# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.014 0.019 0.025 0.034 0.067 0.005 0.771 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 3 M 0.019 0.005 0.014 0.015 0.035 0.147 0.004 0.762 4 T 0.332 0.018 0.022 0.011 0.021 0.070 0.015 0.511 5 L 0.205 0.052 0.029 0.020 0.027 0.118 0.009 0.539 6 D 0.111 0.051 0.035 0.020 0.030 0.190 0.012 0.550 7 L 0.203 0.074 0.040 0.016 0.035 0.101 0.018 0.513 8 Q 0.088 0.063 0.031 0.017 0.025 0.148 0.006 0.623 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 10 G 0.035 0.108 0.019 0.009 0.040 0.152 0.004 0.634 11 Q 0.101 0.445 0.011 0.005 0.011 0.092 0.005 0.330 12 R 0.028 0.756 0.005 0.003 0.005 0.031 0.002 0.170 13 L 0.033 0.906 0.003 0.001 0.003 0.008 0.001 0.045 14 A 0.015 0.955 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.020 15 R 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.032 16 G 0.030 0.917 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.039 17 V 0.013 0.933 0.005 0.001 0.001 0.012 0.004 0.031 18 A 0.003 0.962 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 19 R 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 20 H 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 21 L 0.006 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 22 R 0.020 0.949 0.004 0.003 0.002 0.002 0.008 0.013 23 A 0.059 0.837 0.010 0.004 0.005 0.003 0.040 0.043 24 H 0.210 0.504 0.048 0.010 0.009 0.010 0.117 0.091 25 G 0.294 0.114 0.094 0.025 0.015 0.044 0.104 0.311 26 F 0.077 0.031 0.273 0.066 0.046 0.079 0.018 0.410 27 V 0.038 0.014 0.204 0.209 0.170 0.084 0.007 0.275 28 S 0.019 0.017 0.085 0.102 0.149 0.095 0.004 0.529 29 V 0.021 0.022 0.170 0.135 0.343 0.040 0.003 0.264 30 E 0.014 0.028 0.067 0.101 0.134 0.110 0.006 0.540 31 E 0.091 0.029 0.046 0.093 0.118 0.109 0.029 0.484 32 F 0.203 0.105 0.042 0.072 0.126 0.073 0.026 0.353 33 V 0.093 0.068 0.048 0.082 0.118 0.100 0.011 0.481 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 35 A 0.016 0.007 0.010 0.017 0.043 0.063 0.004 0.841 36 R 0.147 0.017 0.009 0.012 0.020 0.103 0.016 0.675 37 G 0.467 0.024 0.031 0.014 0.022 0.067 0.023 0.352 38 L 0.258 0.030 0.094 0.067 0.064 0.128 0.016 0.342 39 R 0.041 0.007 0.052 0.050 0.043 0.133 0.004 0.670 40 V 0.010 0.003 0.103 0.243 0.399 0.022 0.002 0.218 41 D 0.006 0.002 0.134 0.366 0.383 0.025 0.001 0.083 42 V 0.004 0.007 0.168 0.215 0.352 0.031 0.001 0.221 43 M 0.001 0.002 0.217 0.436 0.324 0.006 0.001 0.013 44 G 0.006 0.006 0.166 0.253 0.422 0.017 0.004 0.126 45 L 0.004 0.002 0.184 0.250 0.485 0.010 0.003 0.063 46 G 0.004 0.003 0.058 0.441 0.347 0.035 0.002 0.110 47 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.991 48 K 0.016 0.001 0.013 0.029 0.095 0.239 0.008 0.598 49 G 0.441 0.002 0.023 0.026 0.052 0.103 0.042 0.310 50 E 0.300 0.001 0.048 