# TARGET T0495 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.385 0.256 0.018 0.156 0.006 0.014 0.068 0.021 0.011 0.016 2 P 0.056 0.366 0.069 0.007 0.180 0.011 0.028 0.146 0.084 0.029 0.023 3 M 0.069 0.108 0.034 0.008 0.125 0.018 0.074 0.271 0.191 0.074 0.029 4 T 0.081 0.123 0.035 0.007 0.162 0.010 0.034 0.269 0.145 0.101 0.033 5 L 0.080 0.162 0.048 0.012 0.156 0.016 0.033 0.242 0.126 0.089 0.036 6 D 0.134 0.104 0.038 0.011 0.183 0.013 0.045 0.233 0.065 0.099 0.075 7 L 0.056 0.215 0.089 0.013 0.108 0.013 0.022 0.185 0.095 0.161 0.042 8 Q 0.044 0.242 0.156 0.012 0.132 0.007 0.017 0.317 0.041 0.018 0.015 9 P 0.004 0.040 0.018 0.002 0.009 0.001 0.004 0.806 0.098 0.015 0.002 10 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.912 0.074 0.006 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.027 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.026 0.003 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.038 0.004 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.032 0.002 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.976 0.016 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.019 0.006 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.043 0.006 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.016 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.972 0.017 0.004 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.927 0.059 0.006 0.001 22 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.833 0.140 0.008 0.001 23 A 0.002 0.007 0.004 0.002 0.004 0.008 0.122 0.716 0.103 0.032 0.001 24 H 0.002 0.693 0.243 0.008 0.036 0.001 0.003 0.004 0.002 0.006 0.002 25 G 0.034 0.012 0.020 0.066 0.009 0.019 0.006 0.015 0.018 0.487 0.314 26 F 0.169 0.267 0.043 0.006 0.406 0.004 0.007 0.016 0.015 0.026 0.040 27 V 0.083 0.316 0.075 0.006 0.431 0.005 0.009 0.019 0.017 0.013 0.024 28 S 0.199 0.302 0.074 0.003 0.341 0.002 0.005 0.018 0.013 0.013 0.031 29 V 0.193 0.190 0.076 0.007 0.316 0.005 0.012 0.053 0.067 0.028 0.052 30 E 0.059 0.184 0.049 0.016 0.170 0.031 0.049 0.209 0.176 0.036 0.021 31 E 0.189 0.162 0.040 0.004 0.327 0.003 0.020 0.097 0.041 0.067 0.052 32 F 0.191 0.191 0.048 0.011 0.306 0.012 0.023 0.046 0.027 0.079 0.065 33 V 0.052 0.407 0.216 0.024 0.211 0.010 0.016 0.030 0.011 0.010 0.013 34 P 0.030 0.277 0.451 0.027 0.085 0.011 0.013 0.055 0.025 0.011 0.014 35 A 0.032 0.066 0.048 0.043 0.051 0.095 0.169 0.294 0.133 0.051 0.019 36 R 0.009 0.242 0.225 0.153 0.046 0.065 0.134 0.052 0.029 0.033 0.012 37 G 0.022 0.019 0.039 0.094 0.014 0.036 0.008 0.016 0.026 0.594 0.131 38 L 0.097 0.370 0.106 0.007 0.331 0.003 0.009 0.018 0.016 0.026 0.017 39 R 0.124 0.219 0.076 0.010 0.488 0.010 0.020 0.018 0.009 0.008 0.019 40 V 0.278 0.171 0.020 0.004 0.478 0.003 0.004 0.005 0.004 0.006 0.027 41 D 0.309 0.033 0.006 0.009 0.505 0.022 0.037 0.016 0.006 0.010 0.045 42 V 0.337 0.060 0.005 0.002 0.538 0.003 0.004 0.005 0.004 0.010 0.031 43 M 0.245 0.086 0.004 0.002 0.597 0.005 0.006 0.005 0.002 0.009 0.037 44 G 0.266 0.100 0.021 0.003 0.496 0.002 0.003 0.006 0.002 0.034 0.066 45 L 0.205 0.161 0.034 0.031 0.228 0.019 0.023 0.022 0.020 0.124 0.133 46 G 0.013 0.116 0.458 0.309 0.034 0.039 0.006 0.008 0.007 0.006 0.004 47 P 0.017 0.034 0.071 0.087 0.024 0.098 0.123 0.335 0.160 0.037 0.013 48 K 0.011 0.142 0.116 0.136 0.024 0.083 0.299 0.083 0.046 0.044 0.015 49 G 0.045 0.065 0.062 0.056 0.044 0.023 0.006 0.011 0.031 0.496 0.160 50 E 0.143 0.214 0.038 0.003 0.478 0.006 0.030 0.027 0.024 0.022 0.014 51 I 0.315 0.076 0.006 0.001 0.579 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 52 W 0.153 0.150 