# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.019 0.002 0.029 0.047 0.036 0.151 0.004 0.001 0.054 0.587 2 P 0.099 0.055 0.002 0.011 0.010 0.014 0.094 0.006 0.001 0.037 0.672 3 M 0.127 0.059 0.003 0.026 0.016 0.027 0.097 0.009 0.001 0.043 0.593 4 T 0.113 0.062 0.003 0.017 0.007 0.018 0.090 0.007 0.001 0.039 0.643 5 L 0.058 0.028 0.001 0.025 0.021 0.029 0.121 0.002 0.001 0.080 0.634 6 D 0.019 0.087 0.002 0.026 0.015 0.026 0.106 0.002 0.001 0.062 0.653 7 L 0.040 0.202 0.002 0.014 0.012 0.016 0.098 0.004 0.001 0.078 0.532 8 Q 0.075 0.601 0.005 0.011 0.009 0.011 0.036 0.015 0.002 0.055 0.178 9 P 0.036 0.835 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.005 0.001 0.021 0.078 10 G 0.024 0.896 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.003 0.001 0.011 0.050 11 Q 0.013 0.840 0.002 0.006 0.007 0.014 0.014 0.002 0.001 0.033 0.069 12 R 0.018 0.747 0.007 0.010 0.007 0.024 0.013 0.008 0.002 0.104 0.060 13 L 0.038 0.862 0.002 0.003 0.005 0.004 0.008 0.004 0.001 0.040 0.034 14 A 0.007 0.913 0.002 0.002 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.038 0.025 15 R 0.005 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.042 0.021 16 G 0.007 0.888 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.071 0.017 17 V 0.005 0.961 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.013 0.009 18 A 0.010 0.903 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.061 0.015 19 R 0.018 0.922 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.019 0.028 20 H 0.076 0.530 0.059 0.002 0.002 0.005 0.032 0.024 0.023 0.153 0.093 21 L 0.175 0.063 0.305 0.005 0.003 0.005 0.031 0.040 0.120 0.127 0.126 22 R 0.588 0.029 0.008 0.002 0.003 0.004 0.035 0.004 0.004 0.021 0.303 23 A 0.046 0.016 0.002 0.002 0.001 0.002 0.048 0.002 0.001 0.009 0.871 24 H 0.014 0.015 0.003 0.008 0.003 0.007 0.140 0.001 0.001 0.023 0.784 25 G 0.021 0.020 0.002 0.034 0.015 0.040 0.151 0.003 0.001 0.032 0.683 26 F 0.013 0.007 0.001 0.038 0.031 0.039 0.134 0.001 0.001 0.030 0.706 27 V 0.004 0.008 0.001 0.188 0.176 0.184 0.059 0.001 0.001 0.042 0.336 28 S 0.031 0.038 0.003 0.256 0.042 0.098 0.048 0.004 0.001 0.065 0.416 29 V 0.159 0.031 0.002 0.249 0.065 0.065 0.060 0.009 0.001 0.052 0.307 30 E 0.052 0.013 0.001 0.114 0.086 0.115 0.073 0.002 0.001 0.060 0.484 31 E 0.006 0.006 0.001 0.045 0.064 0.181 0.095 0.001 0.001 0.018 0.585 32 F 0.010 0.005 0.003 0.025 0.080 0.109 0.109 0.001 0.001 0.043 0.615 33 V 0.156 0.007 0.011 0.025 0.088 0.091 0.101 0.012 0.006 0.083 0.420 34 P 0.647 0.005 0.001 0.003 0.006 0.007 0.030 0.003 0.001 0.016 0.281 35 A 0.113 0.004 0.001 0.004 0.007 0.010 0.059 0.002 0.001 0.016 0.785 36 R 0.011 0.004 0.002 0.011 0.007 0.015 0.092 0.001 0.001 0.017 0.840 37 G 0.044 0.005 0.002 0.009 