0.100 0.068 0.187 0.017 0.278 51 I 0.010 0.001 0.128 0.192 0.166 0.076 0.001 0.425 52 W 0.002 0.001 0.170 0.360 0.383 0.026 0.001 0.059 53 V 0.001 0.001 0.352 0.121 0.274 0.050 0.001 0.201 54 I 0.001 0.001 0.519 0.179 0.269 0.007 0.001 0.027 55 E 0.001 0.001 0.589 0.140 0.214 0.010 0.001 0.046 56 C 0.001 0.001 0.634 0.075 0.110 0.019 0.001 0.161 57 K 0.001 0.001 0.497 0.078 0.206 0.052 0.001 0.165 58 S 0.003 0.001 0.178 0.044 0.091 0.261 0.003 0.418 59 S 0.016 0.003 0.078 0.018 0.060 0.204 0.006 0.615 60 R 0.064 0.007 0.034 0.012 0.038 0.205 0.009 0.631 61 A 0.041 0.010 0.008 0.007 0.009 0.487 0.007 0.431 62 D 0.163 0.059 0.008 0.009 0.014 0.318 0.009 0.420 63 F 0.162 0.517 0.007 0.008 0.025 0.038 0.004 0.238 64 Q 0.100 0.558 0.014 0.016 0.039 0.083 0.007 0.183 65 A 0.159 0.412 0.017 0.018 0.028 0.080 0.025 0.260 66 D 0.103 0.594 0.021 0.018 0.039 0.028 0.013 0.184 67 A 0.053 0.474 0.012 0.009 0.014 0.046 0.012 0.381 68 K 0.084 0.260 0.038 0.009 0.011 0.223 0.032 0.343 69 W 0.209 0.327 0.044 0.012 0.018 0.088 0.023 0.279 70 Q 0.035 0.319 0.009 0.003 0.005 0.030 0.006 0.593 71 G 0.055 0.235 0.013 0.003 0.007 0.091 0.017 0.579 72 Y 0.329 0.296 0.023 0.004 0.007 0.068 0.031 0.240 73 L 0.104 0.545 0.029 0.011 0.017 0.068 0.011 0.214 74 E 0.037 0.522 0.019 0.009 0.016 0.081 0.008 0.308 75 W 0.111 0.530 0.018 0.005 0.012 0.045 0.016 0.263 76 C 0.094 0.656 0.035 0.015 0.021 0.030 0.011 0.138 77 D 0.030 0.620 0.038 0.023 0.030 0.029 0.010 0.221 78 R 0.045 0.661 0.024 0.017 0.036 0.019 0.015 0.183 79 Y 0.108 0.637 0.032 0.029 0.042 0.017 0.018 0.117 80 F 0.071 0.583 0.060 0.079 0.059 0.020 0.015 0.113 81 W 0.090 0.338 0.087 0.129 0.130 0.016 0.021 0.191 82 A 0.127 0.165 0.120 0.117 0.200 0.015 0.020 0.236 83 V 0.079 0.117 0.081 0.160 0.187 0.048 0.024 0.304 84 D 0.045 0.049 0.077 0.099 0.131 0.054 0.009 0.536 85 M 0.017 0.015 0.029 0.020 0.031 0.069 0.006 0.814 86 E 0.113 0.022 0.023 0.020 0.040 0.279 0.033 0.469 87 F 0.332 0.028 0.048 0.027 0.037 0.185 0.016 0.327 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 89 A 0.012 0.011 0.011 0.017 0.058 0.079 0.003 0.808 90 E 0.170 0.034 0.015 0.030 0.040 0.135 0.013 0.563 91 L 0.435 0.052 0.010 0.027 0.043 0.045 0.029 0.360 92 L 0.341 0.064 0.034 0.063 0.102 0.076 0.010 0.310 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 94 A 0.011 0.004 0.015 0.026 0.048 0.073 0.004 0.819 95 E 0.225 0.011 0.027 0.025 0.030 0.093 0.015 0.575 96 S 0.396 0.016 0.051 0.028 0.042 0.068 0.024 0.375 97 G 0.182 0.007 0.327 0.089 0.085 0.107 0.010 0.193 98 L 0.010 0.001 0.378 0.235 0.180 0.068 0.002 0.127 99 L 0.001 0.001 0.334 0.244 0.343 0.012 0.001 0.066 100 I 0.002 0.001 0.341 0.169 0.335 0.018 0.001 0.134 101 A 0.002 0.001 0.359 0.177 0.261 0.052 0.001 0.146 102 D 0.003 0.002 0.128 