# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.345 0.342 0.005 0.035 0.014 0.005 0.001 0.235 0.003 0.001 2 P 0.215 0.004 0.668 0.011 0.003 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.074 3 M 0.309 0.122 0.206 0.233 0.038 0.042 0.020 0.014 0.012 0.003 0.001 4 T 0.272 0.148 0.295 0.118 0.058 0.035 0.029 0.008 0.027 0.008 0.002 5 L 0.512 0.104 0.226 0.096 0.021 0.014 0.009 0.001 0.013 0.002 0.002 6 D 0.281 0.115 0.276 0.185 0.030 0.070 0.020 0.002 0.016 0.002 0.003 7 L 0.387 0.169 0.269 0.101 0.017 0.031 0.007 0.002 0.014 0.002 0.002 8 Q 0.148 0.187 0.460 0.008 0.026 0.020 0.006 0.001 0.139 0.005 0.001 9 P 0.822 0.001 0.157 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 10 G 0.915 0.007 0.021 0.029 0.010 0.007 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 11 Q 0.953 0.017 0.017 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.974 0.008 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.986 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.987 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.980 0.001 0.003 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.981 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 17 V 0.994 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.986 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.970 0.003 0.004 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 R 0.954 0.004 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.892 0.007 0.010 0.074 0.004 0.004 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 24 H 0.124 0.008 0.035 0.774 0.002 0.003 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 25 G 0.021 0.004 0.018 0.010 0.013 0.003 0.368 0.510 0.001 0.053 0.001 26 F 0.092 0.327 0.414 0.066 0.039 0.041 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 27 V 0.058 0.607 0.232 0.023 0.034 0.025 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 28 S 0.050 0.432 0.353 0.017 0.055 0.072 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 29 V 0.182 0.449 0.221 0.030 0.060 0.027 0.003 0.001 0.025 0.001 0.003 30 E 0.270 0.319 0.224 0.050 0.088 0.017 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 31 E 0.178 0.395 0.199 0.081 0.082 0.028 0.013 0.001 0.022 0.001 0.001 32 F 0.106 0.413 0.296 0.059 0.041 0.050 0.012 0.001 0.018 0.001 0.003 33 V 0.020 0.365 0.457 0.004 0.017 0.023 0.002 0.001 0.110 0.001 0.001 34 P 0.128 0.004 0.812 0.005 0.002 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 35 A 0.704 0.047 0.122 0.081 0.010 0.013 0.006 0.002 0.011 0.002 0.002 36 R 0.126 0.032 0.142 0.536 0.017 0.012 0.110 0.010 0.006 0.007 0.001 37 G 0.010 0.008 0.029 0.015 0.033 0.004 0.146 0.632 0.003 0.118 0.001 38 L 0.078 0.321 0.490 0.046 0.027 0.018 0.004 0.001 0.011 0.001 0.002 39 R 0.067 0.285 0.400 0.081 0.046 0.078 0.013 0.002 0.023 0.003 0.003 40 V 0.069 0.616 0.161 0.035 0.071 0.015 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 41 D 0.072 0.332 0.315 0.042 0.090 0.117 0.010 0.001 0.020 0.001 0.002 42 V 0.067 0.729 0.094 0.026 0.042 0.016 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 43 M 0.078 0.674 0.122 0.029 0.060 0.014 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 44 G 0.066 0.295 0.167 0.027 0.335 0.041 0.017 0.005 0.038 0.007 0.001 45 L 0.098 0.446 0.278 0.094 0.028 0.029 0.006 0.001 0.016 0.002 0.002 46 G 0.013 0.053 0.331 0.005 0.131 0.015 0.023 0.010 0.120 0.298 0.001 47 P 0.655 0.005 0.213 0.033 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.078 48 K 0.092 0.022 0.137 0.546 0.014 0.013 0.142 0.021 0.006 0.004 0.001 49 G 0.005 0.010 0.026 0.008 0.032 0.002 0.056 0.747 