# TARGET T0495 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.239 0.111 0.041 0.087 0.070 0.073 0.088 0.081 0.083 0.071 0.057 2 P 0.281 0.150 0.047 0.107 0.097 0.081 0.090 0.057 0.045 0.030 0.016 3 M 0.411 0.165 0.072 0.121 0.083 0.052 0.041 0.024 0.018 0.010 0.005 4 T 0.237 0.126 0.042 0.110 0.099 0.082 0.100 0.075 0.060 0.043 0.026 5 L 0.084 0.051 0.041 0.094 0.106 0.115 0.152 0.117 0.108 0.080 0.052 6 D 0.158 0.153 0.100 0.153 0.100 0.080 0.099 0.062 0.047 0.031 0.017 7 L 0.069 0.060 0.060 0.116 0.118 0.128 0.156 0.108 0.093 0.058 0.033 8 Q 0.166 0.162 0.076 0.131 0.118 0.100 0.100 0.059 0.046 0.028 0.016 9 P 0.042 0.110 0.055 0.145 0.134 0.129 0.152 0.082 0.072 0.049 0.029 10 G 0.046 0.019 0.024 0.052 0.071 0.111 0.192 0.143 0.161 0.107 0.075 11 Q 0.083 0.056 0.085 0.197 0.161 0.150 0.137 0.058 0.042 0.021 0.011 12 R 0.008 0.021 0.104 0.161 0.149 0.159 0.185 0.106 0.062 0.030 0.015 13 L 0.001 0.001 0.013 0.006 0.007 0.010 0.046 0.095 0.196 0.294 0.331 14 A 0.001 0.002 0.022 0.021 0.040 0.081 0.231 0.197 0.190 0.138 0.080 15 R 0.005 0.022 0.244 0.213 0.172 0.140 0.103 0.042 0.031 0.019 0.009 16 G 0.001 0.003 0.012 0.022 0.044 0.106 0.299 0.202 0.153 0.103 0.056 17 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.019 0.063 0.212 0.339 0.356 18 A 0.001 0.001 0.007 0.016 0.037 0.103 0.261 0.168 0.174 0.134 0.098 19 R 0.004 0.015 0.321 0.175 0.129 0.133 0.114 0.047 0.035 0.018 0.009 20 H 0.001 0.002 0.008 0.016 0.030 0.082 0.291 0.217 0.173 0.113 0.066 21 L 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.025 0.072 0.190 0.310 0.387 22 R 0.003 0.009 0.040 0.087 0.139 0.200 0.254 0.124 0.079 0.041 0.024 23 A 0.032 0.061 0.363 0.196 0.135 0.090 0.064 0.027 0.019 0.008 0.005 24 H 0.018 0.027 0.024 0.071 0.102 0.170 0.286 0.149 0.087 0.050 0.016 25 G 0.234 0.145 0.054 0.147 0.104 0.090 0.092 0.054 0.041 0.025 0.014 26 F 0.002 0.008 0.007 0.025 0.039 0.069 0.139 0.177 0.192 0.180 0.162 27 V 0.003 0.006 0.005 0.020 0.038 0.067 0.179 0.201 0.201 0.160 0.118 28 S 0.004 0.008 0.004 0.020 0.027 0.041 0.125 0.168 0.224 0.199 0.179 29 V 0.002 0.002 0.002 0.008 0.012 0.025 0.072 0.119 0.203 0.262 0.292 30 E 0.062 0.064 0.037 0.160 0.159 0.122 0.127 0.103 0.084 0.047 0.035 31 E 0.028 0.033 0.015 0.075 0.085 0.112 0.209 0.164 0.128 0.094 0.057 32 F 0.007 0.010 0.010 0.035 0.040 0.053 0.108 0.138 0.190 0.216 0.193 33 V 0.052 0.083 0.029 0.132 0.145 0.145 0.157 0.095 0.079 0.048 0.035 34 P 0.068 0.058 0.028 0.102 0.087 0.100 0.133 0.121 0.118 0.102 0.084 35 A 0.225 0.114 0.045 0.117 0.104 0.094 0.110 0.068 0.056 0.039 0.028 36 R 0.316 0.190 0.060 0.174 0.090 0.063 0.050 0.023 0.017 0.010 0.006 37 G 0.370 0.149 0.047 0.128 0.087 0.058 0.046 0.032 0.030 0.027 0.025 38 L 0.023 0.052 0.025 0.105 0.117 0.137 0.199 0.136 0.106 0.067 