# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.012 0.015 0.025 0.038 0.120 0.039 0.701 2 P 0.065 0.020 0.015 0.023 0.025 0.117 0.041 0.693 3 M 0.090 0.038 0.020 0.022 0.038 0.108 0.045 0.639 4 T 0.243 0.032 0.015 0.012 0.020 0.092 0.073 0.512 5 L 0.054 0.029 0.028 0.032 0.039 0.134 0.060 0.626 6 D 0.020 0.096 0.024 0.017 0.031 0.136 0.043 0.634 7 L 0.050 0.218 0.019 0.019 0.022 0.100 0.077 0.495 8 Q 0.073 0.652 0.007 0.009 0.009 0.036 0.106 0.108 9 P 0.028 0.803 0.004 0.003 0.007 0.021 0.046 0.088 10 G 0.013 0.876 0.005 0.003 0.007 0.010 0.034 0.051 11 Q 0.013 0.858 0.007 0.006 0.011 0.010 0.054 0.041 12 R 0.023 0.549 0.030 0.010 0.014 0.018 0.283 0.074 13 L 0.020 0.803 0.013 0.010 0.013 0.011 0.080 0.050 14 A 0.010 0.910 0.005 0.003 0.003 0.007 0.023 0.040 15 R 0.007 0.869 0.004 0.003 0.005 0.008 0.051 0.054 16 G 0.005 0.852 0.006 0.003 0.004 0.006 0.096 0.028 17 V 0.004 0.969 0.002 0.002 0.002 0.002 0.008 0.011 18 A 0.010 0.946 0.005 0.002 0.003 0.003 0.014 0.018 19 R 0.010 0.935 0.004 0.002 0.005 0.003 0.016 0.024 20 H 0.070 0.440 0.060 0.022 0.028 0.032 0.205 0.143 21 L 0.146 0.057 0.124 0.021 0.020 0.051 0.386 0.196 22 R 0.530 0.014 0.014 0.013 0.011 0.056 0.040 0.322 23 A 0.056 0.004 0.004 0.002 0.005 0.054 0.013 0.861 24 H 0.020 0.003 0.008 0.003 0.005 0.175 0.019 0.768 25 G 0.010 0.006 0.054 0.026 0.085 0.123 0.037 0.660 26 F 0.013 0.007 0.056 0.050 0.045 0.100 0.039 0.690 27 V 0.012 0.009 0.344 0.095 0.086 0.069 0.052 0.333 28 S 0.027 0.014 0.244 0.057 0.118 0.068 0.082 0.391 29 V 0.109 0.012 0.166 0.054 0.097 0.077 0.108 0.376 30 E 0.046 0.010 0.110 0.093 0.108 0.098 0.052 0.483 31 E 0.008 0.006 0.073 0.048 0.103 0.115 0.031 0.616 32 F 0.010 0.006 0.062 0.073 0.087 0.148 0.038 0.577 33 V 0.040 0.007 0.083 0.075 0.088 0.108 0.087 0.512 34 P 0.539 0.013 0.007 0.010 0.010 0.044 0.099 0.279 35 A 0.298 0.008 0.007 0.005 0.007 0.072 0.043 0.560 36 R 0.026 0.006 0.011 0.006 0.015 0.107 0.019 0.811 37 G 0.031 0.006 0.026 0.018 0.044 0.118 0.043 0.714 38 L 0.014 0.014 0.058 0.172 0.090 0.128 0.050 0.474 39 R 0.018 0.020 0.125 0.057 0.115 0.095 0.085 0.485 40 V 0.011 0.019 0.180 0.117 0.172 0.087 0.078 0.336 41 D 0.019 0.023 0.240 0.135 0.257 0.058 0.056 0.212 42 V 0.025 0.007 0.154 0.170 0.272 0.059 0.063 0.250 43 M 0.014 0.003 0.147 0.181 0.324 0.059 0.050 0.221 44 G 0.004 0.001 0.089 0.158 0.255 0.095 0.049 0.350 45 L 0.013 0.001 0.054 0.084 0.120 0.137 0.051 0.539 46 G 0.499 0.001 0.009 0.011 0.010 0.059 0.124 0.286 47 P 0.257 0.002 0.007 0.003 0.006 0.094 0.076 0.555 48 K 0.018 0.001 0.014 0.005 0.015 0.150 0.014 0.783 49 G 0.002 0.001 0.083 0.067 0.124 0.140 0.024 0.560 50 E 0.001 0.001 0.168 0.192 0.344 0.048 0.082 0.165 51 I 0.001 