# TARGET T0495 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0495.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8477 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.345 0.159 0.133 0.132 0.098 0.063 0.036 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 P 0.308 0.134 0.136 0.137 0.117 0.077 0.050 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 M 0.361 0.176 0.131 0.123 0.092 0.055 0.033 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 4 T 0.441 0.180 0.116 0.096 0.074 0.041 0.027 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.223 0.117 0.144 0.172 0.145 0.096 0.049 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 6 D 0.341 0.182 0.134 0.126 0.097 0.056 0.033 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.181 0.086 0.114 0.143 0.165 0.134 0.080 0.047 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 8 Q 0.395 0.190 0.135 0.115 0.067 0.042 0.029 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 9 P 0.281 0.153 0.142 0.137 0.114 0.072 0.045 0.025 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 10 G 0.166 0.106 0.108 0.146 0.160 0.130 0.084 0.046 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 11 Q 0.230 0.161 0.148 0.134 0.115 0.087 0.058 0.032 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 12 R 0.249 0.152 0.132 0.126 0.117 0.087 0.057 0.040 0.024 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 13 L 0.058 0.034 0.045 0.077 0.138 0.156 0.155 0.139 0.091 0.052 0.029 0.017 0.006 0.002 14 A 0.077 0.058 0.079 0.138 0.171 0.167 0.121 0.093 0.050 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 15 R 0.227 0.151 0.130 0.132 0.114 0.087 0.063 0.041 0.026 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 16 G 0.139 0.113 0.123 0.156 0.160 0.126 0.080 0.053 0.028 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 17 V 0.037 0.024 0.036 0.067 0.115 0.178 0.196 0.167 0.094 0.050 0.022 0.010 0.004 0.001 18 A 0.060 0.069 0.095 0.147 0.191 0.161 0.112 0.086 0.044 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 19 R 0.317 0.189 0.152 0.125 0.087 0.056 0.033 0.019 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 20 H 0.080 0.071 0.113 0.194 0.221 0.152 0.080 0.048 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 21 L 0.056 0.035 0.058 0.091 0.150 0.187 0.160 0.132 0.078 0.034 0.011 0.004 0.002 0.001 22 R 0.183 0.203 0.199 0.181 0.104 0.068 0.033 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.436 0.224 0.133 0.085 0.051 0.029 0.023 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.090 0.089 0.128 0.201 0.195 0.138 0.083 0.040 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 25 G 0.154 0.173 0.180 0.139 0.128 0.087 0.071 0.032 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 26 F 0.069 0.036 0.053 0.079 0.140 0.168 0.146 0.139 0.081 0.042 0.024 0.013 0.007 0.002 27 V 0.043 0.031 0.034 0.060 0.104 0.113 0.126 0.129 0.123 0.101 0.076 0.039 0.015 0.008 28 S 0.034 0.023 0.030 0.056 0.079 0.091 0.101 0.133 0.117 0.119 0.100 0.071 0.028 0.017 29 V 0.019 0.016 0.016 0.018 0.030 0.044 0.061 0.084 0.137 0.172 0.177 0.124 0.071 0.033 30 E 0.049 0.042 0.058 0.086 0.108 0.118 0.125 0.121 0.107 0.072 0.054 0.034 0.017 0.008 31 E 0.058 0.042 0.050 0.079 0.107 0.111 0.110 0.112 0.118 0.094 0.061 0.030 0.016 0.011 32 F 0.043 0.041 0.061 0.091 0.131 0.140 0.134 0.128 0.089 0.064 0.042 0.020 0.009 0.005 33 V 0.075 0.074 0.100 0.139 0.152 0.145 0.102 0.086 0.058 0.035 0.018 0.009 0.004 0.002 34 P 0.111 0.104 0.129 0.149 0.148 0.127 0.096 0.061 0.040 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 35 A 0.154 0.129 0.145 0.160 0.150 0.103 0.071 0.042 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 36 R 0.220 0.204 0.171 0.164 0.097 0.067 0.033 0.019 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 37 G 0.115 0.111 