# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.004 0.003 0.023 0.020 0.040 0.036 0.001 0.001 0.002 0.852 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 M 0.008 0.002 0.001 0.016 0.025 0.082 0.058 0.001 0.001 0.003 0.806 4 T 0.140 0.008 0.002 0.017 0.016 0.034 0.071 0.001 0.001 0.004 0.708 5 L 0.214 0.026 0.002 0.020 0.039 0.045 0.083 0.001 0.001 0.004 0.568 6 D 0.192 0.034 0.003 0.016 0.022 0.037 0.157 0.002 0.001 0.007 0.530 7 L 0.198 0.064 0.008 0.026 0.030 0.059 0.090 0.002 0.001 0.006 0.515 8 Q 0.055 0.073 0.006 0.017 0.044 0.059 0.238 0.002 0.001 0.004 0.503 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 G 0.020 0.068 0.001 0.013 0.023 0.092 0.237 0.001 0.001 0.003 0.543 11 Q 0.217 0.363 0.003 0.014 0.020 0.023 0.072 0.001 0.001 0.005 0.282 12 R 0.030 0.805 0.001 0.005 0.012 0.011 0.021 0.001 0.001 0.001 0.114 13 L 0.024 0.889 0.003 0.004 0.013 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.040 14 A 0.008 0.956 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 15 R 0.013 0.928 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.042 16 G 0.014 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.071 17 V 0.016 0.904 0.008 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.054 18 A 0.006 0.934 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.042 19 R 0.009 0.945 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.033 20 H 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 21 L 0.006 0.986 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 22 R 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 23 A 0.069 0.828 0.004 0.001 0.002 0.003 0.007 0.057 0.001 0.001 0.030 24 H 0.327 0.460 0.009 0.003 0.002 0.002 0.002 0.151 0.001 0.002 0.042 25 G 0.442 0.093 0.082 0.015 0.010 0.009 0.014 0.152 0.001 0.004 0.177 26 F 0.024 0.014 0.808 0.018 0.006 0.010 0.016 0.004 0.001 0.002 0.098 27 V 0.015 0.010 0.032 0.317 0.231 0.163 0.080 0.002 0.001 0.006 0.145 28 S 0.013 0.005 0.004 0.122 0.062 0.102 0.090 0.002 0.001 0.008 0.591 29 V 0.024 0.008 0.002 0.359 0.116 0.238 0.032 0.001 0.001 0.001 0.220 30 E 0.005 0.007 0.001 0.233 0.156 0.185 0.072 0.001 0.001 0.003 0.338 31 E 0.028 0.006 0.001 0.176 0.090 0.138 0.096 0.002 0.001 0.006 0.458 32 F 0.120 0.010 0.001 0.119 0.114 0.208 0.047 0.001 0.001 0.003 0.377 33 V 0.022 0.011 0.003 0.042 0.201 0.271 0.096 0.001 0.001 0.007 0.346 34 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.980 35 A 0.014 0.010 0.001 0.029 0.077 0.183 0.158 0.001 0.001 0.006 0.522 36 R 0.092 0.013 0.001 0.016 0.020 0.042 0.152 0.002 0.001 0.012 0.648 37 G 0.344 0.018 0.004 0.020 0.027 0.031 0.058 0.003 0.001 0.023 0.473 38 L 0.491 0.013 0.042 0.024 0.022 0.014 0.130 0.001 0.001 0.019 0.244 39 R 0.036 0.007 0.004 0.092 0.034 0.045 0.153 0.001 0.001 0.006 0.621 40 V 0.017 0.004 0.005 0.143 0.134 0.191 0.043 0.001 0.001 0.005 0.456 41 D 0.005 0.003 0.001 0.376 0.260 0.239 0.040 0.001 0.001 0.003 0.073 42 V 0.005 0.004 0.001 0.354 0.106 0.158 0.057 0.001 0.001 0.001 0.313 43 M 0.002 0.002 0.001 0.663 0.088 0.177 0.027 0.001 0.001 0.001 0.041 44 G 0.003 0.003 0.001 0.580 0.091 0.166 0.038 0.001 0.001 0.008 0.110 45 L 0.010 0.003 0.001 0.394 0.109 0.243 0.038 0.001 0.001 0.002 0.200 46 G 0.006 0.002 0.001 0.222 0.147 0.189 0.245 0.001 0.001 0.004 0.183 47 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 48 K 0.005 0.001 0.001 0.026 0.012 0.024 0.279 0.001 0.001 0.008 0.644 49 G 0.725 0.001 0.001 0.008 0.005 0.005 0.022 0.001 0.001 0.067 0.167 50 E 0.476 0.002 0.016 0.049 0.025 0.014 0.217 0.001 0.001 