0.001 0.150 0.219 0.367 0.027 0.090 0.146 52 W 0.001 0.001 0.190 0.379 0.377 0.005 0.023 0.025 53 V 0.001 0.001 0.222 0.304 0.354 0.009 0.056 0.054 54 I 0.002 0.001 0.184 0.495 0.261 0.011 0.016 0.030 55 E 0.005 0.002 0.260 0.203 0.338 0.036 0.044 0.113 56 C 0.031 0.007 0.090 0.236 0.272 0.074 0.052 0.238 57 K 0.066 0.019 0.078 0.139 0.156 0.112 0.049 0.381 58 S 0.022 0.037 0.056 0.072 0.113 0.110 0.037 0.552 59 S 0.096 0.240 0.025 0.019 0.032 0.078 0.102 0.408 60 R 0.148 0.375 0.017 0.014 0.017 0.065 0.109 0.255 61 A 0.065 0.313 0.022 0.018 0.033 0.101 0.094 0.352 62 D 0.066 0.384 0.030 0.024 0.054 0.064 0.093 0.284 63 F 0.115 0.372 0.029 0.030 0.041 0.059 0.073 0.281 64 Q 0.074 0.163 0.043 0.049 0.076 0.100 0.113 0.381 65 A 0.052 0.107 0.020 0.016 0.039 0.095 0.044 0.627 66 D 0.347 0.146 0.015 0.014 0.013 0.049 0.166 0.249 67 A 0.039 0.058 0.026 0.013 0.016 0.154 0.069 0.625 68 K 0.037 0.077 0.014 0.006 0.013 0.079 0.036 0.738 69 W 0.395 0.236 0.005 0.003 0.004 0.040 0.080 0.237 70 Q 0.119 0.224 0.009 0.005 0.007 0.091 0.062 0.483 71 G 0.035 0.259 0.012 0.011 0.019 0.077 0.089 0.499 72 Y 0.067 0.468 0.020 0.008 0.015 0.062 0.097 0.263 73 L 0.140 0.268 0.034 0.026 0.025 0.070 0.199 0.237 74 E 0.058 0.317 0.024 0.019 0.036 0.071 0.106 0.369 75 W 0.056 0.361 0.028 0.022 0.043 0.075 0.076 0.339 76 C 0.054 0.314 0.052 0.030 0.041 0.091 0.143 0.274 77 D 0.057 0.242 0.037 0.038 0.079 0.083 0.181 0.284 78 R 0.025 0.244 0.073 0.053 0.125 0.061 0.087 0.331 79 Y 0.033 0.210 0.085 0.102 0.204 0.062 0.066 0.238 80 F 0.040 0.094 0.131 0.142 0.159 0.058 0.127 0.249 81 W 0.039 0.093 0.093 0.123 0.208 0.057 0.072 0.315 82 A 0.036 0.024 0.124 0.113 0.139 0.087 0.097 0.381 83 V 0.117 0.022 0.061 0.057 0.077 0.096 0.074 0.496 84 D 0.378 0.028 0.011 0.013 0.019 0.055 0.103 0.394 85 M 0.015 0.010 0.015 0.018 0.022 0.118 0.021 0.779 86 E 0.010 0.015 0.017 0.014 0.026 0.108 0.021 0.789 87 F 0.057 0.022 0.036 0.053 0.041 0.122 0.062 0.607 88 P 0.461 0.059 0.008 0.008 0.013 0.052 0.106 0.293 89 A 0.374 0.023 0.004 0.008 0.013 0.071 0.048 0.458 90 E 0.011 0.006 0.018 0.019 0.029 0.110 0.020 0.787 91 L 0.008 0.006 0.009 0.019 0.037 0.126 0.017 0.778 92 L 0.057 0.008 0.024 0.046 0.046 0.132 0.113 0.575 93 P 0.410 0.020 0.004 0.009 0.008 0.058 0.209 0.282 94 A 0.189 0.021 0.006 0.008 0.011 0.115 0.050 0.600 95 E 0.039 0.017 0.025 0.020 0.039 0.145 0.048 0.667 96 S 0.009 0.013 0.082 0.057 0.243 0.113 0.071 0.413 97 G 0.003 0.010 0.089 0.193 0.412 0.044 0.056 0.194 98 L 0.003 0.010 0.131 0.382 0.297 0.023 0.045 0.108 99 L 0.007 0.012 0.218 0.258 0.299 0.022 0.069 0.114 100 I 0.017 0.007 0.136 0.257 0.308 0.035 0.076 0.164 101 A 0.029 0.005 0.154 0.148 0.229 0.057 0.076 0.302 