0.009 0.004 0.672 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 53 V 0.470 0.017 0.001 0.001 0.480 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 54 I 0.156 0.089 0.004 0.002 0.735 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 55 E 0.282 0.049 0.002 0.001 0.637 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 56 C 0.274 0.097 0.015 0.005 0.521 0.005 0.007 0.006 0.002 0.008 0.059 57 K 0.369 0.081 0.020 0.005 0.233 0.008 0.018 0.009 0.006 0.054 0.197 58 S 0.109 0.330 0.086 0.070 0.246 0.029 0.012 0.018 0.020 0.036 0.044 59 S 0.014 0.540 0.274 0.019 0.068 0.003 0.002 0.041 0.017 0.017 0.004 60 R 0.003 0.003 0.002 0.002 0.004 0.003 0.007 0.528 0.425 0.020 0.003 61 A 0.004 0.025 0.009 0.005 0.010 0.005 0.017 0.798 0.111 0.014 0.003 62 D 0.009 0.009 0.002 0.001 0.013 0.001 0.010 0.592 0.164 0.193 0.006 63 F 0.008 0.013 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 0.756 0.166 0.034 0.004 64 Q 0.005 0.013 0.006 0.001 0.009 0.003 0.020 0.712 0.187 0.041 0.004 65 A 0.005 0.023 0.012 0.003 0.014 0.005 0.046 0.699 0.119 0.071 0.004 66 D 0.036 0.092 0.024 0.004 0.083 0.003 0.023 0.468 0.160 0.087 0.019 67 A 0.007 0.015 0.010 0.003 0.011 0.004 0.014 0.555 0.276 0.096 0.009 68 K 0.018 0.070 0.036 0.007 0.029 0.013 0.065 0.496 0.147 0.105 0.014 69 W 0.027 0.124 0.072 0.021 0.056 0.010 0.028 0.382 0.132 0.118 0.031 70 Q 0.006 0.051 0.025 0.018 0.020 0.048 0.110 0.545 0.155 0.016 0.006 71 G 0.013 0.034 0.033 0.023 0.018 0.013 0.038 0.438 0.193 0.173 0.024 72 Y 0.022 0.030 0.014 0.007 0.029 0.011 0.028 0.424 0.227 0.189 0.018 73 L 0.026 0.039 0.005 0.003 0.044 0.005 0.011 0.480 0.323 0.045 0.019 74 E 0.020 0.019 0.010 0.009 0.025 0.015 0.079 0.478 0.291 0.046 0.010 75 W 0.020 0.020 0.009 0.010 0.026 0.015 0.110 0.312 0.194 0.271 0.012 76 C 0.255 0.120 0.029 0.009 0.307 0.007 0.011 0.040 0.032 0.059 0.131 77 D 0.008 0.006 0.004 0.033 0.010 0.166 0.247 0.286 0.142 0.084 0.014 78 R 0.094 0.167 0.071 0.012 0.297 0.008 0.020 0.100 0.074 0.128 0.030 79 Y 0.256 0.079 0.006 0.001 0.612 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.025 80 F 0.147 0.074 0.005 0.001 0.722 0.002 0.003 0.006 0.002 0.004 0.033 81 W 0.240 0.102 0.011 0.001 0.522 0.001 0.002 0.004 0.003 0.021 0.093 82 A 0.167 0.288 0.087 0.004 0.355 0.003 0.012 0.014 0.007 0.029 0.032 83 V 0.019 0.496 0.277 0.014 0.115 0.004 0.013 0.025 0.017 0.011 0.008 84 D 0.090 0.249 0.078 0.008 0.289 0.006 0.017 0.096 0.101 0.023 0.042 85 M 0.009 0.035 0.011 0.003 0.026 0.013 0.050 0.195 0.589 0.061 0.008 86 E 0.049 0.022 0.010 0.002 0.038 0.003 0.048 0.062 0.131 0.574 0.061 87 F 0.017 0.625 0.235 0.003 0.100 0.001 0.005 0.005 0.003 0.004 0.003 88 P 0.012 0.694 0.183 0.002 0.093 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 89 A 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.225 0.745 0.006 0.002 90 E 0.004 0.009 0.003 0.002 0.009 0.003 0.036 0.562 0.302 0.062 0.009 91 L 0.012 0.007 0.002 0.001 0.010 0.002 0.024 0.118 0.191 0.628 0.007 92 L 0.073 0.341 0.168 0.008 0.177 0.002 0.009 0.115 0.053 0.024 0.030 93 P 0.008 0.472 0.202 0.021 0.067 0.011 0.009 0.109 0.075 0.018 0.007 94 A 0.009 0.013 0.008 0.001 0.010 0.007 0.137 0.444 0.343 0.023 0.005 95 E 0.040 0.021 0.007 0.004 0.026 0.008 0.060 0.270 0.200 0.334 0.031 96 S 0.041 0.547 0.146 0.029 0.137 0.003 0.006 0.009 0.009 0.059 0.014 97 G 0.043 0.099 0.180 0.353 0.078 0.124 0.013 0.009 0.007 0.051 0.042 98 L 0.137 0.211 0.028 0.001 0.603 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 99 L 0.202 0.139 0.017 0.001 0.609 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.024 100 