0.028 0.025 0.094 0.001 0.001 0.052 0.739 38 L 0.022 0.013 0.001 0.045 0.137 0.127 0.131 0.002 0.001 0.053 0.469 39 R 0.013 0.020 0.001 0.042 0.043 0.170 0.088 0.002 0.001 0.058 0.563 40 V 0.002 0.002 0.001 0.084 0.177 0.300 0.077 0.001 0.001 0.057 0.299 41 D 0.008 0.006 0.001 0.253 0.204 0.368 0.019 0.001 0.001 0.051 0.091 42 V 0.015 0.004 0.001 0.154 0.277 0.307 0.034 0.002 0.001 0.043 0.164 43 M 0.014 0.002 0.001 0.158 0.244 0.213 0.048 0.001 0.001 0.048 0.269 44 G 0.003 0.001 0.001 0.088 0.232 0.452 0.037 0.001 0.001 0.031 0.155 45 L 0.016 0.001 0.002 0.033 0.070 0.131 0.095 0.001 0.001 0.046 0.604 46 G 0.478 0.001 0.003 0.007 0.063 0.037 0.054 0.003 0.001 0.089 0.264 47 P 0.117 0.001 0.001 0.008 0.010 0.017 0.138 0.002 0.001 0.046 0.659 48 K 0.005 0.001 0.001 0.008 0.008 0.017 0.091 0.001 0.001 0.023 0.847 49 G 0.004 0.001 0.001 0.039 0.079 0.082 0.127 0.001 0.001 0.050 0.617 50 E 0.001 0.001 0.001 0.088 0.228 0.380 0.061 0.001 0.001 0.099 0.143 51 I 0.001 0.001 0.001 0.162 0.211 0.320 0.032 0.001 0.001 0.061 0.212 52 W 0.001 0.001 0.001 0.325 0.292 0.300 0.011 0.001 0.001 0.021 0.051 53 V 0.001 0.001 0.001 0.313 0.218 0.315 0.015 0.001 0.001 0.028 0.108 54 I 0.001 0.001 0.001 0.296 0.311 0.315 0.016 0.001 0.001 0.025 0.037 55 E 0.001 0.001 0.001 0.372 0.183 0.297 0.022 0.001 0.001 0.051 0.070 56 C 0.009 0.004 0.001 0.318 0.192 0.151 0.062 0.002 0.001 0.095 0.166 57 K 0.063 0.018 0.003 0.207 0.107 0.111 0.088 0.008 0.001 0.102 0.291 58 S 0.038 0.026 0.004 0.073 0.027 0.055 0.117 0.008 0.001 0.095 0.555 59 S 0.110 0.080 0.009 0.027 0.015 0.026 0.095 0.016 0.002 0.073 0.546 60 R 0.168 0.152 0.006 0.021 0.021 0.024 0.088 0.013 0.001 0.101 0.405 61 A 0.066 0.197 0.006 0.011 0.012 0.022 0.079 0.014 0.002 0.049 0.542 62 D 0.116 0.165 0.008 0.016 0.019 0.039 0.092 0.025 0.003 0.103 0.413 63 F 0.126 0.136 0.009 0.015 0.019 0.032 0.077 0.018 0.005 0.098 0.467 64 Q 0.063 0.185 0.006 0.013 0.036 0.038 0.080 0.006 0.002 0.076 0.497 65 A 0.059 0.278 0.005 0.007 0.011 0.022 0.062 0.015 0.002 0.034 0.506 66 D 0.303 0.201 0.005 0.007 0.009 0.013 0.069 0.023 0.005 0.078 0.287 67 A 0.087 0.156 0.025 0.018 0.013 0.017 0.086 0.014 0.008 0.090 0.486 68 K 0.110 0.308 0.006 0.007 0.008 0.012 0.059 0.011 0.002 0.040 0.436 69 W 0.269 0.519 0.002 0.003 0.002 0.003 0.023 0.013 0.001 0.016 0.149 70 Q 0.057 0.397 0.004 0.003 0.004 0.007 0.066 0.007 0.002 0.044 0.410 71 G 0.034 0.442 0.007 0.011 0.006 0.021 0.059 0.006 0.002 0.074 0.337 72 Y 0.070 0.607 0.005 0.006 0.008 0.010 0.038 0.011 0.002 0.044 0.199 73 L 0.139 0.445 0.010 0.010 0.022 0.019 0.039 0.010 0.002 0.139 0.165 74 E 0.070 0.438 0.007 0.012 0.011 0.028 0.050 0.007 0.003 0.083 0.291 75 W 0.074 0.378 0.013 0.018 0.013 0.031 0.068 0.009 0.002 