0.034 39 R 0.008 0.029 0.023 0.118 0.184 0.196 0.208 0.106 0.067 0.037 0.024 40 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.040 0.111 0.228 0.282 0.319 41 D 0.002 0.004 0.004 0.038 0.070 0.115 0.253 0.203 0.153 0.092 0.065 42 V 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.012 0.045 0.103 0.207 0.304 0.315 43 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.020 0.080 0.155 0.244 0.260 0.227 44 G 0.001 0.003 0.003 0.012 0.018 0.033 0.116 0.163 0.232 0.232 0.186 45 L 0.001 0.003 0.002 0.018 0.029 0.043 0.108 0.152 0.208 0.230 0.206 46 G 0.010 0.025 0.012 0.108 0.165 0.187 0.217 0.140 0.090 0.032 0.015 47 P 0.238 0.133 0.055 0.169 0.118 0.108 0.088 0.045 0.025 0.014 0.007 48 K 0.507 0.270 0.068 0.109 0.030 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 49 G 0.093 0.084 0.027 0.118 0.115 0.148 0.174 0.099 0.074 0.045 0.023 50 E 0.037 0.127 0.062 0.238 0.213 0.134 0.099 0.042 0.025 0.014 0.009 51 I 0.001 0.005 0.005 0.021 0.044 0.084 0.230 0.217 0.205 0.125 0.064 52 W 0.002 0.006 0.007 0.062 0.120 0.156 0.250 0.186 0.114 0.067 0.031 53 V 0.001 0.002 0.002 0.014 0.025 0.048 0.120 0.181 0.222 0.226 0.157 54 I 0.002 0.002 0.004 0.013 0.019 0.030 0.122 0.207 0.278 0.209 0.115 55 E 0.001 0.003 0.006 0.020 0.026 0.046 0.153 0.199 0.225 0.194 0.127 56 C 0.001 0.003 0.006 0.012 0.011 0.017 0.064 0.126 0.238 0.312 0.211 57 K 0.005 0.015 0.015 0.074 0.116 0.134 0.221 0.193 0.136 0.062 0.029 58 S 0.015 0.030 0.024 0.048 0.058 0.073 0.162 0.182 0.191 0.145 0.072 59 S 0.040 0.113 0.061 0.198 0.171 0.129 0.136 0.078 0.043 0.021 0.009 60 R 0.065 0.084 0.046 0.185 0.200 0.160 0.137 0.061 0.037 0.017 0.008 61 A 0.455 0.117 0.084 0.116 0.069 0.050 0.045 0.027 0.020 0.012 0.006 62 D 0.041 0.075 0.041 0.157 0.148 0.150 0.192 0.097 0.062 0.027 0.010 63 F 0.031 0.026 0.025 0.035 0.035 0.055 0.126 0.167 0.195 0.190 0.114 64 Q 0.076 0.105 0.107 0.222 0.191 0.123 0.091 0.042 0.023 0.013 0.007 65 A 0.056 0.076 0.195 0.166 0.129 0.112 0.112 0.059 0.049 0.030 0.015 66 D 0.059 0.064 0.054 0.139 0.126 0.125 0.168 0.105 0.080 0.057 0.022 67 A 0.293 0.174 0.096 0.136 0.095 0.060 0.065 0.036 0.025 0.013 0.005 68 K 0.103 0.123 0.088 0.109 0.089 0.091 0.124 0.093 0.082 0.062 0.037 69 W 0.021 0.037 0.030 0.092 0.124 0.172 0.240 0.118 0.087 0.052 0.027 70 Q 0.227 0.165 0.140 0.204 0.115 0.064 0.044 0.019 0.013 0.006 0.003 71 G 0.156 0.139 0.105 0.221 0.159 0.096 0.074 0.028 0.015 0.006 0.003 72 Y 0.009 0.011 0.013 0.031 0.032 0.051 0.148 0.175 0.229 0.189 0.111 73 L 0.007 0.010 0.020 0.077 0.125 0.217 0.246 0.126 0.095 0.052 0.025 74 E 0.047 0.079 0.390 0.256 0.114 0.060 0.034 0.011 0.006 0.002 0.001 75 W 0.002 0.007 0.013 0.035 0.053 0.123 0.312 0.196 0.146 0.083 0.029 76 C 0.003 0.003 0.005 0.012 0.012 0.017 0.069 0.136 0.251 0.282 