# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.617 0.225 0.085 0.046 0.021 0.005 0.001 2 P 0.571 0.230 0.117 0.059 0.019 0.005 0.001 3 M 0.507 0.244 0.137 0.079 0.027 0.006 0.001 4 T 0.542 0.272 0.121 0.048 0.013 0.003 0.001 5 L 0.414 0.235 0.174 0.122 0.046 0.009 0.001 6 D 0.469 0.347 0.118 0.045 0.017 0.004 0.001 7 L 0.153 0.132 0.207 0.293 0.163 0.049 0.003 8 Q 0.474 0.328 0.127 0.048 0.020 0.004 0.001 9 P 0.343 0.325 0.183 0.108 0.031 0.009 0.001 10 G 0.157 0.188 0.226 0.227 0.142 0.054 0.006 11 Q 0.114 0.176 0.218 0.255 0.160 0.071 0.006 12 R 0.076 0.174 0.260 0.247 0.153 0.077 0.013 13 L 0.041 0.045 0.065 0.153 0.247 0.328 0.120 14 A 0.033 0.077 0.124 0.214 0.268 0.231 0.053 15 R 0.057 0.121 0.179 0.229 0.213 0.162 0.039 16 G 0.048 0.094 0.154 0.219 0.232 0.179 0.074 17 V 0.012 0.023 0.035 0.076 0.184 0.415 0.255 18 A 0.027 0.064 0.117 0.195 0.270 0.238 0.088 19 R 0.048 0.138 0.218 0.231 0.196 0.136 0.033 20 H 0.025 0.060 0.120 0.227 0.288 0.232 0.049 21 L 0.028 0.035 0.061 0.142 0.277 0.364 0.092 22 R 0.083 0.176 0.235 0.260 0.162 0.074 0.010 23 A 0.219 0.281 0.223 0.162 0.074 0.036 0.005 24 H 0.120 0.184 0.263 0.267 0.112 0.048 0.006 25 G 0.171 0.278 0.204 0.173 0.112 0.055 0.007 26 F 0.033 0.059 0.106 0.212 0.317 0.232 0.040 27 V 0.040 0.069 0.107 0.188 0.278 0.253 0.065 28 S 0.026 0.056 0.100 0.159 0.204 0.307 0.148 29 V 0.016 0.026 0.043 0.084 0.183 0.380 0.268 30 E 0.049 0.119 0.173 0.222 0.218 0.163 0.056 31 E 0.046 0.108 0.140 0.212 0.247 0.199 0.049 32 F 0.029 0.056 0.101 0.194 0.292 0.274 0.053 33 V 0.076 0.126 0.183 0.238 0.226 0.132 0.018 34 P 0.228 0.261 0.209 0.168 0.087 0.041 0.006 35 A 0.341 0.248 0.179 0.130 0.071 0.028 0.003 36 R 0.298 0.283 0.199 0.136 0.055 0.025 0.004 37 G 0.197 0.188 0.165 0.177 0.167 0.089 0.018 38 L 0.065 0.109 0.146 0.210 0.263 0.168 0.039 39 R 0.024 0.065 0.118 0.189 0.239 0.266 0.099 40 V 0.007 0.009 0.017 0.047 0.133 0.389 0.397 41 D 0.005 0.011 0.024 0.049 0.143 0.359 0.408 42 V 0.003 0.004 0.007 0.019 0.064 0.291 0.612 43 M 0.003 0.006 0.011 0.028 0.078 0.330 0.543 44 G 0.007 0.021 0.039 0.077 0.153 0.384 0.320 45 L 0.014 0.034 0.082 0.203 0.283 0.289 0.095 46 G 0.076 0.173 0.226 0.256 0.174 0.085 0.010 47 P 0.284 0.305 0.180 0.120 0.078 0.029 0.003 48 K 0.347 0.356 0.160 0.081 0.039 0.015 0.002 49 G 0.115 0.191 0.216 0.246 0.164 0.061 0.007 50 E 0.036 0.141 0.221 0.252 0.213 0.120 0.017 