# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.395 0.229 0.021 0.186 0.008 0.009 0.018 0.014 0.027 0.025 2 P 0.072 0.236 0.112 0.036 0.139 0.029 0.051 0.149 0.100 0.043 0.033 3 M 0.058 0.151 0.085 0.038 0.104 0.034 0.054 0.164 0.128 0.147 0.037 4 T 0.093 0.126 0.062 0.017 0.173 0.014 0.020 0.162 0.138 0.143 0.051 5 L 0.052 0.118 0.040 0.012 0.117 0.022 0.049 0.295 0.192 0.073 0.031 6 D 0.099 0.114 0.054 0.013 0.162 0.016 0.052 0.186 0.086 0.162 0.057 7 L 0.120 0.175 0.053 0.011 0.172 0.013 0.025 0.157 0.072 0.141 0.061 8 Q 0.035 0.276 0.179 0.035 0.101 0.023 0.026 0.225 0.054 0.025 0.020 9 P 0.020 0.041 0.014 0.004 0.028 0.006 0.021 0.642 0.186 0.027 0.013 10 G 0.020 0.016 0.004 0.001 0.021 0.003 0.014 0.695 0.168 0.048 0.012 11 Q 0.020 0.034 0.006 0.002 0.038 0.005 0.012 0.764 0.095 0.018 0.007 12 R 0.022 0.016 0.002 0.001 0.025 0.002 0.007 0.841 0.055 0.024 0.005 13 L 0.015 0.020 0.003 0.001 0.018 0.002 0.011 0.841 0.053 0.032 0.006 14 A 0.017 0.008 0.003 0.006 0.014 0.008 0.023 0.798 0.074 0.038 0.011 15 R 0.005 0.034 0.013 0.012 0.010 0.013 0.026 0.818 0.050 0.014 0.004 16 G 0.013 0.009 0.011 0.010 0.011 0.006 0.012 0.680 0.123 0.095 0.029 17 V 0.008 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.870 0.075 0.017 0.004 18 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.943 0.036 0.003 0.002 19 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.960 0.025 0.003 0.001 20 H 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.952 0.021 0.012 0.001 21 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.909 0.064 0.011 0.001 22 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.814 0.143 0.004 0.001 23 A 0.010 0.006 0.009 0.004 0.007 0.009 0.142 0.639 0.099 0.070 0.005 24 H 0.006 0.596 0.178 0.029 0.026 0.024 0.051 0.048 0.016 0.021 0.006 25 G 0.039 0.021 0.022 0.046 0.024 0.020 0.012 0.030 0.039 0.443 0.303 26 F 0.132 0.289 0.057 0.007 0.283 0.006 0.018 0.058 0.042 0.062 0.047 27 V 0.146 0.265 0.040 0.010 0.430 0.013 0.028 0.027 0.011 0.013 0.018 28 S 0.206 0.217 0.037 0.006 0.421 0.008 0.012 0.022 0.011 0.021 0.038 29 V 0.254 0.124 0.025 0.008 0.359 0.014 0.020 0.054 0.047 0.031 0.064 30 E 0.087 0.147 0.061 0.031 0.192 0.050 0.074 0.148 0.121 0.046 0.044 31 E 0.155 0.129 0.041 0.007 0.276 0.011 0.047 0.116 0.075 0.095 0.048 32 F 0.146 0.219 0.045 0.004 0.373 0.007 0.021 0.050 0.031 0.063 0.040 33 V 0.077 0.433 0.136 0.011 0.241 0.011 0.013 0.022 0.010 0.022 0.025 34 P 0.087 0.240 0.322 0.026 0.117 0.013 0.023 0.068 0.041 0.023 0.039 35 A 0.023 0.064 0.086 0.083 0.029 0.086 0.093 0.325 0.138 0.055 0.019 36 R 0.010 0.239 0.089 0.149 0.029 0.103 0.210 0.059 0.042 0.060 0.011 37 G 0.028 0.017 0.022 