# TARGET T0495 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.186 0.446 0.007 0.021 0.034 0.020 0.001 0.230 0.002 0.001 2 P 0.551 0.005 0.352 0.033 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 3 M 0.311 0.065 0.151 0.305 0.027 0.051 0.053 0.015 0.016 0.004 0.001 4 T 0.358 0.151 0.152 0.230 0.041 0.018 0.019 0.010 0.018 0.004 0.001 5 L 0.383 0.141 0.274 0.087 0.039 0.019 0.018 0.007 0.021 0.009 0.001 6 D 0.295 0.094 0.337 0.104 0.020 0.093 0.022 0.005 0.024 0.004 0.003 7 L 0.461 0.076 0.243 0.143 0.011 0.039 0.010 0.003 0.011 0.002 0.002 8 Q 0.430 0.136 0.282 0.007 0.026 0.013 0.013 0.002 0.079 0.012 0.001 9 P 0.866 0.001 0.107 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 10 G 0.977 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 17 V 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 R 0.990 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.963 0.003 0.003 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.112 0.004 0.008 0.867 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 25 G 0.006 0.001 0.003 0.007 0.005 0.001 0.311 0.627 0.001 0.039 0.001 26 F 0.061 0.377 0.359 0.068 0.065 0.044 0.010 0.002 0.007 0.006 0.001 27 V 0.016 0.632 0.172 0.021 0.090 0.032 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 28 S 0.015 0.424 0.413 0.010 0.049 0.070 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 29 V 0.031 0.619 0.167 0.013 0.070 0.036 0.003 0.001 0.060 0.001 0.001 30 E 0.327 0.214 0.337 0.037 0.048 0.018 0.003 0.002 0.007 0.005 0.001 31 E 0.168 0.368 0.246 0.091 0.058 0.036 0.008 0.002 0.021 0.001 0.001 32 F 0.085 0.471 0.235 0.062 0.064 0.034 0.008 0.002 0.035 0.003 0.001 33 V 0.028 0.392 0.318 0.005 0.028 0.035 0.013 0.001 0.179 0.001 0.001 34 P 0.040 0.008 0.909 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 35 A 0.704 0.023 0.143 0.090 0.008 0.012 0.005 0.008 0.002 0.004 0.003 36 R 0.151 0.048 0.108 0.503 0.034 0.008 0.110 0.015 0.014 0.009 0.001 37 G 0.025 0.004 0.053 0.015 0.040 0.002 0.065 0.609 0.001 0.187 0.001 38 L 0.120 0.212 0.447 0.086 0.060 0.041 0.012 0.005 0.011 0.003 0.003 39 R 0.048 0.467 0.307 0.042 0.041 0.038 0.015 0.003 0.035 0.002 0.001 40 V 0.032 0.329 0.524 0.006 0.035 0.051 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 41 D 0.418 0.165 0.135 0.152 0.016 0.083 0.005 0.001 0.025 0.001 0.002 42 V 0.017 0.821 0.055 0.012 0.069 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 43 M 0.017 0.819 0.081 0.010 0.030 0.015 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 44 G 0.011 0.610 0.107 0.009 0.178 0.033 0.011 0.004 0.034 0.002 0.001 45 L 0.028 0.585 0.140 0.091 0.078 0.040 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 46 G 0.011 0.073 0.520 0.002 0.184 0.030 0.013 0.003 0.064 0.098 0.001 47 P 0.846 0.001 0.026 0.082 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 48 K 0.136 0.099 0.134 0.504 0.038 0.006 0.061 0.007 0.013 0.002 0.001 49 G 0.009 0.011 0.033 0.019 0.077 0.001 0.132 0.612 0.002 0.104 0.001 50 E 0.041 0.388 0.390 0.037 0.086 0.027 0.011 0.003 0.013 0.003 0.002 51 I 0.004 0.730 0.180 0.007 0.040 0.016 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 52 W 0.007 0.515 0.416 0.004 0.017 0.028 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 53 V 0.002 0.748 0.193 0.001 0.032 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 54 I 0.003 0.839 0.092 