0.127 0.167 0.154 0.131 0.095 0.047 0.029 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 38 L 0.017 0.032 0.067 0.132 0.166 0.187 0.154 0.115 0.062 0.037 0.019 0.008 0.004 0.002 39 R 0.014 0.022 0.041 0.073 0.122 0.151 0.150 0.154 0.118 0.069 0.045 0.020 0.012 0.008 40 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.026 0.057 0.096 0.173 0.189 0.209 0.136 0.064 0.029 41 D 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.018 0.040 0.067 0.151 0.182 0.200 0.179 0.079 0.065 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.042 0.143 0.207 0.280 0.188 0.123 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.028 0.080 0.166 0.203 0.212 0.206 0.082 44 G 0.002 0.003 0.004 0.008 0.014 0.022 0.039 0.088 0.161 0.191 0.188 0.132 0.092 0.058 45 L 0.002 0.005 0.008 0.020 0.045 0.052 0.085 0.119 0.163 0.165 0.144 0.091 0.047 0.055 46 G 0.009 0.026 0.054 0.109 0.122 0.157 0.158 0.125 0.092 0.063 0.041 0.030 0.007 0.007 47 P 0.019 0.058 0.110 0.119 0.138 0.143 0.145 0.102 0.077 0.048 0.023 0.010 0.005 0.003 48 K 0.051 0.129 0.135 0.179 0.152 0.118 0.079 0.061 0.057 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 49 G 0.015 0.036 0.080 0.149 0.179 0.176 0.138 0.094 0.071 0.035 0.015 0.007 0.004 0.002 50 E 0.010 0.019 0.049 0.094 0.173 0.185 0.168 0.131 0.090 0.044 0.021 0.007 0.006 0.004 51 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.028 0.065 0.105 0.175 0.203 0.201 0.129 0.054 0.020 52 W 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.020 0.041 0.082 0.166 0.212 0.212 0.139 0.062 0.046 53 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.045 0.140 0.229 0.290 0.156 0.118 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.019 0.066 0.144 0.214 0.214 0.245 0.087 55 E 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.020 0.048 0.105 0.211 0.181 0.169 0.120 0.069 0.056 56 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.025 0.040 0.099 0.210 0.242 0.172 0.096 0.103 57 K 0.004 0.009 0.018 0.032 0.056 0.085 0.118 0.175 0.160 0.124 0.096 0.067 0.035 0.021 58 S 0.003 0.007 0.016 0.034 0.067 0.097 0.119 0.167 0.187 0.138 0.089 0.047 0.021 0.008 59 S 0.007 0.015 0.026 0.051 0.097 0.147 0.171 0.205 0.153 0.077 0.031 0.011 0.004 0.003 60 R 0.049 0.102 0.139 0.162 0.169 0.132 0.091 0.067 0.043 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 61 A 0.125 0.127 0.148 0.156 0.151 0.112 0.073 0.046 0.034 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 62 D 0.092 0.094 0.129 0.158 0.187 0.141 0.094 0.054 0.030 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 63 F 0.118 0.060 0.076 0.100 0.152 0.147 0.127 0.101 0.064 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 64 Q 0.267 0.193 0.159 0.136 0.106 0.061 0.040 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 65 A 0.158 0.083 0.101 0.147 0.168 0.133 0.081 0.059 0.036 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 66 D 0.175 0.150 0.158 0.174 0.137 0.095 0.060 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 67 A 0.394 0.191 0.139 0.113 0.072 0.043 0.022 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 K 0.319 0.174 0.141 0.135 0.110 0.060 0.037 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 W 0.116 0.079 0.125 0.184 0.207 0.141 0.077 0.038 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.573 0.206 0.101 0.061 0.029 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.539 0.250 0.115 0.050 0.023 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.104 0.070 0.109 0.167 0.215 0.157 0.089 0.049 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 73 L 0.143 0.127 0.137 0.175 0.184 0.119 0.063 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 74 E 0.419 0.289 0.144 0.064 0.033 0.021 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 W 0.068 0.053 0.081 0.140 0.192 0.171 0.108 0.102 0.051 