0.001 0.113 0.001 50 E 0.011 0.339 0.517 0.034 0.061 0.017 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 51 I 0.003 0.753 0.184 0.007 0.031 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 52 W 0.001 0.861 0.069 0.002 0.057 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 53 V 0.001 0.856 0.089 0.001 0.025 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 54 I 0.001 0.926 0.039 0.001 0.022 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 55 E 0.001 0.763 0.155 0.001 0.013 0.059 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 56 C 0.002 0.644 0.255 0.001 0.031 0.041 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 57 K 0.016 0.541 0.309 0.008 0.054 0.035 0.003 0.001 0.030 0.001 0.002 58 S 0.032 0.472 0.187 0.023 0.227 0.017 0.008 0.002 0.027 0.004 0.001 59 S 0.077 0.269 0.299 0.039 0.183 0.049 0.016 0.003 0.052 0.012 0.002 60 R 0.518 0.099 0.212 0.077 0.047 0.018 0.006 0.001 0.013 0.003 0.005 61 A 0.631 0.078 0.096 0.109 0.036 0.018 0.013 0.004 0.010 0.003 0.001 62 D 0.335 0.101 0.169 0.261 0.042 0.039 0.025 0.003 0.021 0.002 0.001 63 F 0.534 0.152 0.132 0.102 0.023 0.019 0.017 0.003 0.015 0.002 0.001 64 Q 0.480 0.167 0.125 0.145 0.025 0.022 0.018 0.002 0.014 0.001 0.001 65 A 0.392 0.088 0.169 0.143 0.089 0.035 0.034 0.013 0.021 0.015 0.001 66 D 0.269 0.113 0.256 0.172 0.040 0.067 0.024 0.003 0.049 0.006 0.001 67 A 0.837 0.021 0.073 0.042 0.005 0.008 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 68 K 0.715 0.027 0.044 0.173 0.011 0.011 0.011 0.001 0.004 0.002 0.001 69 W 0.466 0.074 0.154 0.159 0.021 0.040 0.015 0.001 0.067 0.002 0.001 70 Q 0.755 0.013 0.149 0.055 0.002 0.005 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 71 G 0.479 0.004 0.020 0.037 0.018 0.009 0.078 0.267 0.001 0.087 0.001 72 Y 0.661 0.041 0.057 0.214 0.009 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 73 L 0.698 0.089 0.110 0.049 0.012 0.011 0.013 0.001 0.016 0.001 0.001 74 E 0.760 0.061 0.058 0.060 0.019 0.014 0.016 0.001 0.008 0.002 0.001 75 W 0.484 0.067 0.075 0.257 0.055 0.020 0.013 0.004 0.020 0.004 0.001 76 C 0.477 0.115 0.196 0.111 0.030 0.020 0.016 0.003 0.027 0.004 0.001 77 D 0.653 0.048 0.106 0.126 0.017 0.015 0.026 0.002 0.006 0.002 0.001 78 R 0.349 0.240 0.081 0.163 0.104 0.016 0.021 0.004 0.019 0.002 0.001 79 Y 0.125 0.548 0.175 0.049 0.051 0.033 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 80 F 0.047 0.735 0.126 0.015 0.031 0.030 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 81 W 0.069 0.587 0.195 0.025 0.040 0.056 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 82 A 0.069 0.371 0.252 0.067 0.098 0.093 0.015 0.002 0.031 0.001 0.001 83 V 0.049 0.664 0.144 0.039 0.040 0.031 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 84 D 0.052 0.127 0.497 0.034 0.043 0.148 0.045 0.001 0.046 0.005 0.003 85 M 0.620 0.060 0.129 0.113 0.023 0.019 0.010 0.001 0.013 0.003 0.009 86 E 0.291 0.114 0.141 0.343 0.030 0.040 0.021 0.005 0.011 0.002 0.002 87 F 0.020 0.316 0.384 0.011 0.032 0.018 0.009 0.001 0.204 0.004 0.001 88 P 0.129 0.005 0.762 0.007 0.002 0.023 0.001 0.001 0.004 0.001 0.066 89 A 0.691 0.024 0.179 0.075 0.008 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 90 E 0.574 0.049 0.173 0.132 0.017 0.024 0.014 0.002 0.011 0.001 0.001 91 L 0.216 0.105 0.255 0.339 0.013 0.041 0.013 0.002 0.013 0.001 0.003 92 L 0.029 0.267 0.476 0.008 0.021 0.018 0.009 0.001 0.167 0.004 0.001 93 P 0.101 0.004 0.784 0.005 0.002 0.029 0.001 0.001 0.007 0.003 0.064 94 A 0.795 0.007 0.109 0.069 0.005 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 95 E 0.444 0.068 0.097 