0.011 0.190 51 I 0.004 0.001 0.005 0.146 0.191 0.113 0.151 0.001 0.001 0.006 0.383 52 W 0.001 0.001 0.001 0.213 0.257 0.492 0.012 0.001 0.001 0.002 0.022 53 V 0.002 0.001 0.001 0.347 0.156 0.305 0.022 0.001 0.001 0.001 0.167 54 I 0.001 0.001 0.001 0.270 0.312 0.388 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 55 E 0.001 0.001 0.001 0.346 0.143 0.349 0.024 0.001 0.001 0.002 0.136 56 C 0.003 0.001 0.001 0.250 0.179 0.377 0.016 0.001 0.001 0.001 0.174 57 K 0.003 0.001 0.001 0.186 0.161 0.343 0.056 0.001 0.001 0.004 0.246 58 S 0.010 0.002 0.001 0.051 0.112 0.162 0.124 0.001 0.001 0.005 0.534 59 S 0.028 0.007 0.001 0.047 0.077 0.176 0.152 0.001 0.001 0.006 0.508 60 R 0.078 0.012 0.003 0.019 0.021 0.052 0.095 0.001 0.001 0.010 0.708 61 A 0.027 0.037 0.002 0.008 0.016 0.027 0.295 0.001 0.001 0.005 0.581 62 D 0.164 0.071 0.006 0.012 0.019 0.043 0.272 0.005 0.001 0.015 0.393 63 F 0.115 0.489 0.006 0.011 0.035 0.037 0.052 0.003 0.001 0.005 0.248 64 Q 0.050 0.386 0.013 0.012 0.028 0.042 0.101 0.004 0.001 0.002 0.360 65 A 0.075 0.404 0.007 0.015 0.028 0.042 0.109 0.006 0.001 0.003 0.312 66 D 0.101 0.539 0.002 0.011 0.031 0.044 0.028 0.007 0.001 0.002 0.236 67 A 0.062 0.605 0.008 0.008 0.025 0.026 0.033 0.006 0.001 0.002 0.225 68 K 0.073 0.462 0.015 0.009 0.016 0.029 0.126 0.013 0.001 0.003 0.253 69 W 0.148 0.504 0.007 0.008 0.017 0.030 0.065 0.012 0.001 0.005 0.203 70 Q 0.058 0.528 0.009 0.007 0.012 0.017 0.026 0.007 0.001 0.003 0.334 71 G 0.063 0.197 0.020 0.007 0.009 0.013 0.151 0.012 0.001 0.007 0.522 72 Y 0.275 0.201 0.078 0.009 0.007 0.013 0.132 0.007 0.001 0.009 0.270 73 L 0.054 0.493 0.008 0.012 0.021 0.038 0.061 0.005 0.001 0.004 0.303 74 E 0.042 0.295 0.006 0.009 0.019 0.026 0.089 0.005 0.001 0.003 0.505 75 W 0.132 0.500 0.006 0.010 0.008 0.019 0.089 0.011 0.001 0.004 0.221 76 C 0.279 0.504 0.007 0.015 0.024 0.038 0.018 0.011 0.001 0.003 0.101 77 D 0.071 0.473 0.012 0.025 0.100 0.084 0.028 0.014 0.001 0.004 0.190 78 R 0.073 0.260 0.109 0.068 0.074 0.102 0.033 0.007 0.001 0.003 0.271 79 Y 0.057 0.259 0.007 0.089 0.142 0.161 0.070 0.006 0.001 0.004 0.204 80 F 0.055 0.151 0.010 0.141 0.203 0.307 0.022 0.005 0.001 0.011 0.094 81 W 0.023 0.181 0.011 0.142 0.181 0.282 0.017 0.003 0.001 0.001 0.159 82 A 0.025 0.041 0.005 0.171 0.221 0.343 0.028 0.002 0.001 0.002 0.162 83 V 0.031 0.039 0.005 0.120 0.084 0.161 0.076 0.005 0.001 0.006 0.473 84 D 0.029 0.019 0.002 0.052 0.115 0.173 0.060 0.003 0.001 0.004 0.541 85 M 0.060 0.012 0.003 0.023 0.014 0.030 0.048 0.002 0.001 0.006 0.800 86 E 0.086 0.014 0.007 0.021 0.011 0.025 0.387 0.007 0.001 0.013 0.430 87 F 0.283 0.022 0.022 0.028 0.025 0.048 0.180 0.004 0.001 0.015 0.373 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 89 A 0.005 0.003 0.001 0.010 0.012 0.031 0.028 0.001 0.001 0.001 0.909 90 E 0.117 0.022 0.001 0.034 0.019 0.032 0.080 0.002 0.001 0.004 0.690 91 L 0.393 0.042 0.005 0.024 0.011 0.022 0.091 0.006 0.001 0.005 0.403 92 L 0.272 0.078 0.012 0.048 0.031 0.049 0.160 0.004 0.001 0.004 0.341 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 94 A 0.007 0.010 0.001 0.020 0.020 0.055 0.059 0.001 0.001 0.003 0.824 95 E 0.181 0.011 0.001 0.023 0.008 0.014 0.147 0.002 0.001 0.006 0.606 96 S 0.499 0.029 0.003 0.031 0.021 0.026 0.060 0.003 0.001 0.007 0.319 97 G 0.289 0.031 0.015 0.182 0.103 0.118 0.062 0.002 0.001 0.011 0.188 98 L 0.031 0.020 0.023 0.199 0.130 0.144 0.117 0.001 0.001 0.005 0.329 99 L 0.005 0.008 0.002 0.496 0.185 0.213 0.020 0.001 0.001 0.002 0.069 100 I 0.016 0.014 0.001 0.290 0.148 0.248 