51 I 0.008 0.013 0.026 0.077 0.259 0.451 0.166 52 W 0.003 0.012 0.036 0.096 0.208 0.452 0.193 53 V 0.001 0.002 0.005 0.014 0.055 0.329 0.594 54 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.023 0.181 0.789 55 E 0.001 0.001 0.003 0.007 0.033 0.192 0.763 56 C 0.001 0.003 0.007 0.022 0.074 0.287 0.606 57 K 0.005 0.014 0.031 0.082 0.194 0.403 0.271 58 S 0.013 0.030 0.056 0.121 0.250 0.356 0.174 59 S 0.019 0.042 0.067 0.119 0.207 0.359 0.186 60 R 0.073 0.149 0.220 0.245 0.184 0.104 0.025 61 A 0.280 0.329 0.165 0.113 0.072 0.036 0.006 62 D 0.092 0.137 0.167 0.239 0.213 0.129 0.022 63 F 0.087 0.061 0.098 0.201 0.272 0.237 0.044 64 Q 0.208 0.283 0.233 0.161 0.079 0.032 0.004 65 A 0.220 0.217 0.199 0.177 0.125 0.056 0.007 66 D 0.179 0.206 0.216 0.204 0.134 0.057 0.005 67 A 0.343 0.308 0.166 0.109 0.056 0.017 0.001 68 K 0.244 0.242 0.202 0.171 0.101 0.036 0.004 69 W 0.153 0.173 0.216 0.221 0.166 0.065 0.005 70 Q 0.443 0.301 0.155 0.072 0.023 0.006 0.001 71 G 0.361 0.373 0.163 0.075 0.023 0.006 0.001 72 Y 0.063 0.089 0.121 0.229 0.295 0.179 0.024 73 L 0.048 0.102 0.199 0.315 0.223 0.105 0.008 74 E 0.175 0.325 0.269 0.149 0.057 0.024 0.003 75 W 0.034 0.063 0.132 0.251 0.272 0.192 0.055 76 C 0.019 0.027 0.042 0.107 0.250 0.382 0.174 77 D 0.020 0.075 0.165 0.245 0.231 0.194 0.069 78 R 0.017 0.052 0.135 0.239 0.234 0.201 0.122 79 Y 0.004 0.005 0.008 0.025 0.099 0.446 0.414 80 F 0.006 0.014 0.025 0.075 0.169 0.373 0.337 81 W 0.011 0.020 0.038 0.118 0.166 0.342 0.306 82 A 0.015 0.030 0.059 0.139 0.207 0.350 0.200 83 V 0.023 0.050 0.097 0.206 0.282 0.270 0.073 84 D 0.136 0.247 0.247 0.190 0.116 0.056 0.009 85 M 0.206 0.248 0.208 0.193 0.102 0.040 0.004 86 E 0.362 0.322 0.159 0.091 0.046 0.018 0.002 87 F 0.105 0.098 0.160 0.275 0.250 0.102 0.010 88 P 0.311 0.324 0.181 0.106 0.057 0.020 0.002 89 A 0.269 0.240 0.206 0.174 0.082 0.027 0.002 90 E 0.376 0.347 0.167 0.075 0.028 0.007 0.001 91 L 0.090 0.182 0.245 0.278 0.152 0.050 0.003 92 L 0.073 0.102 0.185 0.276 0.273 0.085 0.005 93 P 0.205 0.262 0.230 0.174 0.100 0.027 0.002 94 A 0.439 0.353 0.122 0.057 0.023 0.006 0.001 95 E 0.206 0.279 0.249 0.183 0.059 0.021 0.003 96 S 0.042 0.097 0.194 0.300 0.229 0.123 0.015 97 G 0.019 0.040 0.080 0.159 0.295 0.339 0.068 98 L 0.013 0.018 0.035 0.076 0.172 0.419 0.265 99 L 0.006 0.010 0.021 0.043 0.111 0.400 0.409 100 I 0.011 0.026 0.067 0.160 0.249 0.276 0.212 101 A 0.012 