# TARGET T0495 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.684 0.171 0.071 0.045 0.021 0.006 0.001 2 P 0.680 0.194 0.076 0.035 0.012 0.003 0.001 3 M 0.639 0.229 0.085 0.035 0.009 0.002 0.001 4 T 0.501 0.246 0.130 0.078 0.034 0.010 0.001 5 L 0.347 0.213 0.181 0.145 0.081 0.029 0.005 6 D 0.361 0.269 0.182 0.116 0.052 0.017 0.003 7 L 0.259 0.253 0.214 0.161 0.079 0.030 0.004 8 Q 0.344 0.261 0.162 0.114 0.076 0.035 0.007 9 P 0.194 0.237 0.215 0.176 0.108 0.057 0.013 10 G 0.099 0.114 0.137 0.238 0.248 0.141 0.023 11 Q 0.071 0.217 0.283 0.251 0.126 0.047 0.006 12 R 0.039 0.115 0.215 0.289 0.238 0.093 0.011 13 L 0.008 0.012 0.022 0.061 0.194 0.480 0.224 14 A 0.005 0.021 0.055 0.184 0.323 0.333 0.080 15 R 0.009 0.077 0.213 0.296 0.233 0.141 0.032 16 G 0.003 0.013 0.055 0.178 0.369 0.321 0.062 17 V 0.001 0.002 0.004 0.010 0.056 0.407 0.520 18 A 0.002 0.012 0.032 0.123 0.294 0.391 0.146 19 R 0.009 0.076 0.176 0.257 0.231 0.173 0.078 20 H 0.002 0.016 0.054 0.184 0.314 0.348 0.082 21 L 0.001 0.005 0.014 0.074 0.297 0.494 0.114 22 R 0.025 0.136 0.245 0.306 0.217 0.063 0.007 23 A 0.187 0.409 0.231 0.115 0.042 0.014 0.003 24 H 0.030 0.161 0.285 0.295 0.163 0.058 0.008 25 G 0.025 0.112 0.202 0.289 0.236 0.116 0.019 26 F 0.005 0.012 0.038 0.126 0.317 0.404 0.098 27 V 0.005 0.010 0.021 0.055 0.161 0.473 0.276 28 S 0.006 0.012 0.023 0.055 0.139 0.404 0.361 29 V 0.005 0.006 0.011 0.041 0.147 0.382 0.408 30 E 0.026 0.072 0.120 0.195 0.225 0.219 0.143 31 E 0.021 0.076 0.118 0.188 0.245 0.271 0.081 32 F 0.011 0.036 0.077 0.174 0.302 0.314 0.086 33 V 0.046 0.135 0.211 0.255 0.210 0.118 0.026 34 P 0.141 0.191 0.188 0.194 0.155 0.101 0.030 35 A 0.202 0.223 0.189 0.170 0.128 0.070 0.018 36 R 0.142 0.245 0.254 0.201 0.104 0.043 0.012 37 G 0.081 0.160 0.178 0.220 0.192 0.133 0.037 38 L 0.006 0.029 0.071 0.175 0.325 0.314 0.079 39 R 0.002 0.008 0.034 0.135 0.266 0.346 0.209 40 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.057 0.346 0.581 41 D 0.001 0.001 0.004 0.021 0.092 0.332 0.550 42 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.033 0.245 0.711 43 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.243 0.725 44 G 0.001 0.002 0.005 0.022 0.093 0.379 0.500 45 L 0.001 0.003 0.012 0.064 0.248 0.460 0.214 46 G 0.010 0.065 0.172 0.316 0.285 0.131 0.021 47 P 0.075 0.279 0.299 0.222 0.094 0.026 0.004 48 K 0.234 0.369 0.216 0.116 0.046 0.015 0.003 49 G 0.024 0.087 0.202 0.293 0.286 