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 76 C 0.033 0.032 0.050 0.111 0.176 0.197 0.178 0.121 0.057 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 77 D 0.122 0.108 0.120 0.149 0.135 0.119 0.105 0.068 0.036 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 78 R 0.042 0.041 0.066 0.118 0.153 0.161 0.130 0.123 0.083 0.039 0.022 0.012 0.006 0.003 79 Y 0.017 0.010 0.015 0.026 0.046 0.101 0.178 0.177 0.168 0.118 0.078 0.042 0.016 0.008 80 F 0.031 0.028 0.039 0.058 0.094 0.113 0.138 0.136 0.130 0.100 0.064 0.040 0.019 0.011 81 W 0.058 0.042 0.050 0.058 0.080 0.095 0.103 0.117 0.112 0.110 0.078 0.056 0.026 0.015 82 A 0.031 0.029 0.045 0.067 0.103 0.126 0.135 0.141 0.122 0.086 0.057 0.032 0.017 0.008 83 V 0.033 0.033 0.047 0.092 0.136 0.150 0.150 0.143 0.101 0.056 0.031 0.016 0.007 0.004 84 D 0.087 0.113 0.132 0.152 0.157 0.128 0.102 0.055 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 85 M 0.103 0.102 0.142 0.159 0.154 0.132 0.088 0.055 0.032 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 86 E 0.262 0.214 0.153 0.124 0.095 0.059 0.045 0.020 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 87 F 0.118 0.066 0.114 0.156 0.185 0.152 0.092 0.059 0.033 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 88 P 0.217 0.152 0.144 0.150 0.129 0.086 0.069 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 89 A 0.210 0.113 0.136 0.137 0.137 0.104 0.066 0.047 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 90 E 0.485 0.249 0.106 0.072 0.041 0.020 0.014 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.136 0.084 0.141 0.172 0.174 0.133 0.070 0.046 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 92 L 0.103 0.110 0.144 0.206 0.174 0.130 0.072 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 93 P 0.252 0.167 0.146 0.128 0.109 0.080 0.058 0.029 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 94 A 0.178 0.207 0.170 0.159 0.107 0.073 0.047 0.026 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 95 E 0.092 0.116 0.128 0.151 0.148 0.119 0.097 0.063 0.048 0.018 0.010 0.004 0.003 0.001 96 S 0.010 0.010 0.022 0.045 0.084 0.140 0.192 0.168 0.138 0.082 0.052 0.033 0.017 0.006 97 G 0.009 0.010 0.015 0.031 0.059 0.079 0.122 0.155 0.169 0.140 0.104 0.057 0.032 0.020 98 L 0.003 0.002 0.003 0.004 0.008 0.015 0.032 0.058 0.111 0.183 0.215 0.214 0.094 0.058 99 L 0.003 0.003 0.004 0.004 0.007 0.014 0.026 0.044 0.104 0.172 0.213 0.202 0.139 0.066 100 I 0.007 0.007 0.009 0.013 0.024 0.035 0.061 0.097 0.152 0.168 0.171 0.127 0.087 0.043 101 A 0.006 0.008 0.011 0.027 0.055 0.073 0.096 0.139 0.170 0.151 0.117 0.079 0.035 0.032 102 D 0.011 0.024 0.040 0.069 0.099 0.128 0.134 0.143 0.110 0.095 0.071 0.043 0.017 0.016 103 A 0.013 0.033 0.055 0.092 0.127 0.141 0.137 0.132 0.110 0.073 0.050 0.021 0.011 0.005 104 Y 0.011 0.030 0.053 0.085 0.132 0.150 0.149 0.145 0.116 0.063 0.035 0.018 0.008 0.003 105 D 0.040 0.073 0.104 0.141 0.182 0.142 0.123 0.087 0.061 0.025 0.013 0.004 0.003 0.002 106 A 0.015 0.011 0.018 0.029 0.060 0.093 0.159 0.174 0.169 0.109 0.081 0.052 0.022 0.006 107 E 0.047 0.040 0.056 0.112 0.166 0.139 0.126 0.118 0.092 0.049 0.030 0.014 0.006 0.004 108 I 0.025 0.012 0.017 0.025 0.040 0.061 0.094 0.120 0.134 0.166 0.146 0.103 0.039 0.018 109 V 0.027 0.031 0.039 0.047 0.078 0.104 0.116 0.149 0.136 0.124 0.080 0.037 0.022 0.009 110 R 0.056 0.060 0.078 0.123 0.149 0.132 0.109 0.107 0.082 0.050 0.028 0.015 0.006 0.003 111 M 0.104 0.102 0.101 0.145 0.172 0.123 0.092 0.063 0.046 0.029 0.014 0.006 0.003 0.002 112 A 0.092 0.103 0.139 0.168 0.154 0.136 0.093 0.057 0.031 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 113 P 0.171 0.147 0.157 0.163 0.138 0.096 0.061 0.031 0.021 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 114 E 0.317 0.209 0.148 0.125 0.091 0.052 0.029 0.013 