0.193 0.238 0.169 0.003 0.264 103 A 0.017 0.004 0.154 0.054 0.175 0.090 0.009 0.497 104 Y 0.037 0.004 0.055 0.052 0.068 0.541 0.021 0.222 105 D 0.301 0.003 0.026 0.021 0.028 0.238 0.051 0.333 106 A 0.090 0.022 0.074 0.078 0.106 0.144 0.008 0.479 107 E 0.014 0.007 0.110 0.249 0.236 0.243 0.002 0.139 108 I 0.024 0.021 0.071 0.126 0.239 0.135 0.005 0.378 109 V 0.020 0.026 0.143 0.196 0.501 0.017 0.002 0.095 110 R 0.018 0.054 0.094 0.220 0.322 0.037 0.005 0.251 111 M 0.023 0.040 0.077 0.071 0.134 0.069 0.015 0.570 112 A 0.063 0.034 0.060 0.080 0.138 0.113 0.011 0.500 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 114 E 0.024 0.017 0.017 0.013 0.051 0.122 0.006 0.749 115 Q 0.455 0.048 0.016 0.008 0.011 0.072 0.011 0.379 116 K 0.255 0.106 0.012 0.011 0.015 0.060 0.012 0.528 117 L 0.238 0.165 0.027 0.010 0.032 0.069 0.014 0.444 118 A 0.160 0.120 0.021 0.014 0.024 0.072 0.007 0.583 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 120 A 0.045 0.095 0.009 0.006 0.015 0.205 0.006 0.619 121 R 0.326 0.309 0.012 0.004 0.008 0.074 0.009 0.257 122 R 0.074 0.643 0.011 0.004 0.008 0.035 0.005 0.219 123 K 0.067 0.632 0.009 0.004 0.007 0.042 0.007 0.232 124 V 0.039 0.783 0.006 0.003 0.005 0.031 0.006 0.127 125 L 0.015 0.887 0.007 0.002 0.004 0.015 0.003 0.066 126 I 0.010 0.916 0.007 0.001 0.003 0.011 0.002 0.049 127 Q 0.007 0.946 0.006 0.001 0.002 0.005 0.002 0.030 128 K 0.004 0.950 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 129 F 0.005 0.966 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 130 A 0.005 0.975 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 131 T 0.005 0.974 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.012 132 H 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 133 A 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 134 A 0.006 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 135 R 0.009 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 136 R 0.018 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 137 L 0.014 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 138 Q 0.027 0.907 0.017 0.002 0.001 0.005 0.012 0.029 139 A 0.053 0.812 0.023 0.004 0.003 0.014 0.025 0.066 140 L 0.151 0.686 0.036 0.008 0.009 0.014 0.028 0.068 141 R 0.196 0.445 0.050 0.010 0.008 0.034 0.064 0.192 142 D 0.151 0.219 0.193 0.024 0.022 0.072 0.024 0.295 143 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 144 E 0.022 0.022 0.017 0.007 0.012 0.386 0.014 0.519 145 G 0.667 0.014 0.033 0.004 0.005 0.052 0.035 0.189 146 H 0.311 0.103 0.059 0.019 0.022 0.100 0.014 0.372 147 G 0.092 0.029 0.035 0.018 0.022 0.138 0.010 0.657 148 I 0.129 0.040 0.035 0.030 0.062 0.092 0.012 0.600 149 F 0.124 0.065 0.054 0.063 0.114 0.097 0.012 0.471 150 E 0.055 0.061 0.024 0.032 0.044 0.090 0.008 0.686