# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.012 0.789 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.008 0.103 0.010 0.051 0.012 2 P 0.001 0.010 0.650 0.002 0.060 0.032 0.001 0.001 0.013 0.063 0.126 0.003 0.040 3 M 0.001 0.013 0.295 0.010 0.138 0.072 0.001 0.001 0.010 0.143 0.294 0.016 0.007 4 T 0.001 0.014 0.359 0.002 0.210 0.079 0.001 0.001 0.011 0.153 0.132 0.013 0.026 5 L 0.001 0.018 0.470 0.004 0.098 0.121 0.001 0.001 0.013 0.125 0.105 0.015 0.027 6 D 0.003 0.037 0.409 0.002 0.087 0.156 0.002 0.001 0.016 0.121 0.115 0.030 0.022 7 L 0.002 0.019 0.420 0.002 0.040 0.255 0.001 0.001 0.007 0.144 0.071 0.009 0.029 8 Q 0.001 0.007 0.543 0.002 0.014 0.230 0.001 0.001 0.002 0.147 0.020 0.028 0.005 9 P 0.001 0.001 0.078 0.001 0.039 0.825 0.001 0.001 0.001 0.015 0.033 0.001 0.007 10 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 0.889 0.001 0.001 0.001 0.003 0.078 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.020 0.001 0.049 0.738 0.001 0.001 0.001 0.016 0.170 0.001 0.002 24 H 0.001 0.001 0.053 0.004 0.023 0.181 0.001 0.001 0.003 0.086 0.646 0.001 0.001 25 G 0.001 0.001 0.100 0.004 0.004 0.015 0.001 0.001 0.005 0.136 0.728 0.004 0.002 26 F 0.009 0.011 0.621 0.003 0.007 0.015 0.008 0.016 0.098 0.094 0.048 0.010 0.059 27 V 0.049 0.053 0.187 0.020 0.004 0.008 0.061 0.078 0.229 0.067 0.008 0.166 0.069 28 S 0.062 0.016 0.108 0.035 0.005 0.007 0.101 0.110 0.305 0.014 0.005 0.061 0.171 29 V 0.040 0.007 0.134 0.065 0.030 0.034 0.055 0.163 0.256 0.019 0.014 0.055 0.127 30 E 0.037 0.005 0.115 0.118 0.117 0.039 0.027 0.051 0.232 0.061 0.026 0.083 0.087 31 E 0.086 0.009 0.118 0.020 0.124 0.027 0.019 0.006 0.080 0.074 0.055 0.197 0.185 32 F 0.078 0.041 0.236 0.011 0.029 0.014 0.010 0.003 0.038 0.116 0.048 0.087 0.289 33 V 0.012 0.049 0.500 0.005 0.007 0.003 0.002 0.001 0.010 0.143 0.013 0.205 0.050 34 P 0.003 0.019 0.607 0.002 0.064 0.013 0.001 0.001 0.005 0.092 0.065 0.011 0.119 35 A 0.001 0.007 0.330 0.009 0.133 0.026 0.001 0.001 0.002 0.128 0.334 0.018 0.012 36 R 0.001 0.002 0.079 0.005 0.133 0.014 0.001 0.001 0.001 0.118 0.639 0.003 0.004 37 G 0.001 0.007 0.209 0.003 0.053 0.010 0.001 0.001 0.004 0.275 0.421 0.006 0.010 38 L 0.005 0.029 0.631 0.006 0.017 0.004 0.003 0.001 0.015 0.154 0.030 0.069 0.037 39 R 0.019 0.042 0.345 0.012 0.021 0.005 0.007 0.005 0.114 0.084 0.020 0.040 0.286 40 V 0.035 0.010 0.326 0.130 0.007 0.002 0.016 0.016 0.156 0.099 0.016 0.128 0.059 41 D 0.080 0.004 0.144 0.109 0.005 0.001 0.062 0.040 0.214 0.045 0.008 0.169 0.120 42 V 0.232 0.001 0.024 0.008 0.006 0.001 0.173 0.153 0.157 0.003 0.001 0.042 0.200 43 M 0.511 0.002 0.002 0.080 0.001 0.001 0.103 0.096 0.038 0.001 0.001 0.140 0.025 