0.210 77 D 0.016 0.038 0.081 0.220 0.241 0.183 0.122 0.053 0.028 0.012 0.006 78 R 0.001 0.007 0.037 0.063 0.101 0.179 0.286 0.166 0.101 0.046 0.013 79 Y 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.014 0.073 0.170 0.263 0.278 0.185 80 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.034 0.151 0.230 0.244 0.203 0.114 81 W 0.001 0.002 0.010 0.014 0.020 0.034 0.117 0.197 0.268 0.212 0.126 82 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.012 0.061 0.128 0.245 0.297 0.244 83 V 0.001 0.003 0.004 0.021 0.033 0.050 0.153 0.213 0.234 0.174 0.115 84 D 0.027 0.065 0.036 0.131 0.178 0.171 0.197 0.101 0.063 0.022 0.008 85 M 0.208 0.094 0.072 0.181 0.149 0.112 0.096 0.047 0.024 0.013 0.005 86 E 0.212 0.215 0.058 0.198 0.147 0.071 0.059 0.021 0.012 0.004 0.002 87 F 0.001 0.002 0.001 0.007 0.017 0.040 0.116 0.177 0.229 0.218 0.192 88 P 0.182 0.553 0.067 0.115 0.048 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 89 A 0.117 0.049 0.028 0.126 0.173 0.190 0.174 0.073 0.042 0.020 0.009 90 E 0.636 0.140 0.033 0.077 0.046 0.025 0.020 0.009 0.006 0.004 0.004 91 L 0.022 0.098 0.059 0.222 0.194 0.166 0.131 0.048 0.033 0.015 0.012 92 L 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 0.024 0.073 0.121 0.176 0.239 0.351 93 P 0.055 0.113 0.071 0.147 0.170 0.151 0.155 0.061 0.036 0.020 0.020 94 A 0.545 0.162 0.106 0.126 0.039 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 95 E 0.190 0.161 0.057 0.275 0.163 0.091 0.044 0.011 0.005 0.002 0.002 96 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.024 0.088 0.172 0.268 0.238 0.200 97 G 0.002 0.006 0.005 0.031 0.062 0.143 0.286 0.184 0.135 0.082 0.063 98 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.016 0.077 0.146 0.216 0.269 0.266 99 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.059 0.142 0.223 0.278 0.279 100 I 0.001 0.002 0.002 0.013 0.018 0.031 0.096 0.148 0.218 0.231 0.241 101 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.014 0.023 0.070 0.131 0.252 0.276 0.221 102 D 0.014 0.041 0.027 0.178 0.199 0.182 0.177 0.100 0.053 0.021 0.009 103 A 0.105 0.098 0.060 0.161 0.140 0.115 0.133 0.085 0.055 0.032 0.017 104 Y 0.058 0.081 0.041 0.160 0.158 0.153 0.155 0.089 0.057 0.033 0.016 105 D 0.264 0.330 0.069 0.164 0.085 0.044 0.025 0.008 0.006 0.003 0.002 106 A 0.030 0.019 0.012 0.040 0.046 0.066 0.128 0.140 0.198 0.181 0.139 107 E 0.067 0.107 0.066 0.192 0.161 0.145 0.131 0.059 0.040 0.020 0.011 108 I 0.008 0.017 0.023 0.058 0.074 0.100 0.199 0.185 0.168 0.104 0.064 109 V 0.010 0.011 0.016 0.054 0.070 0.096 0.175 0.164 0.158 0.144 0.101 110 R 0.017 0.036 0.079 0.141 0.166 0.155 0.167 0.100 0.079 0.042 0.019 111 M 0.097 0.147 0.116 0.229 0.155 0.094 0.080 0.037 0.026 0.013 0.006 112 A 0.015 0.018 0.012 0.028 0.037 0.058 0.150 0.173 0.209 0.187 0.113 