0.077 0.022 0.013 0.004 0.013 0.019 0.567 0.219 38 L 0.060 0.416 0.114 0.013 0.271 0.012 0.016 0.032 0.021 0.027 0.018 39 R 0.289 0.117 0.021 0.009 0.443 0.007 0.011 0.019 0.010 0.022 0.052 40 V 0.260 0.157 0.037 0.010 0.375 0.016 0.028 0.028 0.028 0.012 0.049 41 D 0.171 0.169 0.044 0.014 0.344 0.044 0.044 0.060 0.025 0.026 0.058 42 V 0.281 0.101 0.018 0.004 0.298 0.007 0.020 0.079 0.065 0.047 0.079 43 M 0.147 0.129 0.032 0.015 0.295 0.041 0.085 0.090 0.054 0.053 0.060 44 G 0.129 0.199 0.098 0.024 0.282 0.019 0.037 0.064 0.028 0.061 0.059 45 L 0.130 0.180 0.085 0.033 0.205 0.033 0.062 0.042 0.030 0.128 0.073 46 G 0.031 0.188 0.609 0.063 0.053 0.012 0.008 0.009 0.006 0.011 0.010 47 P 0.033 0.061 0.080 0.091 0.036 0.087 0.105 0.222 0.214 0.049 0.021 48 K 0.023 0.151 0.096 0.207 0.042 0.102 0.165 0.051 0.061 0.088 0.016 49 G 0.025 0.035 0.053 0.123 0.030 0.051 0.019 0.016 0.024 0.519 0.106 50 E 0.101 0.349 0.062 0.006 0.427 0.003 0.006 0.004 0.005 0.019 0.019 51 I 0.335 0.036 0.002 0.001 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 52 W 0.111 0.123 0.007 0.001 0.752 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 53 V 0.384 0.014 0.001 0.001 0.595 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 54 I 0.167 0.123 0.008 0.001 0.686 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 55 E 0.299 0.044 0.002 0.001 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 56 C 0.374 0.062 0.004 0.001 0.502 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.045 57 K 0.137 0.230 0.076 0.029 0.329 0.038 0.028 0.007 0.006 0.020 0.098 58 S 0.174 0.277 0.093 0.026 0.249 0.018 0.015 0.014 0.012 0.059 0.064 59 S 0.043 0.401 0.226 0.025 0.137 0.012 0.017 0.045 0.041 0.032 0.021 60 R 0.035 0.059 0.026 0.011 0.051 0.015 0.039 0.376 0.311 0.057 0.020 61 A 0.028 0.072 0.024 0.012 0.054 0.021 0.061 0.398 0.228 0.086 0.015 62 D 0.068 0.071 0.027 0.007 0.100 0.009 0.038 0.323 0.144 0.178 0.034 63 F 0.062 0.101 0.025 0.005 0.118 0.010 0.029 0.366 0.164 0.086 0.035 64 Q 0.085 0.070 0.029 0.011 0.117 0.017 0.069 0.367 0.105 0.091 0.039 65 A 0.063 0.164 0.057 0.019 0.113 0.027 0.049 0.252 0.083 0.142 0.032 66 D 0.118 0.156 0.081 0.012 0.253 0.009 0.016 0.161 0.081 0.076 0.038 67 A 0.024 0.038 0.014 0.003 0.042 0.007 0.026 0.497 0.298 0.036 0.013 68 K 0.036 0.088 0.041 0.006 0.061 0.010 0.116 0.406 0.107 0.105 0.023 69 W 0.064 0.111 0.049 0.011 0.077 0.012 0.024 0.371 0.118 0.121 0.041 70 Q 0.008 0.059 0.028 0.038 0.018 0.045 0.068 0.565 0.128 0.032 0.011 71 G 0.027 0.022 0.029 0.030 0.026 0.017 0.025 0.450 0.147 0.190 0.036 72 Y 0.039 0.061 0.010 0.001 0.059 0.003 0.016 0.524 0.113 0.156 0.017 73 L 0.045 0.056 0.015 0.010 0.069 