0.192 0.002 0.007 73 L 0.001 0.005 0.079 0.002 0.319 0.389 0.001 0.001 0.001 0.062 0.135 0.004 0.003 74 E 0.001 0.004 0.074 0.001 0.254 0.257 0.001 0.003 0.003 0.042 0.350 0.005 0.006 75 W 0.005 0.014 0.102 0.001 0.273 0.196 0.002 0.005 0.013 0.052 0.321 0.004 0.012 76 C 0.006 0.019 0.445 0.008 0.096 0.157 0.005 0.011 0.050 0.083 0.075 0.011 0.033 77 D 0.004 0.004 0.167 0.166 0.125 0.071 0.003 0.005 0.019 0.291 0.116 0.021 0.008 78 R 0.029 0.002 0.093 0.037 0.069 0.058 0.020 0.112 0.190 0.210 0.111 0.023 0.048 79 Y 0.063 0.003 0.069 0.004 0.008 0.023 0.101 0.374 0.269 0.018 0.009 0.022 0.038 80 F 0.033 0.002 0.009 0.003 0.001 0.005 0.119 0.523 0.280 0.002 0.001 0.011 0.013 81 W 0.053 0.001 0.020 0.004 0.001 0.002 0.100 0.503 0.285 0.002 0.002 0.016 0.010 82 A 0.059 0.005 0.091 0.003 0.001 0.002 0.064 0.200 0.488 0.016 0.005 0.019 0.044 83 V 0.010 0.014 0.444 0.014 0.005 0.004 0.009 0.015 0.283 0.093 0.015 0.041 0.052 84 D 0.002 0.010 0.544 0.009 0.067 0.007 0.001 0.001 0.043 0.149 0.119 0.018 0.030 85 M 0.001 0.004 0.097 0.003 0.204 0.006 0.001 0.001 0.003 0.142 0.530 0.003 0.007 86 E 0.001 0.006 0.115 0.002 0.173 0.004 0.001 0.001 0.001 0.090 0.602 0.002 0.005 87 F 0.001 0.022 0.598 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.002 0.318 0.021 0.011 0.004 88 P 0.001 0.019 0.901 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 0.008 0.002 0.031 89 A 0.001 0.002 0.017 0.001 0.801 0.076 0.001 0.001 0.001 0.006 0.094 0.001 0.003 90 E 0.001 0.002 0.018 0.003 0.739 0.060 0.001 0.001 0.001 0.031 0.142 0.002 0.002 91 L 0.001 0.004 0.033 0.002 0.677 0.078 0.001 0.001 0.004 0.026 0.166 0.002 0.006 92 L 0.001 0.053 0.472 0.003 0.019 0.042 0.001 0.001 0.011 0.341 0.028 0.019 0.010 93 P 0.001 0.019 0.791 0.006 0.034 0.034 0.001 0.001 0.004 0.042 0.054 0.003 0.014 94 A 0.001 0.008 0.127 0.010 0.229 0.051 0.001 0.001 0.006 0.144 0.415 0.001 0.008 95 E 0.002 0.005 0.136 0.027 0.211 0.008 0.001 0.001 0.007 0.122 0.462 0.010 0.008 96 S 0.010 0.012 0.489 0.012 0.083 0.005 0.012 0.008 0.076 0.109 0.067 0.026 0.092 97 G 0.155 0.007 0.131 0.069 0.007 0.001 0.041 0.051 0.166 0.103 0.014 0.178 0.077 98 L 0.347 0.003 0.048 0.012 0.002 0.001 0.117 0.149 0.113 0.008 0.002 0.096 0.104 99 L 0.389 0.002 0.013 0.007 0.001 0.001 0.188 0.183 0.098 0.003 0.002 0.039 0.075 100 I 0.461 0.001 0.030 0.007 0.001 0.001 0.134 0.047 0.060 0.002 0.001 0.186 0.070 101 A 0.263 0.010 0.092 0.008 0.001 0.001 0.078 0.014 0.071 0.010 0.003 0.056 0.394 102 D 0.032 0.005 0.478 0.032 0.002 0.001 0.005 0.001 0.035 0.061 0.017 0.148 0.185 103 A 0.006 0.001 0.052 0.009 0.035 0.009 0.001 0.001 0.003 0.222 0.617 0.010 0.034 104 Y 0.006 0.009 0.042 0.004 0.062 0.020 0.001 0.001 0.003 0.275 0.521 