0.277 0.026 0.032 0.023 0.010 0.018 0.004 0.001 96 S 0.120 0.089 0.161 0.514 0.018 0.008 0.075 0.003 0.009 0.001 0.001 97 G 0.038 0.070 0.099 0.031 0.133 0.015 0.223 0.305 0.007 0.078 0.001 98 L 0.019 0.728 0.190 0.009 0.032 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 99 L 0.013 0.583 0.319 0.005 0.017 0.056 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 100 I 0.020 0.762 0.138 0.006 0.024 0.031 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 101 A 0.066 0.490 0.183 0.025 0.150 0.039 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 102 D 0.112 0.242 0.219 0.106 0.132 0.070 0.047 0.004 0.058 0.008 0.001 103 A 0.291 0.165 0.135 0.185 0.080 0.031 0.055 0.015 0.027 0.014 0.002 104 Y 0.204 0.133 0.108 0.415 0.036 0.020 0.059 0.007 0.012 0.005 0.001 105 D 0.081 0.115 0.156 0.171 0.101 0.043 0.254 0.035 0.029 0.015 0.001 106 A 0.139 0.400 0.288 0.060 0.066 0.020 0.008 0.002 0.013 0.002 0.002 107 E 0.093 0.636 0.182 0.019 0.031 0.027 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 108 I 0.085 0.571 0.249 0.012 0.021 0.049 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 109 V 0.181 0.487 0.179 0.031 0.051 0.029 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 110 R 0.150 0.405 0.234 0.033 0.090 0.031 0.012 0.001 0.043 0.001 0.001 111 M 0.155 0.249 0.366 0.103 0.033 0.052 0.016 0.002 0.018 0.002 0.003 112 A 0.038 0.192 0.367 0.006 0.089 0.013 0.008 0.002 0.265 0.019 0.001 113 P 0.602 0.003 0.327 0.015 0.003 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 114 E 0.696 0.032 0.078 0.152 0.012 0.017 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 115 Q 0.600 0.085 0.119 0.123 0.026 0.015 0.009 0.003 0.017 0.002 0.001 116 K 0.627 0.052 0.151 0.108 0.016 0.021 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 117 L 0.453 0.090 0.153 0.220 0.016 0.040 0.009 0.002 0.015 0.001 0.001 118 A 0.350 0.065 0.416 0.012 0.025 0.017 0.007 0.001 0.098 0.008 0.001 119 P 0.936 0.001 0.051 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 120 A 0.937 0.003 0.018 0.031 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 R 0.943 0.007 0.010 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.977 0.004 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 K 0.986 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.992 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.993 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 R 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.975 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.957 0.004 0.006 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.939 0.007 0.007 0.037 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 139 A 0.853 0.017 0.021 0.087 0.005 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 140 L 0.542 0.047 0.059 0.305 0.009 0.016 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 141 R 0.379 0.155 0.147 0.208 0.023 0.033 0.028 0.003 0.021 0.002 0.001 142 D 0.041 0.098 0.491 0.022 0.021 0.106 0.044 0.001 0.170 0.006 0.001 143 P 0.859 0.002 0.080 0.033 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 144 E 0.364 0.010 0.045 0.490 0.010 0.014 0.046 0.014 0.003 0.004 0.001 145 G 0.184 0.032 0.088 0.208 0.035 0.022 0.170 0.196 0.014 0.051 0.001 146 H 0.214 0.142 0.330 0.214 0.022 0.017 0.036 0.006 0.011 0.006 0.001 147 G 0.145 0.084 0.238 0.073 0.092 0.055 0.094 0.099 0.016 0.103 0.001 148 I 0.283 0.270 0.236 0.118 0.042 0.024 0.006 0.001 0.016 0.002 0.002 149 F 0.195 0.305 0.259 0.082 0.070 0.034 0.011 0.002 0.038 0.003 0.001 150 E 0.239 0.235 0.309 0.069 0.058 0.039 0.016 0.002 0.028 0.003 0.003