0.037 0.075 0.109 0.241 0.380 0.146 102 D 0.040 0.131 0.196 0.267 0.220 0.127 0.019 103 A 0.107 0.228 0.205 0.205 0.150 0.094 0.013 104 Y 0.051 0.116 0.262 0.311 0.183 0.071 0.006 105 D 0.166 0.364 0.273 0.121 0.049 0.023 0.004 106 A 0.017 0.024 0.048 0.160 0.370 0.329 0.051 107 E 0.033 0.156 0.231 0.311 0.175 0.088 0.006 108 I 0.015 0.030 0.047 0.096 0.216 0.479 0.117 109 V 0.019 0.052 0.113 0.222 0.292 0.253 0.050 110 R 0.038 0.105 0.177 0.225 0.279 0.157 0.018 111 M 0.086 0.226 0.281 0.233 0.126 0.044 0.004 112 A 0.139 0.200 0.214 0.225 0.166 0.054 0.003 113 P 0.259 0.271 0.206 0.156 0.083 0.024 0.001 114 E 0.509 0.297 0.117 0.052 0.019 0.004 0.001 115 Q 0.598 0.280 0.084 0.031 0.007 0.001 0.001 116 K 0.372 0.369 0.167 0.070 0.018 0.004 0.001 117 L 0.129 0.101 0.192 0.293 0.216 0.065 0.003 118 A 0.322 0.289 0.204 0.124 0.051 0.011 0.001 119 P 0.568 0.315 0.080 0.026 0.008 0.002 0.001 120 A 0.259 0.196 0.191 0.205 0.111 0.035 0.003 121 R 0.255 0.268 0.202 0.150 0.094 0.029 0.003 122 R 0.200 0.208 0.213 0.184 0.132 0.057 0.008 123 K 0.217 0.248 0.221 0.166 0.102 0.040 0.005 124 V 0.233 0.207 0.192 0.183 0.124 0.054 0.008 125 L 0.111 0.155 0.196 0.215 0.187 0.110 0.026 126 I 0.072 0.099 0.130 0.199 0.230 0.205 0.064 127 Q 0.067 0.118 0.190 0.238 0.220 0.139 0.028 128 K 0.073 0.156 0.230 0.254 0.169 0.095 0.022 129 F 0.023 0.024 0.045 0.115 0.224 0.360 0.210 130 A 0.010 0.016 0.023 0.063 0.142 0.411 0.336 131 T 0.027 0.068 0.167 0.243 0.219 0.194 0.082 132 H 0.025 0.068 0.141 0.211 0.227 0.225 0.103 133 A 0.010 0.018 0.033 0.073 0.160 0.429 0.277 134 A 0.018 0.023 0.042 0.133 0.219 0.347 0.219 135 R 0.069 0.165 0.212 0.214 0.180 0.125 0.035 136 R 0.038 0.086 0.134 0.209 0.254 0.220 0.059 137 L 0.028 0.045 0.070 0.157 0.266 0.338 0.097 138 Q 0.080 0.154 0.187 0.225 0.210 0.122 0.023 139 A 0.084 0.144 0.167 0.216 0.219 0.141 0.028 140 L 0.088 0.115 0.172 0.224 0.228 0.148 0.025 141 R 0.150 0.211 0.222 0.221 0.129 0.060 0.007 142 D 0.222 0.244 0.202 0.162 0.112 0.053 0.006 143 P 0.231 0.133 0.163 0.234 0.160 0.071 0.008 144 E 0.613 0.265 0.075 0.031 0.012 0.004 0.001 145 G 0.478 0.226 0.140 0.101 0.039 0.014 0.001 146 H 0.479 0.226 0.143 0.091 0.047 0.014 0.001 147 G 0.553 0.284 0.094 0.045 0.017 0.006 0.001 148 I 0.398 0.203 0.161 0.136 0.071 0.028 0.003 149 F 0.505 0.202 0.143 0.093 0.041 0.015 0.002 150 E 0.716 0.185 0.061 0.025 0.009 0.004 0.001