0.001 0.028 0.017 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 55 E 0.004 0.687 0.235 0.001 0.020 0.029 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 56 C 0.019 0.595 0.262 0.009 0.026 0.055 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 57 K 0.016 0.553 0.254 0.010 0.078 0.054 0.008 0.001 0.023 0.002 0.001 58 S 0.040 0.428 0.179 0.058 0.243 0.022 0.010 0.002 0.014 0.004 0.001 59 S 0.017 0.276 0.244 0.009 0.414 0.016 0.001 0.003 0.008 0.012 0.001 60 R 0.759 0.064 0.038 0.072 0.019 0.018 0.007 0.004 0.016 0.003 0.001 61 A 0.889 0.015 0.032 0.043 0.005 0.004 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 62 D 0.808 0.007 0.017 0.132 0.004 0.011 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 63 F 0.830 0.012 0.026 0.108 0.003 0.008 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 64 Q 0.841 0.021 0.039 0.085 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 65 A 0.791 0.019 0.031 0.120 0.006 0.008 0.012 0.004 0.006 0.003 0.001 66 D 0.699 0.024 0.070 0.135 0.007 0.020 0.032 0.002 0.009 0.002 0.001 67 A 0.714 0.021 0.052 0.127 0.011 0.016 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 68 K 0.696 0.048 0.086 0.122 0.009 0.013 0.009 0.003 0.010 0.003 0.001 69 W 0.655 0.040 0.181 0.058 0.006 0.030 0.015 0.003 0.008 0.003 0.001 70 Q 0.751 0.025 0.092 0.089 0.013 0.007 0.014 0.004 0.002 0.002 0.001 71 G 0.725 0.004 0.027 0.021 0.025 0.001 0.013 0.101 0.001 0.083 0.001 72 Y 0.945 0.003 0.008 0.037 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.934 0.010 0.018 0.027 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 74 E 0.868 0.010 0.023 0.079 0.005 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 75 W 0.660 0.012 0.018 0.263 0.005 0.010 0.019 0.005 0.008 0.001 0.001 76 C 0.318 0.134 0.280 0.147 0.026 0.046 0.017 0.005 0.026 0.002 0.001 77 D 0.695 0.019 0.033 0.180 0.010 0.015 0.037 0.005 0.003 0.002 0.001 78 R 0.112 0.468 0.069 0.149 0.164 0.011 0.010 0.003 0.013 0.001 0.001 79 Y 0.068 0.647 0.144 0.032 0.048 0.023 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 80 F 0.051 0.727 0.105 0.011 0.033 0.030 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 81 W 0.079 0.549 0.183 0.026 0.030 0.075 0.005 0.001 0.049 0.001 0.001 82 A 0.104 0.444 0.206 0.049 0.072 0.056 0.010 0.003 0.051 0.004 0.002 83 V 0.118 0.408 0.275 0.055 0.036 0.052 0.007 0.001 0.045 0.002 0.001 84 D 0.106 0.073 0.551 0.063 0.063 0.065 0.030 0.007 0.021 0.017 0.005 85 M 0.519 0.045 0.097 0.160 0.040 0.017 0.069 0.040 0.004 0.010 0.001 86 E 0.189 0.079 0.098 0.542 0.011 0.023 0.029 0.006 0.021 0.001 0.001 87 F 0.005 0.350 0.453 0.003 0.021 0.031 0.008 0.001 0.129 0.001 0.001 88 P 0.005 0.005 0.911 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 89 A 0.819 0.014 0.073 0.070 0.007 0.006 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 90 E 0.820 0.017 0.063 0.079 0.007 0.004 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 91 L 0.312 0.016 0.094 0.548 0.004 0.015 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 92 L 0.029 0.182 0.596 0.006 0.029 0.024 0.021 0.001 0.107 0.003 0.001 93 P 0.031 0.004 0.911 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 94 A 0.705 0.011 0.179 0.072 0.008 0.006 0.003 0.008 0.001 0.004 0.004 95 E 0.348 0.114 0.136 0.217 0.102 0.014 0.025 0.024 0.012 0.006 0.001 96 S 0.092 0.269 0.208 0.277 