0.098 0.010 50 E 0.018 0.073 0.185 0.303 0.256 0.141 0.025 51 I 0.002 0.007 0.016 0.051 0.222 0.527 0.175 52 W 0.001 0.005 0.018 0.083 0.225 0.429 0.240 53 V 0.001 0.003 0.008 0.022 0.076 0.331 0.559 54 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.205 0.748 55 E 0.001 0.002 0.008 0.031 0.092 0.276 0.590 56 C 0.001 0.006 0.011 0.031 0.088 0.343 0.520 57 K 0.007 0.017 0.037 0.122 0.220 0.358 0.239 58 S 0.006 0.025 0.050 0.102 0.164 0.417 0.235 59 S 0.037 0.070 0.100 0.185 0.233 0.268 0.107 60 R 0.087 0.192 0.228 0.206 0.146 0.104 0.037 61 A 0.207 0.225 0.173 0.162 0.111 0.086 0.036 62 D 0.086 0.147 0.183 0.202 0.177 0.161 0.043 63 F 0.115 0.099 0.115 0.183 0.258 0.195 0.035 64 Q 0.228 0.272 0.228 0.162 0.075 0.030 0.006 65 A 0.259 0.220 0.179 0.160 0.110 0.060 0.013 66 D 0.310 0.254 0.208 0.143 0.063 0.020 0.003 67 A 0.387 0.302 0.157 0.094 0.043 0.015 0.002 68 K 0.243 0.203 0.190 0.188 0.121 0.049 0.007 69 W 0.208 0.190 0.178 0.193 0.156 0.068 0.007 70 Q 0.437 0.315 0.152 0.068 0.022 0.006 0.001 71 G 0.326 0.271 0.189 0.129 0.057 0.024 0.005 72 Y 0.090 0.093 0.114 0.174 0.250 0.235 0.043 73 L 0.104 0.149 0.221 0.263 0.178 0.077 0.009 74 E 0.143 0.273 0.240 0.188 0.105 0.044 0.006 75 W 0.036 0.051 0.094 0.190 0.308 0.268 0.053 76 C 0.019 0.035 0.061 0.162 0.300 0.330 0.093 77 D 0.043 0.159 0.242 0.272 0.173 0.089 0.023 78 R 0.012 0.024 0.083 0.227 0.332 0.252 0.070 79 Y 0.007 0.013 0.017 0.030 0.101 0.449 0.384 80 F 0.007 0.015 0.031 0.086 0.226 0.423 0.211 81 W 0.008 0.021 0.050 0.118 0.237 0.376 0.189 82 A 0.005 0.010 0.020 0.079 0.274 0.479 0.133 83 V 0.008 0.031 0.079 0.239 0.359 0.261 0.023 84 D 0.080 0.255 0.309 0.228 0.103 0.023 0.002 85 M 0.247 0.359 0.216 0.121 0.044 0.011 0.001 86 E 0.271 0.357 0.210 0.110 0.041 0.011 0.001 87 F 0.022 0.057 0.176 0.355 0.316 0.072 0.002 88 P 0.225 0.396 0.240 0.093 0.036 0.010 0.001 89 A 0.139 0.268 0.297 0.209 0.073 0.013 0.001 90 E 0.454 0.341 0.121 0.054 0.021 0.007 0.001 91 L 0.023 0.115 0.277 0.359 0.180 0.045 0.002 92 L 0.013 0.043 0.116 0.305 0.366 0.150 0.007 93 P 0.150 0.335 0.286 0.161 0.058 0.010 0.001 94 A 0.302 0.377 0.185 0.090 0.034 0.011 0.002 95 E 0.049 0.204 0.280 0.262 0.136 0.061 0.008 96 S 0.003 0.014 0.060 0.215 0.402 0.272 0.034 97 G 0.002 0.007 0.024 0.081 0.216 0.487 0.182 98 L 0.002 0.006 0.011 0.024 0.088 0.447 0.422 99 L 0.001 0.002 0.005 0.017 0.086 0.371 0.518 100 I 0.001 0.006 0.022 0.081 