# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.210 0.122 0.053 0.119 0.111 0.090 0.116 0.078 0.052 0.030 0.018 2 P 0.298 0.152 0.052 0.107 0.084 0.067 0.086 0.058 0.046 0.031 0.018 3 M 0.151 0.131 0.063 0.145 0.115 0.098 0.120 0.073 0.054 0.033 0.017 4 T 0.246 0.179 0.084 0.178 0.111 0.069 0.061 0.035 0.021 0.012 0.005 5 L 0.120 0.081 0.057 0.136 0.122 0.125 0.143 0.097 0.062 0.038 0.019 6 D 0.104 0.159 0.093 0.199 0.134 0.096 0.095 0.056 0.034 0.020 0.009 7 L 0.025 0.025 0.027 0.051 0.065 0.098 0.176 0.146 0.160 0.139 0.089 8 Q 0.140 0.190 0.155 0.208 0.128 0.070 0.052 0.028 0.016 0.010 0.005 9 P 0.164 0.169 0.105 0.184 0.121 0.078 0.084 0.049 0.026 0.015 0.006 10 G 0.100 0.054 0.040 0.095 0.105 0.116 0.163 0.127 0.094 0.067 0.038 11 Q 0.139 0.095 0.088 0.162 0.119 0.107 0.129 0.079 0.047 0.026 0.011 12 R 0.030 0.064 0.104 0.191 0.158 0.146 0.136 0.076 0.048 0.029 0.017 13 L 0.004 0.005 0.011 0.015 0.029 0.040 0.100 0.136 0.213 0.206 0.242 14 A 0.018 0.036 0.064 0.106 0.135 0.128 0.176 0.120 0.101 0.077 0.040 15 R 0.017 0.027 0.101 0.138 0.143 0.155 0.172 0.103 0.076 0.043 0.023 16 G 0.084 0.081 0.074 0.157 0.138 0.106 0.154 0.092 0.058 0.035 0.021 17 V 0.002 0.003 0.005 0.009 0.017 0.023 0.069 0.112 0.230 0.253 0.277 18 A 0.007 0.014 0.026 0.064 0.112 0.143 0.182 0.143 0.134 0.115 0.060 19 R 0.013 0.027 0.139 0.146 0.137 0.149 0.159 0.094 0.069 0.045 0.020 20 H 0.006 0.010 0.026 0.046 0.074 0.131 0.236 0.160 0.141 0.101 0.069 21 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.011 0.033 0.056 0.201 0.302 0.383 22 R 0.013 0.021 0.054 0.106 0.164 0.173 0.221 0.101 0.077 0.046 0.023 23 A 0.031 0.123 0.279 0.220 0.120 0.084 0.068 0.031 0.021 0.014 0.007 24 H 0.027 0.033 0.032 0.069 0.092 0.149 0.221 0.148 0.109 0.073 0.048 25 G 0.392 0.195 0.051 0.114 0.061 0.043 0.057 0.039 0.024 0.015 0.008 26 F 0.024 0.022 0.028 0.065 0.077 0.127 0.161 0.131 0.143 0.122 0.100 27 V 0.040 0.051 0.059 0.092 0.115 0.135 0.164 0.120 0.102 0.073 0.049 28 S 0.018 0.038 0.045 0.087 0.098 0.096 0.157 0.136 0.141 0.104 0.079 29 V 0.006 0.007 0.011 0.019 0.031 0.047 0.091 0.124 0.216 0.212 0.234 30 E 0.125 0.102 0.072 0.187 0.141 0.097 0.111 0.065 0.053 0.031 0.017 31 E 0.028 0.030 0.045 0.107 0.122 0.114 0.169 0.158 0.104 0.073 0.049 32 F 0.040 0.039 0.031 0.067 0.076 0.094 0.143 0.142 0.149 0.134 0.085 33 V 0.051 0.065 0.038 0.099 0.101 0.102 0.165 0.129 0.119 0.080 0.052 34 P 0.148 0.093 0.072 0.141 0.125 0.096 0.114 0.080 0.063 0.040 0.028 35 A 0.207 0.190 0.079 0.132 0.086 0.076 0.091 0.050 0.041 0.031 0.018 36 R 0.151 0.185 0.057 0.177 0.129 0.090 0.093 0.053 0.034 0.019 0.012 37 G 0.426 0.125 0.038 0.087 0.063 0.055 0.067 0.048 0.041 0.031 0.019 38 L 0.051 0.066 0.060 0.150 0.128 0.126 0.163 