0.071 0.323 76 C 0.076 0.229 0.019 0.037 0.033 0.065 0.082 0.014 0.004 0.114 0.327 77 D 0.138 0.227 0.008 0.031 0.036 0.073 0.074 0.006 0.002 0.093 0.310 78 R 0.026 0.153 0.004 0.081 0.046 0.099 0.084 0.005 0.001 0.049 0.451 79 Y 0.032 0.103 0.006 0.130 0.074 0.153 0.089 0.009 0.001 0.077 0.326 80 F 0.040 0.042 0.003 0.143 0.148 0.267 0.060 0.004 0.001 0.086 0.205 81 W 0.013 0.023 0.002 0.256 0.133 0.114 0.053 0.001 0.001 0.050 0.353 82 A 0.015 0.011 0.010 0.108 0.239 0.230 0.055 0.003 0.001 0.066 0.263 83 V 0.234 0.023 0.003 0.138 0.072 0.074 0.072 0.016 0.002 0.048 0.317 84 D 0.360 0.010 0.003 0.021 0.021 0.021 0.064 0.010 0.001 0.047 0.443 85 M 0.005 0.003 0.001 0.008 0.017 0.035 0.138 0.001 0.001 0.011 0.782 86 E 0.010 0.010 0.002 0.011 0.014 0.021 0.085 0.001 0.001 0.024 0.823 87 F 0.040 0.030 0.006 0.024 0.042 0.031 0.144 0.009 0.002 0.046 0.625 88 P 0.578 0.086 0.002 0.006 0.005 0.008 0.036 0.044 0.003 0.017 0.216 89 A 0.617 0.013 0.001 0.003 0.004 0.007 0.031 0.006 0.001 0.021 0.295 90 E 0.008 0.006 0.001 0.008 0.007 0.020 0.099 0.001 0.001 0.015 0.835 91 L 0.013 0.010 0.002 0.014 0.011 0.034 0.124 0.001 0.001 0.034 0.757 92 L 0.139 0.007 0.007 0.015 0.020 0.022 0.182 0.006 0.003 0.118 0.480 93 P 0.222 0.008 0.005 0.014 0.012 0.016 0.121 0.005 0.002 0.125 0.468 94 A 0.065 0.011 0.001 0.028 0.010 0.025 0.111 0.002 0.001 0.035 0.712 95 E 0.011 0.008 0.001 0.055 0.015 0.047 0.135 0.001 0.001 0.035 0.692 96 S 0.003 0.007 0.001 0.204 0.085 0.155 0.095 0.001 0.001 0.052 0.396 97 G 0.003 0.013 0.001 0.384 0.146 0.248 0.034 0.001 0.001 0.042 0.129 98 L 0.003 0.007 0.001 0.354 0.219 0.199 0.025 0.001 0.001 0.049 0.142 99 L 0.006 0.008 0.001 0.347 0.248 0.253 0.018 0.001 0.001 0.032 0.086 100 I 0.024 0.012 0.002 0.319 0.155 0.202 0.041 0.001 0.001 0.057 0.185 101 A 0.032 0.009 0.005 0.147 0.131 0.184 0.091 0.003 0.001 0.089 0.307 102 D 0.265 0.049 0.003 0.054 0.039 0.070 0.103 0.007 0.001 0.046 0.363 103 A 0.076 0.049 0.003 0.024 0.027 0.044 0.104 0.005 0.001 0.044 0.622 104 Y 0.019 0.081 0.003 0.029 0.061 0.123 0.116 0.004 0.001 0.037 0.527 105 D 0.028 0.147 0.003 0.045 0.091 0.251 0.071 0.005 0.001 0.077 0.281 106 A 0.017 0.119 0.002 0.048 0.187 0.187 0.054 0.002 0.001 0.049 0.333 107 E 0.031 0.131 0.004 0.099 0.197 0.311 0.024 0.004 0.001 0.058 0.140 108 I 0.048 0.064 0.006 0.082 0.121 0.214 0.050 0.012 0.002 0.069 0.333 109 V 0.127 0.015 0.003 0.119 0.117 0.100 0.064 0.005 0.002 0.157 0.291 110 R 0.012 0.013 0.002 0.040 0.112 0.125 0.095 0.001 0.001 0.038 0.561 111 M 0.014 0.024 0.002 0.016 0.023 0.035 0.111 0.002 0.001 0.044 0.729 112 A 0.313 0.057 0.017 0.014 0.015 0.013 0.079 0.029 0.009 0.062 0.392 113 P 0.285 0.127 0.004 0.012 0.006 0.007 0.057 0.020 0.003 0.024 0.454 114 E 