0.222 0.403 0.264 101 A 0.003 0.009 0.022 0.081 0.260 0.468 0.158 102 D 0.035 0.137 0.229 0.296 0.202 0.091 0.010 103 A 0.158 0.293 0.241 0.179 0.091 0.033 0.005 104 Y 0.217 0.221 0.218 0.200 0.102 0.037 0.006 105 D 0.420 0.292 0.148 0.081 0.039 0.016 0.003 106 A 0.105 0.105 0.152 0.230 0.230 0.148 0.031 107 E 0.134 0.189 0.225 0.212 0.145 0.079 0.016 108 I 0.078 0.082 0.102 0.160 0.226 0.279 0.072 109 V 0.073 0.094 0.138 0.240 0.253 0.166 0.035 110 R 0.107 0.225 0.248 0.205 0.129 0.071 0.014 111 M 0.159 0.207 0.215 0.212 0.132 0.060 0.014 112 A 0.127 0.147 0.169 0.226 0.197 0.113 0.020 113 P 0.348 0.286 0.188 0.116 0.048 0.014 0.002 114 E 0.616 0.262 0.078 0.031 0.010 0.003 0.001 115 Q 0.375 0.261 0.193 0.116 0.043 0.011 0.001 116 K 0.478 0.317 0.128 0.054 0.018 0.005 0.001 117 L 0.196 0.156 0.195 0.228 0.154 0.062 0.008 118 A 0.423 0.287 0.156 0.088 0.035 0.010 0.001 119 P 0.461 0.311 0.142 0.061 0.019 0.005 0.001 120 A 0.308 0.183 0.156 0.171 0.126 0.049 0.007 121 R 0.118 0.215 0.232 0.194 0.133 0.091 0.017 122 R 0.073 0.096 0.132 0.238 0.268 0.164 0.029 123 K 0.094 0.243 0.276 0.216 0.113 0.047 0.010 124 V 0.085 0.174 0.228 0.237 0.169 0.090 0.018 125 L 0.023 0.041 0.071 0.139 0.267 0.344 0.114 126 I 0.021 0.033 0.047 0.117 0.234 0.382 0.167 127 Q 0.022 0.095 0.198 0.315 0.229 0.121 0.020 128 K 0.019 0.051 0.140 0.295 0.322 0.152 0.021 129 F 0.015 0.015 0.016 0.034 0.121 0.486 0.313 130 A 0.014 0.019 0.035 0.118 0.271 0.414 0.127 131 T 0.024 0.133 0.248 0.287 0.194 0.090 0.023 132 H 0.026 0.039 0.103 0.282 0.325 0.181 0.045 133 A 0.024 0.022 0.025 0.042 0.105 0.373 0.408 134 A 0.060 0.090 0.111 0.166 0.218 0.255 0.099 135 R 0.081 0.168 0.221 0.252 0.168 0.077 0.032 136 R 0.035 0.053 0.078 0.186 0.285 0.273 0.090 137 L 0.029 0.038 0.052 0.099 0.203 0.398 0.180 138 Q 0.062 0.130 0.175 0.227 0.223 0.156 0.028 139 A 0.105 0.184 0.235 0.238 0.165 0.058 0.015 140 L 0.067 0.104 0.153 0.244 0.247 0.153 0.032 141 R 0.157 0.219 0.215 0.210 0.136 0.057 0.006 142 D 0.383 0.282 0.174 0.103 0.044 0.012 0.001 143 P 0.696 0.182 0.064 0.036 0.016 0.005 0.001 144 E 0.781 0.146 0.043 0.020 0.008 0.002 0.001 145 G 0.564 0.198 0.121 0.081 0.029 0.007 0.001 146 H 0.595 0.234 0.106 0.047 0.014 0.003 0.001 147 G 0.557 0.249 0.114 0.057 0.019 0.003 0.001 148 I 0.464 0.254 0.162 0.084 0.029 0.006 0.001 149 F 0.411 0.201 0.165 0.143 0.065 0.015 0.001 150 E 0.676 0.194 0.077 0.036 0.013 0.004 0.001