44 G 0.546 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.104 0.071 0.047 0.001 0.001 0.089 0.126 45 L 0.283 0.038 0.090 0.015 0.004 0.002 0.054 0.092 0.113 0.015 0.011 0.055 0.229 46 G 0.007 0.008 0.639 0.006 0.003 0.001 0.002 0.002 0.038 0.135 0.015 0.098 0.045 47 P 0.001 0.002 0.053 0.030 0.025 0.003 0.001 0.001 0.003 0.157 0.685 0.010 0.030 48 K 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.942 0.001 0.001 49 G 0.004 0.006 0.197 0.011 0.018 0.001 0.001 0.001 0.007 0.431 0.285 0.020 0.020 50 E 0.033 0.030 0.439 0.018 0.003 0.001 0.010 0.004 0.075 0.138 0.017 0.080 0.153 51 I 0.196 0.018 0.083 0.022 0.001 0.001 0.074 0.032 0.147 0.018 0.001 0.072 0.336 52 W 0.389 0.001 0.007 0.091 0.001 0.001 0.208 0.069 0.055 0.002 0.001 0.140 0.038 53 V 0.522 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.194 0.130 0.035 0.001 0.001 0.016 0.088 54 I 0.630 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.181 0.106 0.016 0.001 0.001 0.041 0.013 55 E 0.574 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.145 0.120 0.048 0.001 0.001 0.050 0.051 56 C 0.502 0.001 0.017 0.009 0.001 0.001 0.135 0.043 0.078 0.004 0.002 0.038 0.169 57 K 0.199 0.009 0.148 0.051 0.003 0.003 0.044 0.019 0.123 0.049 0.019 0.263 0.071 58 S 0.029 0.014 0.406 0.005 0.011 0.010 0.008 0.003 0.038 0.180 0.050 0.040 0.207 59 S 0.004 0.007 0.615 0.007 0.013 0.019 0.001 0.001 0.014 0.211 0.055 0.029 0.022 60 R 0.003 0.010 0.166 0.005 0.188 0.303 0.001 0.001 0.007 0.134 0.136 0.010 0.038 61 A 0.003 0.008 0.090 0.005 0.171 0.509 0.001 0.001 0.005 0.082 0.092 0.013 0.019 62 D 0.002 0.008 0.117 0.002 0.145 0.592 0.001 0.001 0.005 0.039 0.056 0.014 0.019 63 F 0.001 0.002 0.052 0.001 0.083 0.725 0.001 0.001 0.007 0.013 0.098 0.003 0.012 64 Q 0.003 0.007 0.061 0.002 0.073 0.623 0.001 0.001 0.010 0.022 0.174 0.014 0.010 65 A 0.004 0.012 0.107 0.002 0.056 0.559 0.001 0.001 0.007 0.065 0.154 0.008 0.024 66 D 0.004 0.010 0.449 0.005 0.028 0.269 0.001 0.001 0.005 0.097 0.094 0.024 0.014 67 A 0.001 0.005 0.061 0.001 0.100 0.457 0.001 0.001 0.002 0.033 0.326 0.003 0.009 68 K 0.001 0.009 0.099 0.003 0.072 0.281 0.001 0.001 0.003 0.038 0.487 0.003 0.005 69 W 0.001 0.011 0.292 0.001 0.115 0.378 0.001 0.001 0.005 0.106 0.068 0.013 0.009 70 Q 0.001 0.008 0.142 0.004 0.082 0.421 0.001 0.001 0.006 0.074 0.250 0.003 0.009 71 G 0.001 0.011 0.074 0.004 0.047 0.284 0.001 0.001 0.003 0.086 0.477 0.007 0.005 72 Y 0.003 0.013 0.243 0.003 0.080 0.399 0.001 0.002 0.010 0.116 0.092 0.010 0.029 73 L 0.003 0.016 0.165 0.004 0.078 0.516 0.001 0.002 0.012 0.100 0.057 0.028 0.017 74 E 0.003 0.011 0.080 0.005 0.084 0.545 0.001 0.002 0.013 0.054 0.171 0.007 0.024 75 W 0.009 0.011 