# TARGET T0495 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 2 P 0.008 0.012 0.011 0.021 0.006 0.009 0.933 3 M 0.021 0.016 0.123 0.087 0.110 0.076 0.566 4 T 0.021 0.005 0.272 0.084 0.080 0.128 0.410 5 L 0.027 0.016 0.179 0.103 0.145 0.091 0.438 6 D 0.031 0.014 0.082 0.079 0.156 0.116 0.522 7 L 0.016 0.016 0.048 0.293 0.183 0.073 0.372 8 Q 0.007 0.009 0.012 0.368 0.169 0.017 0.417 9 P 0.003 0.003 0.025 0.758 0.027 0.068 0.116 10 G 0.001 0.001 0.008 0.947 0.004 0.024 0.016 11 Q 0.001 0.001 0.003 0.986 0.003 0.004 0.005 12 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.002 13 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 18 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 21 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 22 R 0.001 0.001 0.011 0.964 0.001 0.023 0.001 23 A 0.001 0.001 0.012 0.906 0.003 0.077 0.001 24 H 0.001 0.001 0.015 0.264 0.028 0.681 0.010 25 G 0.003 0.001 0.004 0.009 0.051 0.897 0.036 26 F 0.158 0.016 0.003 0.003 0.049 0.012 0.758 27 V 0.749 0.035 0.002 0.001 0.018 0.002 0.193 28 S 0.837 0.015 0.002 0.001 0.016 0.002 0.128 29 V 0.706 0.008 0.034 0.004 0.021 0.014 0.212 30 E 0.628 0.007 0.062 0.006 0.086 0.020 0.191 31 E 0.444 0.013 0.068 0.012 0.070 0.021 0.372 32 F 0.552 0.020 0.014 0.011 0.050 0.018 0.334 33 V 0.485 0.103 0.005 0.006 0.063 0.009 0.328 34 P 0.138 0.028 0.010 0.005 0.030 0.032 0.757 35 A 0.030 0.004 0.031 0.005 0.131 0.511 0.289 36 R 0.009 0.005 0.026 0.003 0.141 0.755 0.061 37 G 0.035 0.005 0.013 0.002 0.442 0.223 0.279 38 L 0.097 0.014 0.003 0.003 0.152 0.017 0.714 39 R 0.564 0.072 0.008 0.007 0.087 0.039 0.223 40 V 0.665 0.014 0.007 0.002 0.018 0.007 0.287 41 D 0.640 0.003 0.010 0.005 0.169 0.009 0.164 42 V 0.946 0.002 0.010 0.003 0.008 0.009 0.023 43 M 0.953 0.003 0.002 0.005 0.002 0.002 0.032 44 G 0.968 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 0.020 45 L 0.875 0.020 0.001 0.003 0.017 0.006 0.078 46 G 0.231 0.005 0.001 0.001 0.131 0.009 0.622 47 P 0.028 0.002 0.025 0.002 0.201 0.676 0.066 48 K 0.007 0.002 0.030 0.001 0.116 0.815 0.029 49 G 0.068 0.003 0.032 0.001 0.435 0.245 0.215 50 E 0.316 0.013 0.004 0.001 0.131 0.029 0.506 51 I 0.926 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.052 52 W 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 53 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 54 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 55 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 56 C 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 57 K 0.795 0.003 0.001 0.002 0.036 0.009 0.155 58 S 0.435 0.019 0.001 0.002 0.109 0.010 0.423 59 S 0.113 0.023 0.002 0.004 0.095 0.006 0.758 60 R 0.007 0.001 0.277 0.567 0.022 0.097 0.029 61 A 0.003 0.001 0.428 0.452 0.014 0.087 0.015 62 D 0.003 0.003 0.509 0.384 0.010 0.059 0.032 63 F 0.010 0.011 0.254 0.547 0.024 0.120 0.034 64 Q 0.013 0.006 0.132 0.483 0.047 0.233 0.086 65 A 0.013 0.005 0.106 0.465 0.052 0.243 0.116 66 D 0.017 0.006 0.039 0.315 0.145 0.288 0.189 67 A 0.030 0.022 0.051 0.132 0.187 0.234 0.345 68 K 0.041 0.015 0.025 0.093 0.250 0.049 0.527 69 W 0.046 0.026 0.060 0.238 0.071 0.060 0.500 70 Q 0.023 0.009 0.156 0.439 0.090 0.170 0.112 71 G 0.026 0.011 0.171 0.435 0.081 0.179 0.097 72 Y 0.028 0.011 0.263 0.498 0.031 0.087 0.082 73 L 0.019 0.007 0.309 0.473 0.038 0.108 0.046 74 E 0.012 0.002 0.402 0.362 0.031 0.165 0.027 75 W 0.029 0.011 0.343 0.366 0.043 0.162 0.047 76 C 0.091 0.025 0.164 0.092 0.167 0.207 0.255 77 D 0.094 0.007 0.047 0.016 0.354 0.282 0.199 78 R 0.406 0.002 0.019 0.005 0.308 0.088 0.172 79 Y 