0.115 0.011 0.008 0.004 0.014 0.002 0.001 97 G 0.017 0.097 0.110 0.012 0.499 0.003 0.021 0.052 0.006 0.181 0.001 98 L 0.009 0.674 0.215 0.005 0.062 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 99 L 0.008 0.724 0.164 0.003 0.014 0.058 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 100 I 0.005 0.748 0.120 0.005 0.019 0.039 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 101 A 0.051 0.429 0.324 0.025 0.061 0.081 0.002 0.001 0.023 0.001 0.002 102 D 0.012 0.197 0.314 0.018 0.142 0.165 0.012 0.001 0.133 0.005 0.001 103 A 0.728 0.009 0.021 0.203 0.007 0.007 0.010 0.008 0.003 0.003 0.001 104 Y 0.472 0.049 0.063 0.363 0.014 0.007 0.017 0.004 0.009 0.002 0.001 105 D 0.136 0.022 0.055 0.378 0.019 0.023 0.309 0.035 0.016 0.006 0.001 106 A 0.155 0.120 0.336 0.087 0.104 0.011 0.073 0.078 0.007 0.028 0.001 107 E 0.100 0.502 0.278 0.030 0.051 0.017 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 108 I 0.065 0.452 0.431 0.005 0.009 0.028 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 109 V 0.090 0.686 0.096 0.039 0.034 0.026 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 110 R 0.031 0.602 0.289 0.003 0.035 0.018 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 111 M 0.057 0.122 0.690 0.016 0.006 0.056 0.006 0.001 0.040 0.001 0.007 112 A 0.051 0.039 0.766 0.001 0.032 0.005 0.004 0.005 0.023 0.073 0.002 113 P 0.534 0.007 0.329 0.019 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 114 E 0.445 0.132 0.133 0.220 0.027 0.017 0.010 0.006 0.009 0.002 0.001 115 Q 0.190 0.316 0.265 0.084 0.059 0.020 0.020 0.003 0.041 0.003 0.001 116 K 0.304 0.077 0.377 0.067 0.007 0.100 0.037 0.002 0.024 0.001 0.004 117 L 0.168 0.162 0.458 0.076 0.021 0.060 0.012 0.002 0.036 0.001 0.003 118 A 0.146 0.070 0.704 0.003 0.021 0.008 0.004 0.002 0.024 0.016 0.002 119 P 0.350 0.004 0.509 0.017 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 120 A 0.437 0.040 0.397 0.053 0.018 0.016 0.013 0.016 0.003 0.006 0.001 121 R 0.541 0.085 0.250 0.044 0.016 0.032 0.008 0.003 0.015 0.005 0.001 122 R 0.950 0.009 0.022 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 K 0.989 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 T 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.969 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 R 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.975 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.968 0.002 0.005 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.863 0.005 0.012 0.108 0.003 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 140 L 0.475 0.029 0.073 0.365 0.007 0.018 0.019 0.004 0.010 0.001 0.001 141 R 0.202 0.178 0.218 0.277 0.027 0.054 0.017 0.005 0.020 0.002 0.001 142 D 0.011 0.100 0.597 0.004 0.025 0.069 0.009 0.001 0.181 0.003 0.001 143 P 0.946 0.001 0.021 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 144 E 0.399 0.006 0.026 0.541 0.002 0.005 0.012 0.004 0.005 0.001 0.001 145 G 0.250 0.020 0.175 0.206 0.042 0.012 0.059 0.180 0.006 0.049 0.001 146 H 0.345 0.102 0.260 0.205 0.025 0.011 0.026 0.007 0.012 0.006 0.001 147 G 0.221 0.029 0.185 0.056 0.093 0.007 0.037 0.171 0.003 0.198 0.001 148 I 0.341 0.202 0.175 0.208 0.033 0.022 0.006 0.002 0.011 0.001 0.001 149 F 0.165 0.195 0.322 0.146 0.062 0.050 0.019 0.006 0.027 0.008 0.001 150 E 0.304 0.177 0.213 0.098 0.090 0.026 0.034 0.016 0.020 0.021 0.001