0.096 0.010 0.069 0.513 0.003 0.003 0.009 0.056 0.169 0.031 0.022 76 C 0.011 0.009 0.140 0.011 0.070 0.480 0.002 0.004 0.018 0.082 0.100 0.022 0.051 77 D 0.021 0.010 0.140 0.030 0.056 0.406 0.003 0.003 0.013 0.109 0.124 0.038 0.045 78 R 0.042 0.007 0.095 0.021 0.081 0.429 0.006 0.004 0.017 0.063 0.125 0.042 0.067 79 Y 0.121 0.009 0.100 0.020 0.080 0.300 0.020 0.017 0.044 0.037 0.061 0.052 0.140 80 F 0.250 0.010 0.068 0.058 0.041 0.167 0.036 0.035 0.047 0.033 0.044 0.129 0.082 81 W 0.335 0.011 0.060 0.026 0.024 0.088 0.052 0.025 0.046 0.022 0.048 0.104 0.160 82 A 0.231 0.020 0.090 0.015 0.023 0.069 0.059 0.027 0.055 0.022 0.052 0.113 0.224 83 V 0.075 0.031 0.288 0.037 0.029 0.055 0.008 0.008 0.042 0.082 0.096 0.118 0.131 84 D 0.010 0.007 0.442 0.018 0.060 0.050 0.002 0.001 0.010 0.187 0.108 0.027 0.077 85 M 0.002 0.005 0.119 0.008 0.116 0.066 0.001 0.001 0.006 0.169 0.480 0.018 0.010 86 E 0.005 0.038 0.203 0.004 0.075 0.035 0.003 0.001 0.013 0.237 0.334 0.007 0.046 87 F 0.002 0.035 0.482 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.006 0.276 0.008 0.162 0.012 88 P 0.001 0.019 0.749 0.002 0.027 0.016 0.001 0.001 0.011 0.047 0.031 0.004 0.091 89 A 0.002 0.016 0.174 0.022 0.418 0.121 0.001 0.001 0.008 0.078 0.111 0.022 0.025 90 E 0.004 0.007 0.117 0.007 0.543 0.092 0.001 0.001 0.011 0.053 0.113 0.027 0.024 91 L 0.011 0.038 0.265 0.003 0.161 0.081 0.003 0.002 0.024 0.135 0.127 0.023 0.127 92 L 0.003 0.038 0.666 0.004 0.014 0.015 0.001 0.001 0.009 0.140 0.027 0.068 0.015 93 P 0.002 0.022 0.557 0.002 0.064 0.051 0.001 0.001 0.006 0.114 0.125 0.007 0.050 94 A 0.001 0.010 0.236 0.012 0.111 0.057 0.001 0.001 0.003 0.180 0.364 0.014 0.010 95 E 0.003 0.007 0.198 0.010 0.193 0.044 0.001 0.001 0.006 0.210 0.287 0.019 0.023 96 S 0.007 0.007 0.333 0.020 0.088 0.023 0.003 0.003 0.040 0.240 0.182 0.017 0.036 97 G 0.052 0.017 0.238 0.064 0.019 0.013 0.025 0.022 0.096 0.185 0.108 0.113 0.048 98 L 0.251 0.010 0.081 0.014 0.008 0.008 0.096 0.098 0.120 0.019 0.007 0.057 0.232 99 L 0.426 0.008 0.012 0.029 0.002 0.003 0.121 0.106 0.070 0.004 0.002 0.149 0.068 100 I 0.400 0.007 0.024 0.024 0.002 0.005 0.089 0.122 0.100 0.004 0.005 0.072 0.145 101 A 0.254 0.011 0.137 0.028 0.005 0.017 0.054 0.076 0.084 0.028 0.020 0.111 0.176 102 D 0.068 0.008 0.351 0.052 0.016 0.029 0.012 0.011 0.061 0.122 0.065 0.077 0.128 103 A 0.031 0.006 0.179 0.028 0.054 0.100 0.003 0.001 0.013 0.190 0.261 0.033 0.101 104 Y 0.026 0.008 0.110 0.043 0.049 0.078 0.003 0.001 0.006 0.213 0.390 0.040 0.033 105 D 0.040 0.012 0.257 0.016 0.047 0.107 0.006 0.003 0.033 0.153 0.180 0.057 0.089 106 A 0.100 0.011 0.209 0.021 0.022 0.182 0.015 0.010 0.051 0.070 0.054 0.050 0.206 107 