0.928 0.006 0.003 0.002 0.004 0.003 0.055 80 F 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 81 W 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 82 A 0.957 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.033 83 V 0.523 0.012 0.003 0.004 0.083 0.009 0.365 84 D 0.108 0.016 0.039 0.005 0.150 0.031 0.652 85 M 0.010 0.002 0.156 0.009 0.190 0.548 0.085 86 E 0.008 0.013 0.184 0.005 0.222 0.468 0.101 87 F 0.013 0.021 0.005 0.001 0.658 0.005 0.297 88 P 0.011 0.015 0.008 0.001 0.016 0.006 0.943 89 A 0.003 0.005 0.862 0.030 0.011 0.060 0.029 90 E 0.002 0.001 0.752 0.058 0.020 0.147 0.020 91 L 0.007 0.007 0.723 0.070 0.041 0.104 0.048 92 L 0.040 0.052 0.011 0.017 0.440 0.017 0.423 93 P 0.026 0.007 0.051 0.016 0.047 0.059 0.793 94 A 0.005 0.002 0.155 0.027 0.071 0.732 0.008 95 E 0.041 0.004 0.127 0.008 0.049 0.738 0.034 96 S 0.407 0.022 0.023 0.002 0.033 0.017 0.496 97 G 0.879 0.004 0.001 0.001 0.019 0.006 0.092 98 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 99 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 100 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 101 A 0.962 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 102 D 0.518 0.004 0.001 0.001 0.065 0.005 0.405 103 A 0.066 0.005 0.192 0.073 0.192 0.326 0.147 104 Y 0.019 0.004 0.149 0.063 0.144 0.548 0.073 105 D 0.024 0.006 0.151 0.084 0.144 0.395 0.196 106 A 0.170 0.022 0.031 0.152 0.118 0.060 0.448 107 E 0.569 0.019 0.021 0.172 0.032 0.023 0.164 108 I 0.800 0.013 0.013 0.116 0.012 0.011 0.034 109 V 0.765 0.011 0.008 0.119 0.016 0.012 0.069 110 R 0.682 0.007 0.011 0.106 0.062 0.034 0.098 111 M 0.350 0.028 0.014 0.144 0.103 0.071 0.290 112 A 0.069 0.017 0.004 0.020 0.090 0.008 0.792 113 P 0.036 0.009 0.067 0.062 0.100 0.227 0.498 114 E 0.030 0.021 0.177 0.062 0.134 0.275 0.302 115 Q 0.036 0.013 0.142 0.058 0.324 0.125 0.302 116 K 0.042 0.019 0.072 0.063 0.176 0.145 0.484 117 L 0.031 0.035 0.038 0.058 0.130 0.043 0.666 118 A 0.012 0.009 0.015 0.042 0.063 0.018 0.841 119 P 0.011 0.008 0.052 0.281 0.046 0.066 0.535 120 A 0.006 0.007 0.059 0.590 0.042 0.050 0.246 121 R 0.004 0.006 0.048 0.745 0.017 0.035 0.147 122 R 0.001 0.001 0.015 0.931 0.006 0.018 0.029 123 K 0.001 0.001 0.005 0.974 0.004 0.008 0.009 124 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.002 0.003 0.003 125 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 128 K 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.014 0.001 129 F 0.001 0.001 0.003 0.972 0.001 0.022 0.002 130 A 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.013 0.003 131 T 0.001 0.001 0.006 0.971 0.001 0.021 0.001 132 H 0.001 0.001 0.005 0.964 0.002 0.027 0.003 133 A 0.001 0.001 0.004 0.975 0.002 0.014 0.005 134 A 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.009 0.004 135 R 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.009 0.003 136 R 0.001 0.001 0.006 0.973 0.002 0.016 0.003 137 L 0.001 0.001 0.013 0.950 0.002 0.028 0.004 138 Q 0.001 0.001 0.035 0.898 0.006 0.051 0.008 139 A 0.002 0.001 0.040 0.839 0.007 0.100 0.013 140 L 0.005 0.005 0.034 0.736 0.034 0.094 0.091 141 R 0.008 0.028 0.032 0.506 0.192 0.112 0.122 142 D 0.005 0.008 0.005 0.008 0.343 0.015 0.616 143 P 0.001 0.001 0.055 0.016 0.027 0.884 0.017 144 E 0.001 0.002 0.059 0.012 0.034 0.869 0.022 145 G 0.014 0.016 0.202 0.033 0.194 0.246 0.297 146 H 0.036 0.035 0.070 0.047 0.133 0.142 0.536 147 G 0.069 0.047 0.109 0.040 0.174 0.152 0.408 148 I 0.081 0.050 0.128 0.054 0.144 0.152 0.391 149 F 0.060 0.028 0.037 0.060 0.151 0.081 0.584 150 E 0.024 0.005 0.019 0.018 0.063 0.029 0.843