0.101 0.079 0.049 0.028 39 R 0.010 0.033 0.039 0.110 0.130 0.157 0.190 0.124 0.101 0.068 0.039 40 V 0.001 0.002 0.005 0.008 0.014 0.024 0.058 0.107 0.226 0.263 0.292 41 D 0.003 0.009 0.015 0.048 0.090 0.098 0.191 0.186 0.168 0.121 0.070 42 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.010 0.028 0.071 0.177 0.290 0.403 43 M 0.002 0.003 0.006 0.015 0.035 0.056 0.103 0.139 0.207 0.241 0.195 44 G 0.003 0.004 0.010 0.021 0.038 0.046 0.101 0.137 0.232 0.228 0.179 45 L 0.003 0.003 0.008 0.015 0.034 0.046 0.106 0.143 0.220 0.201 0.221 46 G 0.044 0.116 0.086 0.173 0.145 0.115 0.140 0.065 0.058 0.036 0.023 47 P 0.157 0.200 0.071 0.168 0.116 0.092 0.103 0.046 0.025 0.014 0.010 48 K 0.532 0.209 0.034 0.094 0.049 0.030 0.024 0.013 0.007 0.005 0.003 49 G 0.310 0.115 0.035 0.095 0.071 0.072 0.105 0.074 0.057 0.039 0.027 50 E 0.068 0.149 0.062 0.226 0.173 0.133 0.100 0.043 0.023 0.013 0.010 51 I 0.004 0.006 0.012 0.012 0.020 0.040 0.076 0.087 0.216 0.232 0.296 52 W 0.010 0.026 0.045 0.109 0.143 0.148 0.199 0.125 0.099 0.059 0.038 53 V 0.004 0.010 0.029 0.046 0.055 0.061 0.123 0.142 0.213 0.169 0.146 54 I 0.003 0.005 0.013 0.023 0.037 0.044 0.104 0.134 0.213 0.201 0.222 55 E 0.002 0.006 0.015 0.032 0.061 0.045 0.115 0.220 0.194 0.176 0.135 56 C 0.003 0.004 0.013 0.017 0.026 0.033 0.069 0.136 0.210 0.277 0.212 57 K 0.008 0.011 0.027 0.050 0.100 0.091 0.183 0.204 0.148 0.101 0.078 58 S 0.018 0.023 0.047 0.062 0.088 0.067 0.148 0.190 0.162 0.123 0.072 59 S 0.011 0.029 0.053 0.070 0.085 0.083 0.182 0.147 0.156 0.116 0.068 60 R 0.122 0.080 0.108 0.167 0.130 0.116 0.133 0.059 0.047 0.025 0.013 61 A 0.208 0.174 0.194 0.179 0.089 0.056 0.055 0.023 0.012 0.006 0.003 62 D 0.021 0.056 0.070 0.117 0.134 0.135 0.190 0.120 0.080 0.049 0.029 63 F 0.030 0.021 0.030 0.041 0.055 0.089 0.180 0.150 0.163 0.141 0.100 64 Q 0.141 0.157 0.270 0.235 0.111 0.042 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 65 A 0.031 0.034 0.074 0.081 0.099 0.109 0.210 0.151 0.103 0.071 0.036 66 D 0.028 0.027 0.038 0.083 0.101 0.127 0.204 0.139 0.123 0.090 0.041 67 A 0.192 0.170 0.240 0.172 0.086 0.053 0.045 0.022 0.012 0.006 0.003 68 K 0.046 0.087 0.160 0.187 0.156 0.118 0.114 0.068 0.035 0.020 0.009 69 W 0.052 0.077 0.045 0.072 0.073 0.107 0.216 0.141 0.105 0.081 0.031 70 Q 0.290 0.201 0.177 0.180 0.074 0.035 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 71 G 0.424 0.164 0.132 0.137 0.067 0.031 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 72 Y 0.024 0.034 0.032 0.058 0.069 0.085 0.165 0.158 0.163 0.134 0.078 73 L 0.036 0.046 0.044 0.093 0.120 0.173 0.217 0.123 0.080 0.047 0.022 74 E 0.131 0.129 0.321 0.215 0.094 0.048 0.032 0.016 0.008 0.004 0.002 75 W 0.023 0.024 0.046 0.072 0.091 0.124 0.243 0.151 0.114 0.074 