0.011 0.024 0.562 0.137 0.047 0.024 74 E 0.014 0.022 0.011 0.008 0.020 0.016 0.049 0.671 0.156 0.025 0.009 75 W 0.025 0.023 0.011 0.004 0.028 0.005 0.045 0.570 0.111 0.156 0.021 76 C 0.103 0.080 0.016 0.003 0.122 0.005 0.027 0.391 0.166 0.046 0.041 77 D 0.034 0.025 0.010 0.008 0.042 0.029 0.073 0.575 0.151 0.032 0.022 78 R 0.071 0.064 0.013 0.003 0.090 0.007 0.037 0.530 0.091 0.073 0.020 79 Y 0.159 0.080 0.012 0.003 0.221 0.009 0.062 0.266 0.091 0.058 0.039 80 F 0.108 0.129 0.027 0.009 0.231 0.018 0.041 0.264 0.091 0.042 0.040 81 W 0.145 0.084 0.017 0.008 0.229 0.018 0.066 0.218 0.073 0.082 0.060 82 A 0.165 0.143 0.063 0.011 0.305 0.012 0.039 0.096 0.026 0.095 0.044 83 V 0.070 0.317 0.124 0.052 0.186 0.042 0.049 0.048 0.029 0.054 0.030 84 D 0.131 0.238 0.146 0.014 0.332 0.006 0.007 0.040 0.038 0.029 0.019 85 M 0.008 0.022 0.007 0.002 0.019 0.005 0.034 0.293 0.584 0.019 0.008 86 E 0.044 0.036 0.022 0.008 0.054 0.015 0.177 0.188 0.110 0.305 0.041 87 F 0.032 0.526 0.185 0.011 0.115 0.009 0.008 0.031 0.013 0.052 0.018 88 P 0.111 0.228 0.111 0.018 0.206 0.014 0.019 0.109 0.077 0.062 0.046 89 A 0.027 0.064 0.025 0.007 0.056 0.010 0.023 0.304 0.430 0.040 0.012 90 E 0.021 0.043 0.017 0.005 0.044 0.013 0.106 0.368 0.280 0.082 0.020 91 L 0.076 0.090 0.046 0.006 0.114 0.011 0.068 0.193 0.091 0.254 0.051 92 L 0.057 0.427 0.154 0.017 0.169 0.015 0.014 0.029 0.016 0.074 0.027 93 P 0.091 0.336 0.212 0.018 0.200 0.008 0.009 0.051 0.040 0.018 0.017 94 A 0.010 0.015 0.014 0.006 0.013 0.011 0.059 0.395 0.437 0.032 0.008 95 E 0.053 0.039 0.030 0.021 0.071 0.025 0.100 0.214 0.139 0.268 0.041 96 S 0.077 0.349 0.099 0.022 0.167 0.030 0.049 0.064 0.035 0.067 0.042 97 G 0.077 0.131 0.075 0.069 0.121 0.055 0.044 0.056 0.040 0.169 0.164 98 L 0.236 0.121 0.009 0.001 0.606 0.001 0.002 0.007 0.003 0.006 0.008 99 L 0.200 0.077 0.006 0.001 0.693 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.009 100 I 0.349 0.063 0.013 0.004 0.456 0.006 0.006 0.010 0.005 0.011 0.078 101 A 0.154 0.185 0.054 0.045 0.255 0.070 0.049 0.046 0.022 0.045 0.077 102 D 0.165 0.145 0.159 0.036 0.229 0.018 0.036 0.048 0.032 0.072 0.061 103 A 0.109 0.044 0.032 0.037 0.091 0.036 0.037 0.214 0.191 0.128 0.081 104 Y 0.016 0.286 0.117 0.066 0.059 0.120 0.188 0.082 0.032 0.024 0.009 105 D 0.077 0.050 0.035 0.056 0.060 0.018 0.014 0.044 0.032 0.334 0.280 106 A 0.164 0.254 0.031 0.003 0.433 0.005 0.013 0.039 0.026 0.012 0.018 107 E 0.215 0.121 0.010 0.004 0.537 0.012 0.016 0.039 0.010 0.011 0.025 108 I 0.390 0.062 0.006 0.002 0.340 0.005 0.021 0.053 0.044 0.014 0.063 109 V 0.163 0.082 0.017 0.013 0.310 0.066 0.110 0.095 0.040 0.041 0.063 110 R 0.161 0.212 0.080 0.013 0.356 0.013 0.019 