0.191 0.091 0.002 0.006 0.001 0.004 0.033 0.019 0.001 0.008 0.643 115 Q 0.077 0.021 0.002 0.007 0.006 0.009 0.106 0.002 0.001 0.048 0.721 116 K 0.007 0.036 0.002 0.015 0.004 0.007 0.092 0.001 0.001 0.038 0.798 117 L 0.054 0.268 0.003 0.009 0.005 0.004 0.084 0.007 0.001 0.066 0.500 118 A 0.180 0.481 0.006 0.004 0.002 0.003 0.038 0.033 0.005 0.055 0.193 119 P 0.113 0.664 0.003 0.002 0.001 0.002 0.017 0.008 0.002 0.019 0.170 120 A 0.023 0.755 0.002 0.002 0.001 0.004 0.012 0.004 0.001 0.013 0.184 121 R 0.012 0.875 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.014 0.083 122 R 0.008 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 0.029 123 K 0.003 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.030 0.015 124 V 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.008 125 L 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 126 I 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 127 Q 0.003 0.203 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.773 0.009 128 K 0.007 0.729 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.232 0.016 129 F 0.006 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.053 0.008 130 A 0.003 0.969 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.006 131 T 0.005 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.015 132 H 0.006 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.019 0.017 133 A 0.020 0.922 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.003 0.020 0.011 134 A 0.092 0.651 0.034 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.015 0.102 0.073 135 R 0.101 0.566 0.020 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 0.007 0.052 0.220 136 R 0.091 0.456 0.015 0.005 0.001 0.003 0.050 0.013 0.006 0.063 0.296 137 L 0.137 0.229 0.034 0.010 0.002 0.004 0.075 0.030 0.020 0.061 0.398 138 Q 0.156 0.085 0.013 0.021 0.010 0.017 0.091 0.015 0.007 0.079 0.506 139 A 0.100 0.021 0.003 0.022 0.007 0.012 0.071 0.005 0.002 0.045 0.712 140 L 0.013 0.007 0.003 0.051 0.032 0.029 0.170 0.001 0.001 0.075 0.619 141 R 0.010 0.012 0.004 0.036 0.012 0.021 0.104 0.002 0.001 0.032 0.766 142 D 0.558 0.022 0.002 0.017 0.005 0.006 0.056 0.013 0.001 0.042 0.278 143 P 0.190 0.017 0.004 0.013 0.006 0.007 0.102 0.007 0.002 0.042 0.611 144 E 0.026 0.018 0.002 0.014 0.008 0.016 0.086 0.001 0.001 0.017 0.811 145 G 0.077 0.026 0.002 0.016 0.010 0.021 0.085 0.004 0.001 0.022 0.736 146 H 0.052 0.013 0.002 0.022 0.036 0.040 0.133 0.003 0.001 0.043 0.653 147 G 0.060 0.012 0.003 0.027 0.042 0.077 0.083 0.003 0.001 0.051 0.641 148 I 0.038 0.005 0.001 0.019 0.043 0.063 0.107 0.001 0.001 0.026 0.698 149 F 0.052 0.005 0.001 0.024 0.037 0.055 0.104 0.002 0.001 0.026 0.693 150 E 0.029 0.006 0.001 0.017 0.035 0.055 0.110 0.001 0.001 0.023 0.723