0.039 76 C 0.006 0.008 0.011 0.026 0.036 0.058 0.130 0.145 0.223 0.203 0.153 77 D 0.030 0.048 0.098 0.143 0.140 0.136 0.162 0.100 0.075 0.047 0.021 78 R 0.008 0.017 0.066 0.085 0.107 0.128 0.202 0.154 0.116 0.078 0.037 79 Y 0.004 0.007 0.012 0.022 0.031 0.049 0.123 0.163 0.226 0.223 0.141 80 F 0.007 0.010 0.015 0.034 0.048 0.077 0.144 0.155 0.203 0.183 0.124 81 W 0.010 0.010 0.023 0.037 0.060 0.080 0.143 0.159 0.184 0.165 0.128 82 A 0.006 0.007 0.016 0.027 0.050 0.054 0.112 0.154 0.197 0.210 0.168 83 V 0.013 0.018 0.021 0.048 0.070 0.091 0.189 0.165 0.175 0.137 0.074 84 D 0.079 0.152 0.089 0.191 0.133 0.110 0.105 0.053 0.045 0.027 0.015 85 M 0.165 0.083 0.051 0.127 0.121 0.110 0.155 0.090 0.053 0.028 0.018 86 E 0.357 0.263 0.067 0.137 0.066 0.038 0.034 0.017 0.010 0.007 0.004 87 F 0.020 0.019 0.009 0.024 0.036 0.068 0.112 0.112 0.193 0.192 0.215 88 P 0.247 0.370 0.061 0.153 0.080 0.032 0.024 0.015 0.008 0.005 0.003 89 A 0.088 0.059 0.033 0.102 0.102 0.148 0.175 0.105 0.094 0.061 0.031 90 E 0.502 0.194 0.069 0.128 0.056 0.022 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 91 L 0.040 0.041 0.023 0.083 0.091 0.141 0.181 0.133 0.123 0.093 0.051 92 L 0.019 0.041 0.017 0.047 0.061 0.098 0.145 0.135 0.167 0.158 0.112 93 P 0.165 0.233 0.078 0.183 0.121 0.074 0.069 0.035 0.022 0.014 0.007 94 A 0.389 0.174 0.103 0.170 0.076 0.035 0.026 0.014 0.007 0.004 0.002 95 E 0.210 0.149 0.048 0.162 0.113 0.094 0.105 0.057 0.033 0.020 0.009 96 S 0.012 0.019 0.011 0.048 0.063 0.103 0.153 0.172 0.188 0.139 0.092 97 G 0.026 0.047 0.040 0.096 0.111 0.144 0.192 0.127 0.106 0.070 0.041 98 L 0.002 0.003 0.009 0.014 0.024 0.037 0.076 0.108 0.211 0.245 0.271 99 L 0.002 0.003 0.006 0.012 0.026 0.038 0.076 0.126 0.210 0.253 0.248 100 I 0.004 0.007 0.015 0.047 0.079 0.073 0.136 0.163 0.192 0.168 0.116 101 A 0.003 0.004 0.009 0.018 0.039 0.055 0.116 0.158 0.206 0.210 0.182 102 D 0.019 0.043 0.053 0.135 0.149 0.146 0.192 0.106 0.083 0.049 0.024 103 A 0.060 0.087 0.076 0.155 0.132 0.136 0.157 0.080 0.055 0.038 0.023 104 Y 0.058 0.056 0.038 0.082 0.091 0.140 0.208 0.125 0.099 0.066 0.036 105 D 0.235 0.254 0.077 0.193 0.095 0.051 0.048 0.022 0.013 0.007 0.004 106 A 0.010 0.006 0.009 0.013 0.020 0.036 0.081 0.103 0.203 0.222 0.299 107 E 0.061 0.138 0.104 0.270 0.211 0.101 0.061 0.028 0.015 0.007 0.005 108 I 0.004 0.005 0.012 0.017 0.029 0.037 0.087 0.137 0.202 0.203 0.266 109 V 0.009 0.021 0.030 0.077 0.118 0.108 0.134 0.134 0.141 0.124 0.105 110 R 0.016 0.014 0.027 0.055 0.078 0.109 0.213 0.163 0.161 0.111 0.052 111 M 0.090 0.138 0.177 0.261 0.145 0.080 0.058 0.026 0.014 0.007 0.004 112 A 0.033 0.045 0.034 0.054 0.070 0.078 0.176 0.150 0.144 0.115 0.102 113 P 0.286 0.250 0.063 0.142 0.090 0.047 0.052 0.032 0.020 0.012 0.006 