0.045 0.014 0.042 0.044 111 M 0.104 0.214 0.091 0.020 0.205 0.021 0.037 0.053 0.040 0.130 0.085 112 A 0.024 0.492 0.277 0.017 0.099 0.007 0.008 0.028 0.019 0.019 0.010 113 P 0.023 0.140 0.056 0.007 0.055 0.008 0.036 0.325 0.308 0.028 0.013 114 E 0.015 0.021 0.013 0.005 0.019 0.011 0.055 0.343 0.384 0.119 0.014 115 Q 0.024 0.273 0.083 0.010 0.085 0.018 0.051 0.261 0.120 0.060 0.015 116 K 0.042 0.065 0.037 0.012 0.053 0.017 0.078 0.234 0.159 0.229 0.072 117 L 0.058 0.212 0.105 0.018 0.111 0.014 0.024 0.160 0.078 0.175 0.044 118 A 0.020 0.268 0.154 0.040 0.060 0.032 0.038 0.222 0.097 0.052 0.018 119 P 0.021 0.084 0.060 0.010 0.036 0.007 0.022 0.481 0.201 0.062 0.017 120 A 0.012 0.011 0.002 0.001 0.015 0.001 0.017 0.636 0.274 0.025 0.006 121 R 0.009 0.013 0.003 0.001 0.015 0.005 0.022 0.793 0.098 0.034 0.008 122 R 0.009 0.014 0.003 0.001 0.013 0.002 0.006 0.866 0.065 0.015 0.004 123 K 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.923 0.053 0.007 0.001 124 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.953 0.032 0.005 0.001 125 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.017 0.003 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.013 0.003 0.001 127 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 128 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.008 0.001 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 132 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.012 0.003 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 135 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.045 0.001 0.001 136 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.031 0.010 0.001 137 L 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.859 0.096 0.018 0.002 138 Q 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.025 0.754 0.185 0.018 0.002 139 A 0.014 0.015 0.004 0.001 0.021 0.002 0.039 0.664 0.179 0.056 0.006 140 L 0.043 0.045 0.022 0.003 0.064 0.006 0.085 0.444 0.132 0.127 0.028 141 R 0.055 0.226 0.079 0.021 0.130 0.031 0.075 0.171 0.040 0.145 0.029 142 D 0.216 0.149 0.094 0.006 0.424 0.003 0.005 0.040 0.014 0.028 0.021 143 P 0.021 0.036 0.019 0.008 0.037 0.017 0.035 0.420 0.374 0.022 0.014 144 E 0.020 0.093 0.041 0.027 0.037 0.043 0.278 0.244 0.126 0.073 0.018 145 G 0.058 0.050 0.037 0.026 0.057 0.015 0.023 0.078 0.075 0.450 0.131 146 H 0.059 0.312 0.136 0.032 0.154 0.027 0.031 0.088 0.049 0.072 0.040 147 G 0.086 0.189 0.134 0.063 0.148 0.031 0.032 0.099 0.065 0.097 0.055 148 I 0.155 0.151 0.048 0.011 0.242 0.012 0.035 0.119 0.080 0.102 0.046 149 F 0.104 0.201 0.091 0.026 0.223 0.029 0.041 0.111 0.066 0.063 0.045 150 E 0.114 0.167 0.086 0.031 0.195 0.030 0.050 0.126 0.078 0.072 0.051