E 0.272 0.013 0.032 0.045 0.015 0.120 0.044 0.018 0.036 0.014 0.010 0.268 0.112 108 I 0.259 0.004 0.023 0.007 0.025 0.160 0.053 0.030 0.048 0.004 0.014 0.068 0.304 109 V 0.287 0.005 0.044 0.105 0.017 0.145 0.041 0.027 0.063 0.010 0.033 0.093 0.131 110 R 0.107 0.008 0.118 0.016 0.050 0.198 0.020 0.014 0.079 0.035 0.095 0.174 0.086 111 M 0.020 0.023 0.337 0.004 0.024 0.105 0.007 0.004 0.057 0.114 0.156 0.010 0.140 112 A 0.001 0.010 0.588 0.003 0.005 0.015 0.001 0.001 0.007 0.246 0.016 0.102 0.006 113 P 0.001 0.012 0.451 0.001 0.108 0.101 0.001 0.001 0.005 0.065 0.218 0.002 0.035 114 E 0.001 0.010 0.125 0.004 0.303 0.176 0.001 0.001 0.002 0.101 0.269 0.005 0.004 115 Q 0.001 0.006 0.099 0.002 0.535 0.137 0.001 0.001 0.002 0.117 0.088 0.008 0.006 116 K 0.001 0.011 0.234 0.001 0.252 0.148 0.001 0.001 0.006 0.118 0.209 0.005 0.013 117 L 0.001 0.023 0.414 0.002 0.046 0.094 0.001 0.001 0.006 0.264 0.136 0.008 0.007 118 A 0.001 0.005 0.621 0.001 0.020 0.067 0.001 0.001 0.002 0.231 0.045 0.004 0.003 119 P 0.001 0.008 0.321 0.001 0.082 0.379 0.001 0.001 0.002 0.114 0.085 0.001 0.007 120 A 0.001 0.004 0.103 0.001 0.062 0.739 0.001 0.001 0.002 0.033 0.050 0.004 0.003 121 R 0.001 0.002 0.055 0.001 0.058 0.836 0.001 0.001 0.003 0.017 0.023 0.001 0.005 122 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.017 0.943 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.001 0.001 123 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 124 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 135 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 138 Q 0.001 0.001 0.030 0.001 0.050 0.869 0.001 0.001 0.004 0.007 0.034 0.002 0.001 139 A 0.001 0.001 0.045 0.001 0.076 0.681 0.001 0.001 0.016 0.012 0.161 0.001 0.004 140 L 0.001 0.006 0.129 0.001 0.059 0.444 0.001 0.004 0.037 0.060 0.237 0.015 0.006 141 R 0.002 0.074 0.278 0.002 0.034 0.196 0.002 0.005 0.027 0.182 0.176 0.006 0.017 142 D 0.001 0.006 0.796 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 0.148 0.024 0.005 0.002 143 P 0.001 0.003 0.092 0.001 0.133 0.090 0.001 0.001 0.001 0.057 0.619 0.001 0.002 144 E 0.001 0.001 0.025 0.001 0.102 0.034 0.001 0.001 0.001 0.031 0.804 0.001 0.001 145 G 0.001 0.020 0.214 0.002 0.283 0.060 0.001 0.001 0.007 0.253 0.144 0.005 0.011 146 H 0.001 0.033 0.501 0.005 0.075 0.057 0.001 0.002 0.014 0.202 0.075 0.017 0.016 147 G 0.005 0.053 0.362 0.007 0.090 0.079 0.003 0.001 0.021 0.145 0.167 0.023 0.043 148 I 0.006 0.030 0.364 0.006 0.076 0.101 0.003 0.002 0.017 0.161 0.150 0.036 0.048 149 F 0.007 0.050 0.491 0.008 0.033 0.059 0.002 0.001 0.012 0.183 0.063 0.040 0.053 150 E 0.002 0.017 0.679 0.003 0.034 0.051 0.001 0.001 0.008 0.116 0.044 0.020 0.025