0.030 0.001 0.001 0.003 0.249 101 A 0.015 0.008 0.001 0.388 0.131 0.290 0.031 0.001 0.001 0.001 0.135 102 D 0.010 0.007 0.001 0.127 0.209 0.265 0.092 0.002 0.001 0.006 0.281 103 A 0.032 0.009 0.009 0.102 0.049 0.122 0.066 0.001 0.001 0.013 0.595 104 Y 0.014 0.003 0.001 0.037 0.034 0.063 0.527 0.001 0.001 0.007 0.313 105 D 0.135 0.003 0.004 0.033 0.035 0.096 0.284 0.002 0.001 0.058 0.349 106 A 0.084 0.036 0.020 0.085 0.139 0.171 0.106 0.001 0.001 0.008 0.350 107 E 0.011 0.031 0.009 0.095 0.291 0.203 0.149 0.001 0.001 0.005 0.205 108 I 0.039 0.051 0.002 0.127 0.167 0.220 0.050 0.001 0.001 0.003 0.340 109 V 0.050 0.073 0.001 0.127 0.223 0.346 0.015 0.001 0.001 0.001 0.163 110 R 0.028 0.105 0.003 0.074 0.210 0.246 0.054 0.004 0.001 0.004 0.272 111 M 0.059 0.052 0.012 0.077 0.063 0.136 0.043 0.007 0.001 0.005 0.548 112 A 0.058 0.047 0.015 0.043 0.080 0.163 0.159 0.006 0.001 0.005 0.424 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 114 E 0.009 0.011 0.001 0.006 0.008 0.031 0.185 0.001 0.001 0.002 0.746 115 Q 0.425 0.061 0.002 0.008 0.005 0.011 0.082 0.004 0.001 0.007 0.394 116 K 0.427 0.173 0.003 0.007 0.003 0.006 0.025 0.004 0.001 0.002 0.350 117 L 0.265 0.214 0.066 0.014 0.006 0.013 0.081 0.010 0.001 0.004 0.327 118 A 0.182 0.161 0.014 0.017 0.009 0.015 0.091 0.007 0.001 0.003 0.501 119 P 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.981 120 A 0.031 0.152 0.003 0.008 0.004 0.013 0.117 0.003 0.001 0.002 0.667 121 R 0.141 0.419 0.002 0.006 0.003 0.006 0.107 0.005 0.001 0.003 0.308 122 R 0.093 0.729 0.002 0.003 0.003 0.005 0.026 0.003 0.001 0.001 0.137 123 K 0.038 0.829 0.004 0.002 0.002 0.003 0.019 0.002 0.001 0.001 0.099 124 V 0.021 0.858 0.003 0.002 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.097 125 L 0.014 0.907 0.002 0.002 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.062 126 I 0.005 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 127 Q 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 128 K 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 129 F 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 130 A 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 131 T 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 132 H 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 133 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 134 A 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 135 R 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 136 R 0.012 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 137 L 0.010 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 138 Q 0.027 0.915 0.011 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.028 139 A 0.039 0.842 0.022 0.004 0.004 0.005 0.007 0.022 0.001 0.001 0.056 140 L 0.257 0.532 0.014 0.012 0.010 0.016 0.011 0.050 0.001 0.002 0.097 141 R 0.230 0.296 0.091 0.023 0.009 0.012 0.029 0.078 0.001 0.004 0.227 142 D 0.166 0.179 0.055 0.024 0.039 0.037 0.094 0.056 0.001 0.004 0.346 143 P 0.004 0.008 0.003 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.976 144 E 0.007 0.015 0.001 0.008 0.005 0.007 0.668 0.004 0.001 0.003 0.283 145 G 0.718 0.007 0.006 0.005 0.001 0.003 0.124 0.003 0.001 0.024 0.108 146 H 0.405 0.176 0.013 0.040 0.016 0.021 0.061 0.003 0.001 0.006 0.258 147 G 0.021 0.026 0.020 0.036 0.030 0.034 0.058 0.002 0.001 0.004 0.767 148 I 0.055 0.037 0.018 0.091 0.041 0.084 0.088 0.002 0.001 0.006 0.578 149 F 0.065 0.062 0.004 0.068 0.070 0.112 0.116 0.004 0.001 0.004 0.495 150 E 0.067 0.042 0.002 0.033 0.044 0.069 0.088 0.003 0.001 0.005 0.646