I 0.313 0.149 0.028 0.001 0.443 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.053 101 A 0.066 0.385 0.132 0.020 0.286 0.025 0.017 0.019 0.014 0.018 0.018 102 D 0.052 0.286 0.458 0.018 0.109 0.004 0.006 0.020 0.012 0.016 0.019 103 A 0.013 0.024 0.025 0.032 0.018 0.030 0.039 0.432 0.307 0.068 0.013 104 Y 0.003 0.266 0.157 0.090 0.028 0.098 0.147 0.149 0.042 0.017 0.003 105 D 0.081 0.017 0.008 0.007 0.039 0.003 0.005 0.012 0.019 0.516 0.294 106 A 0.129 0.309 0.056 0.001 0.434 0.001 0.002 0.020 0.011 0.015 0.023 107 E 0.064 0.324 0.031 0.001 0.535 0.001 0.005 0.021 0.009 0.005 0.005 108 I 0.433 0.057 0.008 0.001 0.417 0.002 0.006 0.020 0.005 0.006 0.043 109 V 0.111 0.135 0.061 0.037 0.317 0.051 0.069 0.105 0.034 0.041 0.040 110 R 0.168 0.221 0.057 0.008 0.377 0.009 0.027 0.054 0.014 0.023 0.042 111 M 0.068 0.329 0.240 0.020 0.164 0.005 0.011 0.037 0.022 0.064 0.040 112 A 0.026 0.453 0.282 0.022 0.124 0.007 0.010 0.046 0.015 0.006 0.009 113 P 0.019 0.315 0.077 0.008 0.080 0.014 0.047 0.247 0.169 0.017 0.008 114 E 0.036 0.054 0.017 0.005 0.051 0.009 0.055 0.203 0.271 0.258 0.041 115 Q 0.040 0.416 0.147 0.011 0.194 0.010 0.026 0.069 0.043 0.030 0.013 116 K 0.147 0.099 0.049 0.013 0.150 0.023 0.075 0.099 0.071 0.159 0.114 117 L 0.051 0.328 0.260 0.024 0.142 0.009 0.025 0.044 0.033 0.053 0.031 118 A 0.020 0.345 0.320 0.044 0.084 0.020 0.037 0.078 0.024 0.014 0.013 119 P 0.027 0.279 0.155 0.015 0.089 0.015 0.029 0.215 0.112 0.042 0.024 120 A 0.027 0.246 0.083 0.007 0.100 0.012 0.040 0.298 0.108 0.059 0.019 121 R 0.016 0.310 0.133 0.005 0.041 0.003 0.010 0.318 0.061 0.093 0.009 122 R 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 0.867 0.099 0.009 0.002 123 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.930 0.053 0.004 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.028 0.005 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.002 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.002 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.021 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.970 0.023 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.052 0.020 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.052 0.003 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.021 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.958 0.026 0.009 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.035 0.006 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 135 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.015 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.024 0.006 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.911 0.073 0.010 0.001 138 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.804 0.163 0.015 0.001 139 A 0.002 0.007 0.005 0.002 0.005 0.006 0.066 0.741 0.133 0.031 0.001 140 L 0.013 0.020 0.006 0.002 0.025 0.005 0.081 0.617 0.119 0.100 0.010 141 R 0.037 0.112 0.046 0.019 0.093 0.042 0.126 0.209 0.104 0.184 0.031 142 D 0.332 0.075 0.029 0.002 0.444 0.001 0.004 0.018 0.011 0.011 0.074 143 P 0.005 0.022 0.009 0.002 0.015 0.004 0.012 0.398 0.501 0.028 0.004 144 E 0.014 0.045 0.020 0.009 0.023 0.022 0.203 0.326 0.178 0.148 0.013 145 G 0.072 0.045 0.018 0.020 0.067 0.018 0.059 0.148 0.118 0.370 0.066 146 H 0.060 0.186 0.079 0.037 0.114 0.044 0.067 0.145 0.110 0.106 0.052 147 G 0.048 0.080 0.098 0.126 0.077 0.056 0.032 0.146 0.119 0.162 0.055 148 I 0.139 0.119 0.036 0.013 0.195 0.023 0.073 0.201 0.103 0.061 0.037 149 F 0.102 0.169 0.072 0.029 0.162 0.020 0.033 0.152 0.083 0.114 0.065 150 E 0.080 0.198 0.103 0.029 0.182 0.027 0.044 0.174 0.072 0.058 0.032