114 E 0.550 0.191 0.063 0.102 0.040 0.021 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 115 Q 0.290 0.154 0.092 0.159 0.096 0.075 0.063 0.036 0.019 0.012 0.006 116 K 0.139 0.236 0.084 0.198 0.130 0.081 0.068 0.037 0.016 0.007 0.004 117 L 0.044 0.049 0.038 0.054 0.071 0.102 0.162 0.150 0.135 0.112 0.082 118 A 0.088 0.116 0.126 0.178 0.147 0.110 0.109 0.062 0.036 0.018 0.010 119 P 0.434 0.180 0.114 0.148 0.062 0.024 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 120 A 0.084 0.030 0.040 0.068 0.088 0.084 0.172 0.149 0.126 0.090 0.069 121 R 0.061 0.115 0.113 0.226 0.168 0.097 0.097 0.062 0.034 0.019 0.007 122 R 0.017 0.045 0.121 0.132 0.129 0.131 0.167 0.116 0.073 0.049 0.020 123 K 0.036 0.065 0.203 0.185 0.156 0.121 0.113 0.063 0.032 0.017 0.008 124 V 0.100 0.064 0.158 0.164 0.118 0.098 0.133 0.082 0.043 0.028 0.012 125 L 0.017 0.029 0.071 0.091 0.110 0.137 0.197 0.133 0.107 0.074 0.034 126 I 0.007 0.014 0.041 0.045 0.068 0.074 0.170 0.170 0.179 0.149 0.083 127 Q 0.020 0.027 0.145 0.132 0.135 0.153 0.176 0.092 0.064 0.039 0.017 128 K 0.030 0.058 0.245 0.199 0.146 0.110 0.120 0.051 0.024 0.011 0.006 129 F 0.002 0.004 0.014 0.019 0.038 0.050 0.133 0.172 0.203 0.187 0.178 130 A 0.001 0.002 0.007 0.009 0.021 0.034 0.090 0.124 0.225 0.252 0.235 131 T 0.013 0.021 0.159 0.162 0.185 0.152 0.156 0.071 0.045 0.024 0.013 132 H 0.009 0.018 0.119 0.110 0.140 0.143 0.232 0.114 0.061 0.034 0.019 133 A 0.001 0.002 0.008 0.009 0.017 0.028 0.082 0.108 0.236 0.247 0.263 134 A 0.002 0.002 0.007 0.013 0.031 0.060 0.153 0.142 0.218 0.215 0.156 135 R 0.008 0.034 0.290 0.207 0.159 0.115 0.092 0.041 0.029 0.017 0.008 136 R 0.002 0.006 0.040 0.041 0.079 0.122 0.240 0.183 0.130 0.096 0.061 137 L 0.002 0.004 0.011 0.014 0.021 0.049 0.111 0.121 0.232 0.251 0.185 138 Q 0.024 0.043 0.114 0.147 0.147 0.136 0.175 0.092 0.066 0.037 0.020 139 A 0.018 0.028 0.102 0.111 0.120 0.139 0.179 0.114 0.087 0.065 0.037 140 L 0.018 0.020 0.035 0.048 0.061 0.108 0.187 0.139 0.160 0.139 0.085 141 R 0.087 0.088 0.082 0.136 0.122 0.122 0.151 0.093 0.062 0.036 0.020 142 D 0.042 0.086 0.088 0.129 0.117 0.116 0.145 0.101 0.079 0.057 0.040 143 P 0.087 0.071 0.045 0.083 0.092 0.105 0.159 0.116 0.105 0.077 0.059 144 E 0.552 0.211 0.056 0.092 0.040 0.018 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 145 G 0.209 0.120 0.049 0.121 0.099 0.084 0.110 0.079 0.060 0.040 0.029 146 H 0.158 0.120 0.042 0.123 0.116 0.101 0.121 0.088 0.063 0.041 0.026 147 G 0.317 0.198 0.080 0.149 0.090 0.057 0.049 0.030 0.017 0.008 0.005 148 I 0.109 0.093 0.065 0.123 0.116 0.107 0.141 0.105 0.069 0.044 0.028 149 F 0.141 0.139 0.063 0.148 0.120 0.090 0.119 0.079 0.053 0.032 0.016 150 E 0.345 0.176 0.087 0.151 0.091 0.050 0.047 0.026 0.015 0.007 0.004