102 D 0.144 0.017 0.067 0.138 0.122 0.086 0.111 0.316 103 A 0.083 0.014 0.030 0.032 0.051 0.130 0.041 0.619 104 Y 0.025 0.021 0.050 0.060 0.079 0.168 0.052 0.544 105 D 0.019 0.041 0.049 0.049 0.211 0.093 0.105 0.432 106 A 0.022 0.047 0.069 0.152 0.217 0.088 0.055 0.350 107 E 0.025 0.045 0.146 0.244 0.251 0.043 0.065 0.181 108 I 0.054 0.028 0.101 0.127 0.182 0.056 0.109 0.345 109 V 0.073 0.024 0.110 0.114 0.217 0.071 0.071 0.320 110 R 0.035 0.020 0.062 0.092 0.116 0.112 0.041 0.523 111 M 0.036 0.042 0.035 0.040 0.054 0.111 0.038 0.644 112 A 0.128 0.086 0.031 0.020 0.023 0.116 0.075 0.520 113 P 0.215 0.108 0.019 0.010 0.014 0.088 0.062 0.484 114 E 0.285 0.075 0.009 0.005 0.008 0.073 0.045 0.499 115 Q 0.127 0.062 0.011 0.006 0.008 0.108 0.042 0.636 116 K 0.033 0.083 0.010 0.005 0.009 0.126 0.032 0.703 117 L 0.047 0.263 0.010 0.007 0.009 0.091 0.064 0.510 118 A 0.081 0.584 0.007 0.005 0.006 0.044 0.065 0.207 119 P 0.065 0.743 0.003 0.002 0.003 0.022 0.038 0.124 120 A 0.023 0.817 0.004 0.002 0.003 0.018 0.041 0.092 121 R 0.004 0.940 0.002 0.001 0.001 0.005 0.023 0.024 122 R 0.003 0.932 0.002 0.001 0.001 0.002 0.043 0.016 123 K 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 124 V 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 125 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 126 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 127 Q 0.003 0.125 0.003 0.001 0.001 0.001 0.865 0.004 128 K 0.003 0.433 0.004 0.001 0.001 0.004 0.549 0.007 129 F 0.002 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 0.008 130 A 0.002 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 131 T 0.012 0.937 0.003 0.001 0.001 0.004 0.030 0.014 132 H 0.013 0.888 0.008 0.001 0.001 0.006 0.056 0.028 133 A 0.018 0.920 0.006 0.001 0.001 0.006 0.023 0.024 134 A 0.077 0.623 0.022 0.002 0.002 0.028 0.125 0.121 135 R 0.086 0.552 0.020 0.002 0.003 0.042 0.081 0.214 136 R 0.064 0.648 0.017 0.003 0.006 0.035 0.039 0.189 137 L 0.135 0.296 0.045 0.007 0.013 0.098 0.100 0.306 138 Q 0.153 0.149 0.045 0.015 0.034 0.104 0.079 0.422 139 A 0.160 0.063 0.024 0.013 0.020 0.072 0.058 0.592 140 L 0.017 0.023 0.053 0.026 0.040 0.173 0.058 0.611 141 R 0.007 0.013 0.021 0.005 0.013 0.121 0.013 0.808 142 D 0.668 0.079 0.004 0.003 0.002 0.013 0.143 0.087 143 P 0.129 0.058 0.012 0.004 0.005 0.102 0.052 0.639 144 E 0.043 0.035 0.011 0.006 0.010 0.096 0.030 0.769 145 G 0.133 0.056 0.024 0.010 0.025 0.117 0.095 0.540 146 H 0.076 0.028 0.038 0.037 0.033 0.143 0.063 0.582 147 G 0.062 0.015 0.040 0.059 0.092 0.091 0.048 0.593 148 I 0.105 0.010 0.035 0.021 0.037 0.116 0.059 0.619 149 F 0.082 0.007 0.054 0.031 0.044 0.155 0.063 0.566 150 E 0.027 0.007 0.035 0.020 0.045 0.115 0.044 0.708