113 P 0.186 0.203 0.095 0.180 0.124 0.081 0.066 0.031 0.019 0.009 0.005 114 E 0.339 0.183 0.100 0.150 0.103 0.055 0.038 0.015 0.010 0.005 0.002 115 Q 0.143 0.092 0.065 0.133 0.118 0.123 0.141 0.084 0.057 0.031 0.012 116 K 0.444 0.174 0.085 0.128 0.068 0.041 0.031 0.013 0.009 0.004 0.002 117 L 0.065 0.052 0.032 0.055 0.061 0.082 0.157 0.154 0.147 0.121 0.073 118 A 0.215 0.234 0.081 0.128 0.092 0.073 0.072 0.043 0.031 0.020 0.010 119 P 0.425 0.121 0.071 0.128 0.085 0.063 0.051 0.023 0.018 0.009 0.005 120 A 0.244 0.075 0.054 0.079 0.074 0.075 0.117 0.091 0.089 0.063 0.038 121 R 0.037 0.116 0.089 0.165 0.131 0.119 0.124 0.084 0.071 0.041 0.023 122 R 0.019 0.029 0.029 0.057 0.081 0.135 0.208 0.171 0.142 0.089 0.040 123 K 0.120 0.093 0.205 0.194 0.156 0.119 0.070 0.022 0.013 0.005 0.002 124 V 0.044 0.053 0.131 0.208 0.160 0.130 0.148 0.064 0.038 0.016 0.007 125 L 0.002 0.004 0.019 0.023 0.023 0.033 0.102 0.154 0.239 0.222 0.180 126 I 0.001 0.001 0.023 0.014 0.024 0.053 0.183 0.201 0.219 0.166 0.116 127 Q 0.003 0.009 0.369 0.190 0.167 0.131 0.076 0.027 0.016 0.008 0.003 128 K 0.002 0.008 0.083 0.094 0.140 0.204 0.268 0.100 0.059 0.029 0.012 129 F 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.006 0.041 0.100 0.240 0.307 0.287 130 A 0.001 0.001 0.016 0.011 0.019 0.050 0.181 0.178 0.219 0.187 0.137 131 T 0.004 0.010 0.418 0.150 0.124 0.113 0.093 0.038 0.026 0.015 0.008 132 H 0.001 0.005 0.036 0.035 0.067 0.164 0.338 0.158 0.108 0.059 0.028 133 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.007 0.043 0.088 0.231 0.308 0.312 134 A 0.007 0.004 0.039 0.027 0.034 0.089 0.218 0.155 0.173 0.148 0.106 135 R 0.005 0.017 0.311 0.199 0.147 0.122 0.106 0.045 0.028 0.014 0.006 136 R 0.002 0.003 0.045 0.022 0.026 0.054 0.157 0.147 0.196 0.189 0.159 137 L 0.002 0.001 0.019 0.013 0.014 0.027 0.103 0.135 0.240 0.251 0.195 138 Q 0.003 0.008 0.194 0.096 0.114 0.155 0.199 0.102 0.073 0.039 0.018 139 A 0.005 0.017 0.147 0.110 0.136 0.193 0.215 0.086 0.051 0.028 0.012 140 L 0.008 0.010 0.029 0.025 0.030 0.053 0.169 0.165 0.210 0.190 0.111 141 R 0.065 0.068 0.092 0.107 0.099 0.112 0.159 0.107 0.094 0.061 0.037 142 D 0.082 0.140 0.139 0.146 0.125 0.109 0.112 0.062 0.045 0.026 0.012 143 P 0.315 0.162 0.095 0.126 0.096 0.073 0.060 0.031 0.022 0.014 0.006 144 E 0.598 0.168 0.049 0.069 0.045 0.025 0.022 0.010 0.007 0.004 0.002 145 G 0.316 0.117 0.050 0.104 0.077 0.070 0.091 0.062 0.054 0.037 0.022 146 H 0.114 0.139 0.064 0.167 0.146 0.125 0.110 0.060 0.041 0.024 0.011 147 G 0.257 0.207 0.119 0.137 0.085 0.060 0.052 0.034 0.025 0.015 0.008 148 I 0.256 0.091 0.057 0.112 0.096 0.090 0.108 0.073 0.056 0.040 0.021 149 F 0.168 0.106 0.057 0.104 0.104 0.100 0.120 0.083 0.077 0.051 0.029 150 E 0.302 0.243 0.080 0.151 0.087 0.047 0.034 0.022 0.018 0.011 0.006