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Q 0.439 0.192 0.135 0.099 0.061 0.037 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 116 K 0.276 0.202 0.165 0.135 0.100 0.057 0.036 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.115 0.059 0.091 0.119 0.190 0.161 0.108 0.080 0.044 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 118 A 0.246 0.148 0.136 0.154 0.128 0.089 0.047 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 119 P 0.366 0.186 0.138 0.108 0.075 0.051 0.037 0.018 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 120 A 0.187 0.097 0.109 0.141 0.170 0.122 0.074 0.047 0.028 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 121 R 0.247 0.185 0.157 0.145 0.114 0.067 0.045 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 122 R 0.259 0.128 0.109 0.134 0.131 0.100 0.060 0.039 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 123 K 0.229 0.175 0.154 0.150 0.126 0.080 0.045 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 124 V 0.321 0.141 0.133 0.122 0.100 0.081 0.046 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 125 L 0.137 0.101 0.110 0.151 0.166 0.140 0.092 0.056 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 126 I 0.082 0.047 0.051 0.106 0.155 0.181 0.149 0.117 0.067 0.031 0.009 0.003 0.001 0.001 127 Q 0.131 0.146 0.163 0.186 0.148 0.112 0.062 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 128 K 0.302 0.246 0.185 0.112 0.062 0.045 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.042 0.025 0.034 0.078 0.137 0.218 0.219 0.151 0.065 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 130 A 0.029 0.023 0.031 0.067 0.119 0.211 0.244 0.174 0.072 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 131 T 0.142 0.175 0.195 0.179 0.140 0.086 0.050 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 132 H 0.138 0.119 0.173 0.200 0.161 0.114 0.054 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.023 0.015 0.031 0.077 0.130 0.235 0.238 0.160 0.064 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 134 A 0.043 0.046 0.067 0.114 0.188 0.196 0.162 0.113 0.051 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 135 R 0.233 0.247 0.210 0.136 0.082 0.049 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.080 0.085 0.156 0.220 0.202 0.133 0.071 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 137 L 0.047 0.030 0.054 0.103 0.183 0.198 0.174 0.121 0.057 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 138 Q 0.168 0.191 0.189 0.173 0.129 0.078 0.036 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.239 0.134 0.137 0.146 0.127 0.099 0.059 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 140 L 0.091 0.075 0.116 0.163 0.182 0.156 0.107 0.057 0.028 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 141 R 0.234 0.156 0.161 0.153 0.129 0.079 0.043 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 142 D 0.429 0.233 0.112 0.083 0.054 0.038 0.027 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 143 P 0.309 0.123 0.134 0.118 0.118 0.083 0.057 0.028 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 144 E 0.463 0.236 0.112 0.083 0.050 0.024 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 G 0.231 0.106 0.124 0.137 0.140 0.112 0.069 0.041 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 146 H 0.233 0.135 0.134 0.142 0.127 0.095 0.066 0.033 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 147 G 0.375 0.187 0.131 0.104 0.082 0.048 0.030 0.019 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 148 I 0.153 0.083 0.110 0.142 0.166 0.141 0.087 0.055 0.034 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 149 F 0.151 0.100 0.120 0.145 0.158 0.126 0.092 0.052 0.027 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 150 E 0.436 0.200 0.120 0.084 0.062 0.038 0.028 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001