0.037 0.021 105 D 0.021 0.010 0.166 0.036 0.046 0.023 0.002 0.001 0.003 0.175 0.359 0.055 0.103 106 A 0.203 0.008 0.249 0.007 0.009 0.017 0.013 0.001 0.005 0.042 0.071 0.040 0.334 107 E 0.489 0.011 0.020 0.001 0.001 0.005 0.029 0.001 0.001 0.005 0.002 0.360 0.074 108 I 0.439 0.003 0.015 0.003 0.002 0.005 0.037 0.001 0.003 0.002 0.001 0.086 0.405 109 V 0.438 0.001 0.041 0.191 0.005 0.010 0.030 0.001 0.002 0.006 0.005 0.120 0.149 110 R 0.331 0.004 0.039 0.013 0.005 0.007 0.032 0.001 0.003 0.022 0.016 0.323 0.204 111 M 0.109 0.011 0.199 0.019 0.009 0.013 0.013 0.001 0.006 0.082 0.042 0.107 0.391 112 A 0.006 0.009 0.722 0.011 0.004 0.009 0.001 0.001 0.004 0.118 0.022 0.047 0.046 113 P 0.002 0.012 0.737 0.002 0.012 0.023 0.001 0.001 0.004 0.075 0.077 0.018 0.038 114 E 0.004 0.029 0.479 0.007 0.060 0.049 0.002 0.001 0.004 0.182 0.117 0.011 0.055 115 Q 0.002 0.018 0.474 0.002 0.040 0.032 0.001 0.001 0.005 0.275 0.037 0.099 0.015 116 K 0.001 0.025 0.644 0.002 0.027 0.043 0.001 0.001 0.005 0.079 0.092 0.004 0.078 117 L 0.001 0.020 0.752 0.002 0.013 0.023 0.001 0.001 0.001 0.120 0.057 0.006 0.005 118 A 0.001 0.006 0.674 0.001 0.015 0.026 0.001 0.001 0.001 0.180 0.091 0.003 0.002 119 P 0.001 0.005 0.616 0.001 0.029 0.077 0.001 0.001 0.001 0.105 0.162 0.001 0.004 120 A 0.001 0.016 0.503 0.001 0.028 0.210 0.001 0.001 0.001 0.150 0.086 0.003 0.002 121 R 0.001 0.013 0.407 0.001 0.022 0.399 0.001 0.001 0.001 0.112 0.039 0.001 0.005 122 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 123 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 135 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 138 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.918 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.019 0.845 0.001 0.001 0.001 0.008 0.117 0.001 0.001 140 L 0.001 0.002 0.023 0.001 0.031 0.712 0.001 0.001 0.001 0.016 0.215 0.001 0.001 141 R 0.001 0.010 0.063 0.001 0.026 0.528 0.001 0.001 0.001 0.059 0.311 0.001 0.001 142 D 0.001 0.005 0.689 0.001 0.005 0.039 0.001 0.001 0.001 0.239 0.021 0.001 0.001 143 P 0.001 0.002 0.087 0.001 0.093 0.050 0.001 0.001 0.001 0.055 0.712 0.001 0.001 144 E 0.001 0.004 0.047 0.001 0.074 0.024 0.001 0.001 0.001 0.044 0.806 0.001 0.001 145 G 0.001 0.037 0.343 0.002 0.166 0.058 0.001 0.001 0.004 0.208 0.170 0.005 0.007 146 H 0.002 0.032 0.358 0.004 0.107 0.077 0.001 0.001 0.009 0.197 0.178 0.010 0.025 147 G 0.005 0.024 0.326 0.006 0.147 0.061 0.002 0.001 0.006 0.148 0.217 0.023 0.034 148 I 0.010 0.037 0.389 0.005 0.130 0.052 0.002 0.002 0.011 0.123 0.156 0.029 0.052 149 F 0.004 0.033 0.579 0.006 0.044 0.045 0.002 0.001 0.007 0.139 0.071 0.021 0.046 150 E 0.001 0.014 0.743 0.004 0.023 0.033 0.001 0.001 0.003 0.093 0.044 0.022 0.019